# TARGET T0353 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29038 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.090 0.010 0.024 0.031 0.037 0.035 0.037 0.006 0.001 0.006 0.724 2 Q 0.035 0.001 0.012 0.056 0.066 0.068 0.169 0.002 0.001 0.007 0.583 3 I 0.037 0.001 0.065 0.131 0.071 0.084 0.038 0.001 0.001 0.006 0.567 4 H 0.002 0.001 0.001 0.435 0.194 0.195 0.084 0.001 0.001 0.001 0.089 5 V 0.002 0.001 0.001 0.341 0.078 0.127 0.036 0.001 0.001 0.001 0.412 6 Y 0.001 0.001 0.001 0.665 0.098 0.194 0.020 0.001 0.001 0.001 0.022 7 D 0.004 0.001 0.001 0.377 0.086 0.169 0.065 0.001 0.001 0.006 0.292 8 T 0.011 0.002 0.001 0.443 0.154 0.198 0.043 0.001 0.001 0.009 0.139 9 Y 0.013 0.003 0.001 0.149 0.200 0.293 0.103 0.001 0.001 0.011 0.225 10 V 0.010 0.003 0.001 0.065 0.375 0.369 0.037 0.001 0.001 0.004 0.137 11 K 0.005 0.003 0.001 0.045 0.301 0.500 0.031 0.001 0.001 0.002 0.111 12 A 0.006 0.006 0.001 0.031 0.343 0.447 0.038 0.001 0.001 0.002 0.126 13 K 0.009 0.009 0.001 0.015 0.151 0.190 0.136 0.001 0.001 0.006 0.482 14 D 0.037 0.006 0.001 0.007 0.030 0.050 0.371 0.002 0.001 0.031 0.465 15 G 0.526 0.007 0.009 0.014 0.020 0.016 0.146 0.003 0.001 0.115 0.143 16 H 0.261 0.011 0.030 0.027 0.055 0.022 0.386 0.001 0.001 0.035 0.172 17 V 0.023 0.004 0.024 0.054 0.108 0.156 0.189 0.001 0.001 0.008 0.433 18 M 0.002 0.001 0.001 0.145 0.321 0.479 0.029 0.001 0.001 0.001 0.022 19 H 0.002 0.001 0.001 0.090 0.213 0.316 0.072 0.001 0.001 0.001 0.306 20 F 0.001 0.001 0.001 0.190 0.255 0.443 0.011 0.001 0.001 0.001 0.097 21 D 0.001 0.001 0.001 0.367 0.230 0.288 0.047 0.001 0.001 0.001 0.067 22 V 0.001 0.001 0.001 0.418 0.114 0.138 0.020 0.001 0.001 0.002 0.306 23 F 0.001 0.001 0.001 0.574 0.129 0.217 0.030 0.001 0.001 0.001 0.049 24 T 0.003 0.001 0.001 0.441 0.121 0.166 0.042 0.001 0.001 0.003 0.223 25 D 0.005 0.001 0.001 0.276 0.118 0.175 0.077 0.001 0.001 0.004 0.344 26 V 0.006 0.001 0.001 0.111 0.038 0.085 0.096 0.001 0.001 0.006 0.655 27 R 0.021 0.001 0.001 0.075 0.035 0.071 0.359 0.001 0.001 0.020 0.416 28 D 0.078 0.002 0.001 0.010 0.010 0.010 0.375 0.001 0.001 0.027 0.486 29 D 0.148 0.015 0.002 0.007 0.003 0.005 0.236 0.001 0.001 0.020 0.564 30 K 0.087 0.029 0.004 0.005 0.004 0.005 0.296 0.001 0.001 0.025 0.544 31 K 0.035 0.029 0.002 0.002 0.004 0.005 0.645 0.001 0.001 0.010 0.268 32 A 0.046 0.273 0.005 0.005 0.012 0.032 0.196 0.001 0.001 0.005 0.424 33 I 0.018 0.761 0.001 0.007 0.018 0.029 0.035 0.001 0.001 0.002 0.128 34 E 0.019 0.677 0.001 0.001 0.004 0.008 0.064 0.002 0.001 0.002 0.222 35 F 0.037 0.875 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.074 36 A 0.012 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 37 K 0.010 0.951 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 0.021 38 Q 0.041 0.890 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.051 39 W 0.056 0.895 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.026 40 L 0.049 0.888 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 0.038 41 S 0.020 0.791 0.019 0.005 0.007 0.014 0.013 0.017 0.001 0.001 0.113 42 S 0.213 0.567 0.006 0.005 0.005 0.010 0.012 0.034 0.001 0.001 0.148 43 I 0.304 0.419 0.015 0.011 0.009 0.007 0.018 0.036 0.001 0.001 0.179 44 G 0.162 0.199 0.046 0.027 0.025 0.026 0.123 0.027 0.001 0.009 0.356 45 E 0.074 0.075 0.113 0.025 0.021 0.034 0.104 0.006 0.001 0.005 0.542 46 E 0.051 0.060 0.007 0.041 0.028 0.050 0.093 0.005 0.001 0.005 0.661 47 G 0.158 0.038 0.008 0.036 0.037 0.058 0.102 0.005 0.001 0.016 0.542 48 A 0.132 0.048 0.013 0.051 0.053 0.068 0.099 0.004 0.001 0.008 0.524 49 T 0.083 0.035 0.005 0.048 0.046 0.066 0.122 0.005 0.001 0.006 0.584 50 V 0.137 0.036 0.010 0.108 0.115 0.160 0.084 0.004 0.001 0.011 0.334 51 T 0.056 0.035 0.004 0.064 0.096 0.135 0.278 0.003 0.001 0.007 0.321 52 S 0.053 0.021 0.007 0.040 0.037 0.049 0.089 0.002 0.001 0.007 0.694 53 E 0.041 0.024 0.004 0.028 0.026 0.046 0.273 0.001 0.001 0.012 0.544 54 E 0.083 0.021 0.004 0.020 0.030 0.055 0.425 0.003 0.001 0.044 0.316 55 C 0.162 0.138 0.015 0.060 0.059 0.116 0.130 0.003 0.001 0.018 0.299 56 R 0.049 0.180 0.003 0.058 0.085 0.143 0.089 0.003 0.001 0.006 0.384 57 F 0.102 0.192 0.003 0.022 0.044 0.084 0.038 0.006 0.001 0.003 0.507 58 C 0.145 0.227 0.006 0.044 0.102 0.148 0.027 0.010 0.001 0.003 0.288 59 H 0.068 0.188 0.009 0.040 0.087 0.121 0.084 0.006 0.001 0.003 0.394 60 S 0.042 0.073 0.006 0.031 0.047 0.096 0.056 0.004 0.001 0.002 0.642 61 Q 0.089 0.090 0.004 0.030 0.012 0.039 0.178 0.007 0.001 0.004 0.549 62 K 0.474 0.043 0.008 0.015 0.006 0.009 0.103 0.017 0.001 0.012 0.314 63 A 0.471 0.057 0.076 0.015 0.004 0.007 0.103 0.004 0.001 0.006 0.258 64 P 0.006 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.959 65 D 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.968 66 E 0.017 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.370 0.001 0.001 0.002 0.587 67 V 0.088 0.548 0.001 0.005 0.002 0.005 0.166 0.002 0.001 0.004 0.178 68 I 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.018 69 E 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 70 A 0.023 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 71 I 0.017 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 72 K 0.011 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.010 73 Q 0.055 0.853 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.032 0.001 0.001 0.052 74 N 0.251 0.535 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.117 0.001 0.001 0.086 75 G 0.520 0.116 0.103 0.008 0.005 0.004 0.016 0.085 0.001 0.010 0.132 76 Y 0.015 0.005 0.831 0.018 0.014 0.011 0.014 0.002 0.001 0.001 0.090 77 F 0.003 0.002 0.013 0.445 0.185 0.203 0.047 0.001 0.001 0.001 0.101 78 I 0.004 0.002 0.002 0.473 0.113 0.214 0.028 0.001 0.001 0.001 0.161 79 Y 0.001 0.001 0.001 0.668 0.134 0.176 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 80 K 0.001 0.002 0.001 0.553 0.112 0.151 0.021 0.001 0.001 0.001 0.159 81 M 0.002 0.002 0.001 0.410 0.159 0.298 0.025 0.001 0.001 0.002 0.101 82 E 0.004 0.004 0.001 0.170 0.076 0.295 0.130 0.001 0.001 0.004 0.316 83 G 0.030 0.003 0.001 0.055 0.062 0.067 0.137 0.004 0.001 0.020 0.621 84 C 0.192 0.010 0.064 0.026 0.024 0.039 0.184 0.001 0.001 0.031 0.429 85 N 0.006 0.006 0.002 0.015 0.026 0.027 0.104 0.001 0.001 0.002 0.812