# TARGET T0352 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.744 0.001 0.005 0.042 0.001 0.001 0.002 0.162 0.017 0.013 0.008 2 T 0.001 0.026 0.835 0.001 0.004 0.072 0.001 0.001 0.004 0.030 0.015 0.001 0.014 3 T 0.001 0.008 0.213 0.001 0.015 0.640 0.001 0.001 0.002 0.059 0.058 0.003 0.002 4 H 0.001 0.001 0.070 0.001 0.014 0.863 0.001 0.001 0.001 0.015 0.036 0.001 0.001 5 D 0.001 0.001 0.026 0.001 0.011 0.937 0.001 0.001 0.001 0.010 0.014 0.001 0.001 6 R 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 7 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.904 0.001 0.001 0.001 0.005 0.083 0.001 0.001 21 H 0.001 0.001 0.027 0.001 0.014 0.497 0.001 0.001 0.001 0.029 0.432 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.002 0.089 0.001 0.046 0.157 0.001 0.001 0.001 0.047 0.657 0.001 0.001 23 H 0.001 0.012 0.491 0.001 0.089 0.146 0.001 0.001 0.001 0.139 0.109 0.003 0.009 24 W 0.001 0.023 0.265 0.001 0.191 0.174 0.001 0.001 0.002 0.172 0.126 0.016 0.029 25 R 0.003 0.013 0.274 0.003 0.169 0.155 0.001 0.001 0.002 0.165 0.142 0.032 0.041 26 N 0.001 0.017 0.380 0.003 0.091 0.123 0.001 0.001 0.002 0.186 0.097 0.013 0.085 27 D 0.001 0.012 0.522 0.002 0.015 0.065 0.001 0.001 0.003 0.278 0.043 0.026 0.034 28 E 0.001 0.008 0.796 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.126 0.022 0.005 0.015 29 P 0.001 0.019 0.920 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.031 0.006 0.002 0.008 30 Q 0.001 0.025 0.777 0.001 0.010 0.094 0.001 0.001 0.002 0.069 0.011 0.002 0.009 31 P 0.001 0.001 0.042 0.001 0.159 0.650 0.001 0.001 0.001 0.042 0.105 0.001 0.001 32 H 0.001 0.001 0.033 0.001 0.241 0.597 0.001 0.001 0.001 0.016 0.109 0.001 0.002 33 Q 0.001 0.003 0.030 0.001 0.249 0.655 0.001 0.001 0.001 0.018 0.032 0.002 0.010 34 F 0.001 0.012 0.042 0.001 0.118 0.692 0.001 0.001 0.002 0.022 0.099 0.003 0.009 35 N 0.002 0.012 0.083 0.001 0.093 0.453 0.001 0.001 0.002 0.053 0.280 0.008 0.013 36 S 0.001 0.007 0.138 0.003 0.049 0.220 0.001 0.001 0.001 0.142 0.426 0.002 0.011 37 T 0.001 0.014 0.235 0.008 0.038 0.052 0.001 0.001 0.002 0.339 0.291 0.010 0.010 38 Q 0.001 0.010 0.508 0.005 0.024 0.013 0.001 0.001 0.005 0.367 0.034 0.020 0.016 39 P 0.001 0.013 0.467 0.010 0.081 0.021 0.001 0.001 0.006 0.121 0.220 0.010 0.050 40 F 0.026 0.095 0.233 0.012 0.080 0.032 0.018 0.014 0.076 0.101 0.191 0.061 0.061 41 F 0.043 0.029 0.402 0.006 0.055 0.027 0.025 0.017 0.113 0.103 0.034 0.033 0.114 42 M 0.061 0.025 0.228 0.018 0.089 0.039 0.046 0.011 0.132 0.139 0.105 0.042 0.064 43 D 0.032 0.015 0.255 0.015 0.098 0.043 0.012 0.006 0.082 0.158 0.177 0.035 0.072 44 T 0.024 0.036 0.280 0.014 0.075 0.034 0.005 0.003 0.044 0.233 0.167 0.029 0.057 45 M 0.002 0.013 0.377 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.013 0.503 0.017 0.044 0.012 46 E 0.001 0.016 0.799 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.003 0.103 0.011 0.001 0.042 47 P 0.001 0.001 0.012 0.001 0.033 0.882 0.001 0.001 0.001 0.018 0.053 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.035 0.928 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.041 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 50 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 52 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 53 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.001 0.001 55 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 56 I 0.001 0.001 0.013 0.001 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 57 P 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 60 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 61 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.932 0.001 0.001 0.001 0.004 0.057 0.001 0.001 65 N 0.001 0.001 0.017 0.001 0.005 0.311 0.001 0.001 0.001 0.023 0.642 0.001 0.001 66 K 0.001 0.002 0.190 0.001 0.010 0.076 0.001 0.001 0.001 0.124 0.595 0.001 0.001 67 Q 0.001 0.002 0.770 0.001 0.013 0.022 0.001 0.001 0.001 0.166 0.021 0.004 0.002 68 P 0.001 0.036 0.629 0.001 0.051 0.043 0.001 0.001 0.002 0.144 0.083 0.001 0.011 69 L 0.001 0.023 0.508 0.001 0.049 0.053 0.001 0.001 0.002 0.291 0.063 0.008 0.002 70 P 0.001 0.006 0.621 0.002 0.091 0.056 0.001 0.001 0.003 0.114 0.095 0.001 0.010 71 G 0.001 0.017 0.287 0.008 0.211 0.094 0.001 0.001 0.010 0.120 0.239 0.007 0.006 72 A 0.002 0.015 0.270 0.002 0.277 0.126 0.001 0.001 0.026 0.143 0.116 0.006 0.015 73 F 0.002 0.014 0.270 0.004 0.232 0.117 0.002 0.002 0.038 0.201 0.100 0.007 0.011 74 A 0.004 0.046 0.270 0.002 0.110 0.134 0.007 0.005 0.067 0.131 0.185 0.014 0.026 75 V 0.002 0.049 0.304 0.001 0.048 0.346 0.003 0.006 0.051 0.092 0.076 0.004 0.020 76 A 0.001 0.002 0.349 0.001 0.008 0.515 0.001 0.001 0.007 0.097 0.014 0.003 0.003 77 P 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 78 Y 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 79 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.936 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.012 0.822 0.001 0.001 0.001 0.009 0.147 0.001 0.001 85 T 0.001 0.001 0.065 0.001 0.024 0.580 0.001 0.001 0.001 0.054 0.275 0.001 0.001 86 D 0.001 0.004 0.219 0.001 0.037 0.401 0.001 0.001 0.001 0.164 0.172 0.001 0.001 87 H 0.001 0.003 0.132 0.001 0.082 0.474 0.001 0.001 0.001 0.107 0.200 0.001 0.001 88 P 0.001 0.001 0.117 0.001 0.071 0.537 0.001 0.001 0.001 0.105 0.168 0.001 0.001 89 Q 0.001 0.004 0.149 0.001 0.048 0.640 0.001 0.001 0.001 0.067 0.089 0.001 0.001 90 R 0.001 0.001 0.050 0.001 0.016 0.889 0.001 0.001 0.001 0.024 0.019 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 92 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 93 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 101 D 0.001 0.001 0.030 0.001 0.016 0.911 0.001 0.001 0.002 0.021 0.019 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.015 0.951 0.001 0.001 0.002 0.004 0.017 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.961 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 104 F 0.001 0.002 0.013 0.001 0.006 0.879 0.001 0.001 0.002 0.010 0.085 0.001 0.001 105 A 0.001 0.002 0.126 0.001 0.006 0.588 0.001 0.001 0.002 0.076 0.199 0.001 0.001 106 D 0.001 0.004 0.484 0.001 0.009 0.142 0.001 0.001 0.002 0.185 0.172 0.001 0.002 107 D 0.001 0.007 0.532 0.001 0.044 0.111 0.001 0.001 0.002 0.204 0.097 0.001 0.001 108 A 0.001 0.008 0.221 0.001 0.105 0.346 0.001 0.001 0.002 0.187 0.121 0.004 0.004 109 S 0.001 0.027 0.210 0.001 0.105 0.442 0.001 0.001 0.003 0.098 0.105 0.002 0.007 110 L 0.001 0.010 0.081 0.001 0.085 0.664 0.001 0.001 0.002 0.084 0.068 0.001 0.004 111 E 0.001 0.005 0.091 0.001 0.059 0.724 0.001 0.001 0.003 0.042 0.067 0.003 0.005 112 H 0.002 0.009 0.112 0.001 0.095 0.625 0.001 0.001 0.007 0.050 0.085 0.003 0.009 113 H 0.002 0.016 0.180 0.001 0.062 0.518 0.001 0.001 0.011 0.082 0.111 0.005 0.011 114 H 0.004 0.028 0.203 0.003 0.051 0.361 0.001 0.001 0.010 0.162 0.145 0.014 0.018 115 H 0.003 0.035 0.278 0.001 0.034 0.197 0.002 0.001 0.008 0.192 0.213 0.013 0.024 116 H 0.001 0.019 0.670 0.001 0.014 0.069 0.001 0.001 0.007 0.068 0.131 0.005 0.015 117 H 0.001 0.002 0.960 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.017 0.007 0.001 0.002