# TARGET T0352 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 57 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.723 0.199 0.058 0.017 0.003 0.001 0.001 2 T 0.768 0.168 0.046 0.014 0.004 0.001 0.001 3 T 0.519 0.281 0.112 0.062 0.021 0.004 0.001 4 H 0.301 0.274 0.248 0.130 0.040 0.006 0.001 5 D 0.694 0.248 0.049 0.008 0.001 0.001 0.001 6 R 0.382 0.405 0.154 0.049 0.009 0.001 0.001 7 V 0.161 0.100 0.145 0.277 0.256 0.059 0.002 8 R 0.162 0.339 0.285 0.165 0.044 0.004 0.001 9 L 0.318 0.519 0.133 0.027 0.003 0.001 0.001 10 Q 0.077 0.123 0.280 0.387 0.118 0.014 0.001 11 L 0.128 0.110 0.087 0.182 0.295 0.188 0.010 12 Q 0.294 0.402 0.232 0.063 0.008 0.001 0.001 13 A 0.244 0.385 0.255 0.099 0.015 0.001 0.001 14 L 0.113 0.085 0.094 0.222 0.318 0.161 0.007 15 E 0.080 0.177 0.246 0.304 0.165 0.027 0.001 16 A 0.337 0.458 0.155 0.040 0.009 0.001 0.001 17 L 0.109 0.171 0.306 0.312 0.092 0.010 0.001 18 L 0.293 0.186 0.132 0.198 0.156 0.036 0.001 19 R 0.522 0.344 0.107 0.024 0.003 0.001 0.001 20 E 0.783 0.180 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 21 H 0.405 0.272 0.191 0.097 0.030 0.005 0.001 22 Q 0.723 0.198 0.059 0.016 0.003 0.001 0.001 23 H 0.573 0.223 0.126 0.059 0.016 0.002 0.001 24 W 0.497 0.195 0.133 0.110 0.054 0.010 0.001 25 R 0.537 0.240 0.126 0.071 0.022 0.004 0.001 26 N 0.653 0.231 0.079 0.028 0.008 0.001 0.001 27 D 0.500 0.263 0.131 0.082 0.022 0.003 0.001 28 E 0.423 0.260 0.168 0.106 0.036 0.007 0.001 29 P 0.491 0.225 0.146 0.091 0.038 0.008 0.001 30 Q 0.750 0.171 0.049 0.023 0.006 0.001 0.001 31 P 0.667 0.203 0.084 0.035 0.009 0.002 0.001 32 H 0.785 0.157 0.039 0.014 0.004 0.001 0.001 33 Q 0.441 0.279 0.152 0.087 0.032 0.008 0.001 34 F 0.180 0.156 0.182 0.234 0.179 0.063 0.005 35 N 0.304 0.340 0.205 0.102 0.037 0.010 0.001 36 S 0.325 0.269 0.164 0.128 0.078 0.032 0.004 37 T 0.260 0.314 0.223 0.139 0.050 0.012 0.001 38 Q 0.229 0.216 0.183 0.211 0.121 0.036 0.004 39 P 0.214 0.224 0.198 0.181 0.120 0.052 0.011 40 F 0.311 0.152 0.123 0.148 0.136 0.100 0.030 41 F 0.297 0.138 0.099 0.132 0.138 0.144 0.052 42 M 0.209 0.130 0.134 0.168 0.158 0.140 0.061 43 D 0.290 0.193 0.134 0.147 0.108 0.089 0.039 44 T 0.181 0.149 0.151 0.176 0.149 0.145 0.050 45 M 0.234 0.157 0.136 0.147 0.164 0.126 0.037 46 E 0.305 0.237 0.173 0.155 0.088 0.034 0.007 47 P 0.261 0.146 0.138 0.161 0.152 0.122 0.020 48 L 0.536 0.198 0.123 0.081 0.041 0.018 0.004 49 E 0.409 0.206 0.133 0.123 0.077 0.043 0.009 50 W 0.197 0.079 0.098 0.143 0.225 0.227 0.032 51 L 0.168 0.070 0.077 0.140 0.192 0.249 0.104 52 Q 0.286 0.102 0.075 0.097 0.150 0.210 0.080 53 W 0.134 0.069 0.087 0.119 0.198 0.283 0.109 54 V 0.091 0.036 0.037 0.095 0.156 0.386 0.199 55 L 0.168 0.079 0.074 0.146 0.203 0.258 0.073 56 I 0.227 0.118 0.113 0.129 0.193 0.187 0.034 57 P 0.483 0.201 0.127 0.109 0.055 0.023 0.002 58 R 0.304 0.161 0.162 0.180 0.122 0.064 0.007 59 M 0.185 0.093 0.089 0.171 0.268 0.182 0.012 60 H 0.308 0.273 0.188 0.152 0.065 0.013 0.001 61 D 0.337 0.321 0.183 0.099 0.044 0.016 0.001 62 L 0.189 0.149 0.189 0.247 0.170 0.055 0.002 63 L 0.169 0.135 0.170 0.264 0.200 0.060 0.002 64 D 0.384 0.317 0.178 0.084 0.029 0.006 0.001 65 N 0.495 0.261 0.137 0.067 0.031 0.009 0.001 66 K 0.430 0.263 0.151 0.099 0.041 0.014 0.002 67 Q 0.336 0.274 0.185 0.135 0.056 0.013 0.001 68 P 0.402 0.252 0.151 0.113 0.060 0.021 0.003 69 L 0.260 0.164 0.148 0.177 0.157 0.082 0.011 70 P 0.398 0.203 0.159 0.140 0.072 0.024 0.003 71 G 0.495 0.254 0.130 0.075 0.031 0.011 0.002 72 A 0.291 0.227 0.165 0.159 0.105 0.044 0.009 73 F 0.099 0.111 0.126 0.200 0.233 0.175 0.058 74 A 0.082 0.110 0.120 0.172 0.205 0.211 0.100 75 V 0.040 0.039 0.053 0.102 0.172 0.354 0.240 76 A 0.028 0.063 0.084 0.144 0.207 0.302 0.172 77 P 0.091 0.131 0.158 0.197 0.182 0.171 0.071 78 Y 0.031 0.069 0.106 0.190 0.231 0.239 0.135 79 Y 0.024 0.029 0.034 0.089 0.201 0.415 0.208 80 E 0.032 0.070 0.134 0.258 0.277 0.198 0.031 81 M 0.076 0.238 0.269 0.224 0.127 0.059 0.007 82 A 0.016 0.047 0.125 0.288 0.332 0.176 0.015 83 L 0.009 0.026 0.060 0.208 0.430 0.251 0.016 84 A 0.155 0.382 0.263 0.142 0.044 0.011 0.002 85 T 0.357 0.388 0.161 0.068 0.021 0.004 0.001 86 D 0.227 0.313 0.264 0.141 0.044 0.010 0.001 87 H 0.466 0.273 0.146 0.081 0.029 0.006 0.001 88 P 0.561 0.271 0.105 0.044 0.015 0.003 0.001 89 Q 0.263 0.239 0.200 0.173 0.093 0.029 0.003 90 R 0.161 0.238 0.252 0.207 0.107 0.032 0.003 91 A 0.448 0.329 0.140 0.058 0.020 0.005 0.001 92 L 0.165 0.249 0.259 0.224 0.083 0.018 0.002 93 I 0.077 0.064 0.085 0.194 0.316 0.246 0.019 94 L 0.088 0.187 0.261 0.263 0.153 0.044 0.004 95 A 0.210 0.383 0.240 0.115 0.040 0.011 0.001 96 E 0.033 0.067 0.153 0.338 0.292 0.112 0.005 97 L 0.017 0.038 0.080 0.197 0.343 0.294 0.031 98 E 0.180 0.369 0.270 0.123 0.045 0.011 0.001 99 K 0.110 0.289 0.325 0.201 0.062 0.012 0.001 100 L 0.038 0.039 0.055 0.169 0.377 0.303 0.020 101 D 0.107 0.239 0.311 0.242 0.087 0.013 0.001 102 A 0.470 0.379 0.111 0.031 0.007 0.001 0.001 103 L 0.135 0.148 0.240 0.312 0.140 0.025 0.001 104 F 0.196 0.145 0.143 0.264 0.207 0.043 0.001 105 A 0.511 0.343 0.109 0.030 0.006 0.001 0.001 106 D 0.813 0.161 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 107 D 0.721 0.213 0.051 0.013 0.002 0.001 0.001 108 A 0.823 0.143 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 109 S 0.760 0.171 0.050 0.016 0.003 0.001 0.001 110 L 0.680 0.175 0.079 0.048 0.016 0.002 0.001 111 E 0.619 0.237 0.092 0.039 0.011 0.001 0.001 112 H 0.594 0.240 0.111 0.043 0.011 0.001 0.001 113 H 0.548 0.276 0.112 0.046 0.014 0.004 0.001 114 H 0.403 0.265 0.172 0.106 0.042 0.011 0.001 115 H 0.484 0.280 0.143 0.066 0.021 0.005 0.001 116 H 0.631 0.236 0.084 0.038 0.010 0.001 0.001 117 H 0.606 0.231 0.093 0.055 0.013 0.001 0.001