# TARGET T0352 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4613 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.170 0.227 0.317 0.065 0.088 0.038 0.030 0.014 0.037 0.013 0.001 2 T 0.254 0.162 0.364 0.082 0.059 0.039 0.010 0.005 0.012 0.012 0.001 3 T 0.436 0.155 0.128 0.196 0.029 0.023 0.008 0.004 0.016 0.005 0.001 4 H 0.700 0.037 0.136 0.052 0.017 0.014 0.013 0.005 0.009 0.017 0.001 5 D 0.896 0.004 0.016 0.033 0.001 0.015 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 6 R 0.959 0.003 0.005 0.025 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 7 V 0.982 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.979 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.986 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.945 0.004 0.003 0.045 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 H 0.532 0.012 0.019 0.417 0.003 0.004 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 22 Q 0.286 0.009 0.031 0.055 0.007 0.027 0.512 0.057 0.013 0.003 0.001 23 H 0.597 0.081 0.060 0.213 0.016 0.018 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 24 W 0.523 0.098 0.161 0.144 0.025 0.023 0.007 0.006 0.009 0.002 0.001 25 R 0.396 0.142 0.188 0.161 0.021 0.047 0.017 0.003 0.021 0.003 0.001 26 N 0.299 0.138 0.106 0.317 0.030 0.033 0.035 0.009 0.031 0.001 0.001 27 D 0.108 0.266 0.323 0.085 0.048 0.060 0.035 0.003 0.068 0.002 0.001 28 E 0.029 0.126 0.671 0.003 0.011 0.041 0.014 0.001 0.099 0.001 0.003 29 P 0.058 0.004 0.876 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 30 Q 0.015 0.069 0.823 0.001 0.021 0.033 0.001 0.001 0.032 0.003 0.001 31 P 0.913 0.001 0.053 0.021 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 32 H 0.842 0.007 0.023 0.098 0.004 0.004 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 33 Q 0.548 0.007 0.023 0.404 0.003 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 34 F 0.327 0.070 0.351 0.129 0.016 0.041 0.028 0.016 0.016 0.006 0.001 35 N 0.279 0.076 0.106 0.393 0.020 0.040 0.045 0.009 0.030 0.002 0.001 36 S 0.137 0.190 0.402 0.097 0.128 0.021 0.008 0.004 0.008 0.004 0.001 37 T 0.255 0.074 0.089 0.514 0.021 0.012 0.012 0.008 0.013 0.002 0.001 38 Q 0.012 0.371 0.344 0.001 0.040 0.019 0.021 0.001 0.192 0.001 0.001 39 P 0.091 0.008 0.783 0.006 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 40 F 0.159 0.371 0.184 0.064 0.110 0.037 0.017 0.018 0.034 0.006 0.001 41 F 0.182 0.369 0.193 0.044 0.074 0.074 0.016 0.005 0.036 0.006 0.001 42 M 0.235 0.360 0.130 0.120 0.070 0.044 0.007 0.002 0.027 0.003 0.001 43 D 0.228 0.090 0.149 0.119 0.068 0.178 0.091 0.008 0.056 0.010 0.002 44 T 0.320 0.069 0.070 0.471 0.019 0.028 0.005 0.002 0.012 0.001 0.002 45 M 0.338 0.122 0.349 0.042 0.063 0.014 0.029 0.016 0.010 0.016 0.001 46 E 0.559 0.020 0.298 0.010 0.010 0.050 0.012 0.003 0.024 0.008 0.005 47 P 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.984 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 W 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 W 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 V 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.940 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 I 0.937 0.005 0.010 0.018 0.001 0.009 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 57 P 0.980 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 58 R 0.959 0.001 0.002 0.029 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 M 0.977 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 H 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 D 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.971 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.889 0.006 0.009 0.086 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 65 N 0.249 0.015 0.024 0.684 0.003 0.003 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 66 K 0.025 0.003 0.008 0.078 0.002 0.023 0.827 0.025 0.009 0.001 0.001 67 Q 0.015 0.519 0.259 0.001 0.024 0.018 0.008 0.001 0.155 0.001 0.001 68 P 0.044 0.003 0.833 0.004 0.001 0.072 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 69 L 0.035 0.072 0.800 0.001 0.006 0.025 0.005 0.001 0.054 0.001 0.001 70 P 0.150 0.003 0.782 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 71 G 0.429 0.016 0.102 0.067 0.049 0.004 0.017 0.125 0.002 0.189 0.001 72 A 0.493 0.092 0.108 0.183 0.050 0.025 0.017 0.011 0.013 0.006 0.001 73 F 0.292 0.226 0.161 0.214 0.056 0.018 0.010 0.004 0.012 0.004 0.001 74 A 0.374 0.133 0.205 0.053 0.071 0.079 0.023 0.013 0.037 0.011 0.001 75 V 0.499 0.195 0.144 0.098 0.012 0.033 0.002 0.001 0.014 0.001 0.002 76 A 0.776 0.032 0.127 0.003 0.008 0.014 0.006 0.002 0.026 0.005 0.001 77 P 0.975 0.001 0.012 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 78 Y 0.982 0.001 0.002 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.975 0.004 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.992 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.988 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.957 0.003 0.004 0.031 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.846 0.012 0.017 0.111 0.002 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 85 T 0.575 0.016 0.051 0.321 0.008 0.007 0.011 0.006 0.002 0.002 0.001 86 D 0.242 0.028 0.079 0.422 0.008 0.077 0.100 0.009 0.033 0.002 0.001 87 H 0.116 0.176 0.310 0.009 0.027 0.044 0.024 0.001 0.290 0.003 0.001 88 P 0.835 0.001 0.111 0.030 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 89 Q 0.727 0.014 0.030 0.159 0.006 0.016 0.018 0.021 0.007 0.003 0.001 90 R 0.861 0.020 0.049 0.050 0.003 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 91 A 0.931 0.009 0.022 0.015 0.003 0.004 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 92 L 0.963 0.005 0.011 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.985 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.981 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 D 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.970 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 F 0.756 0.005 0.012 0.212 0.001 0.005 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 105 A 0.546 0.034 0.125 0.217 0.008 0.024 0.027 0.005 0.009 0.006 0.001 106 D 0.345 0.051 0.203 0.207 0.032 0.043 0.072 0.014 0.017 0.014 0.001 107 D 0.496 0.027 0.061 0.230 0.012 0.053 0.086 0.012 0.020 0.002 0.001 108 A 0.632 0.066 0.089 0.130 0.024 0.021 0.018 0.005 0.011 0.003 0.001 109 S 0.601 0.073 0.121 0.124 0.017 0.030 0.011 0.004 0.016 0.003 0.001 110 L 0.637 0.077 0.089 0.138 0.013 0.019 0.010 0.003 0.012 0.002 0.001 111 E 0.618 0.085 0.108 0.103 0.024 0.019 0.021 0.005 0.012 0.005 0.001 112 H 0.510 0.092 0.113 0.180 0.030 0.024 0.024 0.005 0.017 0.004 0.001 113 H 0.389 0.079 0.125 0.253 0.023 0.041 0.053 0.009 0.024 0.004 0.001 114 H 0.392 0.134 0.137 0.199 0.036 0.032 0.033 0.008 0.023 0.005 0.001 115 H 0.328 0.125 0.154 0.234 0.031 0.040 0.050 0.007 0.025 0.005 0.001 116 H 0.237 0.137 0.181 0.229 0.043 0.047 0.065 0.018 0.034 0.008 0.001 117 H 0.210 0.220 0.236 0.130 0.063 0.043 0.043 0.010 0.036 0.009 0.001