# TARGET T0353 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37346 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.007 0.054 0.153 0.239 0.098 0.041 0.400 2 Q 0.008 0.006 0.065 0.131 0.310 0.087 0.052 0.340 3 I 0.005 0.007 0.116 0.177 0.251 0.067 0.053 0.324 4 H 0.012 0.011 0.244 0.223 0.293 0.038 0.082 0.096 5 V 0.019 0.031 0.172 0.159 0.187 0.050 0.136 0.245 6 Y 0.022 0.041 0.178 0.168 0.220 0.067 0.047 0.256 7 D 0.047 0.041 0.088 0.119 0.275 0.052 0.068 0.310 8 T 0.033 0.071 0.087 0.190 0.244 0.062 0.066 0.250 9 Y 0.014 0.020 0.074 0.239 0.309 0.047 0.034 0.264 10 V 0.013 0.005 0.042 0.340 0.283 0.045 0.057 0.214 11 K 0.044 0.006 0.040 0.190 0.214 0.063 0.108 0.335 12 A 0.378 0.004 0.010 0.029 0.047 0.067 0.053 0.411 13 K 0.215 0.004 0.004 0.021 0.021 0.054 0.020 0.661 14 D 0.016 0.004 0.007 0.010 0.057 0.111 0.008 0.787 15 G 0.006 0.003 0.023 0.055 0.260 0.091 0.032 0.529 16 H 0.004 0.003 0.036 0.451 0.366 0.029 0.029 0.082 17 V 0.003 0.002 0.116 0.225 0.248 0.039 0.049 0.318 18 M 0.002 0.003 0.192 0.383 0.299 0.022 0.026 0.073 19 H 0.006 0.005 0.290 0.147 0.273 0.038 0.067 0.173 20 F 0.009 0.008 0.200 0.241 0.259 0.045 0.102 0.137 21 D 0.010 0.009 0.237 0.197 0.331 0.032 0.086 0.097 22 V 0.019 0.016 0.201 0.142 0.269 0.055 0.098 0.202 23 F 0.013 0.012 0.271 0.161 0.241 0.048 0.059 0.195 24 T 0.028 0.011 0.167 0.158 0.193 0.085 0.070 0.288 25 D 0.080 0.031 0.062 0.050 0.077 0.146 0.102 0.452 26 V 0.128 0.049 0.022 0.015 0.024 0.150 0.039 0.574 27 R 0.055 0.046 0.011 0.007 0.009 0.127 0.029 0.715 28 D 0.068 0.406 0.005 0.004 0.006 0.050 0.040 0.422 29 D 0.047 0.799 0.002 0.003 0.004 0.017 0.032 0.096 30 K 0.012 0.804 0.005 0.009 0.010 0.020 0.038 0.101 31 K 0.005 0.887 0.003 0.008 0.010 0.008 0.034 0.043 32 A 0.005 0.951 0.002 0.002 0.003 0.003 0.024 0.010 33 I 0.002 0.978 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.004 34 E 0.002 0.932 0.003 0.003 0.003 0.003 0.041 0.013 35 F 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.002 36 A 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 37 K 0.030 0.504 0.007 0.002 0.002 0.007 0.412 0.037 38 Q 0.004 0.139 0.005 0.002 0.002 0.011 0.799 0.038 39 W 0.072 0.489 0.015 0.004 0.004 0.032 0.265 0.118 40 L 0.165 0.273 0.024 0.008 0.010 0.077 0.102 0.340 41 S 0.096 0.086 0.011 0.005 0.006 0.071 0.037 0.687 42 S 0.082 0.071 0.011 0.004 0.006 0.100 0.047 0.679 43 I 0.034 0.043 0.058 0.014 0.013 0.200 0.057 0.582 44 G 0.247 0.035 0.031 0.007 0.012 0.109 0.047 0.511 45 E 0.191 0.024 0.034 0.012 0.009 0.087 0.103 0.540 46 E 0.036 0.026 0.034 0.008 0.017 0.101 0.041 0.738 47 G 0.038 0.011 0.028 0.010 0.024 0.085 0.085 0.719 48 A 0.021 0.014 0.050 0.083 0.070 0.125 0.096 0.542 49 T 0.026 0.021 0.045 0.029 0.064 0.117 0.051 0.648 50 V 0.030 0.023 0.045 0.065 0.066 0.140 0.037 0.595 51 T 0.081 0.074 0.036 0.031 0.050 0.078 0.087 0.562 52 S 0.182 0.287 0.015 0.019 0.026 0.060 0.091 0.321 53 E 0.026 0.172 0.044 0.046 0.069 0.109 0.051 0.484 54 E 0.036 0.189 0.041 0.052 0.099 0.094 0.092 0.398 55 C 0.080 0.321 0.036 0.048 0.068 0.069 0.119 0.260 56 R 0.037 0.142 0.083 0.083 0.115 0.080 0.175 0.285 57 F 0.021 0.089 0.069 0.067 0.100 0.077 0.285 0.291 58 C 0.091 0.104 0.116 0.072 0.086 0.085 0.136 0.309 59 H 0.409 0.081 0.031 0.039 0.055 0.052 0.068 0.265 60 S 0.094 0.039 0.009 0.008 0.012 0.061 0.135 0.642 61 Q 0.011 0.053 0.012 0.011 0.017 0.138 0.039 0.718 62 K 0.010 0.074 0.009 0.007 0.009 0.129 0.023 0.739 63 A 0.063 0.709 0.004 0.005 0.003 0.029 0.042 0.145 64 P 0.035 0.929 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.014 65 D 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.014 66 E 0.003 0.973 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.010 67 V 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 68 I 0.005 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 69 E 0.012 0.903 0.007 0.003 0.002 0.003 0.038 0.032 70 A 0.051 0.184 0.060 0.014 0.011 0.027 0.565 0.088 71 I 0.147 0.036 0.064 0.016 0.009 0.045 0.531 0.151 72 K 0.712 0.007 0.004 0.001 0.002 0.016 0.023 0.235 73 Q 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.006 0.932 74 N 0.004 0.002 0.013 0.003 0.014 0.173 0.006 0.784 75 G 0.010 0.004 0.049 0.026 0.113 0.152 0.047 0.599 76 Y 0.003 0.004 0.121 0.272 0.169 0.063 0.035 0.333 77 F 0.002 0.005 0.346 0.261 0.276 0.012 0.023 0.075 78 I 0.004 0.006 0.213 0.278 0.265 0.018 0.039 0.178 79 Y 0.001 0.001 0.513 0.303 0.126 0.006 0.021 0.030 80 K 0.079 0.007 0.159 0.196 0.215 0.044 0.062 0.238 81 M 0.203 0.007 0.076 0.073 0.083 0.065 0.100 0.393 82 E 0.027 0.003 0.024 0.039 0.074 0.107 0.021 0.706 83 G 0.032 0.004 0.011 0.014 0.039 0.074 0.037 0.788 84 C 0.031 0.007 0.014 0.054 0.048 0.111 0.040 0.694 85 N 0.066 0.014 0.025 0.051 0.076 0.100 0.064 0.605