# TARGET T0354 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0354.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.2997 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.081 0.279 0.394 0.044 0.107 0.030 0.024 0.005 0.030 0.006 0.001 2 E 0.089 0.094 0.622 0.025 0.010 0.117 0.011 0.002 0.024 0.004 0.002 3 I 0.792 0.044 0.076 0.047 0.006 0.019 0.003 0.002 0.007 0.003 0.001 4 Q 0.961 0.005 0.011 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.970 0.002 0.006 0.013 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 I 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 S 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.986 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.917 0.001 0.003 0.077 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.977 0.001 0.009 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.572 0.002 0.007 0.406 0.001 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 17 I 0.278 0.104 0.349 0.164 0.009 0.048 0.009 0.001 0.038 0.001 0.001 18 K 0.101 0.048 0.081 0.364 0.014 0.032 0.292 0.026 0.038 0.004 0.001 19 G 0.074 0.079 0.500 0.031 0.076 0.032 0.031 0.103 0.007 0.067 0.001 20 K 0.403 0.239 0.096 0.174 0.058 0.010 0.007 0.003 0.008 0.003 0.001 21 D 0.036 0.197 0.239 0.176 0.050 0.141 0.086 0.002 0.071 0.001 0.001 22 I 0.009 0.574 0.356 0.003 0.018 0.025 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 23 I 0.026 0.814 0.094 0.010 0.015 0.020 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 24 E 0.004 0.659 0.277 0.001 0.010 0.027 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 25 L 0.024 0.727 0.144 0.005 0.021 0.040 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 26 D 0.017 0.200 0.231 0.015 0.025 0.369 0.020 0.001 0.122 0.001 0.001 27 T 0.301 0.160 0.117 0.303 0.017 0.050 0.005 0.001 0.042 0.001 0.003 28 S 0.422 0.060 0.269 0.144 0.028 0.022 0.017 0.009 0.006 0.024 0.001 29 K 0.162 0.033 0.044 0.114 0.033 0.028 0.518 0.046 0.018 0.004 0.001 30 L 0.428 0.149 0.136 0.213 0.015 0.036 0.009 0.002 0.011 0.001 0.001 31 T 0.282 0.281 0.163 0.120 0.068 0.037 0.012 0.005 0.028 0.003 0.001 32 S 0.305 0.150 0.164 0.079 0.178 0.037 0.039 0.017 0.022 0.009 0.001 33 L 0.340 0.175 0.094 0.276 0.033 0.039 0.011 0.003 0.026 0.001 0.001 34 F 0.137 0.437 0.237 0.056 0.070 0.037 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 35 Q 0.667 0.041 0.049 0.214 0.008 0.012 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 36 R 0.014 0.694 0.050 0.020 0.208 0.004 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 37 M 0.008 0.823 0.115 0.002 0.017 0.009 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 38 I 0.009 0.768 0.156 0.001 0.007 0.023 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 39 V 0.022 0.644 0.185 0.008 0.007 0.092 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 40 A 0.039 0.463 0.245 0.045 0.068 0.090 0.009 0.001 0.038 0.002 0.001 41 T 0.038 0.359 0.175 0.039 0.315 0.033 0.007 0.002 0.025 0.008 0.001 42 G 0.511 0.066 0.151 0.088 0.093 0.034 0.014 0.010 0.008 0.024 0.002 43 D 0.421 0.023 0.046 0.445 0.006 0.030 0.006 0.001 0.020 0.002 0.001 44 S 0.708 0.036 0.113 0.065 0.041 0.009 0.007 0.004 0.006 0.010 0.001 45 N 0.969 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 46 R 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 Q 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.975 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 N 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 V 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.983 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.244 0.001 0.011 0.741 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 G 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.366 0.615 0.001 0.007 0.001 64 V 0.027 0.257 0.638 0.023 0.013 0.031 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 65 D 0.025 0.129 0.615 0.024 0.016 0.138 0.016 0.001 0.033 0.001 0.001 66 I 0.095 0.367 0.401 0.019 0.019 0.060 0.002 0.001 0.034 0.001 0.002 67 V 0.145 0.298 0.286 0.165 0.012 0.051 0.006 0.001 0.036 0.001 0.001 68 G 0.040 0.099 0.195 0.033 0.417 0.009 0.022 0.097 0.004 0.084 0.001 69 S 0.162 0.434 0.220 0.062 0.073 0.024 0.003 0.003 0.015 0.003 0.001 70 E 0.085 0.333 0.229 0.213 0.064 0.018 0.013 0.002 0.039 0.003 0.001 71 G 0.033 0.020 0.104 0.023 0.190 0.006 0.030 0.265 0.002 0.328 0.001 72 H 0.128 0.218 0.451 0.060 0.069 0.033 0.007 0.002 0.026 0.005 0.001 73 E 0.449 0.080 0.200 0.158 0.027 0.024 0.027 0.010 0.012 0.010 0.004 74 S 0.176 0.140 0.313 0.222 0.094 0.008 0.022 0.009 0.008 0.007 0.001 75 G 0.060 0.034 0.091 0.057 0.167 0.002 0.039 0.417 0.002 0.130 0.001 76 E 0.031 0.351 0.385 0.062 0.087 0.048 0.013 0.001 0.019 0.001 0.001 77 W 0.004 0.647 0.275 0.003 0.048 0.011 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 78 V 0.001 0.921 0.041 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 79 L 0.004 0.407 0.498 0.001 0.001 0.077 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 80 V 0.010 0.789 0.069 0.005 0.043 0.043 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 81 D 0.014 0.342 0.300 0.009 0.107 0.124 0.006 0.001 0.094 0.002 0.001 82 A 0.324 0.067 0.153 0.377 0.026 0.021 0.014 0.003 0.011 0.002 0.003 83 G 0.099 0.009 0.046 0.025 0.100 0.001 0.022 0.242 0.001 0.455 0.001 84 D 0.117 0.097 0.243 0.386 0.040 0.049 0.032 0.004 0.021 0.001 0.010 85 V 0.007 0.695 0.229 0.004 0.037 0.011 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 86 V 0.008 0.741 0.200 0.002 0.005 0.025 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 87 V 0.014 0.767 0.159 0.002 0.009 0.022 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 88 H 0.019 0.572 0.227 0.004 0.026 0.108 0.004 0.001 0.040 0.001 0.001 89 V 0.034 0.613 0.226 0.012 0.020 0.050 0.002 0.001 0.041 0.001 0.001 90 M 0.039 0.372 0.399 0.025 0.071 0.061 0.009 0.001 0.018 0.004 0.002 91 L 0.014 0.166 0.689 0.001 0.014 0.027 0.002 0.001 0.086 0.001 0.001 92 P 0.849 0.001 0.116 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 93 A 0.884 0.007 0.027 0.047 0.006 0.003 0.007 0.013 0.002 0.004 0.001 94 V 0.747 0.034 0.045 0.142 0.007 0.014 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 95 R 0.790 0.043 0.069 0.037 0.015 0.012 0.020 0.002 0.009 0.003 0.001 96 D 0.808 0.038 0.035 0.083 0.015 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 97 Y 0.566 0.122 0.032 0.229 0.015 0.014 0.006 0.001 0.013 0.001 0.001 98 Y 0.205 0.429 0.159 0.056 0.058 0.020 0.012 0.002 0.057 0.002 0.001 99 D 0.168 0.036 0.235 0.022 0.009 0.405 0.051 0.002 0.068 0.003 0.002 100 I 0.891 0.017 0.015 0.059 0.002 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 101 E 0.900 0.023 0.018 0.048 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.816 0.045 0.056 0.039 0.015 0.009 0.011 0.002 0.007 0.001 0.001 103 L 0.736 0.041 0.072 0.120 0.006 0.013 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 104 W 0.471 0.091 0.102 0.267 0.025 0.012 0.012 0.005 0.012 0.003 0.001 105 G 0.286 0.082 0.186 0.225 0.080 0.005 0.042 0.036 0.009 0.050 0.001 106 G 0.155 0.016 0.137 0.163 0.039 0.011 0.172 0.208 0.004 0.092 0.001 107 Q 0.080 0.217 0.571 0.027 0.043 0.022 0.013 0.003 0.019 0.004 0.001 108 K 0.033 0.087 0.786 0.002 0.006 0.032 0.005 0.001 0.045 0.001 0.004 109 P 0.362 0.008 0.566 0.010 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 110 S 0.590 0.134 0.117 0.079 0.039 0.016 0.005 0.006 0.011 0.002 0.001 111 F 0.424 0.140 0.221 0.110 0.042 0.030 0.012 0.003 0.016 0.003 0.001 112 A 0.421 0.188 0.201 0.086 0.031 0.033 0.010 0.003 0.024 0.002 0.001 113 V 0.433 0.137 0.196 0.179 0.020 0.013 0.007 0.002 0.011 0.002 0.001 114 G 0.256 0.046 0.140 0.081 0.089 0.014 0.112 0.194 0.009 0.057 0.001 115 A 0.379 0.185 0.264 0.090 0.037 0.019 0.007 0.002 0.014 0.003 0.001 116 A 0.357 0.091 0.358 0.105 0.018 0.038 0.012 0.004 0.011 0.003 0.004 117 K 0.115 0.251 0.428 0.011 0.033 0.023 0.012 0.001 0.124 0.002 0.001 118 P 0.256 0.012 0.653 0.018 0.001 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 119 W 0.602 0.081 0.148 0.091 0.028 0.014 0.012 0.011 0.007 0.006 0.001 120 S 0.502 0.090 0.164 0.133 0.049 0.015 0.018 0.012 0.011 0.006 0.001 121 A 0.494 0.096 0.210 0.088 0.052 0.015 0.016 0.009 0.012 0.006 0.001 122 V 0.517 0.190 0.144 0.090 0.019 0.019 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 123 L 0.365 0.201 0.277 0.064 0.020 0.041 0.006 0.001 0.022 0.002 0.001 124 E 0.377 0.186 0.269 0.051 0.030 0.033 0.014 0.003 0.032 0.003 0.001 125 H 0.427 0.107 0.242 0.127 0.017 0.040 0.013 0.003 0.020 0.002 0.002 126 H 0.326 0.162 0.196 0.172 0.036 0.037 0.026 0.006 0.034 0.004 0.001 127 H 0.385 0.110 0.167 0.199 0.032 0.039 0.033 0.007 0.020 0.008 0.001 128 H 0.270 0.121 0.154 0.308 0.029 0.039 0.039 0.009 0.025 0.004 0.001 129 H 0.204 0.164 0.212 0.262 0.039 0.033 0.040 0.014 0.026 0.005 0.001 130 H 0.179 0.209 0.307 0.111 0.062 0.033 0.042 0.018 0.023 0.017 0.001