# TARGET T0352 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.8986 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.102 0.044 0.020 0.016 0.005 0.009 0.031 0.004 0.001 0.003 0.767 2 T 0.045 0.029 0.010 0.017 0.008 0.013 0.249 0.003 0.001 0.005 0.622 3 T 0.111 0.027 0.009 0.009 0.004 0.006 0.156 0.002 0.001 0.005 0.672 4 H 0.060 0.131 0.003 0.019 0.004 0.009 0.222 0.003 0.001 0.005 0.544 5 D 0.026 0.155 0.001 0.004 0.002 0.002 0.265 0.001 0.001 0.005 0.539 6 R 0.032 0.412 0.001 0.001 0.001 0.001 0.204 0.001 0.001 0.003 0.344 7 V 0.015 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.001 0.001 0.064 8 R 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.017 9 L 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 10 Q 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 11 L 0.015 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 12 Q 0.006 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 13 A 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 14 L 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 15 E 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 16 A 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 17 L 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 18 L 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 19 R 0.013 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 20 E 0.027 0.928 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.022 21 H 0.071 0.838 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.037 22 Q 0.131 0.622 0.034 0.004 0.004 0.003 0.008 0.054 0.001 0.001 0.138 23 H 0.076 0.387 0.150 0.010 0.008 0.012 0.023 0.022 0.001 0.001 0.311 24 W 0.101 0.293 0.012 0.061 0.030 0.038 0.035 0.025 0.001 0.001 0.404 25 R 0.143 0.160 0.015 0.039 0.021 0.032 0.060 0.011 0.001 0.005 0.514 26 N 0.112 0.112 0.014 0.035 0.025 0.033 0.062 0.009 0.001 0.003 0.595 27 D 0.195 0.051 0.014 0.060 0.017 0.034 0.078 0.014 0.001 0.008 0.529 28 E 0.206 0.014 0.018 0.040 0.011 0.024 0.120 0.005 0.001 0.007 0.554 29 P 0.013 0.001 0.009 0.013 0.002 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.938 30 Q 0.048 0.003 0.002 0.037 0.012 0.027 0.266 0.001 0.001 0.003 0.603 31 P 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.986 32 H 0.016 0.019 0.001 0.016 0.015 0.023 0.286 0.001 0.001 0.003 0.622 33 Q 0.254 0.053 0.001 0.008 0.007 0.018 0.334 0.001 0.001 0.012 0.311 34 F 0.172 0.625 0.001 0.027 0.012 0.012 0.019 0.003 0.001 0.001 0.129 35 N 0.170 0.615 0.003 0.007 0.004 0.009 0.023 0.005 0.001 0.004 0.161 36 S 0.334 0.350 0.013 0.005 0.004 0.007 0.028 0.014 0.001 0.002 0.243 37 T 0.237 0.323 0.023 0.021 0.007 0.010 0.026 0.044 0.001 0.002 0.306 38 Q 0.169 0.214 0.052 0.035 0.016 0.024 0.100 0.014 0.001 0.004 0.372 39 P 0.002 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.980 40 F 0.038 0.043 0.001 0.030 0.028 0.076 0.220 0.003 0.001 0.005 0.556 41 F 0.417 0.145 0.002 0.014 0.009 0.017 0.054 0.003 0.001 0.004 0.335 42 M 0.052 0.750 0.001 0.040 0.024 0.027 0.012 0.003 0.001 0.001 0.091 43 D 0.137 0.442 0.004 0.012 0.008 0.014 0.049 0.007 0.001 0.002 0.326 44 T 0.353 0.323 0.012 0.016 0.006 0.014 0.049 0.019 0.001 0.004 0.205 45 M 0.297 0.318 0.033 0.024 0.007 0.009 0.076 0.018 0.001 0.007 0.210 46 E 0.099 0.188 0.048 0.010 0.004 0.007 0.208 0.002 0.001 0.003 0.430 47 P 0.003 0.033 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.952 48 L 0.047 0.131 0.001 0.010 0.006 0.015 0.128 0.002 0.001 0.004 0.655 49 E 0.133 0.393 0.002 0.002 0.001 0.009 0.118 0.001 0.001 0.004 0.337 50 W 0.023 0.832 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.138 51 L 0.031 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 52 Q 0.056 0.860 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.071 53 W 0.051 0.846 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.080 54 V 0.127 0.799 0.001 0.009 0.005 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 0.032 55 L 0.082 0.629 0.051 0.008 0.009 0.017 0.011 0.014 0.001 0.001 0.177 56 I 0.062 0.436 0.046 0.086 0.050 0.122 0.047 0.014 0.001 0.001 0.135 57 P 0.003 0.010 0.002 0.010 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.969 58 R 0.024 0.054 0.006 0.102 0.044 0.108 0.175 0.002 0.001 0.007 0.478 59 M 0.246 0.137 0.012 0.050 0.024 0.076 0.083 0.005 0.001 0.014 0.354 60 H 0.068 0.423 0.002 0.111 0.045 0.072 0.040 0.005 0.001 0.002 0.231 61 D 0.087 0.244 0.003 0.036 0.054 0.080 0.045 0.003 0.001 0.003 0.446 62 L 0.070 0.416 0.005 0.072 0.098 0.126 0.024 0.003 0.001 0.001 0.184 63 L 0.019 0.433 0.002 0.096 0.132 0.218 0.026 0.003 0.001 0.001 0.070 64 D 0.057 0.381 0.003 0.034 0.076 0.164 0.045 0.012 0.001 0.002 0.226 65 N 0.228 0.325 0.006 0.030 0.034 0.058 0.047 0.019 0.001 0.003 0.250 66 K 0.416 0.071 0.035 0.033 0.017 0.030 0.076 0.046 0.001 0.018 0.258 67 Q 0.117 0.013 0.232 0.031 0.020 0.026 0.125 0.005 0.001 0.005 0.427 68 P 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.979 69 L 0.029 0.002 0.001 0.057 0.014 0.055 0.151 0.001 0.001 0.002 0.688 70 P 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.985 71 G 0.054 0.013 0.001 0.033 0.021 0.041 0.241 0.001 0.001 0.006 0.591 72 A 0.266 0.024 0.001 0.018 0.004 0.010 0.148 0.001 0.001 0.005 0.523 73 F 0.177 0.198 0.001 0.050 0.013 0.011 0.078 0.002 0.001 0.002 0.468 74 A 0.148 0.280 0.006 0.036 0.014 0.036 0.147 0.002 0.001 0.007 0.326 75 V 0.127 0.340 0.011 0.020 0.016 0.044 0.068 0.005 0.001 0.003 0.366 76 A 0.121 0.449 0.013 0.056 0.012 0.072 0.044 0.005 0.001 0.002 0.225 77 P 0.002 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.973 78 Y 0.044 0.181 0.001 0.009 0.004 0.007 0.121 0.002 0.001 0.002 0.628 79 Y 0.035 0.634 0.002 0.005 0.002 0.005 0.048 0.002 0.001 0.001 0.266 80 E 0.007 0.939 0.001 0.003 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.038 81 M 0.026 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.041 82 A 0.022 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 83 L 0.028 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 84 A 0.052 0.869 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.047 85 T 0.169 0.613 0.018 0.001 0.001 0.001 0.004 0.057 0.001 0.001 0.136 86 D 0.310 0.297 0.016 0.005 0.001 0.001 0.008 0.097 0.001 0.001 0.264 87 H 0.240 0.140 0.091 0.006 0.001 0.002 0.094 0.012 0.001 0.004 0.411 88 P 0.004 0.010 0.015 0.002 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.956 89 Q 0.040 0.039 0.001 0.010 0.002 0.005 0.246 0.002 0.001 0.004 0.650 90 R 0.336 0.231 0.003 0.005 0.001 0.003 0.096 0.001 0.001 0.007 0.318 91 A 0.018 0.823 0.001 0.005 0.002 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.138 92 L 0.041 0.832 0.001 0.002 0.001 0.002 0.018 0.002 0.001 0.001 0.100 93 I 0.032 0.916 0.001 0.002 0.001 0.004 0.007 0.003 0.001 0.001 0.034 94 L 0.010 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.012 95 A 0.012 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.059 96 E 0.027 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.027 97 L 0.041 0.902 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.026 98 E 0.034 0.897 0.014 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.037 99 K 0.069 0.759 0.007 0.001 0.002 0.002 0.007 0.033 0.001 0.001 0.118 100 L 0.072 0.842 0.013 0.003 0.001 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 0.053 101 D 0.018 0.763 0.008 0.007 0.007 0.008 0.016 0.023 0.001 0.001 0.151 102 A 0.056 0.674 0.006 0.008 0.011 0.011 0.027 0.029 0.001 0.001 0.178 103 L 0.133 0.705 0.006 0.008 0.008 0.014 0.019 0.026 0.001 0.002 0.079 104 F 0.169 0.619 0.021 0.014 0.013 0.024 0.030 0.032 0.001 0.004 0.074 105 A 0.118 0.487 0.053 0.027 0.023 0.037 0.031 0.029 0.001 0.003 0.194 106 D 0.166 0.188 0.012 0.017 0.015 0.015 0.053 0.050 0.001 0.003 0.481 107 D 0.200 0.085 0.032 0.015 0.007 0.008 0.079 0.017 0.001 0.008 0.548 108 A 0.048 0.032 0.018 0.011 0.007 0.009 0.330 0.006 0.001 0.015 0.523 109 S 0.088 0.029 0.007 0.010 0.008 0.010 0.601 0.004 0.001 0.019 0.226 110 L 0.147 0.162 0.006 0.023 0.011 0.016 0.128 0.004 0.001 0.013 0.490 111 E 0.076 0.249 0.004 0.022 0.031 0.045 0.233 0.004 0.001 0.014 0.322 112 H 0.180 0.215 0.005 0.013 0.024 0.043 0.135 0.011 0.001 0.011 0.363 113 H 0.255 0.334 0.006 0.019 0.026 0.030 0.026 0.018 0.001 0.003 0.283 114 H 0.152 0.223 0.013 0.013 0.026 0.032 0.074 0.014 0.001 0.007 0.446 115 H 0.106 0.090 0.017 0.016 0.029 0.053 0.089 0.012 0.001 0.007 0.581 116 H 0.156 0.066 0.013 0.025 0.023 0.038 0.098 0.011 0.001 0.006 0.564 117 H 0.122 0.047 0.011 0.018 0.013 0.020 0.089 0.004 0.001 0.006 0.669