# TARGET T0352 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4528 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.015 0.845 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.091 0.013 0.011 0.007 2 T 0.001 0.018 0.898 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.047 0.011 0.002 0.008 3 T 0.001 0.013 0.528 0.001 0.021 0.202 0.001 0.001 0.001 0.142 0.087 0.002 0.004 4 H 0.001 0.001 0.108 0.001 0.019 0.754 0.001 0.001 0.001 0.051 0.064 0.001 0.002 5 D 0.001 0.001 0.012 0.001 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.001 0.001 6 R 0.001 0.001 0.010 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 7 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.937 0.001 0.001 0.001 0.003 0.052 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.855 0.001 0.001 0.001 0.004 0.122 0.001 0.001 21 H 0.001 0.002 0.056 0.001 0.022 0.631 0.001 0.001 0.001 0.033 0.256 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.004 0.074 0.001 0.051 0.321 0.001 0.001 0.001 0.048 0.498 0.001 0.001 23 H 0.001 0.015 0.166 0.001 0.109 0.259 0.001 0.001 0.007 0.139 0.291 0.004 0.007 24 W 0.001 0.026 0.184 0.002 0.137 0.216 0.001 0.001 0.019 0.135 0.262 0.005 0.011 25 R 0.001 0.027 0.253 0.004 0.064 0.148 0.002 0.002 0.017 0.199 0.251 0.013 0.019 26 N 0.001 0.021 0.430 0.005 0.040 0.078 0.001 0.001 0.015 0.238 0.147 0.004 0.019 27 D 0.001 0.010 0.490 0.002 0.008 0.015 0.001 0.001 0.011 0.429 0.025 0.005 0.004 28 E 0.001 0.011 0.802 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.149 0.023 0.002 0.004 29 P 0.001 0.038 0.859 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.061 0.030 0.001 0.003 30 Q 0.001 0.027 0.892 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.066 0.004 0.002 0.002 31 P 0.001 0.002 0.040 0.001 0.566 0.258 0.001 0.001 0.001 0.014 0.116 0.001 0.003 32 H 0.001 0.004 0.023 0.002 0.595 0.221 0.001 0.001 0.001 0.024 0.126 0.003 0.002 33 Q 0.001 0.005 0.022 0.001 0.682 0.195 0.001 0.001 0.002 0.009 0.078 0.002 0.004 34 F 0.003 0.036 0.199 0.002 0.198 0.363 0.001 0.001 0.007 0.049 0.110 0.006 0.024 35 N 0.003 0.017 0.130 0.017 0.136 0.203 0.001 0.002 0.006 0.079 0.387 0.010 0.009 36 S 0.001 0.006 0.171 0.003 0.072 0.097 0.001 0.001 0.008 0.275 0.348 0.003 0.014 37 T 0.001 0.020 0.329 0.003 0.049 0.076 0.001 0.001 0.010 0.338 0.143 0.008 0.020 38 Q 0.001 0.030 0.483 0.002 0.011 0.032 0.001 0.001 0.031 0.350 0.031 0.018 0.009 39 P 0.001 0.021 0.574 0.010 0.063 0.054 0.001 0.003 0.032 0.057 0.156 0.003 0.025 40 F 0.007 0.068 0.255 0.011 0.117 0.066 0.009 0.018 0.060 0.139 0.215 0.016 0.019 41 F 0.016 0.047 0.226 0.005 0.156 0.084 0.010 0.018 0.081 0.114 0.190 0.022 0.031 42 M 0.014 0.037 0.343 0.006 0.114 0.088 0.009 0.016 0.048 0.100 0.169 0.018 0.038 43 D 0.005 0.024 0.266 0.005 0.062 0.066 0.003 0.004 0.027 0.246 0.250 0.021 0.021 44 T 0.002 0.017 0.306 0.005 0.026 0.040 0.001 0.001 0.019 0.346 0.212 0.003 0.022 45 M 0.001 0.031 0.387 0.001 0.006 0.070 0.001 0.001 0.009 0.440 0.034 0.016 0.006 46 E 0.001 0.016 0.599 0.001 0.007 0.190 0.001 0.001 0.003 0.140 0.031 0.002 0.009 47 P 0.001 0.004 0.088 0.001 0.034 0.788 0.001 0.001 0.001 0.021 0.061 0.001 0.002 48 L 0.001 0.001 0.018 0.001 0.014 0.936 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.959 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 50 W 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 51 L 0.002 0.001 0.010 0.001 0.004 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 52 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 53 W 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 54 V 0.004 0.001 0.007 0.001 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.002 0.002 55 L 0.005 0.002 0.020 0.001 0.003 0.920 0.002 0.001 0.004 0.004 0.031 0.002 0.006 56 I 0.001 0.001 0.035 0.001 0.005 0.920 0.001 0.001 0.002 0.008 0.024 0.002 0.002 57 P 0.001 0.001 0.030 0.001 0.013 0.887 0.001 0.001 0.001 0.014 0.053 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.022 0.001 0.011 0.929 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.001 0.001 59 M 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 60 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 61 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 65 N 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.657 0.001 0.001 0.001 0.014 0.310 0.001 0.001 66 K 0.001 0.004 0.259 0.001 0.019 0.228 0.001 0.001 0.001 0.141 0.347 0.001 0.001 67 Q 0.001 0.009 0.606 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.333 0.031 0.001 0.001 68 P 0.001 0.022 0.655 0.001 0.013 0.012 0.001 0.001 0.003 0.153 0.136 0.001 0.004 69 L 0.001 0.034 0.507 0.001 0.014 0.010 0.001 0.001 0.003 0.381 0.043 0.005 0.002 70 P 0.001 0.019 0.530 0.003 0.059 0.037 0.001 0.001 0.004 0.152 0.188 0.001 0.006 71 G 0.001 0.010 0.258 0.002 0.142 0.083 0.001 0.001 0.004 0.168 0.324 0.004 0.003 72 A 0.004 0.012 0.258 0.004 0.188 0.190 0.001 0.002 0.011 0.133 0.171 0.007 0.020 73 F 0.014 0.020 0.253 0.003 0.166 0.241 0.006 0.004 0.026 0.077 0.116 0.036 0.038 74 A 0.025 0.053 0.248 0.003 0.051 0.281 0.011 0.008 0.047 0.057 0.107 0.047 0.062 75 V 0.016 0.032 0.239 0.004 0.030 0.398 0.005 0.005 0.030 0.084 0.075 0.028 0.055 76 A 0.002 0.004 0.125 0.002 0.009 0.760 0.001 0.001 0.008 0.050 0.022 0.009 0.008 77 P 0.001 0.001 0.014 0.001 0.004 0.961 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 78 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 79 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 81 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.948 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.001 0.001 83 L 0.001 0.002 0.011 0.001 0.011 0.870 0.001 0.001 0.001 0.005 0.099 0.001 0.001 84 A 0.001 0.003 0.025 0.001 0.034 0.630 0.001 0.001 0.001 0.013 0.293 0.001 0.001 85 T 0.001 0.002 0.068 0.001 0.033 0.304 0.001 0.001 0.001 0.049 0.542 0.001 0.001 86 D 0.001 0.004 0.252 0.001 0.031 0.230 0.001 0.001 0.001 0.147 0.333 0.001 0.002 87 H 0.001 0.005 0.499 0.001 0.007 0.128 0.001 0.001 0.001 0.331 0.028 0.001 0.001 88 P 0.001 0.005 0.306 0.001 0.033 0.411 0.001 0.001 0.001 0.084 0.159 0.001 0.001 89 Q 0.001 0.005 0.071 0.001 0.078 0.697 0.001 0.001 0.001 0.040 0.107 0.001 0.001 90 R 0.001 0.001 0.027 0.001 0.031 0.909 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 92 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 93 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 101 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.001 0.001 104 F 0.001 0.001 0.017 0.001 0.009 0.678 0.001 0.001 0.001 0.016 0.277 0.001 0.001 105 A 0.001 0.005 0.125 0.001 0.032 0.440 0.001 0.001 0.001 0.066 0.332 0.001 0.001 106 D 0.001 0.003 0.244 0.001 0.028 0.373 0.001 0.001 0.001 0.139 0.212 0.001 0.001 107 D 0.001 0.003 0.315 0.001 0.046 0.449 0.001 0.001 0.001 0.086 0.100 0.001 0.001 108 A 0.001 0.003 0.127 0.001 0.094 0.628 0.001 0.001 0.001 0.066 0.081 0.001 0.001 109 S 0.001 0.003 0.092 0.001 0.101 0.685 0.001 0.001 0.001 0.046 0.068 0.001 0.002 110 L 0.001 0.007 0.069 0.001 0.078 0.731 0.001 0.001 0.002 0.033 0.073 0.002 0.003 111 E 0.001 0.006 0.073 0.001 0.060 0.671 0.001 0.001 0.001 0.042 0.135 0.003 0.005 112 H 0.001 0.009 0.110 0.001 0.061 0.493 0.001 0.001 0.003 0.074 0.231 0.007 0.007 113 H 0.002 0.015 0.193 0.002 0.073 0.372 0.001 0.001 0.003 0.096 0.226 0.006 0.011 114 H 0.002 0.017 0.300 0.003 0.082 0.229 0.001 0.001 0.002 0.146 0.193 0.010 0.016 115 H 0.003 0.019 0.333 0.003 0.068 0.144 0.001 0.001 0.003 0.159 0.229 0.022 0.016 116 H 0.001 0.019 0.559 0.003 0.033 0.067 0.001 0.001 0.003 0.143 0.144 0.006 0.021 117 H 0.001 0.011 0.868 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.002 0.072 0.014 0.006 0.006