# TARGET T0352 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4528 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.005 0.001 0.006 0.057 0.925 2 T 0.008 0.008 0.001 0.025 0.037 0.921 3 T 0.004 0.004 0.005 0.711 0.039 0.236 4 H 0.001 0.001 0.001 0.974 0.007 0.015 5 D 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 6 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 7 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.003 19 R 0.001 0.001 0.006 0.980 0.009 0.004 20 E 0.001 0.001 0.007 0.969 0.013 0.009 21 H 0.001 0.001 0.012 0.914 0.030 0.043 22 Q 0.005 0.003 0.035 0.513 0.120 0.325 23 H 0.028 0.012 0.079 0.241 0.214 0.427 24 W 0.073 0.021 0.106 0.238 0.285 0.276 25 R 0.082 0.022 0.071 0.223 0.376 0.225 26 N 0.047 0.016 0.047 0.122 0.463 0.305 27 D 0.023 0.013 0.023 0.031 0.477 0.433 28 E 0.016 0.014 0.008 0.013 0.321 0.628 29 P 0.009 0.020 0.007 0.015 0.204 0.744 30 Q 0.008 0.029 0.015 0.045 0.259 0.643 31 P 0.001 0.002 0.434 0.392 0.128 0.044 32 H 0.002 0.001 0.528 0.359 0.088 0.022 33 Q 0.003 0.002 0.598 0.291 0.085 0.020 34 F 0.013 0.019 0.161 0.508 0.151 0.149 35 N 0.016 0.015 0.061 0.279 0.274 0.354 36 S 0.013 0.012 0.010 0.048 0.361 0.556 37 T 0.030 0.010 0.009 0.032 0.347 0.572 38 Q 0.054 0.011 0.014 0.009 0.369 0.544 39 P 0.141 0.013 0.047 0.016 0.340 0.443 40 F 0.639 0.020 0.037 0.027 0.116 0.160 41 F 0.857 0.010 0.009 0.028 0.043 0.053 42 M 0.789 0.016 0.008 0.049 0.064 0.074 43 D 0.536 0.016 0.011 0.076 0.176 0.186 44 T 0.218 0.019 0.018 0.140 0.253 0.351 45 M 0.074 0.013 0.019 0.117 0.281 0.496 46 E 0.057 0.014 0.032 0.240 0.166 0.491 47 P 0.013 0.007 0.061 0.797 0.061 0.060 48 L 0.030 0.009 0.105 0.692 0.095 0.069 49 E 0.015 0.003 0.068 0.815 0.066 0.033 50 W 0.015 0.003 0.049 0.867 0.044 0.022 51 L 0.007 0.002 0.026 0.914 0.031 0.020 52 Q 0.003 0.001 0.020 0.953 0.013 0.009 53 W 0.003 0.001 0.014 0.970 0.009 0.004 54 V 0.004 0.001 0.015 0.973 0.005 0.002 55 L 0.004 0.001 0.015 0.966 0.007 0.007 56 I 0.007 0.002 0.030 0.861 0.047 0.053 57 P 0.002 0.001 0.042 0.891 0.043 0.021 58 R 0.002 0.001 0.058 0.870 0.041 0.027 59 M 0.001 0.001 0.040 0.940 0.011 0.008 60 H 0.001 0.001 0.028 0.961 0.007 0.004 61 D 0.001 0.001 0.018 0.969 0.007 0.005 62 L 0.001 0.001 0.017 0.964 0.010 0.007 63 L 0.001 0.001 0.020 0.946 0.020 0.013 64 D 0.001 0.001 0.030 0.899 0.045 0.023 65 N 0.001 0.002 0.030 0.816 0.084 0.067 66 K 0.002 0.005 0.028 0.195 0.218 0.552 67 Q 0.003 0.006 0.006 0.007 0.231 0.746 68 P 0.006 0.009 0.013 0.006 0.189 0.777 69 L 0.008 0.022 0.010 0.004 0.283 0.672 70 P 0.006 0.012 0.045 0.010 0.568 0.359 71 G 0.008 0.004 0.142 0.023 0.549 0.274 72 A 0.050 0.013 0.241 0.045 0.498 0.153 73 F 0.148 0.026 0.160 0.098 0.364 0.204 74 A 0.241 0.046 0.080 0.172 0.149 0.312 75 V 0.226 0.033 0.052 0.309 0.099 0.281 76 A 0.156 0.011 0.029 0.330 0.107 0.367 77 P 0.054 0.003 0.048 0.742 0.066 0.087 78 Y 0.042 0.004 0.047 0.812 0.056 0.039 79 Y 0.021 0.002 0.025 0.921 0.022 0.010 80 E 0.021 0.001 0.037 0.910 0.023 0.008 81 M 0.007 0.001 0.022 0.953 0.013 0.004 82 A 0.004 0.001 0.016 0.958 0.013 0.008 83 L 0.003 0.002 0.015 0.917 0.031 0.032 84 A 0.003 0.002 0.032 0.796 0.100 0.068 85 T 0.003 0.004 0.024 0.564 0.195 0.210 86 D 0.002 0.004 0.018 0.269 0.236 0.470 87 H 0.002 0.005 0.019 0.235 0.306 0.432 88 P 0.002 0.003 0.046 0.536 0.197 0.216 89 Q 0.002 0.002 0.043 0.825 0.067 0.060 90 R 0.001 0.001 0.007 0.969 0.010 0.012 91 A 0.001 0.001 0.003 0.989 0.004 0.004 92 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 93 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 94 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 95 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 96 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.002 0.003 97 L 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 98 E 0.001 0.001 0.006 0.983 0.006 0.005 99 K 0.001 0.001 0.005 0.980 0.006 0.008 100 L 0.001 0.001 0.007 0.971 0.007 0.013 101 D 0.001 0.001 0.016 0.963 0.011 0.009 102 A 0.001 0.001 0.028 0.947 0.014 0.009 103 L 0.001 0.001 0.019 0.942 0.018 0.018 104 F 0.003 0.002 0.021 0.867 0.055 0.053 105 A 0.003 0.003 0.025 0.703 0.129 0.137 106 D 0.005 0.003 0.041 0.330 0.311 0.310 107 D 0.005 0.003 0.093 0.223 0.421 0.256 108 A 0.013 0.006 0.175 0.263 0.364 0.178 109 S 0.034 0.013 0.143 0.367 0.271 0.171 110 L 0.038 0.008 0.175 0.406 0.211 0.163 111 E 0.061 0.011 0.156 0.400 0.208 0.163 112 H 0.074 0.016 0.115 0.460 0.194 0.142 113 H 0.062 0.014 0.087 0.302 0.285 0.250 114 H 0.068 0.015 0.062 0.158 0.318 0.378 115 H 0.058 0.016 0.042 0.113 0.285 0.485 116 H 0.043 0.022 0.016 0.075 0.180 0.664 117 H 0.018 0.007 0.002 0.009 0.069 0.896