# TARGET T0352 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.8986 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.206 0.092 0.072 0.111 0.083 0.089 0.116 0.085 0.073 0.046 0.027 2 T 0.350 0.261 0.098 0.123 0.069 0.038 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 3 T 0.068 0.264 0.139 0.181 0.107 0.092 0.075 0.039 0.020 0.010 0.004 4 H 0.062 0.060 0.062 0.105 0.164 0.194 0.205 0.084 0.042 0.016 0.006 5 D 0.404 0.162 0.234 0.137 0.040 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 6 R 0.011 0.052 0.133 0.376 0.226 0.118 0.063 0.015 0.004 0.001 0.001 7 V 0.002 0.003 0.082 0.012 0.011 0.029 0.147 0.193 0.228 0.183 0.110 8 R 0.001 0.004 0.175 0.191 0.206 0.227 0.156 0.030 0.008 0.002 0.001 9 L 0.003 0.022 0.736 0.176 0.046 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.002 0.066 0.027 0.040 0.126 0.387 0.178 0.100 0.051 0.021 11 L 0.001 0.001 0.104 0.005 0.005 0.014 0.198 0.205 0.220 0.164 0.085 12 Q 0.001 0.004 0.712 0.170 0.075 0.027 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.010 0.464 0.244 0.177 0.079 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.074 0.003 0.003 0.011 0.145 0.164 0.288 0.206 0.104 15 E 0.001 0.001 0.091 0.032 0.053 0.127 0.465 0.148 0.057 0.022 0.006 16 A 0.001 0.003 0.890 0.074 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.007 0.193 0.080 0.153 0.259 0.241 0.047 0.014 0.005 0.001 18 L 0.002 0.004 0.257 0.010 0.007 0.010 0.091 0.128 0.235 0.173 0.083 19 R 0.004 0.012 0.391 0.166 0.178 0.110 0.098 0.027 0.008 0.003 0.001 20 E 0.006 0.028 0.819 0.085 0.039 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 21 H 0.009 0.026 0.196 0.084 0.117 0.151 0.231 0.090 0.058 0.028 0.010 22 Q 0.212 0.111 0.278 0.090 0.064 0.059 0.093 0.041 0.030 0.016 0.007 23 H 0.046 0.085 0.277 0.168 0.154 0.092 0.093 0.041 0.024 0.014 0.007 24 W 0.027 0.045 0.119 0.073 0.085 0.099 0.185 0.131 0.117 0.079 0.040 25 R 0.061 0.097 0.174 0.178 0.165 0.111 0.119 0.047 0.028 0.013 0.007 26 N 0.168 0.153 0.217 0.172 0.116 0.065 0.060 0.024 0.015 0.007 0.003 27 D 0.277 0.159 0.106 0.145 0.102 0.073 0.068 0.033 0.020 0.012 0.005 28 E 0.415 0.217 0.074 0.116 0.068 0.041 0.037 0.015 0.010 0.005 0.002 29 P 0.095 0.066 0.033 0.057 0.077 0.111 0.166 0.136 0.126 0.086 0.047 30 Q 0.318 0.374 0.094 0.122 0.052 0.020 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 31 P 0.477 0.140 0.051 0.116 0.088 0.058 0.039 0.016 0.009 0.004 0.002 32 H 0.523 0.143 0.068 0.110 0.062 0.038 0.028 0.013 0.008 0.004 0.002 33 Q 0.089 0.131 0.115 0.252 0.158 0.109 0.086 0.033 0.017 0.007 0.003 34 F 0.041 0.034 0.031 0.056 0.066 0.093 0.157 0.166 0.160 0.121 0.074 35 N 0.186 0.239 0.141 0.192 0.117 0.062 0.037 0.013 0.007 0.003 0.002 36 S 0.082 0.056 0.041 0.066 0.062 0.064 0.131 0.123 0.141 0.124 0.111 37 T 0.248 0.199 0.074 0.194 0.132 0.070 0.047 0.018 0.010 0.005 0.003 38 Q 0.126 0.113 0.052 0.148 0.137 0.122 0.129 0.072 0.052 0.032 0.018 39 P 0.041 0.045 0.030 0.104 0.112 0.131 0.165 0.123 0.107 0.083 0.061 40 F 0.024 0.018 0.015 0.038 0.052 0.080 0.195 0.192 0.195 0.127 0.066 41 F 0.026 0.033 0.032 0.087 0.085 0.100 0.173 0.149 0.136 0.099 0.080 42 M 0.016 0.014 0.017 0.038 0.036 0.049 0.098 0.134 0.196 0.202 0.199 43 D 0.017 0.032 0.023 0.117 0.148 0.152 0.195 0.141 0.098 0.050 0.026 44 T 0.030 0.053 0.034 0.078 0.064 0.078 0.158 0.148 0.157 0.123 0.077 45 M 0.030 0.014 0.012 0.038 0.049 0.070 0.150 0.155 0.200 0.162 0.119 46 E 0.074 0.165 0.072 0.197 0.169 0.141 0.122 0.034 0.017 0.007 0.003 47 P 0.028 0.031 0.033 0.095 0.079 0.081 0.172 0.142 0.151 0.125 0.062 48 L 0.075 0.063 0.064 0.154 0.159 0.161 0.161 0.071 0.053 0.026 0.013 49 E 0.013 0.024 0.058 0.154 0.148 0.155 0.246 0.112 0.056 0.024 0.009 50 W 0.006 0.007 0.036 0.043 0.053 0.085 0.195 0.190 0.176 0.140 0.068 51 L 0.002 0.002 0.020 0.013 0.011 0.016 0.090 0.148 0.235 0.287 0.175 52 Q 0.001 0.004 0.047 0.050 0.066 0.079 0.188 0.207 0.183 0.122 0.055 53 W 0.002 0.007 0.072 0.028 0.027 0.057 0.164 0.179 0.205 0.177 0.083 54 V 0.002 0.004 0.034 0.023 0.023 0.027 0.131 0.224 0.262 0.187 0.082 55 L 0.002 0.010 0.034 0.023 0.018 0.028 0.136 0.162 0.228 0.225 0.135 56 I 0.003 0.010 0.039 0.045 0.067 0.085 0.198 0.162 0.206 0.119 0.065 57 P 0.196 0.141 0.173 0.184 0.102 0.073 0.072 0.032 0.018 0.007 0.003 58 R 0.016 0.045 0.034 0.118 0.174 0.181 0.244 0.109 0.052 0.022 0.006 59 M 0.004 0.008 0.016 0.023 0.022 0.033 0.095 0.143 0.239 0.222 0.197 60 H 0.029 0.031 0.070 0.199 0.243 0.205 0.138 0.046 0.026 0.010 0.004 61 D 0.027 0.062 0.238 0.265 0.167 0.113 0.077 0.030 0.013 0.006 0.002 62 L 0.003 0.005 0.018 0.019 0.026 0.050 0.154 0.179 0.235 0.194 0.117 63 L 0.002 0.002 0.007 0.012 0.020 0.043 0.162 0.183 0.224 0.194 0.152 64 D 0.035 0.114 0.488 0.187 0.100 0.039 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 65 N 0.075 0.086 0.138 0.160 0.156 0.160 0.144 0.045 0.022 0.010 0.004 66 K 0.650 0.148 0.053 0.069 0.034 0.018 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 67 Q 0.053 0.099 0.037 0.102 0.117 0.143 0.183 0.104 0.078 0.052 0.032 68 P 0.374 0.247 0.073 0.112 0.071 0.042 0.034 0.018 0.014 0.009 0.006 69 L 0.047 0.022 0.007 0.029 0.046 0.082 0.176 0.157 0.168 0.137 0.129 70 P 0.136 0.133 0.050 0.125 0.123 0.097 0.118 0.077 0.063 0.043 0.035 71 G 0.410 0.140 0.058 0.148 0.098 0.060 0.039 0.018 0.013 0.008 0.006 72 A 0.180 0.120 0.057 0.144 0.121 0.113 0.110 0.064 0.045 0.029 0.018 73 F 0.044 0.033 0.027 0.069 0.083 0.121 0.173 0.147 0.143 0.100 0.060 74 A 0.065 0.065 0.055 0.106 0.103 0.120 0.179 0.111 0.088 0.062 0.046 75 V 0.005 0.010 0.010 0.016 0.018 0.025 0.072 0.119 0.199 0.251 0.276 76 A 0.009 0.023 0.018 0.040 0.055 0.078 0.152 0.154 0.196 0.154 0.122 77 P 0.046 0.054 0.049 0.116 0.109 0.118 0.145 0.101 0.112 0.087 0.063 78 Y 0.016 0.022 0.042 0.074 0.095 0.118 0.200 0.151 0.130 0.091 0.060 79 Y 0.002 0.003 0.010 0.017 0.013 0.017 0.061 0.104 0.224 0.278 0.270 80 E 0.001 0.002 0.015 0.023 0.033 0.077 0.185 0.149 0.192 0.177 0.146 81 M 0.005 0.010 0.199 0.133 0.105 0.129 0.178 0.101 0.077 0.042 0.021 82 A 0.001 0.003 0.019 0.025 0.049 0.108 0.275 0.205 0.152 0.104 0.059 83 L 0.001 0.001 0.008 0.008 0.008 0.012 0.053 0.093 0.204 0.309 0.304 84 A 0.005 0.013 0.056 0.118 0.197 0.200 0.236 0.095 0.053 0.020 0.007 85 T 0.073 0.090 0.268 0.188 0.128 0.107 0.083 0.033 0.019 0.009 0.004 86 D 0.084 0.157 0.070 0.152 0.128 0.134 0.147 0.065 0.037 0.020 0.007 87 H 0.212 0.180 0.046 0.096 0.079 0.087 0.112 0.073 0.060 0.037 0.019 88 P 0.616 0.150 0.059 0.065 0.042 0.025 0.020 0.010 0.007 0.004 0.002 89 Q 0.077 0.118 0.065 0.140 0.120 0.137 0.163 0.079 0.059 0.030 0.013 90 R 0.027 0.038 0.059 0.103 0.106 0.142 0.202 0.129 0.108 0.057 0.029 91 A 0.113 0.066 0.207 0.221 0.132 0.107 0.082 0.035 0.022 0.010 0.005 92 L 0.013 0.029 0.250 0.175 0.150 0.132 0.124 0.060 0.040 0.019 0.009 93 I 0.001 0.003 0.033 0.019 0.020 0.042 0.148 0.175 0.222 0.196 0.141 94 L 0.002 0.004 0.072 0.075 0.112 0.195 0.288 0.120 0.078 0.039 0.016 95 A 0.015 0.027 0.687 0.123 0.066 0.039 0.028 0.008 0.004 0.002 0.001 96 E 0.001 0.007 0.076 0.063 0.080 0.158 0.307 0.141 0.093 0.052 0.022 97 L 0.001 0.001 0.028 0.006 0.007 0.015 0.095 0.131 0.240 0.266 0.208 98 E 0.017 0.022 0.469 0.212 0.135 0.080 0.046 0.011 0.004 0.001 0.001 99 K 0.008 0.029 0.520 0.199 0.132 0.072 0.031 0.006 0.002 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.011 0.006 0.010 0.034 0.197 0.186 0.244 0.194 0.117 101 D 0.006 0.007 0.062 0.079 0.103 0.173 0.317 0.130 0.076 0.035 0.013 102 A 0.010 0.036 0.770 0.106 0.049 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 103 L 0.002 0.007 0.065 0.040 0.067 0.130 0.282 0.158 0.124 0.086 0.040 104 F 0.002 0.003 0.018 0.013 0.019 0.035 0.159 0.166 0.227 0.205 0.152 105 A 0.024 0.078 0.349 0.171 0.156 0.101 0.076 0.025 0.012 0.005 0.003 106 D 0.130 0.190 0.362 0.182 0.080 0.035 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 107 D 0.331 0.186 0.106 0.114 0.084 0.060 0.065 0.026 0.016 0.008 0.003 108 A 0.440 0.144 0.100 0.102 0.065 0.054 0.052 0.020 0.013 0.007 0.004 109 S 0.292 0.280 0.176 0.131 0.057 0.029 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 110 L 0.081 0.045 0.056 0.076 0.083 0.135 0.202 0.129 0.104 0.062 0.028 111 E 0.278 0.169 0.163 0.149 0.090 0.059 0.050 0.021 0.012 0.006 0.003 112 H 0.111 0.130 0.200 0.200 0.124 0.088 0.073 0.035 0.023 0.012 0.005 113 H 0.101 0.097 0.081 0.138 0.129 0.125 0.130 0.084 0.059 0.039 0.017 114 H 0.154 0.125 0.100 0.135 0.116 0.098 0.112 0.068 0.050 0.028 0.012 115 H 0.172 0.114 0.117 0.143 0.116 0.094 0.105 0.062 0.043 0.024 0.010 116 H 0.166 0.137 0.083 0.144 0.120 0.092 0.102 0.064 0.048 0.029 0.014 117 H 0.268 0.150 0.062 0.117 0.093 0.074 0.082 0.060 0.049 0.030 0.015