# TARGET T0353 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29038 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.008 0.003 0.004 0.004 0.004 0.003 0.586 0.035 0.047 0.275 2 Q 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.004 0.488 0.054 0.046 0.376 3 I 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 0.006 0.004 0.649 0.023 0.037 0.246 4 H 0.007 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.007 0.737 0.072 0.020 0.136 5 V 0.013 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.499 0.096 0.059 0.320 6 Y 0.013 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.558 0.057 0.062 0.288 7 D 0.012 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.537 0.047 0.057 0.319 8 T 0.007 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.559 0.082 0.050 0.246 9 Y 0.004 0.022 0.002 0.001 0.002 0.009 0.061 0.030 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.548 0.051 0.037 0.226 10 V 0.005 0.008 0.003 0.005 0.071 0.388 0.112 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.160 0.043 0.025 0.157 11 K 0.031 0.009 0.013 0.015 0.155 0.044 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.225 0.081 0.050 0.361 12 A 0.311 0.003 0.005 0.002 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.051 0.053 0.493 13 K 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.025 0.090 0.745 14 D 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.023 0.115 0.807 15 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.042 0.137 0.699 16 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.472 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.036 0.029 0.141 17 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.012 0.059 0.015 0.039 0.005 0.002 0.001 0.233 0.028 0.094 0.469 18 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.069 0.349 0.052 0.013 0.369 0.025 0.022 0.087 19 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.051 0.283 0.084 0.372 0.044 0.025 0.102 20 F 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.674 0.129 0.037 0.139 21 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.786 0.050 0.032 0.123 22 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.838 0.038 0.022 0.085 23 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 0.010 0.109 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.544 0.057 0.041 0.195 24 T 0.009 0.003 0.002 0.006 0.015 0.031 0.050 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.618 0.036 0.033 0.179 25 D 0.188 0.071 0.017 0.003 0.010 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.117 0.068 0.451 26 V 0.111 0.069 0.008 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.046 0.080 0.650 27 R 0.051 0.132 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.028 0.072 0.696 28 D 0.064 0.540 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.032 0.330 29 D 0.071 0.691 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.019 0.184 30 K 0.018 0.788 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 0.014 0.112 31 K 0.005 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.005 0.048 32 A 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.017 33 I 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.021 34 E 0.001 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.003 0.027 35 F 0.003 0.932 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.002 0.019 36 A 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.012 37 K 0.008 0.358 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.582 0.007 0.043 38 Q 0.006 0.263 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.631 0.032 0.057 39 W 0.073 0.444 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.211 0.074 0.154 40 L 0.119 0.248 0.131 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.290 0.039 0.156 41 S 0.254 0.054 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.078 0.575 42 S 0.026 0.079 0.003 0.002 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.073 0.762 43 I 0.026 0.042 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.067 0.115 0.700 44 G 0.289 0.068 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.076 0.074 0.479 45 E 0.195 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.035 0.057 0.694 46 E 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.014 0.078 0.870 47 G 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.042 0.116 0.786 48 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 0.005 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.166 0.053 0.123 0.600 49 T 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.014 0.122 0.802 50 V 0.022 0.012 0.001 0.001 0.009 0.006 0.008 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.002 0.004 0.147 0.033 0.135 0.600 51 T 0.135 0.196 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.061 0.074 0.066 0.458 52 S 0.164 0.144 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.088 0.063 0.518 53 E 0.059 0.130 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.045 0.100 0.588 54 E 0.047 0.112 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.066 0.093 0.573 55 C 0.051 0.159 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.119 0.095 0.473 56 R 0.058 0.106 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.227 0.130 0.066 0.379 57 F 0.028 0.114 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.216 0.100 0.087 0.421 58 C 0.052 0.072 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.228 0.113 0.085 0.419 59 H 0.325 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.086 0.117 0.067 0.353 60 S 0.280 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.076 0.090 0.502 61 Q 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.021 0.138 0.788 62 K 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 0.137 0.816 63 A 0.011 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.043 0.136 0.695 64 P 0.031 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.004 0.028 65 D 0.009 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.028 66 E 0.003 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.038 67 V 0.005 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.023 68 I 0.009 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.024 69 E 0.006 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 0.038 70 A 0.043 0.188 0.197 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.497 0.021 0.048 71 I 0.100 0.046 0.230 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.429 0.047 0.137 72 K 0.257 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.061 0.067 0.592 73 Q 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.069 0.898 74 N 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.020 0.146 0.791 75 G 0.009 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.173 0.092 0.125 0.552 76 Y 0.011 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.350 0.083 0.082 0.417 77 F 0.004 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.774 0.054 0.022 0.109 78 I 0.013 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 0.452 0.092 0.048 0.317 79 Y 0.010 0.028 0.012 0.001 0.003 0.002 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.004 0.682 0.055 0.030 0.143 80 K 0.075 0.025 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.433 0.070 0.053 0.328 81 M 0.094 0.003 0.003 0.002 0.006 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.094 0.075 0.527 82 E 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.251 0.026 0.087 0.614 83 G 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.013 0.080 0.862 84 C 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.022 0.113 0.807 85 N 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.033 0.105 0.815