# TARGET T0353 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37346 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.277 0.198 0.039 0.305 0.010 0.070 0.032 0.024 0.022 0.001 2 Q 0.023 0.345 0.487 0.013 0.024 0.073 0.010 0.001 0.020 0.001 0.003 3 I 0.007 0.772 0.148 0.003 0.024 0.021 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 4 H 0.013 0.579 0.283 0.003 0.018 0.068 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 5 V 0.029 0.659 0.193 0.009 0.022 0.051 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 6 Y 0.043 0.623 0.109 0.016 0.094 0.045 0.008 0.001 0.060 0.002 0.001 7 D 0.067 0.270 0.297 0.055 0.104 0.117 0.029 0.002 0.047 0.004 0.007 8 T 0.154 0.413 0.103 0.185 0.117 0.012 0.003 0.002 0.009 0.002 0.001 9 Y 0.047 0.386 0.254 0.044 0.085 0.061 0.070 0.004 0.046 0.003 0.001 10 V 0.022 0.559 0.313 0.005 0.012 0.054 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 11 K 0.126 0.450 0.264 0.042 0.014 0.072 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 12 A 0.065 0.366 0.429 0.017 0.064 0.032 0.004 0.003 0.015 0.004 0.001 13 K 0.436 0.294 0.096 0.053 0.047 0.015 0.011 0.003 0.038 0.005 0.001 14 D 0.140 0.028 0.157 0.388 0.008 0.021 0.215 0.004 0.034 0.005 0.001 15 G 0.007 0.002 0.027 0.005 0.028 0.002 0.037 0.797 0.001 0.094 0.001 16 H 0.192 0.228 0.318 0.207 0.021 0.019 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 17 V 0.008 0.721 0.199 0.006 0.045 0.007 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 18 M 0.007 0.750 0.180 0.003 0.024 0.020 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 19 H 0.005 0.784 0.104 0.002 0.049 0.026 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 20 F 0.015 0.675 0.098 0.007 0.111 0.043 0.003 0.001 0.046 0.001 0.001 21 D 0.042 0.418 0.346 0.014 0.054 0.078 0.007 0.001 0.037 0.001 0.002 22 V 0.052 0.693 0.116 0.020 0.073 0.022 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 23 F 0.036 0.471 0.349 0.017 0.038 0.054 0.008 0.001 0.024 0.001 0.001 24 T 0.041 0.708 0.085 0.030 0.081 0.022 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 25 D 0.040 0.166 0.392 0.040 0.035 0.231 0.029 0.001 0.061 0.003 0.001 26 V 0.557 0.104 0.091 0.181 0.013 0.027 0.007 0.003 0.017 0.001 0.001 27 R 0.654 0.039 0.072 0.182 0.010 0.016 0.012 0.003 0.008 0.005 0.001 28 D 0.230 0.046 0.111 0.325 0.024 0.083 0.101 0.010 0.063 0.006 0.001 29 D 0.678 0.018 0.079 0.127 0.006 0.024 0.040 0.011 0.010 0.004 0.001 30 K 0.901 0.006 0.022 0.051 0.001 0.004 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 31 K 0.950 0.005 0.013 0.022 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.980 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 W 0.973 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.952 0.004 0.009 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 41 S 0.931 0.005 0.013 0.043 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 S 0.780 0.026 0.040 0.121 0.012 0.007 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 43 I 0.417 0.038 0.062 0.463 0.004 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 44 G 0.183 0.021 0.156 0.045 0.063 0.014 0.072 0.250 0.011 0.184 0.001 45 E 0.393 0.149 0.249 0.119 0.020 0.037 0.007 0.003 0.019 0.004 0.001 46 E 0.253 0.099 0.298 0.230 0.023 0.023 0.043 0.004 0.020 0.006 0.001 47 G 0.096 0.011 0.069 0.061 0.059 0.007 0.110 0.468 0.004 0.113 0.001 48 A 0.167 0.234 0.412 0.051 0.056 0.028 0.018 0.004 0.024 0.004 0.001 49 T 0.124 0.176 0.501 0.070 0.016 0.072 0.014 0.002 0.021 0.001 0.003 50 V 0.066 0.475 0.318 0.048 0.038 0.039 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 51 T 0.056 0.374 0.322 0.070 0.096 0.048 0.003 0.001 0.026 0.004 0.001 52 S 0.331 0.165 0.281 0.042 0.101 0.034 0.013 0.003 0.025 0.006 0.001 53 E 0.930 0.005 0.012 0.044 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 54 E 0.773 0.021 0.028 0.158 0.005 0.005 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 55 C 0.319 0.116 0.240 0.182 0.035 0.041 0.016 0.009 0.039 0.004 0.001 56 R 0.609 0.092 0.114 0.094 0.014 0.023 0.035 0.004 0.011 0.002 0.001 57 F 0.555 0.137 0.103 0.096 0.051 0.016 0.015 0.008 0.014 0.004 0.001 58 C 0.472 0.141 0.147 0.153 0.037 0.023 0.005 0.003 0.014 0.004 0.001 59 H 0.250 0.158 0.182 0.104 0.053 0.080 0.085 0.014 0.069 0.005 0.001 60 S 0.398 0.073 0.180 0.196 0.054 0.034 0.021 0.018 0.013 0.011 0.001 61 Q 0.555 0.087 0.193 0.091 0.020 0.025 0.015 0.004 0.008 0.002 0.001 62 K 0.246 0.044 0.141 0.501 0.013 0.025 0.012 0.004 0.010 0.001 0.001 63 A 0.015 0.119 0.643 0.004 0.087 0.014 0.008 0.002 0.052 0.054 0.001 64 P 0.252 0.004 0.676 0.006 0.002 0.036 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 65 D 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 66 E 0.974 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.981 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 I 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.983 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.975 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.967 0.003 0.005 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.855 0.013 0.014 0.109 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 74 N 0.248 0.008 0.035 0.654 0.004 0.003 0.037 0.004 0.005 0.002 0.001 75 G 0.023 0.006 0.024 0.022 0.024 0.005 0.214 0.638 0.003 0.041 0.001 76 Y 0.046 0.507 0.329 0.033 0.048 0.019 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 77 F 0.026 0.569 0.310 0.005 0.042 0.031 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 78 I 0.024 0.803 0.101 0.006 0.016 0.023 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 79 Y 0.051 0.624 0.154 0.005 0.048 0.046 0.002 0.001 0.069 0.001 0.001 80 K 0.063 0.335 0.455 0.006 0.018 0.099 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 81 M 0.143 0.346 0.295 0.091 0.038 0.046 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 82 E 0.106 0.158 0.560 0.068 0.044 0.013 0.025 0.003 0.011 0.012 0.001 83 G 0.034 0.004 0.017 0.039 0.028 0.004 0.172 0.589 0.005 0.107 0.001 84 C 0.054 0.136 0.640 0.058 0.027 0.051 0.008 0.002 0.017 0.006 0.001 85 N 0.149 0.142 0.239 0.154 0.066 0.080 0.098 0.024 0.035 0.012 0.001