# TARGET T0352 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 T 0.010 0.034 0.002 0.058 0.003 0.016 0.876 3 T 0.001 0.002 0.028 0.729 0.080 0.049 0.111 4 H 0.001 0.001 0.015 0.892 0.020 0.028 0.045 5 D 0.001 0.001 0.016 0.939 0.009 0.024 0.012 6 R 0.001 0.001 0.012 0.957 0.004 0.019 0.007 7 V 0.001 0.001 0.008 0.964 0.004 0.015 0.007 8 R 0.001 0.001 0.004 0.980 0.004 0.008 0.003 9 L 0.001 0.001 0.002 0.977 0.004 0.013 0.003 10 Q 0.001 0.001 0.002 0.970 0.002 0.022 0.004 11 L 0.001 0.001 0.001 0.976 0.004 0.014 0.006 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.977 0.003 0.016 0.003 13 A 0.001 0.001 0.001 0.978 0.003 0.014 0.004 14 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.006 0.005 15 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.004 0.002 16 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 17 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 18 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.008 0.003 19 R 0.001 0.001 0.005 0.952 0.003 0.035 0.004 20 E 0.001 0.001 0.011 0.803 0.006 0.173 0.006 21 H 0.001 0.001 0.018 0.400 0.023 0.532 0.026 22 Q 0.001 0.001 0.027 0.110 0.046 0.741 0.074 23 H 0.004 0.014 0.105 0.076 0.129 0.123 0.548 24 W 0.016 0.032 0.223 0.071 0.160 0.068 0.430 25 R 0.036 0.012 0.291 0.113 0.100 0.180 0.268 26 N 0.029 0.024 0.172 0.101 0.211 0.200 0.263 27 D 0.021 0.014 0.012 0.020 0.533 0.043 0.357 28 E 0.011 0.012 0.002 0.003 0.168 0.021 0.784 29 P 0.007 0.036 0.004 0.013 0.158 0.015 0.767 30 Q 0.006 0.010 0.016 0.030 0.049 0.018 0.871 31 P 0.001 0.001 0.579 0.291 0.019 0.089 0.020 32 H 0.001 0.001 0.669 0.234 0.015 0.064 0.016 33 Q 0.002 0.007 0.739 0.149 0.016 0.046 0.040 34 F 0.013 0.045 0.271 0.258 0.086 0.160 0.166 35 N 0.021 0.013 0.126 0.121 0.095 0.440 0.185 36 S 0.024 0.017 0.050 0.082 0.137 0.443 0.247 37 T 0.021 0.014 0.015 0.029 0.324 0.139 0.458 38 Q 0.036 0.006 0.004 0.010 0.631 0.017 0.295 39 P 0.129 0.014 0.007 0.011 0.162 0.034 0.643 40 F 0.501 0.049 0.019 0.017 0.055 0.034 0.325 41 F 0.632 0.017 0.026 0.019 0.046 0.028 0.232 42 M 0.571 0.022 0.044 0.016 0.075 0.037 0.236 43 D 0.500 0.011 0.030 0.014 0.099 0.043 0.303 44 T 0.377 0.015 0.022 0.007 0.113 0.076 0.391 45 M 0.231 0.026 0.006 0.006 0.255 0.038 0.439 46 E 0.165 0.011 0.001 0.003 0.135 0.008 0.677 47 P 0.029 0.005 0.188 0.554 0.077 0.085 0.062 48 L 0.017 0.005 0.165 0.701 0.032 0.047 0.034 49 E 0.027 0.003 0.197 0.701 0.014 0.031 0.026 50 W 0.041 0.001 0.048 0.873 0.009 0.015 0.012 51 L 0.056 0.001 0.021 0.884 0.005 0.011 0.022 52 Q 0.043 0.001 0.036 0.882 0.012 0.017 0.009 53 W 0.067 0.002 0.023 0.857 0.007 0.034 0.010 54 V 0.098 0.006 0.043 0.736 0.015 0.076 0.027 55 L 0.138 0.010 0.022 0.641 0.044 0.055 0.090 56 I 0.047 0.004 0.017 0.640 0.063 0.032 0.197 57 P 0.003 0.001 0.049 0.895 0.010 0.032 0.011 58 R 0.002 0.002 0.018 0.919 0.014 0.036 0.010 59 M 0.001 0.001 0.009 0.973 0.002 0.010 0.005 60 H 0.001 0.001 0.004 0.985 0.003 0.005 0.002 61 D 0.002 0.001 0.003 0.985 0.002 0.005 0.003 62 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.002 0.005 0.002 63 L 0.002 0.001 0.005 0.970 0.004 0.015 0.004 64 D 0.002 0.002 0.010 0.848 0.006 0.126 0.007 65 N 0.001 0.001 0.005 0.240 0.038 0.699 0.015 66 K 0.001 0.002 0.002 0.007 0.036 0.906 0.046 67 Q 0.001 0.012 0.001 0.001 0.222 0.014 0.749 68 P 0.005 0.056 0.001 0.001 0.129 0.015 0.792 69 L 0.011 0.056 0.011 0.006 0.359 0.034 0.524 70 P 0.011 0.017 0.041 0.006 0.167 0.083 0.673 71 G 0.016 0.004 0.113 0.021 0.304 0.416 0.127 72 A 0.077 0.029 0.203 0.062 0.198 0.258 0.173 73 F 0.176 0.042 0.047 0.067 0.079 0.047 0.541 74 A 0.285 0.041 0.019 0.090 0.089 0.048 0.428 75 V 0.269 0.054 0.006 0.219 0.092 0.022 0.338 76 A 0.055 0.005 0.003 0.537 0.044 0.010 0.347 77 P 0.002 0.001 0.004 0.967 0.007 0.009 0.010 78 Y 0.001 0.001 0.005 0.974 0.004 0.010 0.006 79 Y 0.001 0.001 0.004 0.981 0.003 0.007 0.004 80 E 0.001 0.001 0.002 0.986 0.004 0.004 0.003 81 M 0.001 0.001 0.003 0.974 0.004 0.012 0.005 82 A 0.001 0.001 0.005 0.956 0.003 0.030 0.005 83 L 0.001 0.004 0.009 0.897 0.010 0.067 0.013 84 A 0.001 0.001 0.018 0.716 0.023 0.220 0.020 85 T 0.001 0.001 0.021 0.451 0.045 0.432 0.050 86 D 0.001 0.003 0.028 0.287 0.172 0.135 0.373 87 H 0.001 0.003 0.077 0.344 0.134 0.183 0.257 88 P 0.001 0.002 0.123 0.373 0.090 0.271 0.140 89 Q 0.001 0.003 0.094 0.514 0.084 0.147 0.156 90 R 0.002 0.003 0.026 0.753 0.049 0.052 0.115 91 A 0.002 0.001 0.010 0.907 0.016 0.033 0.032 92 L 0.001 0.001 0.008 0.938 0.008 0.023 0.021 93 I 0.001 0.001 0.002 0.973 0.006 0.009 0.009 94 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.005 0.004 0.004 95 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.006 0.002 96 E 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.013 0.002 97 L 0.001 0.001 0.003 0.967 0.002 0.026 0.003 98 E 0.001 0.001 0.003 0.902 0.006 0.085 0.004 99 K 0.001 0.001 0.003 0.907 0.011 0.061 0.018 100 L 0.001 0.003 0.005 0.857 0.038 0.017 0.080 101 D 0.002 0.001 0.010 0.928 0.014 0.023 0.022 102 A 0.003 0.001 0.021 0.914 0.011 0.036 0.014 103 L 0.002 0.001 0.021 0.905 0.011 0.047 0.012 104 F 0.005 0.003 0.017 0.850 0.023 0.078 0.025 105 A 0.005 0.002 0.022 0.578 0.054 0.291 0.047 106 D 0.005 0.004 0.016 0.216 0.167 0.413 0.179 107 D 0.003 0.005 0.044 0.146 0.201 0.204 0.397 108 A 0.004 0.008 0.117 0.258 0.182 0.266 0.164 109 S 0.010 0.012 0.137 0.264 0.126 0.230 0.220 110 L 0.007 0.006 0.194 0.521 0.076 0.095 0.102 111 E 0.019 0.006 0.138 0.629 0.045 0.076 0.088 112 H 0.030 0.011 0.167 0.568 0.042 0.096 0.086 113 H 0.049 0.020 0.103 0.504 0.063 0.124 0.136 114 H 0.063 0.022 0.060 0.368 0.100 0.189 0.198 115 H 0.061 0.019 0.035 0.232 0.146 0.264 0.243 116 H 0.029 0.026 0.014 0.091 0.054 0.161 0.624 117 H 0.001 0.002 0.002 0.008 0.012 0.004 0.971