# TARGET T0352 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4613 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.084 0.370 0.114 0.009 0.234 0.008 0.021 0.070 0.035 0.026 0.029 2 T 0.049 0.366 0.175 0.014 0.152 0.012 0.027 0.105 0.038 0.037 0.024 3 T 0.054 0.119 0.064 0.013 0.083 0.011 0.020 0.317 0.151 0.126 0.041 4 H 0.016 0.082 0.047 0.014 0.044 0.010 0.012 0.625 0.111 0.030 0.010 5 D 0.003 0.005 0.002 0.002 0.005 0.004 0.010 0.843 0.098 0.024 0.004 6 R 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.943 0.037 0.008 0.001 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.036 0.006 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.010 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.018 0.006 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.037 0.005 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.032 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.015 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.024 0.003 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.933 0.061 0.005 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.880 0.107 0.003 0.001 20 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.114 0.782 0.076 0.018 0.001 21 H 0.011 0.573 0.145 0.010 0.113 0.004 0.013 0.070 0.027 0.030 0.005 22 Q 0.071 0.024 0.010 0.009 0.027 0.018 0.042 0.180 0.162 0.308 0.148 23 H 0.033 0.073 0.030 0.020 0.061 0.021 0.088 0.284 0.159 0.195 0.037 24 W 0.100 0.135 0.050 0.018 0.197 0.021 0.035 0.136 0.131 0.110 0.068 25 R 0.066 0.211 0.075 0.020 0.209 0.027 0.064 0.147 0.095 0.058 0.028 26 N 0.115 0.140 0.062 0.014 0.200 0.010 0.038 0.110 0.095 0.158 0.058 27 D 0.050 0.291 0.254 0.029 0.175 0.011 0.032 0.041 0.031 0.056 0.030 28 E 0.046 0.377 0.293 0.025 0.134 0.009 0.032 0.027 0.017 0.021 0.020 29 P 0.022 0.481 0.304 0.012 0.125 0.004 0.013 0.018 0.010 0.005 0.005 30 Q 0.007 0.663 0.243 0.003 0.052 0.001 0.001 0.011 0.010 0.005 0.002 31 P 0.004 0.007 0.002 0.001 0.006 0.002 0.011 0.301 0.656 0.009 0.003 32 H 0.003 0.005 0.004 0.001 0.005 0.003 0.014 0.369 0.515 0.076 0.006 33 Q 0.006 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.011 0.234 0.310 0.414 0.004 34 F 0.179 0.067 0.018 0.004 0.137 0.005 0.017 0.256 0.130 0.105 0.082 35 N 0.029 0.033 0.034 0.035 0.047 0.068 0.058 0.083 0.121 0.424 0.068 36 S 0.203 0.102 0.022 0.003 0.389 0.002 0.009 0.045 0.047 0.104 0.075 37 T 0.074 0.032 0.015 0.006 0.057 0.005 0.016 0.097 0.187 0.433 0.078 38 Q 0.018 0.375 0.260 0.050 0.122 0.012 0.031 0.080 0.032 0.015 0.005 39 P 0.261 0.115 0.019 0.007 0.306 0.014 0.062 0.091 0.044 0.021 0.060 40 F 0.118 0.130 0.051 0.055 0.257 0.059 0.065 0.087 0.058 0.071 0.051 41 F 0.283 0.096 0.011 0.006 0.409 0.007 0.014 0.060 0.020 0.034 0.060 42 M 0.149 0.168 0.054 0.022 0.313 0.027 0.026 0.083 0.042 0.062 0.053 43 D 0.149 0.091 0.029 0.011 0.226 0.017 0.085 0.160 0.070 0.081 0.080 44 T 0.068 0.121 0.060 0.016 0.095 0.008 0.021 0.088 0.129 0.326 0.069 45 M 0.041 0.369 0.187 0.031 0.136 0.009 0.017 0.107 0.061 0.028 0.015 46 E 0.005 0.400 0.346 0.021 0.030 0.009 0.013 0.122 0.042 0.010 0.002 47 P 0.005 0.007 0.004 0.002 0.008 0.004 0.021 0.711 0.225 0.008 0.005 48 L 0.002 0.004 0.002 0.002 0.004 0.004 0.020 0.711 0.231 0.018 0.003 49 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.754 0.200 0.021 0.001 50 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.900 0.080 0.003 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.860 0.118 0.006 0.001 52 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.898 0.090 0.003 0.001 53 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.903 0.083 0.001 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.865 0.122 0.001 0.001 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.767 0.218 0.006 0.001 56 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.890 0.103 0.001 0.001 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.929 0.031 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.908 0.056 0.017 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.858 0.138 0.002 0.001 60 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.886 0.106 0.002 0.001 61 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.936 0.046 0.004 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.898 0.074 0.005 0.001 63 L 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.018 0.794 0.156 0.015 0.002 64 D 0.005 0.011 0.005 0.002 0.006 0.010 0.090 0.616 0.170 0.081 0.005 65 N 0.010 0.501 0.136 0.014 0.146 0.009 0.046 0.090 0.025 0.019 0.005 66 K 0.054 0.011 0.008 0.006 0.021 0.005 0.017 0.024 0.043 0.599 0.212 67 Q 0.043 0.324 0.293 0.039 0.161 0.014 0.047 0.040 0.014 0.010 0.014 68 P 0.041 0.325 0.203 0.033 0.143 0.018 0.039 0.073 0.054 0.048 0.023 69 L 0.038 0.293 0.313 0.066 0.081 0.026 0.032 0.046 0.039 0.039 0.027 70 P 0.025 0.214 0.146 0.082 0.070 0.071 0.082 0.174 0.092 0.029 0.014 71 G 0.010 0.043 0.044 0.043 0.021 0.051 0.063 0.234 0.279 0.189 0.022 72 A 0.047 0.047 0.019 0.016 0.058 0.025 0.077 0.340 0.185 0.151 0.036 73 F 0.047 0.083 0.033 0.012 0.091 0.027 0.041 0.208 0.178 0.204 0.077 74 A 0.075 0.063 0.018 0.006 0.125 0.004 0.031 0.361 0.176 0.087 0.053 75 V 0.067 0.069 0.023 0.007 0.077 0.005 0.013 0.346 0.238 0.121 0.034 76 A 0.006 0.032 0.017 0.006 0.022 0.003 0.011 0.807 0.091 0.003 0.003 77 P 0.006 0.008 0.003 0.002 0.010 0.006 0.033 0.887 0.042 0.002 0.002 78 Y 0.005 0.004 0.002 0.003 0.006 0.004 0.012 0.898 0.050 0.014 0.003 79 Y 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.859 0.108 0.015 0.002 80 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.909 0.069 0.003 0.001 81 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.912 0.054 0.007 0.001 82 A 0.003 0.004 0.002 0.001 0.005 0.006 0.042 0.853 0.076 0.007 0.001 83 L 0.014 0.012 0.004 0.003 0.014 0.003 0.015 0.719 0.146 0.059 0.011 84 A 0.011 0.043 0.020 0.010 0.022 0.032 0.103 0.520 0.185 0.048 0.005 85 T 0.015 0.103 0.057 0.030 0.040 0.029 0.136 0.345 0.114 0.114 0.017 86 D 0.068 0.047 0.038 0.016 0.059 0.020 0.080 0.105 0.090 0.375 0.102 87 H 0.052 0.279 0.135 0.018 0.147 0.007 0.021 0.221 0.072 0.024 0.024 88 P 0.012 0.059 0.022 0.006 0.031 0.014 0.028 0.564 0.210 0.045 0.009 89 Q 0.012 0.026 0.010 0.003 0.020 0.006 0.028 0.661 0.150 0.072 0.011 90 R 0.011 0.024 0.009 0.003 0.021 0.002 0.006 0.711 0.131 0.075 0.008 91 A 0.003 0.011 0.005 0.001 0.008 0.003 0.007 0.875 0.077 0.010 0.002 92 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.947 0.038 0.003 0.001 93 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.946 0.040 0.005 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.927 0.061 0.005 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.965 0.025 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.962 0.022 0.006 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.056 0.004 0.001 98 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.945 0.044 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.033 0.019 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.916 0.075 0.006 0.001 101 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.891 0.098 0.002 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.876 0.090 0.008 0.001 103 L 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.006 0.069 0.795 0.096 0.023 0.001 104 F 0.022 0.022 0.008 0.003 0.020 0.004 0.027 0.564 0.134 0.168 0.028 105 A 0.014 0.087 0.043 0.020 0.031 0.037 0.069 0.400 0.135 0.149 0.016 106 D 0.041 0.180 0.093 0.024 0.123 0.023 0.053 0.251 0.069 0.101 0.042 107 D 0.090 0.046 0.019 0.008 0.088 0.007 0.019 0.263 0.129 0.218 0.113 108 A 0.029 0.093 0.028 0.008 0.066 0.009 0.029 0.453 0.170 0.095 0.019 109 S 0.035 0.076 0.032 0.008 0.064 0.009 0.029 0.551 0.110 0.069 0.017 110 L 0.039 0.042 0.014 0.006 0.054 0.008 0.019 0.557 0.169 0.068 0.024 111 E 0.031 0.054 0.020 0.013 0.058 0.023 0.053 0.557 0.130 0.045 0.016 112 H 0.059 0.063 0.032 0.015 0.078 0.016 0.055 0.454 0.111 0.088 0.031 113 H 0.072 0.063 0.031 0.017 0.091 0.020 0.056 0.354 0.124 0.129 0.043 114 H 0.083 0.101 0.027 0.016 0.110 0.021 0.043 0.270 0.143 0.137 0.049 115 H 0.083 0.086 0.035 0.021 0.116 0.024 0.062 0.244 0.139 0.141 0.048 116 H 0.071 0.113 0.061 0.029 0.115 0.028 0.068 0.210 0.124 0.135 0.046 117 H 0.091 0.176 0.084 0.027 0.157 0.019 0.038 0.173 0.091 0.096 0.048