# TARGET T0353 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0353.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.37753 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.467 0.293 0.144 0.068 0.022 0.005 0.001 2 Q 0.261 0.312 0.226 0.125 0.055 0.018 0.002 3 I 0.024 0.040 0.085 0.231 0.350 0.249 0.021 4 H 0.057 0.146 0.213 0.252 0.196 0.116 0.020 5 V 0.021 0.031 0.060 0.131 0.241 0.391 0.125 6 Y 0.021 0.058 0.080 0.134 0.211 0.341 0.155 7 D 0.021 0.047 0.084 0.147 0.241 0.296 0.165 8 T 0.048 0.088 0.117 0.169 0.226 0.236 0.116 9 Y 0.060 0.130 0.172 0.245 0.235 0.136 0.023 10 V 0.054 0.081 0.134 0.262 0.303 0.148 0.017 11 K 0.175 0.320 0.261 0.166 0.063 0.013 0.001 12 A 0.383 0.310 0.189 0.090 0.024 0.004 0.001 13 K 0.600 0.265 0.096 0.032 0.006 0.001 0.001 14 D 0.709 0.204 0.058 0.022 0.006 0.001 0.001 15 G 0.304 0.234 0.214 0.163 0.071 0.013 0.001 16 H 0.280 0.329 0.211 0.117 0.047 0.014 0.002 17 V 0.052 0.128 0.206 0.271 0.220 0.107 0.016 18 M 0.007 0.020 0.053 0.133 0.281 0.404 0.102 19 H 0.005 0.019 0.051 0.140 0.265 0.363 0.158 20 F 0.003 0.009 0.022 0.055 0.147 0.439 0.325 21 D 0.004 0.021 0.058 0.144 0.273 0.351 0.149 22 V 0.002 0.007 0.018 0.062 0.219 0.517 0.176 23 F 0.003 0.011 0.032 0.117 0.314 0.442 0.081 24 T 0.010 0.045 0.116 0.261 0.351 0.200 0.016 25 D 0.082 0.307 0.337 0.197 0.063 0.013 0.001 26 V 0.263 0.356 0.227 0.113 0.034 0.006 0.001 27 R 0.522 0.296 0.114 0.047 0.017 0.004 0.001 28 D 0.438 0.318 0.149 0.072 0.021 0.003 0.001 29 D 0.136 0.296 0.314 0.189 0.056 0.008 0.001 30 K 0.427 0.365 0.147 0.047 0.012 0.002 0.001 31 K 0.077 0.363 0.366 0.155 0.035 0.005 0.001 32 A 0.004 0.007 0.021 0.127 0.438 0.381 0.022 33 I 0.003 0.045 0.188 0.444 0.263 0.056 0.001 34 E 0.029 0.303 0.419 0.198 0.044 0.007 0.001 35 F 0.002 0.009 0.053 0.189 0.447 0.287 0.013 36 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.110 0.729 0.152 37 K 0.002 0.044 0.237 0.467 0.205 0.043 0.002 38 Q 0.008 0.167 0.371 0.337 0.103 0.014 0.001 39 W 0.001 0.008 0.041 0.204 0.428 0.306 0.012 40 L 0.002 0.006 0.026 0.169 0.501 0.284 0.012 41 S 0.099 0.415 0.339 0.120 0.026 0.002 0.001 42 S 0.339 0.383 0.179 0.079 0.018 0.002 0.001 43 I 0.082 0.233 0.307 0.266 0.092 0.020 0.001 44 G 0.293 0.298 0.218 0.133 0.049 0.008 0.001 45 E 0.669 0.216 0.073 0.031 0.010 0.001 0.001 46 E 0.668 0.232 0.071 0.023 0.005 0.001 0.001 47 G 0.571 0.261 0.111 0.045 0.010 0.001 0.001 48 A 0.527 0.288 0.122 0.049 0.012 0.002 0.001 49 T 0.418 0.348 0.159 0.059 0.014 0.002 0.001 50 V 0.103 0.113 0.188 0.343 0.210 0.041 0.001 51 T 0.411 0.331 0.162 0.073 0.020 0.003 0.001 52 S 0.518 0.299 0.130 0.044 0.009 0.001 0.001 53 E 0.558 0.254 0.123 0.049 0.012 0.002 0.001 54 E 0.345 0.353 0.194 0.079 0.023 0.005 0.001 55 C 0.115 0.139 0.210 0.280 0.199 0.054 0.003 56 R 0.130 0.310 0.277 0.174 0.076 0.029 0.004 57 F 0.143 0.145 0.156 0.240 0.204 0.103 0.009 58 C 0.133 0.210 0.214 0.206 0.144 0.084 0.010 59 H 0.136 0.135 0.161 0.244 0.210 0.102 0.013 60 S 0.232 0.263 0.252 0.157 0.070 0.023 0.002 61 Q 0.574 0.277 0.100 0.037 0.011 0.002 0.001 62 K 0.375 0.334 0.182 0.081 0.022 0.005 0.001 63 A 0.148 0.136 0.211 0.278 0.194 0.032 0.001 64 P 0.343 0.340 0.211 0.083 0.019 0.003 0.001 65 D 0.699 0.253 0.039 0.007 0.001 0.001 0.001 66 E 0.297 0.364 0.234 0.085 0.017 0.002 0.001 67 V 0.033 0.051 0.117 0.370 0.350 0.078 0.002 68 I 0.051 0.208 0.357 0.281 0.090 0.013 0.001 69 E 0.361 0.520 0.098 0.017 0.003 0.001 0.001 70 A 0.049 0.174 0.331 0.336 0.097 0.012 0.001 71 I 0.011 0.028 0.102 0.360 0.412 0.086 0.001 72 K 0.253 0.423 0.239 0.072 0.012 0.001 0.001 73 Q 0.512 0.362 0.095 0.026 0.004 0.001 0.001 74 N 0.109 0.339 0.326 0.168 0.048 0.010 0.001 75 G 0.014 0.065 0.196 0.374 0.280 0.068 0.002 76 Y 0.005 0.022 0.077 0.223 0.410 0.243 0.020 77 F 0.001 0.004 0.011 0.046 0.201 0.572 0.165 78 I 0.003 0.005 0.006 0.020 0.093 0.486 0.386 79 Y 0.011 0.032 0.063 0.159 0.265 0.344 0.127 80 K 0.009 0.062 0.154 0.280 0.263 0.190 0.042 81 M 0.008 0.016 0.034 0.115 0.286 0.446 0.096 82 E 0.089 0.184 0.217 0.256 0.182 0.067 0.004 83 G 0.370 0.327 0.167 0.086 0.036 0.013 0.001 84 C 0.246 0.230 0.265 0.187 0.060 0.012 0.001 85 N 0.702 0.191 0.072 0.025 0.008 0.002 0.001