# TARGET T0352 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.150 0.102 0.052 0.151 0.032 0.024 0.080 0.069 0.148 0.083 2 T 0.051 0.349 0.164 0.017 0.157 0.009 0.012 0.118 0.042 0.043 0.038 3 T 0.057 0.139 0.060 0.009 0.074 0.005 0.008 0.363 0.148 0.097 0.038 4 H 0.006 0.018 0.008 0.004 0.014 0.003 0.006 0.733 0.189 0.016 0.003 5 D 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 0.003 0.010 0.874 0.092 0.007 0.001 6 R 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.892 0.070 0.015 0.001 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.901 0.078 0.016 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.916 0.075 0.002 0.001 9 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.943 0.041 0.002 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.887 0.077 0.022 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.898 0.085 0.009 0.001 12 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.936 0.048 0.003 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.039 0.011 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.044 0.007 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.937 0.051 0.004 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.955 0.037 0.002 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.946 0.044 0.003 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.923 0.057 0.009 0.001 19 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.860 0.103 0.011 0.004 20 E 0.002 0.007 0.003 0.002 0.004 0.003 0.031 0.742 0.135 0.070 0.002 21 H 0.003 0.786 0.104 0.003 0.047 0.002 0.008 0.029 0.010 0.006 0.001 22 Q 0.077 0.019 0.009 0.008 0.025 0.004 0.016 0.068 0.041 0.474 0.259 23 H 0.038 0.082 0.040 0.026 0.075 0.060 0.117 0.280 0.108 0.137 0.037 24 W 0.117 0.109 0.025 0.018 0.212 0.013 0.019 0.170 0.111 0.107 0.100 25 R 0.058 0.123 0.053 0.020 0.115 0.021 0.048 0.232 0.179 0.115 0.037 26 N 0.073 0.108 0.056 0.017 0.143 0.014 0.055 0.228 0.137 0.146 0.023 27 D 0.018 0.289 0.454 0.032 0.079 0.009 0.021 0.045 0.022 0.024 0.007 28 E 0.066 0.424 0.245 0.010 0.147 0.006 0.018 0.040 0.012 0.013 0.020 29 P 0.044 0.544 0.180 0.008 0.148 0.007 0.012 0.028 0.008 0.011 0.011 30 Q 0.033 0.468 0.176 0.012 0.110 0.005 0.007 0.112 0.045 0.019 0.012 31 P 0.007 0.004 0.003 0.003 0.007 0.004 0.005 0.610 0.334 0.019 0.005 32 H 0.003 0.009 0.006 0.003 0.005 0.005 0.023 0.709 0.211 0.023 0.003 33 Q 0.012 0.012 0.005 0.003 0.022 0.005 0.025 0.588 0.205 0.114 0.007 34 F 0.027 0.069 0.029 0.025 0.070 0.023 0.048 0.446 0.184 0.067 0.013 35 N 0.033 0.033 0.009 0.021 0.051 0.031 0.078 0.241 0.183 0.260 0.061 36 S 0.086 0.077 0.035 0.016 0.169 0.010 0.053 0.193 0.095 0.213 0.051 37 T 0.105 0.111 0.043 0.020 0.157 0.017 0.072 0.166 0.141 0.121 0.047 38 Q 0.067 0.281 0.212 0.043 0.216 0.015 0.028 0.063 0.032 0.021 0.022 39 P 0.133 0.142 0.039 0.010 0.247 0.018 0.069 0.156 0.086 0.053 0.046 40 F 0.069 0.244 0.100 0.033 0.227 0.022 0.035 0.076 0.060 0.096 0.036 41 F 0.181 0.170 0.044 0.007 0.387 0.008 0.015 0.054 0.033 0.041 0.062 42 M 0.118 0.147 0.021 0.010 0.273 0.019 0.025 0.118 0.128 0.084 0.057 43 D 0.092 0.035 0.020 0.021 0.131 0.060 0.118 0.216 0.177 0.088 0.040 44 T 0.091 0.155 0.048 0.008 0.129 0.009 0.033 0.083 0.106 0.288 0.051 45 M 0.108 0.300 0.073 0.010 0.247 0.007 0.012 0.019 0.028 0.140 0.055 46 E 0.004 0.686 0.274 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 P 0.010 0.003 0.002 0.001 0.018 0.001 0.003 0.634 0.314 0.010 0.004 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.845 0.134 0.003 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.902 0.064 0.015 0.001 50 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.891 0.091 0.010 0.001 51 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.884 0.098 0.005 0.001 52 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.920 0.061 0.003 0.001 53 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.894 0.078 0.003 0.001 54 V 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 0.875 0.091 0.002 0.001 55 L 0.004 0.003 0.002 0.001 0.006 0.002 0.011 0.749 0.169 0.049 0.003 56 I 0.002 0.014 0.007 0.002 0.009 0.003 0.026 0.818 0.110 0.007 0.001 57 P 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.014 0.895 0.077 0.002 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.915 0.065 0.006 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.894 0.094 0.008 0.001 60 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.924 0.068 0.003 0.001 61 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.947 0.043 0.002 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.919 0.058 0.007 0.001 63 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.793 0.164 0.015 0.002 64 D 0.002 0.004 0.001 0.002 0.003 0.006 0.083 0.731 0.141 0.028 0.001 65 N 0.004 0.450 0.082 0.011 0.053 0.017 0.132 0.161 0.045 0.042 0.003 66 K 0.062 0.015 0.005 0.002 0.017 0.002 0.005 0.008 0.020 0.619 0.244 67 Q 0.030 0.387 0.430 0.020 0.089 0.002 0.004 0.008 0.008 0.011 0.010 68 P 0.039 0.489 0.203 0.020 0.135 0.009 0.017 0.040 0.023 0.013 0.013 69 L 0.043 0.386 0.242 0.033 0.105 0.015 0.024 0.044 0.042 0.041 0.026 70 P 0.076 0.295 0.131 0.021 0.150 0.015 0.018 0.083 0.100 0.064 0.045 71 G 0.011 0.023 0.022 0.027 0.021 0.069 0.127 0.358 0.294 0.042 0.007 72 A 0.082 0.041 0.016 0.008 0.073 0.012 0.036 0.164 0.167 0.329 0.072 73 F 0.096 0.142 0.025 0.016 0.208 0.021 0.015 0.115 0.116 0.176 0.071 74 A 0.074 0.103 0.035 0.005 0.164 0.004 0.017 0.326 0.172 0.056 0.044 75 V 0.039 0.058 0.039 0.016 0.034 0.004 0.004 0.329 0.246 0.193 0.039 76 A 0.008 0.063 0.024 0.007 0.033 0.005 0.022 0.735 0.096 0.005 0.003 77 P 0.002 0.005 0.004 0.003 0.003 0.003 0.006 0.889 0.078 0.005 0.002 78 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.925 0.060 0.005 0.001 79 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.057 0.004 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.934 0.057 0.002 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.943 0.037 0.004 0.001 82 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.856 0.100 0.021 0.002 83 L 0.003 0.006 0.001 0.001 0.005 0.002 0.013 0.772 0.149 0.044 0.005 84 A 0.002 0.027 0.006 0.004 0.007 0.014 0.091 0.709 0.122 0.016 0.002 85 T 0.013 0.029 0.014 0.010 0.019 0.016 0.104 0.400 0.094 0.269 0.032 86 D 0.070 0.157 0.109 0.014 0.102 0.013 0.030 0.212 0.075 0.150 0.071 87 H 0.020 0.111 0.031 0.012 0.041 0.018 0.030 0.501 0.166 0.050 0.021 88 P 0.005 0.033 0.012 0.007 0.015 0.014 0.043 0.666 0.149 0.047 0.008 89 Q 0.012 0.026 0.012 0.003 0.016 0.005 0.018 0.597 0.142 0.157 0.013 90 R 0.010 0.015 0.006 0.001 0.012 0.001 0.003 0.760 0.140 0.044 0.007 91 A 0.001 0.010 0.002 0.001 0.004 0.002 0.008 0.885 0.082 0.004 0.001 92 L 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.918 0.049 0.005 0.001 93 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.911 0.073 0.010 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.058 0.002 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.953 0.041 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.934 0.052 0.008 0.001 97 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.864 0.119 0.010 0.001 98 E 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.904 0.073 0.005 0.001 99 K 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.792 0.083 0.094 0.005 100 L 0.003 0.004 0.003 0.001 0.006 0.002 0.006 0.807 0.141 0.022 0.004 101 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.837 0.139 0.006 0.002 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.831 0.141 0.009 0.001 103 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.067 0.846 0.066 0.010 0.001 104 F 0.014 0.019 0.005 0.004 0.021 0.006 0.058 0.524 0.151 0.185 0.013 105 A 0.013 0.162 0.060 0.028 0.049 0.048 0.145 0.335 0.099 0.053 0.007 106 D 0.066 0.111 0.058 0.018 0.078 0.013 0.023 0.124 0.090 0.316 0.104 107 D 0.062 0.068 0.028 0.007 0.109 0.013 0.032 0.281 0.183 0.155 0.064 108 A 0.022 0.037 0.015 0.007 0.042 0.011 0.024 0.504 0.232 0.077 0.028 109 S 0.033 0.058 0.018 0.005 0.073 0.004 0.009 0.517 0.193 0.075 0.014 110 L 0.016 0.010 0.002 0.001 0.026 0.002 0.008 0.628 0.260 0.041 0.006 111 E 0.009 0.012 0.004 0.004 0.017 0.006 0.058 0.674 0.185 0.025 0.005 112 H 0.036 0.023 0.009 0.009 0.045 0.012 0.099 0.553 0.120 0.078 0.017 113 H 0.051 0.059 0.028 0.024 0.091 0.033 0.104 0.352 0.126 0.100 0.033 114 H 0.091 0.069 0.032 0.029 0.117 0.030 0.057 0.267 0.129 0.123 0.055 115 H 0.058 0.090 0.056 0.034 0.119 0.035 0.076 0.245 0.110 0.138 0.038 116 H 0.075 0.106 0.054 0.039 0.123 0.036 0.071 0.195 0.097 0.150 0.053 117 H 0.105 0.124 0.070 0.032 0.164 0.018 0.028 0.146 0.097 0.147 0.069