# TARGET T0352 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4613 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.284 0.127 0.115 0.140 0.122 0.086 0.056 0.032 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 2 T 0.401 0.223 0.148 0.105 0.059 0.031 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 T 0.287 0.151 0.152 0.134 0.114 0.075 0.041 0.021 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 4 H 0.225 0.156 0.179 0.157 0.132 0.078 0.040 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 5 D 0.642 0.198 0.076 0.039 0.024 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 R 0.151 0.157 0.173 0.187 0.171 0.079 0.046 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.022 0.015 0.029 0.068 0.138 0.210 0.216 0.181 0.082 0.029 0.008 0.002 0.001 0.001 8 R 0.101 0.137 0.198 0.213 0.176 0.097 0.045 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 9 L 0.576 0.221 0.101 0.051 0.027 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.039 0.062 0.082 0.197 0.215 0.186 0.123 0.064 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 11 L 0.007 0.012 0.032 0.094 0.180 0.216 0.204 0.133 0.090 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.377 0.268 0.164 0.095 0.051 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.286 0.281 0.218 0.103 0.062 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.007 0.008 0.023 0.076 0.180 0.243 0.218 0.166 0.058 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 15 E 0.037 0.079 0.138 0.248 0.265 0.123 0.059 0.027 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.620 0.226 0.085 0.038 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.050 0.084 0.122 0.253 0.220 0.146 0.075 0.034 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.023 0.022 0.053 0.140 0.233 0.192 0.154 0.095 0.066 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 19 R 0.391 0.272 0.162 0.102 0.040 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.593 0.220 0.097 0.044 0.024 0.013 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 H 0.078 0.085 0.124 0.238 0.231 0.125 0.064 0.030 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.547 0.240 0.125 0.041 0.022 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 H 0.192 0.100 0.118 0.149 0.194 0.115 0.063 0.036 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 24 W 0.098 0.080 0.091 0.167 0.182 0.143 0.113 0.074 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 25 R 0.343 0.194 0.149 0.117 0.089 0.052 0.025 0.013 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 26 N 0.412 0.155 0.136 0.112 0.079 0.049 0.029 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 27 D 0.380 0.163 0.134 0.120 0.102 0.054 0.024 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 28 E 0.408 0.186 0.153 0.110 0.075 0.034 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 P 0.391 0.141 0.134 0.115 0.099 0.058 0.031 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.421 0.186 0.141 0.108 0.075 0.036 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 P 0.393 0.189 0.130 0.125 0.086 0.039 0.018 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 H 0.555 0.217 0.093 0.065 0.038 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.236 0.164 0.157 0.168 0.140 0.066 0.034 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 34 F 0.068 0.044 0.083 0.149 0.205 0.202 0.123 0.074 0.029 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 35 N 0.317 0.165 0.171 0.138 0.104 0.052 0.026 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 36 S 0.341 0.142 0.106 0.140 0.104 0.074 0.038 0.023 0.016 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 37 T 0.212 0.186 0.133 0.164 0.134 0.075 0.039 0.025 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 38 Q 0.096 0.088 0.103 0.137 0.135 0.134 0.115 0.097 0.049 0.024 0.014 0.005 0.002 0.001 39 P 0.065 0.050 0.061 0.091 0.136 0.173 0.144 0.109 0.080 0.045 0.027 0.011 0.006 0.003 40 F 0.044 0.028 0.044 0.072 0.109 0.143 0.135 0.111 0.104 0.075 0.067 0.037 0.020 0.010 41 F 0.042 0.023 0.035 0.061 0.087 0.108 0.137 0.111 0.126 0.100 0.073 0.061 0.022 0.014 42 M 0.043 0.031 0.034 0.052 0.074 0.109 0.126 0.148 0.136 0.086 0.083 0.046 0.024 0.009 43 D 0.055 0.046 0.062 0.107 0.115 0.135 0.128 0.099 0.086 0.065 0.051 0.028 0.013 0.009 44 T 0.036 0.031 0.042 0.081 0.137 0.143 0.158 0.127 0.122 0.068 0.031 0.015 0.005 0.005 45 M 0.074 0.051 0.063 0.088 0.122 0.161 0.126 0.108 0.092 0.056 0.032 0.016 0.009 0.003 46 E 0.113 0.156 0.169 0.203 0.158 0.086 0.057 0.031 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 47 P 0.034 0.030 0.048 0.096 0.138 0.200 0.187 0.133 0.085 0.033 0.013 0.004 0.001 0.001 48 L 0.073 0.093 0.131 0.181 0.201 0.159 0.084 0.045 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 49 E 0.249 0.239 0.189 0.116 0.104 0.043 0.027 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 W 0.047 0.042 0.069 0.149 0.180 0.180 0.150 0.126 0.034 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 51 L 0.068 0.039 0.069 0.103 0.154 0.181 0.185 0.103 0.060 0.023 0.008 0.004 0.001 0.001 52 Q 0.172 0.119 0.116 0.140 0.149 0.109 0.080 0.060 0.032 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 53 W 0.172 0.101 0.104 0.135 0.121 0.127 0.106 0.069 0.034 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 54 V 0.102 0.054 0.076 0.111 0.144 0.162 0.139 0.083 0.069 0.036 0.014 0.006 0.002 0.001 55 L 0.085 0.061 0.069 0.119 0.165 0.167 0.143 0.080 0.064 0.025 0.014 0.006 0.002 0.001 56 I 0.089 0.077 0.097 0.140 0.153 0.174 0.119 0.068 0.045 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 57 P 0.223 0.149 0.142 0.136 0.143 0.092 0.052 0.029 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 58 R 0.083 0.085 0.113 0.164 0.191 0.142 0.104 0.073 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 59 M 0.034 0.028 0.048 0.101 0.157 0.195 0.186 0.120 0.085 0.032 0.009 0.003 0.001 0.001 60 H 0.158 0.174 0.202 0.179 0.141 0.068 0.038 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 61 D 0.345 0.230 0.171 0.112 0.071 0.036 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.046 0.034 0.053 0.169 0.242 0.176 0.118 0.089 0.051 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 63 L 0.043 0.044 0.079 0.189 0.207 0.176 0.131 0.067 0.040 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 64 D 0.601 0.224 0.095 0.044 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 N 0.343 0.195 0.149 0.146 0.078 0.047 0.023 0.008 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 66 K 0.530 0.215 0.119 0.055 0.041 0.021 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 Q 0.230 0.174 0.172 0.159 0.141 0.067 0.030 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 68 P 0.355 0.138 0.129 0.108 0.100 0.073 0.051 0.026 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 69 L 0.118 0.091 0.112 0.155 0.190 0.137 0.077 0.052 0.031 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 70 P 0.138 0.094 0.090 0.134 0.137 0.114 0.109 0.089 0.046 0.025 0.012 0.009 0.002 0.001 71 G 0.108 0.082 0.096 0.122 0.125 0.129 0.101 0.099 0.059 0.039 0.023 0.011 0.005 0.002 72 A 0.084 0.069 0.079 0.119 0.153 0.138 0.111 0.087 0.068 0.042 0.024 0.017 0.007 0.004 73 F 0.074 0.036 0.046 0.066 0.077 0.124 0.134 0.108 0.111 0.093 0.063 0.039 0.022 0.008 74 A 0.047 0.044 0.059 0.112 0.148 0.161 0.154 0.103 0.076 0.041 0.026 0.017 0.007 0.005 75 V 0.021 0.012 0.020 0.034 0.054 0.111 0.140 0.142 0.167 0.110 0.104 0.049 0.026 0.010 76 A 0.034 0.042 0.066 0.111 0.168 0.165 0.149 0.107 0.076 0.043 0.019 0.012 0.006 0.003 77 P 0.083 0.070 0.077 0.106 0.126 0.123 0.109 0.094 0.080 0.063 0.037 0.017 0.009 0.005 78 Y 0.024 0.024 0.041 0.096 0.148 0.175 0.193 0.165 0.068 0.036 0.015 0.009 0.004 0.003 79 Y 0.016 0.014 0.028 0.046 0.083 0.148 0.220 0.164 0.146 0.074 0.037 0.015 0.007 0.002 80 E 0.054 0.102 0.147 0.194 0.200 0.134 0.080 0.047 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 81 M 0.178 0.188 0.163 0.153 0.136 0.082 0.043 0.028 0.015 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 82 A 0.048 0.047 0.074 0.175 0.205 0.149 0.142 0.108 0.035 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 83 L 0.031 0.037 0.076 0.133 0.168 0.201 0.177 0.100 0.052 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 84 A 0.392 0.205 0.144 0.124 0.074 0.032 0.015 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 T 0.586 0.208 0.108 0.059 0.022 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 D 0.525 0.210 0.125 0.064 0.045 0.019 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 H 0.292 0.164 0.181 0.150 0.120 0.052 0.024 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 P 0.616 0.176 0.092 0.056 0.034 0.014 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 Q 0.438 0.213 0.139 0.092 0.064 0.029 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.114 0.093 0.103 0.186 0.229 0.129 0.069 0.044 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 91 A 0.211 0.148 0.128 0.148 0.133 0.102 0.062 0.036 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 92 L 0.150 0.113 0.126 0.153 0.160 0.125 0.079 0.049 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 93 I 0.018 0.014 0.028 0.067 0.123 0.177 0.174 0.180 0.113 0.059 0.028 0.012 0.006 0.002 94 L 0.028 0.033 0.061 0.122 0.198 0.199 0.142 0.091 0.068 0.036 0.012 0.007 0.002 0.001 95 A 0.223 0.157 0.125 0.147 0.121 0.082 0.052 0.038 0.026 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 96 E 0.053 0.076 0.096 0.193 0.191 0.166 0.120 0.056 0.031 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 97 L 0.010 0.012 0.027 0.079 0.140 0.205 0.198 0.135 0.130 0.050 0.011 0.002 0.001 0.001 98 E 0.205 0.211 0.211 0.162 0.107 0.057 0.027 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.265 0.260 0.197 0.116 0.091 0.037 0.016 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.012 0.016 0.034 0.110 0.195 0.216 0.204 0.144 0.047 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 101 D 0.072 0.109 0.181 0.191 0.197 0.111 0.074 0.037 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 102 A 0.396 0.216 0.159 0.097 0.067 0.033 0.015 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.050 0.044 0.066 0.178 0.240 0.187 0.104 0.074 0.034 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 104 F 0.039 0.043 0.079 0.202 0.232 0.165 0.121 0.056 0.041 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 105 A 0.469 0.240 0.121 0.088 0.040 0.022 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 D 0.506 0.236 0.123 0.075 0.034 0.016 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 D 0.517 0.230 0.125 0.066 0.037 0.015 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 A 0.516 0.210 0.129 0.070 0.046 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 S 0.552 0.159 0.127 0.071 0.052 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.324 0.127 0.119 0.156 0.147 0.067 0.031 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 111 E 0.579 0.197 0.096 0.065 0.036 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 H 0.542 0.168 0.116 0.078 0.051 0.024 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 H 0.415 0.143 0.130 0.114 0.096 0.053 0.027 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 114 H 0.349 0.127 0.127 0.132 0.121 0.071 0.035 0.020 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 115 H 0.489 0.159 0.109 0.097 0.069 0.037 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 116 H 0.386 0.160 0.136 0.116 0.091 0.052 0.028 0.014 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 117 H 0.256 0.123 0.127 0.133 0.127 0.099 0.061 0.036 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001