# TARGET T0353 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37753 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.121 0.047 0.040 0.002 0.008 0.021 0.009 0.023 0.045 0.025 0.025 0.024 0.034 0.007 0.112 0.127 0.013 0.065 0.048 0.165 0.025 2 Q 0.015 0.048 0.025 0.037 0.004 0.007 0.013 0.008 0.050 0.031 0.030 0.032 0.066 0.053 0.029 0.131 0.078 0.003 0.077 0.031 0.069 0.163 3 I 0.001 0.051 0.007 0.012 0.001 0.003 0.002 0.002 0.047 0.112 0.059 0.031 0.035 0.055 0.024 0.111 0.133 0.016 0.026 0.057 0.166 0.048 4 H 0.002 0.020 0.008 0.013 0.002 0.003 0.002 0.003 0.101 0.044 0.042 0.060 0.100 0.050 0.018 0.151 0.118 0.008 0.011 0.064 0.103 0.078 5 V 0.002 0.029 0.008 0.011 0.001 0.005 0.003 0.004 0.059 0.084 0.080 0.030 0.059 0.052 0.063 0.124 0.101 0.023 0.004 0.069 0.105 0.085 6 Y 0.002 0.018 0.017 0.013 0.002 0.005 0.005 0.007 0.064 0.068 0.054 0.104 0.088 0.044 0.009 0.101 0.135 0.014 0.003 0.093 0.120 0.035 7 D 0.006 0.056 0.026 0.039 0.002 0.010 0.014 0.013 0.050 0.048 0.060 0.022 0.047 0.029 0.033 0.128 0.170 0.012 0.004 0.062 0.075 0.097 8 T 0.010 0.047 0.039 0.029 0.005 0.015 0.014 0.018 0.026 0.045 0.032 0.019 0.031 0.023 0.016 0.088 0.357 0.014 0.006 0.040 0.084 0.043 9 Y 0.012 0.096 0.048 0.042 0.004 0.013 0.032 0.042 0.017 0.021 0.026 0.017 0.019 0.015 0.024 0.083 0.124 0.049 0.015 0.071 0.085 0.144 10 V 0.004 0.056 0.022 0.024 0.001 0.007 0.009 0.022 0.006 0.008 0.009 0.006 0.007 0.006 0.006 0.038 0.044 0.523 0.009 0.030 0.034 0.129 11 K 0.006 0.067 0.029 0.033 0.003 0.012 0.012 0.029 0.005 0.003 0.005 0.008 0.004 0.006 0.003 0.033 0.021 0.425 0.012 0.038 0.047 0.200 12 A 0.005 0.103 0.034 0.049 0.003 0.012 0.007 0.025 0.004 0.003 0.003 0.004 0.002 0.002 0.005 0.019 0.010 0.569 0.006 0.018 0.029 0.088 13 K 0.021 0.029 0.568 0.042 0.010 0.024 0.029 0.049 0.003 0.001 0.004 0.006 0.003 0.002 0.002 0.011 0.008 0.130 0.003 0.016 0.011 0.028 14 D 0.178 0.021 0.070 0.027 0.012 0.006 0.621 0.009 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.011 0.003 0.009 0.010 0.005 15 G 0.610 0.010 0.009 0.007 0.111 0.012 0.152 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.059 0.003 0.010 0.004 16 H 0.013 0.033 0.018 0.024 0.005 0.007 0.007 0.005 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.012 0.010 0.001 0.809 0.008 0.017 0.016 17 V 0.009 0.062 0.040 0.025 0.001 0.009 0.010 0.011 0.015 0.003 0.004 0.014 0.028 0.009 0.007 0.067 0.043 0.002 0.199 0.016 0.033 0.394 18 M 0.003 0.036 0.025 0.011 0.001 0.004 0.009 0.008 0.015 0.006 0.010 0.013 0.016 0.022 0.004 0.108 0.098 0.002 0.449 0.026 0.064 0.068 19 H 0.004 0.017 0.012 0.012 0.004 0.004 0.008 0.007 0.023 0.015 0.018 0.038 0.035 0.028 0.005 0.103 0.090 0.004 0.295 0.104 0.123 0.050 20 F 0.002 0.014 0.009 0.011 0.001 0.005 0.005 0.008 0.029 0.025 0.021 0.026 0.036 0.030 0.020 0.097 0.126 0.005 0.016 0.314 0.103 0.098 21 D 0.002 0.007 0.008 0.003 0.001 0.002 0.004 0.006 0.018 0.019 0.016 0.025 0.023 0.017 0.005 0.083 0.152 0.006 0.003 0.424 0.155 0.023 22 V 0.004 0.017 0.015 0.006 0.001 0.004 0.012 0.012 0.024 0.020 0.022 0.019 0.021 0.024 0.016 0.141 0.104 0.012 0.007 0.277 0.151 0.091 23 F 0.005 0.051 0.040 0.016 0.002 0.008 0.016 0.015 0.021 0.045 0.047 0.037 0.043 0.032 0.016 0.125 0.097 0.064 0.007 0.124 0.134 0.054 24 T 0.011 0.094 0.089 0.095 0.005 0.012 0.021 0.018 0.019 0.034 0.044 0.034 0.026 0.028 0.020 0.068 0.073 0.051 0.008 0.071 0.102 0.079 25 D 0.038 0.208 0.089 0.114 0.026 0.024 0.045 0.031 0.010 0.018 0.018 0.025 0.015 0.014 0.017 0.039 0.020 0.108 0.008 0.034 0.060 0.041 26 V 0.019 0.143 0.359 0.100 0.008 0.132 0.044 0.036 0.005 0.005 0.007 0.007 0.007 0.007 0.010 0.019 0.005 0.026 0.010 0.008 0.015 0.029 27 R 0.030 0.172 0.255 0.155 0.009 0.039 0.141 0.101 0.002 0.002 0.004 0.009 0.004 0.005 0.002 0.013 0.006 0.009 0.007 0.008 0.012 0.011 28 D 0.063 0.221 0.128 0.241 0.016 0.109 0.091 0.078 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.003 0.011 0.004 0.009 0.007 29 D 0.029 0.075 0.161 0.061 0.012 0.469 0.046 0.119 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.002 0.004 0.003 30 K 0.005 0.018 0.069 0.023 0.002 0.307 0.035 0.524 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 31 K 0.001 0.007 0.005 0.009 0.001 0.033 0.012 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 32 A 0.001 0.004 0.006 0.008 0.001 0.046 0.004 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 I 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.019 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 K 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 Q 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.004 0.023 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 W 0.002 0.002 0.086 0.002 0.001 0.012 0.017 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 L 0.002 0.004 0.113 0.003 0.001 0.008 0.031 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 S 0.006 0.006 0.119 0.004 0.001 0.009 0.166 0.680 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 42 S 0.011 0.023 0.301 0.012 0.001 0.021 0.328 0.281 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.003 43 I 0.045 0.089 0.415 0.125 0.003 0.027 0.189 0.068 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.008 0.002 0.003 0.006 44 G 0.298 0.109 0.120 0.073 0.076 0.037 0.131 0.060 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.002 0.006 0.007 0.014 0.035 0.003 0.007 0.008 45 E 0.010 0.137 0.404 0.164 0.005 0.080 0.053 0.040 0.002 0.001 0.003 0.004 0.003 0.003 0.004 0.005 0.007 0.010 0.044 0.002 0.004 0.015 46 E 0.024 0.163 0.262 0.209 0.012 0.020 0.167 0.047 0.004 0.003 0.003 0.018 0.007 0.004 0.002 0.008 0.012 0.011 0.007 0.003 0.006 0.008 47 G 0.151 0.105 0.167 0.102 0.027 0.091 0.214 0.033 0.003 0.002 0.007 0.006 0.004 0.005 0.009 0.007 0.015 0.005 0.024 0.002 0.005 0.016 48 A 0.024 0.177 0.185 0.182 0.008 0.034 0.123 0.047 0.005 0.004 0.008 0.017 0.009 0.010 0.006 0.016 0.026 0.011 0.074 0.007 0.012 0.014 49 T 0.061 0.170 0.075 0.130 0.018 0.035 0.135 0.058 0.005 0.003 0.008 0.020 0.011 0.008 0.020 0.016 0.015 0.023 0.061 0.017 0.017 0.094 50 V 0.015 0.284 0.151 0.144 0.003 0.030 0.038 0.034 0.007 0.004 0.010 0.015 0.008 0.012 0.009 0.027 0.020 0.021 0.054 0.013 0.025 0.075 51 T 0.019 0.257 0.095 0.319 0.012 0.016 0.032 0.026 0.005 0.003 0.003 0.015 0.007 0.006 0.004 0.018 0.013 0.027 0.045 0.015 0.025 0.040 52 S 0.029 0.139 0.186 0.133 0.031 0.222 0.041 0.041 0.004 0.002 0.004 0.009 0.005 0.005 0.005 0.015 0.009 0.015 0.022 0.024 0.027 0.033 53 E 0.014 0.046 0.322 0.086 0.009 0.129 0.096 0.192 0.004 0.001 0.002 0.007 0.005 0.005 0.001 0.012 0.012 0.004 0.011 0.018 0.011 0.013 54 E 0.024 0.073 0.093 0.073 0.003 0.036 0.220 0.324 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.004 0.002 0.014 0.017 0.003 0.011 0.042 0.020 0.028 55 C 0.029 0.153 0.088 0.105 0.002 0.098 0.068 0.233 0.004 0.003 0.005 0.005 0.005 0.009 0.003 0.024 0.029 0.004 0.025 0.030 0.045 0.034 56 R 0.021 0.075 0.119 0.063 0.008 0.056 0.059 0.257 0.005 0.003 0.006 0.012 0.006 0.011 0.003 0.028 0.023 0.006 0.084 0.045 0.071 0.037 57 F 0.011 0.067 0.096 0.044 0.003 0.034 0.083 0.343 0.012 0.004 0.006 0.011 0.008 0.009 0.006 0.034 0.031 0.007 0.060 0.030 0.037 0.063 58 C 0.012 0.096 0.163 0.069 0.002 0.029 0.087 0.296 0.016 0.003 0.006 0.010 0.012 0.016 0.005 0.030 0.022 0.009 0.019 0.023 0.024 0.050 59 H 0.021 0.131 0.198 0.103 0.005 0.032 0.065 0.178 0.008 0.003 0.009 0.013 0.010 0.016 0.005 0.029 0.028 0.008 0.024 0.042 0.043 0.027 60 S 0.021 0.061 0.361 0.063 0.009 0.035 0.098 0.184 0.005 0.003 0.006 0.009 0.007 0.009 0.004 0.013 0.009 0.008 0.013 0.025 0.029 0.027 61 Q 0.019 0.065 0.305 0.054 0.006 0.028 0.242 0.194 0.003 0.002 0.003 0.007 0.004 0.008 0.002 0.013 0.003 0.004 0.007 0.012 0.014 0.007 62 K 0.044 0.107 0.294 0.056 0.004 0.037 0.375 0.034 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.005 0.005 0.009 0.007 63 A 0.031 0.352 0.155 0.230 0.012 0.094 0.026 0.036 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.005 0.001 0.008 0.002 0.001 0.021 0.005 0.010 0.001 64 P 0.008 0.047 0.115 0.385 0.030 0.310 0.007 0.083 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 65 D 0.001 0.006 0.044 0.006 0.001 0.641 0.015 0.285 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 E 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.010 0.028 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.009 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 0.010 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.004 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.001 0.002 0.017 0.007 0.001 0.004 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.002 0.007 0.113 0.003 0.001 0.006 0.041 0.799 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.003 0.006 73 Q 0.003 0.008 0.441 0.006 0.001 0.005 0.303 0.218 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 74 N 0.135 0.021 0.216 0.024 0.003 0.009 0.544 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 75 G 0.662 0.023 0.033 0.009 0.029 0.008 0.082 0.009 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.001 0.016 0.006 0.001 0.091 0.001 0.008 0.003 76 Y 0.005 0.126 0.030 0.065 0.001 0.007 0.008 0.009 0.015 0.023 0.021 0.005 0.031 0.029 0.034 0.043 0.044 0.002 0.429 0.003 0.018 0.051 77 F 0.002 0.023 0.014 0.007 0.001 0.002 0.003 0.004 0.037 0.064 0.063 0.172 0.109 0.071 0.005 0.084 0.130 0.003 0.037 0.030 0.108 0.031 78 I 0.003 0.019 0.007 0.005 0.001 0.003 0.003 0.004 0.080 0.039 0.069 0.035 0.081 0.068 0.097 0.115 0.067 0.012 0.079 0.006 0.029 0.178 79 Y 0.001 0.010 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.056 0.082 0.079 0.109 0.127 0.070 0.017 0.095 0.088 0.061 0.013 0.056 0.091 0.033 80 K 0.002 0.018 0.008 0.008 0.001 0.003 0.003 0.006 0.065 0.044 0.069 0.065 0.077 0.064 0.056 0.085 0.058 0.050 0.004 0.131 0.065 0.119 81 M 0.006 0.045 0.049 0.024 0.004 0.010 0.006 0.012 0.036 0.084 0.083 0.056 0.093 0.042 0.035 0.072 0.051 0.113 0.002 0.059 0.068 0.050 82 E 0.021 0.069 0.152 0.132 0.011 0.010 0.088 0.013 0.020 0.032 0.038 0.029 0.032 0.027 0.015 0.067 0.024 0.037 0.004 0.052 0.089 0.037 83 G 0.312 0.063 0.039 0.025 0.124 0.010 0.219 0.008 0.004 0.007 0.011 0.008 0.007 0.013 0.005 0.023 0.010 0.017 0.010 0.023 0.047 0.016 84 C 0.016 0.276 0.182 0.168 0.007 0.030 0.034 0.006 0.004 0.010 0.008 0.008 0.005 0.008 0.006 0.026 0.009 0.008 0.108 0.016 0.046 0.021 85 N 0.038 0.257 0.143 0.199 0.069 0.035 0.052 0.017 0.005 0.005 0.005 0.013 0.010 0.007 0.003 0.021 0.011 0.016 0.022 0.013 0.029 0.030