# TARGET T0353 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 2 Q 0.441 0.008 0.001 0.001 0.020 0.003 0.527 3 I 0.733 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.246 4 H 0.943 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.046 5 V 0.929 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.062 6 Y 0.899 0.008 0.001 0.001 0.015 0.005 0.072 7 D 0.595 0.002 0.003 0.001 0.078 0.012 0.309 8 T 0.390 0.002 0.017 0.001 0.227 0.127 0.235 9 Y 0.607 0.015 0.016 0.003 0.098 0.064 0.198 10 V 0.687 0.010 0.013 0.003 0.097 0.042 0.149 11 K 0.789 0.054 0.003 0.003 0.031 0.013 0.107 12 A 0.608 0.024 0.007 0.001 0.023 0.025 0.312 13 K 0.171 0.004 0.018 0.002 0.140 0.580 0.084 14 D 0.027 0.002 0.009 0.001 0.105 0.846 0.011 15 G 0.135 0.004 0.009 0.001 0.395 0.281 0.176 16 H 0.543 0.013 0.002 0.001 0.063 0.013 0.367 17 V 0.910 0.016 0.001 0.001 0.007 0.002 0.064 18 M 0.950 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.038 19 H 0.961 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.029 20 F 0.944 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.048 21 D 0.907 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.075 22 V 0.934 0.005 0.001 0.001 0.008 0.002 0.050 23 F 0.899 0.008 0.001 0.001 0.014 0.004 0.073 24 T 0.701 0.034 0.002 0.002 0.062 0.007 0.192 25 D 0.246 0.020 0.003 0.002 0.092 0.014 0.623 26 V 0.027 0.009 0.073 0.036 0.253 0.325 0.276 27 R 0.006 0.004 0.071 0.070 0.275 0.470 0.105 28 D 0.004 0.004 0.094 0.109 0.242 0.283 0.264 29 D 0.003 0.004 0.039 0.471 0.189 0.107 0.186 30 K 0.002 0.001 0.025 0.829 0.031 0.085 0.028 31 K 0.002 0.004 0.020 0.896 0.014 0.042 0.022 32 A 0.001 0.001 0.009 0.971 0.002 0.010 0.005 33 I 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.003 0.002 34 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 35 F 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 37 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 0.001 39 W 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 40 L 0.001 0.001 0.002 0.976 0.003 0.014 0.003 41 S 0.001 0.001 0.011 0.919 0.004 0.059 0.006 42 S 0.002 0.001 0.016 0.784 0.016 0.167 0.014 43 I 0.003 0.002 0.026 0.390 0.054 0.485 0.040 44 G 0.008 0.006 0.026 0.075 0.117 0.612 0.156 45 E 0.037 0.019 0.043 0.044 0.148 0.091 0.618 46 E 0.076 0.029 0.076 0.048 0.195 0.122 0.454 47 G 0.062 0.011 0.134 0.058 0.224 0.227 0.283 48 A 0.070 0.019 0.096 0.043 0.281 0.211 0.280 49 T 0.105 0.035 0.065 0.033 0.202 0.154 0.405 50 V 0.152 0.049 0.042 0.054 0.143 0.164 0.395 51 T 0.099 0.036 0.032 0.064 0.164 0.151 0.455 52 S 0.062 0.010 0.075 0.236 0.251 0.155 0.212 53 E 0.050 0.012 0.057 0.389 0.144 0.188 0.159 54 E 0.081 0.029 0.066 0.414 0.095 0.149 0.166 55 C 0.098 0.027 0.104 0.315 0.060 0.085 0.311 56 R 0.060 0.013 0.144 0.374 0.108 0.161 0.140 57 F 0.081 0.008 0.157 0.424 0.062 0.171 0.097 58 C 0.050 0.027 0.124 0.372 0.075 0.227 0.127 59 H 0.054 0.020 0.076 0.365 0.124 0.152 0.208 60 S 0.018 0.004 0.247 0.469 0.056 0.067 0.138 61 Q 0.012 0.001 0.196 0.557 0.060 0.124 0.050 62 K 0.005 0.004 0.179 0.579 0.024 0.171 0.039 63 A 0.009 0.017 0.017 0.379 0.307 0.064 0.207 64 P 0.012 0.004 0.006 0.427 0.101 0.047 0.404 65 D 0.002 0.001 0.005 0.956 0.008 0.014 0.014 66 E 0.001 0.001 0.004 0.977 0.003 0.012 0.004 67 V 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.004 0.001 68 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.014 0.002 71 I 0.002 0.001 0.002 0.975 0.005 0.012 0.004 72 K 0.003 0.001 0.013 0.946 0.005 0.026 0.007 73 Q 0.002 0.001 0.017 0.755 0.028 0.188 0.008 74 N 0.002 0.001 0.007 0.188 0.032 0.762 0.009 75 G 0.016 0.004 0.003 0.015 0.167 0.568 0.228 76 Y 0.149 0.006 0.002 0.003 0.083 0.017 0.741 77 F 0.748 0.008 0.003 0.002 0.051 0.008 0.180 78 I 0.902 0.006 0.003 0.001 0.010 0.002 0.075 79 Y 0.927 0.002 0.002 0.002 0.005 0.001 0.061 80 K 0.921 0.004 0.001 0.002 0.006 0.001 0.065 81 M 0.803 0.012 0.003 0.004 0.012 0.006 0.161 82 E 0.548 0.007 0.008 0.011 0.093 0.059 0.274 83 G 0.194 0.014 0.008 0.020 0.246 0.113 0.405 84 C 0.037 0.015 0.005 0.015 0.077 0.035 0.816 85 N 0.007 0.004 0.006 0.016 0.026 0.025 0.916