# TARGET T0353 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.29038 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.009 0.091 0.156 0.143 0.099 0.018 0.407 2 Q 0.108 0.003 0.111 0.131 0.212 0.117 0.011 0.307 3 I 0.009 0.002 0.140 0.174 0.167 0.027 0.002 0.479 4 H 0.004 0.001 0.187 0.337 0.321 0.025 0.002 0.125 5 V 0.003 0.001 0.105 0.121 0.194 0.031 0.001 0.544 6 Y 0.002 0.001 0.385 0.243 0.297 0.018 0.001 0.054 7 D 0.007 0.002 0.138 0.246 0.351 0.077 0.003 0.175 8 T 0.015 0.002 0.211 0.213 0.401 0.057 0.004 0.098 9 Y 0.016 0.002 0.077 0.264 0.421 0.100 0.002 0.118 10 V 0.009 0.002 0.047 0.300 0.426 0.046 0.002 0.167 11 K 0.008 0.005 0.046 0.397 0.397 0.028 0.002 0.117 12 A 0.010 0.007 0.028 0.278 0.464 0.026 0.005 0.184 13 K 0.023 0.007 0.027 0.117 0.286 0.112 0.010 0.418 14 D 0.018 0.005 0.008 0.029 0.038 0.122 0.015 0.765 15 G 0.184 0.019 0.033 0.095 0.049 0.088 0.124 0.408 16 H 0.415 0.002 0.053 0.035 0.066 0.275 0.017 0.135 17 V 0.007 0.001 0.032 0.078 0.074 0.047 0.002 0.759 18 M 0.010 0.003 0.059 0.287 0.517 0.054 0.002 0.068 19 H 0.013 0.003 0.079 0.251 0.341 0.049 0.003 0.262 20 F 0.006 0.003 0.104 0.259 0.474 0.036 0.002 0.115 21 D 0.010 0.004 0.066 0.358 0.453 0.047 0.002 0.060 22 V 0.012 0.007 0.115 0.260 0.490 0.043 0.003 0.070 23 F 0.016 0.014 0.115 0.249 0.505 0.046 0.003 0.051 24 T 0.022 0.014 0.167 0.299 0.312 0.045 0.007 0.134 25 D 0.018 0.027 0.071 0.194 0.252 0.063 0.007 0.367 26 V 0.033 0.014 0.068 0.050 0.181 0.099 0.009 0.545 27 R 0.026 0.008 0.010 0.012 0.028 0.556 0.008 0.353 28 D 0.096 0.026 0.006 0.007 0.012 0.311 0.015 0.526 29 D 0.063 0.063 0.008 0.004 0.007 0.091 0.008 0.757 30 K 0.042 0.054 0.007 0.003 0.005 0.351 0.009 0.528 31 K 0.090 0.108 0.004 0.004 0.006 0.414 0.009 0.365 32 A 0.072 0.680 0.007 0.005 0.013 0.054 0.003 0.166 33 I 0.009 0.822 0.006 0.006 0.012 0.025 0.002 0.118 34 E 0.007 0.873 0.003 0.004 0.006 0.019 0.002 0.086 35 F 0.005 0.961 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.023 36 A 0.012 0.951 0.001 0.001 0.004 0.005 0.003 0.023 37 K 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 38 Q 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 39 W 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 40 L 0.011 0.968 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.013 41 S 0.015 0.952 0.002 0.001 0.001 0.002 0.007 0.020 42 S 0.138 0.739 0.005 0.002 0.002 0.004 0.052 0.059 43 I 0.207 0.606 0.025 0.006 0.004 0.006 0.051 0.093 44 G 0.118 0.331 0.075 0.026 0.024 0.049 0.058 0.319 45 E 0.095 0.153 0.149 0.038 0.046 0.104 0.027 0.388 46 E 0.050 0.103 0.052 0.020 0.030 0.091 0.016 0.639 47 G 0.093 0.079 0.061 0.020 0.028 0.074 0.019 0.626 48 A 0.182 0.054 0.082 0.037 0.036 0.131 0.023 0.455 49 T 0.065 0.024 0.034 0.031 0.036 0.071 0.012 0.726 50 V 0.136 0.028 0.083 0.075 0.143 0.095 0.009 0.431 51 T 0.042 0.029 0.033 0.072 0.110 0.338 0.007 0.367 52 S 0.057 0.033 0.029 0.037 0.089 0.062 0.007 0.686 53 E 0.034 0.033 0.022 0.024 0.043 0.213 0.007 0.625 54 E 0.080 0.036 0.015 0.017 0.025 0.356 0.018 0.454 55 C 0.144 0.226 0.048 0.045 0.061 0.100 0.016 0.359 56 R 0.064 0.162 0.074 0.102 0.137 0.123 0.013 0.325 57 F 0.039 0.092 0.064 0.062 0.093 0.065 0.010 0.575 58 C 0.082 0.165 0.106 0.118 0.176 0.068 0.015 0.270 59 H 0.040 0.190 0.088 0.120 0.142 0.063 0.009 0.349 60 S 0.034 0.137 0.039 0.046 0.147 0.077 0.009 0.510 61 Q 0.132 0.119 0.027 0.032 0.071 0.153 0.026 0.441 62 K 0.221 0.130 0.014 0.018 0.017 0.122 0.051 0.427 63 A 0.329 0.154 0.023 0.019 0.025 0.092 0.020 0.338 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 65 D 0.002 0.011 0.001 0.002 0.006 0.022 0.001 0.954 66 E 0.056 0.088 0.004 0.003 0.004 0.102 0.005 0.738 67 V 0.090 0.514 0.003 0.003 0.006 0.051 0.004 0.328 68 I 0.008 0.905 0.004 0.002 0.005 0.007 0.001 0.068 69 E 0.002 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 70 A 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 71 I 0.009 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 72 K 0.010 0.970 0.002 0.002 0.003 0.001 0.005 0.008 73 Q 0.034 0.901 0.005 0.004 0.003 0.003 0.026 0.024 74 N 0.192 0.477 0.017 0.011 0.005 0.008 0.186 0.104 75 G 0.477 0.068 0.066 0.019 0.006 0.011 0.257 0.097 76 Y 0.073 0.008 0.689 0.030 0.029 0.055 0.012 0.103 77 F 0.006 0.003 0.343 0.182 0.144 0.038 0.003 0.281 78 I 0.008 0.003 0.340 0.120 0.322 0.031 0.001 0.175 79 Y 0.002 0.002 0.583 0.198 0.172 0.011 0.001 0.031 80 K 0.004 0.006 0.310 0.216 0.289 0.029 0.002 0.145 81 M 0.011 0.007 0.200 0.144 0.488 0.035 0.004 0.111 82 E 0.044 0.011 0.141 0.190 0.297 0.116 0.009 0.191 83 G 0.067 0.008 0.046 0.069 0.097 0.071 0.030 0.612 84 C 0.171 0.008 0.133 0.057 0.096 0.086 0.020 0.429 85 N 0.015 0.008 0.038 0.035 0.049 0.136 0.007 0.710