# TARGET T0353 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37753 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.077 0.009 0.092 0.156 0.143 0.099 0.018 0.407 2 Q 0.108 0.003 0.112 0.131 0.211 0.117 0.011 0.307 3 I 0.009 0.002 0.142 0.174 0.167 0.027 0.002 0.479 4 H 0.004 0.001 0.188 0.337 0.321 0.025 0.002 0.124 5 V 0.003 0.001 0.106 0.121 0.195 0.031 0.001 0.542 6 Y 0.002 0.001 0.388 0.242 0.295 0.017 0.001 0.054 7 D 0.007 0.002 0.139 0.247 0.352 0.077 0.003 0.174 8 T 0.015 0.002 0.212 0.212 0.401 0.057 0.004 0.097 9 Y 0.016 0.002 0.077 0.265 0.422 0.099 0.002 0.117 10 V 0.009 0.002 0.047 0.300 0.427 0.046 0.002 0.166 11 K 0.008 0.005 0.046 0.397 0.398 0.028 0.002 0.116 12 A 0.009 0.007 0.027 0.279 0.464 0.026 0.005 0.182 13 K 0.023 0.007 0.027 0.117 0.287 0.112 0.010 0.417 14 D 0.018 0.005 0.008 0.029 0.038 0.123 0.015 0.765 15 G 0.182 0.019 0.033 0.096 0.049 0.088 0.124 0.409 16 H 0.416 0.002 0.052 0.035 0.067 0.277 0.017 0.134 17 V 0.007 0.001 0.031 0.077 0.073 0.047 0.002 0.763 18 M 0.010 0.003 0.059 0.287 0.514 0.056 0.002 0.071 19 H 0.013 0.003 0.078 0.248 0.333 0.050 0.003 0.272 20 F 0.007 0.004 0.105 0.256 0.464 0.038 0.002 0.124 21 D 0.010 0.005 0.066 0.352 0.451 0.050 0.002 0.064 22 V 0.013 0.009 0.114 0.253 0.478 0.049 0.003 0.082 23 F 0.017 0.017 0.125 0.246 0.489 0.048 0.004 0.053 24 T 0.025 0.018 0.166 0.282 0.301 0.050 0.008 0.151 25 D 0.021 0.036 0.074 0.198 0.243 0.063 0.008 0.357 26 V 0.030 0.015 0.063 0.044 0.168 0.082 0.008 0.590 27 R 0.022 0.009 0.009 0.010 0.026 0.604 0.006 0.314 28 D 0.081 0.033 0.006 0.006 0.011 0.392 0.013 0.459 29 D 0.080 0.113 0.007 0.004 0.007 0.069 0.008 0.711 30 K 0.034 0.074 0.006 0.002 0.004 0.379 0.007 0.492 31 K 0.088 0.141 0.003 0.003 0.005 0.405 0.009 0.348 32 A 0.041 0.831 0.004 0.003 0.007 0.028 0.002 0.084 33 I 0.004 0.913 0.003 0.003 0.006 0.012 0.001 0.058 34 E 0.004 0.938 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.043 35 F 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 36 A 0.010 0.965 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.015 37 K 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 38 Q 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 39 W 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 40 L 0.011 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 41 S 0.014 0.953 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 42 S 0.136 0.742 0.005 0.002 0.002 0.003 0.052 0.058 43 I 0.206 0.609 0.025 0.006 0.004 0.006 0.051 0.092 44 G 0.117 0.331 0.077 0.026 0.024 0.049 0.058 0.318 45 E 0.095 0.152 0.150 0.039 0.046 0.104 0.027 0.387 46 E 0.050 0.103 0.053 0.020 0.030 0.091 0.016 0.638 47 G 0.092 0.079 0.062 0.020 0.029 0.074 0.019 0.625 48 A 0.181 0.054 0.082 0.037 0.036 0.131 0.023 0.457 49 T 0.065 0.024 0.034 0.031 0.036 0.071 0.012 0.727 50 V 0.137 0.028 0.082 0.075 0.142 0.096 0.009 0.431 51 T 0.043 0.030 0.034 0.073 0.111 0.336 0.007 0.367 52 S 0.056 0.032 0.029 0.037 0.089 0.062 0.007 0.687 53 E 0.033 0.033 0.022 0.025 0.044 0.212 0.007 0.625 54 E 0.079 0.036 0.015 0.017 0.026 0.355 0.018 0.454 55 C 0.143 0.227 0.049 0.045 0.062 0.100 0.016 0.359 56 R 0.065 0.163 0.074 0.102 0.136 0.123 0.013 0.325 57 F 0.039 0.093 0.065 0.062 0.093 0.065 0.010 0.573 58 C 0.082 0.165 0.107 0.118 0.174 0.068 0.015 0.270 59 H 0.040 0.190 0.089 0.119 0.142 0.063 0.009 0.348 60 S 0.034 0.138 0.039 0.046 0.147 0.078 0.009 0.509 61 Q 0.132 0.119 0.027 0.032 0.071 0.153 0.026 0.441 62 K 0.222 0.130 0.014 0.018 0.017 0.123 0.051 0.426 63 A 0.330 0.153 0.023 0.019 0.025 0.092 0.020 0.338 64 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 65 D 0.002 0.011 0.001 0.002 0.006 0.022 0.001 0.955 66 E 0.055 0.087 0.004 0.003 0.004 0.103 0.005 0.740 67 V 0.090 0.510 0.003 0.003 0.006 0.052 0.004 0.331 68 I 0.008 0.905 0.004 0.002 0.005 0.007 0.001 0.068 69 E 0.001 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 70 A 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 71 I 0.009 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 72 K 0.010 0.971 0.002 0.002 0.002 0.001 0.005 0.007 73 Q 0.034 0.902 0.005 0.004 0.003 0.003 0.026 0.024 74 N 0.193 0.471 0.016 0.012 0.005 0.008 0.193 0.103 75 G 0.464 0.068 0.062 0.020 0.006 0.011 0.273 0.096 76 Y 0.082 0.008 0.658 0.031 0.031 0.066 0.013 0.111 77 F 0.006 0.003 0.341 0.202 0.153 0.041 0.003 0.250 78 I 0.009 0.003 0.319 0.133 0.359 0.030 0.001 0.147 79 Y 0.001 0.001 0.597 0.207 0.164 0.007 0.001 0.022 80 K 0.003 0.005 0.303 0.229 0.308 0.023 0.001 0.127 81 M 0.007 0.006 0.209 0.154 0.524 0.024 0.003 0.074 82 E 0.025 0.013 0.127 0.190 0.313 0.111 0.007 0.214 83 G 0.083 0.008 0.043 0.061 0.097 0.071 0.037 0.600 84 C 0.242 0.008 0.120 0.046 0.072 0.089 0.023 0.401 85 N 0.019 0.010 0.041 0.037 0.047 0.134 0.009 0.703