# TARGET T0353 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37346 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.497 0.233 0.139 0.089 0.033 0.008 0.001 2 Q 0.454 0.308 0.152 0.062 0.019 0.004 0.001 3 I 0.122 0.121 0.150 0.218 0.229 0.142 0.018 4 H 0.090 0.179 0.276 0.265 0.129 0.052 0.009 5 V 0.021 0.027 0.044 0.106 0.247 0.420 0.135 6 Y 0.030 0.067 0.108 0.183 0.228 0.278 0.106 7 D 0.038 0.092 0.135 0.177 0.205 0.252 0.102 8 T 0.046 0.073 0.116 0.198 0.239 0.243 0.086 9 Y 0.039 0.096 0.158 0.266 0.255 0.160 0.027 10 V 0.049 0.080 0.120 0.227 0.286 0.207 0.031 11 K 0.122 0.297 0.274 0.207 0.078 0.020 0.002 12 A 0.262 0.323 0.225 0.140 0.041 0.008 0.001 13 K 0.403 0.328 0.166 0.075 0.022 0.005 0.001 14 D 0.536 0.293 0.108 0.047 0.013 0.003 0.001 15 G 0.103 0.197 0.257 0.253 0.147 0.040 0.002 16 H 0.121 0.278 0.253 0.205 0.107 0.033 0.003 17 V 0.013 0.042 0.112 0.229 0.319 0.243 0.042 18 M 0.003 0.009 0.020 0.052 0.161 0.509 0.247 19 H 0.002 0.006 0.024 0.076 0.183 0.374 0.336 20 F 0.001 0.005 0.009 0.022 0.075 0.347 0.541 21 D 0.002 0.008 0.024 0.080 0.190 0.373 0.323 22 V 0.001 0.005 0.015 0.049 0.154 0.474 0.301 23 F 0.002 0.005 0.015 0.059 0.218 0.527 0.174 24 T 0.008 0.028 0.082 0.220 0.363 0.271 0.029 25 D 0.054 0.207 0.326 0.271 0.117 0.024 0.001 26 V 0.149 0.354 0.273 0.162 0.052 0.010 0.001 27 R 0.521 0.303 0.110 0.047 0.015 0.004 0.001 28 D 0.440 0.315 0.149 0.073 0.020 0.004 0.001 29 D 0.281 0.270 0.234 0.152 0.052 0.010 0.001 30 K 0.475 0.326 0.134 0.048 0.015 0.003 0.001 31 K 0.127 0.389 0.305 0.137 0.035 0.005 0.001 32 A 0.004 0.012 0.040 0.187 0.455 0.284 0.018 33 I 0.007 0.067 0.243 0.402 0.222 0.056 0.003 34 E 0.060 0.406 0.366 0.127 0.033 0.007 0.001 35 F 0.005 0.015 0.070 0.301 0.434 0.166 0.009 36 A 0.001 0.002 0.003 0.014 0.133 0.674 0.173 37 K 0.010 0.057 0.241 0.429 0.212 0.049 0.002 38 Q 0.029 0.273 0.379 0.237 0.067 0.015 0.001 39 W 0.006 0.018 0.064 0.233 0.393 0.266 0.020 40 L 0.007 0.015 0.042 0.170 0.400 0.337 0.029 41 S 0.133 0.415 0.311 0.114 0.023 0.003 0.001 42 S 0.249 0.373 0.226 0.114 0.032 0.006 0.001 43 I 0.069 0.210 0.311 0.278 0.106 0.025 0.001 44 G 0.258 0.256 0.236 0.173 0.064 0.012 0.001 45 E 0.556 0.272 0.109 0.048 0.013 0.002 0.001 46 E 0.688 0.224 0.061 0.021 0.005 0.001 0.001 47 G 0.617 0.236 0.097 0.040 0.009 0.001 0.001 48 A 0.517 0.275 0.136 0.057 0.012 0.002 0.001 49 T 0.464 0.349 0.135 0.043 0.008 0.001 0.001 50 V 0.127 0.129 0.204 0.308 0.187 0.043 0.001 51 T 0.464 0.325 0.138 0.055 0.015 0.003 0.001 52 S 0.548 0.263 0.116 0.055 0.015 0.003 0.001 53 E 0.556 0.276 0.105 0.048 0.013 0.003 0.001 54 E 0.306 0.316 0.209 0.123 0.039 0.008 0.001 55 C 0.102 0.139 0.211 0.290 0.194 0.060 0.004 56 R 0.167 0.313 0.264 0.168 0.067 0.020 0.002 57 F 0.220 0.192 0.185 0.200 0.128 0.066 0.009 58 C 0.164 0.211 0.221 0.198 0.124 0.073 0.010 59 H 0.326 0.176 0.145 0.159 0.127 0.062 0.007 60 S 0.425 0.289 0.161 0.079 0.033 0.012 0.001 61 Q 0.625 0.245 0.085 0.032 0.010 0.003 0.001 62 K 0.427 0.302 0.179 0.070 0.019 0.004 0.001 63 A 0.237 0.185 0.216 0.238 0.104 0.020 0.001 64 P 0.363 0.355 0.202 0.065 0.013 0.002 0.001 65 D 0.781 0.185 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 66 E 0.386 0.355 0.183 0.065 0.010 0.001 0.001 67 V 0.046 0.058 0.123 0.371 0.344 0.057 0.001 68 I 0.060 0.269 0.407 0.216 0.043 0.004 0.001 69 E 0.439 0.479 0.072 0.009 0.001 0.001 0.001 70 A 0.053 0.169 0.338 0.337 0.093 0.010 0.001 71 I 0.022 0.042 0.104 0.343 0.402 0.087 0.001 72 K 0.305 0.421 0.194 0.067 0.012 0.001 0.001 73 Q 0.605 0.302 0.070 0.021 0.003 0.001 0.001 74 N 0.097 0.331 0.348 0.171 0.045 0.008 0.001 75 G 0.022 0.089 0.203 0.319 0.267 0.096 0.004 76 Y 0.010 0.047 0.112 0.245 0.332 0.224 0.030 77 F 0.002 0.010 0.034 0.104 0.255 0.480 0.115 78 I 0.011 0.026 0.044 0.077 0.181 0.476 0.185 79 Y 0.045 0.089 0.113 0.174 0.249 0.263 0.067 80 K 0.027 0.116 0.259 0.315 0.197 0.076 0.010 81 M 0.029 0.039 0.060 0.191 0.386 0.272 0.024 82 E 0.192 0.354 0.267 0.140 0.038 0.009 0.001 83 G 0.473 0.298 0.136 0.069 0.020 0.004 0.001 84 C 0.449 0.241 0.173 0.103 0.029 0.005 0.001 85 N 0.809 0.141 0.037 0.010 0.002 0.001 0.001