# TARGET T0352 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4613 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.761 0.165 0.051 0.018 0.004 0.001 0.001 2 T 0.784 0.152 0.044 0.015 0.004 0.001 0.001 3 T 0.555 0.278 0.112 0.044 0.010 0.001 0.001 4 H 0.279 0.278 0.238 0.145 0.049 0.011 0.001 5 D 0.666 0.220 0.072 0.028 0.010 0.003 0.001 6 R 0.252 0.397 0.243 0.087 0.019 0.003 0.001 7 V 0.026 0.038 0.094 0.297 0.392 0.149 0.004 8 R 0.077 0.272 0.350 0.233 0.059 0.008 0.001 9 L 0.258 0.516 0.170 0.045 0.009 0.002 0.001 10 Q 0.025 0.088 0.214 0.368 0.239 0.064 0.002 11 L 0.003 0.005 0.017 0.095 0.381 0.470 0.030 12 Q 0.067 0.296 0.416 0.183 0.033 0.005 0.001 13 A 0.108 0.340 0.330 0.175 0.041 0.006 0.001 14 L 0.012 0.016 0.027 0.112 0.361 0.450 0.021 15 E 0.035 0.070 0.191 0.329 0.271 0.100 0.003 16 A 0.277 0.459 0.191 0.058 0.012 0.003 0.001 17 L 0.120 0.168 0.277 0.297 0.117 0.021 0.001 18 L 0.089 0.079 0.128 0.287 0.306 0.107 0.004 19 R 0.242 0.374 0.259 0.097 0.024 0.005 0.001 20 E 0.637 0.272 0.066 0.019 0.004 0.001 0.001 21 H 0.406 0.236 0.197 0.121 0.034 0.007 0.001 22 Q 0.695 0.207 0.065 0.025 0.007 0.001 0.001 23 H 0.474 0.296 0.147 0.065 0.016 0.003 0.001 24 W 0.414 0.193 0.158 0.148 0.070 0.017 0.001 25 R 0.568 0.260 0.115 0.045 0.011 0.002 0.001 26 N 0.808 0.129 0.041 0.017 0.005 0.001 0.001 27 D 0.749 0.165 0.059 0.022 0.005 0.001 0.001 28 E 0.725 0.187 0.064 0.020 0.003 0.001 0.001 29 P 0.726 0.158 0.069 0.034 0.011 0.002 0.001 30 Q 0.793 0.156 0.038 0.011 0.002 0.001 0.001 31 P 0.759 0.159 0.056 0.021 0.005 0.001 0.001 32 H 0.707 0.188 0.069 0.027 0.008 0.002 0.001 33 Q 0.404 0.288 0.177 0.090 0.031 0.009 0.001 34 F 0.238 0.161 0.188 0.214 0.141 0.052 0.007 35 N 0.346 0.289 0.186 0.113 0.048 0.016 0.003 36 S 0.355 0.211 0.153 0.137 0.087 0.045 0.011 37 T 0.372 0.239 0.164 0.120 0.063 0.034 0.009 38 Q 0.345 0.231 0.179 0.135 0.071 0.032 0.006 39 P 0.212 0.160 0.154 0.174 0.152 0.117 0.030 40 F 0.095 0.074 0.099 0.162 0.204 0.254 0.111 41 F 0.133 0.097 0.093 0.131 0.172 0.241 0.134 42 M 0.140 0.114 0.105 0.152 0.172 0.194 0.124 43 D 0.138 0.105 0.113 0.173 0.201 0.196 0.074 44 T 0.124 0.154 0.154 0.153 0.149 0.177 0.088 45 M 0.333 0.167 0.138 0.161 0.117 0.072 0.012 46 E 0.308 0.340 0.212 0.100 0.029 0.009 0.002 47 P 0.295 0.162 0.127 0.155 0.147 0.100 0.014 48 L 0.460 0.196 0.128 0.097 0.071 0.043 0.006 49 E 0.339 0.259 0.183 0.118 0.062 0.034 0.005 50 W 0.356 0.127 0.143 0.149 0.120 0.088 0.016 51 L 0.356 0.140 0.083 0.094 0.131 0.176 0.021 52 Q 0.398 0.159 0.154 0.146 0.086 0.049 0.009 53 W 0.710 0.131 0.057 0.044 0.031 0.025 0.003 54 V 0.602 0.114 0.079 0.078 0.056 0.057 0.015 55 L 0.436 0.129 0.093 0.120 0.124 0.088 0.011 56 I 0.261 0.170 0.199 0.173 0.111 0.070 0.016 57 P 0.328 0.203 0.141 0.129 0.111 0.070 0.018 58 R 0.201 0.147 0.197 0.231 0.145 0.070 0.010 59 M 0.188 0.092 0.082 0.132 0.210 0.263 0.033 60 H 0.294 0.265 0.207 0.156 0.058 0.016 0.001 61 D 0.301 0.354 0.191 0.112 0.035 0.007 0.001 62 L 0.140 0.100 0.136 0.264 0.246 0.106 0.008 63 L 0.079 0.113 0.170 0.290 0.260 0.083 0.005 64 D 0.346 0.366 0.188 0.075 0.020 0.005 0.001 65 N 0.416 0.287 0.169 0.093 0.027 0.006 0.001 66 K 0.427 0.286 0.155 0.084 0.033 0.013 0.002 67 Q 0.368 0.271 0.172 0.113 0.052 0.021 0.004 68 P 0.309 0.224 0.167 0.142 0.094 0.052 0.012 69 L 0.171 0.161 0.170 0.208 0.171 0.102 0.016 70 P 0.234 0.236 0.194 0.162 0.104 0.055 0.014 71 G 0.312 0.270 0.178 0.129 0.067 0.034 0.010 72 A 0.164 0.207 0.191 0.178 0.139 0.094 0.027 73 F 0.103 0.115 0.147 0.217 0.217 0.166 0.036 74 A 0.065 0.115 0.173 0.218 0.206 0.168 0.055 75 V 0.015 0.019 0.024 0.057 0.150 0.429 0.306 76 A 0.016 0.041 0.099 0.186 0.258 0.290 0.109 77 P 0.071 0.148 0.183 0.184 0.180 0.174 0.059 78 Y 0.038 0.059 0.113 0.208 0.257 0.232 0.093 79 Y 0.016 0.017 0.021 0.067 0.220 0.535 0.124 80 E 0.018 0.085 0.198 0.307 0.255 0.123 0.014 81 M 0.089 0.232 0.210 0.208 0.153 0.097 0.012 82 A 0.017 0.059 0.167 0.317 0.278 0.148 0.014 83 L 0.017 0.035 0.106 0.316 0.393 0.129 0.004 84 A 0.220 0.424 0.250 0.086 0.018 0.002 0.001 85 T 0.509 0.322 0.118 0.041 0.009 0.002 0.001 86 D 0.478 0.302 0.132 0.064 0.019 0.005 0.001 87 H 0.450 0.261 0.164 0.094 0.027 0.005 0.001 88 P 0.703 0.199 0.057 0.026 0.011 0.003 0.001 89 Q 0.349 0.301 0.179 0.112 0.046 0.012 0.001 90 R 0.142 0.188 0.255 0.239 0.132 0.041 0.003 91 A 0.319 0.309 0.205 0.115 0.041 0.009 0.001 92 L 0.145 0.247 0.281 0.204 0.094 0.028 0.002 93 I 0.035 0.042 0.063 0.157 0.325 0.355 0.024 94 L 0.027 0.084 0.180 0.285 0.267 0.148 0.009 95 A 0.131 0.340 0.253 0.157 0.077 0.037 0.005 96 E 0.016 0.069 0.195 0.360 0.258 0.097 0.006 97 L 0.004 0.010 0.026 0.110 0.356 0.452 0.043 98 E 0.051 0.233 0.358 0.243 0.090 0.023 0.002 99 K 0.045 0.278 0.368 0.225 0.068 0.015 0.001 100 L 0.004 0.010 0.025 0.127 0.383 0.415 0.037 101 D 0.019 0.091 0.224 0.347 0.245 0.072 0.003 102 A 0.127 0.441 0.271 0.118 0.034 0.009 0.001 103 L 0.031 0.081 0.211 0.363 0.237 0.073 0.004 104 F 0.034 0.073 0.151 0.306 0.310 0.119 0.006 105 A 0.269 0.375 0.226 0.096 0.028 0.005 0.001 106 D 0.617 0.262 0.082 0.030 0.007 0.001 0.001 107 D 0.526 0.270 0.129 0.056 0.015 0.003 0.001 108 A 0.615 0.233 0.101 0.040 0.009 0.001 0.001 109 S 0.630 0.239 0.088 0.034 0.008 0.001 0.001 110 L 0.457 0.227 0.165 0.106 0.038 0.007 0.001 111 E 0.677 0.204 0.077 0.031 0.009 0.002 0.001 112 H 0.680 0.189 0.081 0.037 0.011 0.002 0.001 113 H 0.640 0.203 0.092 0.047 0.015 0.003 0.001 114 H 0.595 0.216 0.110 0.057 0.017 0.004 0.001 115 H 0.713 0.181 0.069 0.028 0.008 0.002 0.001 116 H 0.725 0.175 0.063 0.027 0.008 0.002 0.001 117 H 0.668 0.186 0.086 0.043 0.014 0.004 0.001