# TARGET T0352 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.8986 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.219 0.124 0.257 0.126 0.078 0.049 0.075 0.024 0.035 0.013 0.001 2 T 0.325 0.169 0.305 0.084 0.056 0.028 0.010 0.005 0.009 0.009 0.001 3 T 0.553 0.133 0.096 0.148 0.019 0.021 0.005 0.003 0.012 0.010 0.001 4 H 0.853 0.025 0.072 0.020 0.009 0.008 0.003 0.001 0.004 0.004 0.001 5 D 0.975 0.001 0.003 0.009 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 6 R 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.967 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 H 0.463 0.005 0.009 0.515 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 22 Q 0.133 0.005 0.014 0.044 0.004 0.017 0.711 0.057 0.013 0.001 0.001 23 H 0.517 0.108 0.092 0.219 0.022 0.023 0.009 0.002 0.007 0.002 0.001 24 W 0.473 0.104 0.167 0.155 0.043 0.029 0.009 0.005 0.011 0.003 0.001 25 R 0.459 0.154 0.134 0.159 0.027 0.032 0.011 0.002 0.020 0.002 0.001 26 N 0.287 0.161 0.118 0.285 0.036 0.034 0.039 0.010 0.029 0.001 0.001 27 D 0.110 0.269 0.361 0.080 0.038 0.049 0.032 0.004 0.052 0.004 0.001 28 E 0.050 0.138 0.679 0.004 0.012 0.031 0.010 0.001 0.071 0.002 0.003 29 P 0.120 0.006 0.783 0.010 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 30 Q 0.061 0.073 0.761 0.004 0.013 0.034 0.003 0.001 0.045 0.003 0.003 31 P 0.775 0.005 0.171 0.019 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 32 H 0.811 0.018 0.042 0.082 0.014 0.004 0.013 0.008 0.005 0.003 0.001 33 Q 0.597 0.027 0.064 0.273 0.010 0.014 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 34 F 0.309 0.133 0.248 0.177 0.044 0.056 0.010 0.004 0.018 0.002 0.001 35 N 0.159 0.116 0.100 0.455 0.041 0.053 0.032 0.005 0.037 0.002 0.001 36 S 0.146 0.222 0.367 0.080 0.150 0.018 0.004 0.003 0.005 0.006 0.001 37 T 0.244 0.037 0.043 0.641 0.008 0.008 0.005 0.004 0.007 0.001 0.001 38 Q 0.005 0.451 0.264 0.001 0.040 0.012 0.011 0.001 0.215 0.001 0.001 39 P 0.056 0.015 0.789 0.003 0.001 0.055 0.001 0.001 0.002 0.001 0.079 40 F 0.101 0.396 0.236 0.054 0.075 0.053 0.025 0.012 0.043 0.003 0.001 41 F 0.096 0.429 0.268 0.026 0.060 0.077 0.010 0.003 0.025 0.004 0.001 42 M 0.199 0.355 0.171 0.118 0.069 0.048 0.006 0.001 0.030 0.002 0.001 43 D 0.177 0.097 0.178 0.117 0.050 0.217 0.081 0.004 0.070 0.007 0.001 44 T 0.319 0.119 0.094 0.399 0.020 0.030 0.006 0.002 0.009 0.001 0.001 45 M 0.365 0.084 0.253 0.057 0.067 0.014 0.066 0.035 0.020 0.039 0.001 46 E 0.312 0.038 0.533 0.010 0.011 0.040 0.009 0.002 0.031 0.006 0.007 47 P 0.959 0.001 0.026 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 48 L 0.960 0.001 0.003 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.970 0.005 0.008 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 W 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.956 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 I 0.893 0.006 0.014 0.030 0.001 0.007 0.003 0.001 0.046 0.001 0.001 57 P 0.972 0.001 0.009 0.011 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 58 R 0.956 0.001 0.003 0.033 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 M 0.980 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 H 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 D 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.974 0.002 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.901 0.005 0.009 0.074 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 65 N 0.275 0.010 0.024 0.676 0.004 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 66 K 0.036 0.004 0.012 0.130 0.003 0.020 0.710 0.074 0.009 0.002 0.001 67 Q 0.007 0.430 0.347 0.002 0.015 0.027 0.007 0.001 0.164 0.001 0.001 68 P 0.078 0.005 0.765 0.010 0.001 0.076 0.001 0.001 0.002 0.001 0.062 69 L 0.037 0.203 0.574 0.003 0.011 0.052 0.007 0.001 0.110 0.001 0.001 70 P 0.108 0.009 0.813 0.010 0.001 0.038 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 71 G 0.263 0.018 0.134 0.056 0.065 0.004 0.035 0.266 0.002 0.157 0.001 72 A 0.506 0.107 0.128 0.141 0.058 0.018 0.016 0.014 0.007 0.006 0.001 73 F 0.273 0.225 0.204 0.181 0.060 0.021 0.010 0.004 0.016 0.004 0.001 74 A 0.371 0.199 0.201 0.048 0.062 0.067 0.012 0.005 0.025 0.008 0.001 75 V 0.484 0.219 0.147 0.070 0.011 0.043 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 76 A 0.721 0.050 0.130 0.004 0.017 0.013 0.009 0.003 0.036 0.016 0.001 77 P 0.945 0.001 0.030 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 78 Y 0.975 0.005 0.004 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.986 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.943 0.003 0.006 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.874 0.009 0.019 0.084 0.002 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 85 T 0.653 0.026 0.046 0.246 0.012 0.005 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 86 D 0.297 0.034 0.073 0.443 0.010 0.061 0.050 0.007 0.024 0.002 0.001 87 H 0.079 0.157 0.305 0.013 0.029 0.050 0.022 0.001 0.342 0.003 0.001 88 P 0.873 0.001 0.079 0.025 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 89 Q 0.833 0.010 0.021 0.111 0.003 0.007 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 90 R 0.888 0.018 0.037 0.042 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 91 A 0.961 0.004 0.014 0.010 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 92 L 0.968 0.004 0.006 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.973 0.003 0.004 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.955 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.965 0.002 0.005 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.986 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.979 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.980 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 D 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.989 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.950 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 F 0.752 0.017 0.033 0.163 0.003 0.014 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 105 A 0.591 0.043 0.106 0.199 0.015 0.017 0.014 0.002 0.006 0.006 0.001 106 D 0.338 0.040 0.173 0.297 0.032 0.047 0.038 0.008 0.022 0.005 0.001 107 D 0.582 0.027 0.083 0.202 0.010 0.036 0.030 0.012 0.017 0.002 0.001 108 A 0.743 0.028 0.076 0.105 0.012 0.009 0.013 0.007 0.004 0.003 0.001 109 S 0.642 0.040 0.094 0.132 0.025 0.024 0.016 0.007 0.015 0.004 0.001 110 L 0.781 0.033 0.042 0.108 0.007 0.012 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 111 E 0.801 0.049 0.052 0.073 0.007 0.007 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 112 H 0.579 0.080 0.077 0.190 0.024 0.014 0.016 0.004 0.013 0.001 0.001 113 H 0.367 0.113 0.144 0.235 0.021 0.034 0.053 0.006 0.025 0.002 0.001 114 H 0.364 0.159 0.123 0.171 0.030 0.042 0.067 0.007 0.031 0.004 0.001 115 H 0.329 0.162 0.138 0.217 0.032 0.042 0.040 0.007 0.028 0.006 0.001 116 H 0.218 0.153 0.187 0.251 0.030 0.056 0.053 0.010 0.037 0.005 0.001 117 H 0.201 0.186 0.244 0.140 0.069 0.039 0.059 0.020 0.025 0.018 0.001