# TARGET T0352 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4528 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.229 0.072 0.046 0.084 0.071 0.079 0.109 0.095 0.096 0.069 0.049 2 T 0.322 0.260 0.078 0.123 0.078 0.045 0.042 0.024 0.015 0.009 0.004 3 T 0.088 0.289 0.083 0.156 0.113 0.095 0.080 0.046 0.028 0.016 0.006 4 H 0.094 0.098 0.040 0.127 0.183 0.174 0.153 0.070 0.038 0.016 0.007 5 D 0.487 0.172 0.140 0.121 0.046 0.018 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 6 R 0.027 0.089 0.099 0.343 0.216 0.118 0.076 0.021 0.008 0.002 0.001 7 V 0.002 0.003 0.017 0.009 0.011 0.031 0.143 0.214 0.247 0.199 0.123 8 R 0.003 0.007 0.084 0.176 0.219 0.264 0.185 0.044 0.013 0.004 0.001 9 L 0.009 0.039 0.696 0.192 0.045 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.002 0.033 0.027 0.039 0.128 0.380 0.197 0.110 0.059 0.025 11 L 0.001 0.001 0.034 0.003 0.004 0.013 0.166 0.213 0.244 0.203 0.119 12 Q 0.001 0.005 0.646 0.201 0.093 0.038 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.011 0.402 0.267 0.193 0.095 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.035 0.002 0.003 0.010 0.133 0.165 0.292 0.231 0.128 15 E 0.001 0.001 0.067 0.030 0.052 0.129 0.469 0.160 0.062 0.024 0.006 16 A 0.001 0.004 0.879 0.081 0.027 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.006 0.167 0.075 0.148 0.266 0.262 0.052 0.016 0.005 0.001 18 L 0.002 0.004 0.212 0.010 0.007 0.009 0.090 0.133 0.248 0.190 0.095 19 R 0.004 0.013 0.381 0.169 0.183 0.113 0.098 0.027 0.008 0.003 0.001 20 E 0.007 0.030 0.816 0.086 0.039 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 21 H 0.009 0.026 0.171 0.081 0.116 0.154 0.242 0.096 0.063 0.031 0.011 22 Q 0.261 0.122 0.257 0.088 0.060 0.054 0.080 0.035 0.025 0.013 0.006 23 H 0.050 0.089 0.257 0.171 0.156 0.094 0.095 0.042 0.025 0.015 0.007 24 W 0.028 0.044 0.105 0.070 0.082 0.100 0.191 0.136 0.121 0.082 0.041 25 R 0.067 0.103 0.173 0.182 0.162 0.108 0.114 0.045 0.027 0.013 0.007 26 N 0.154 0.145 0.195 0.169 0.123 0.074 0.074 0.032 0.020 0.010 0.004 27 D 0.292 0.160 0.102 0.143 0.099 0.070 0.065 0.032 0.020 0.012 0.005 28 E 0.389 0.209 0.073 0.125 0.076 0.048 0.044 0.017 0.012 0.005 0.002 29 P 0.089 0.064 0.031 0.056 0.077 0.111 0.168 0.139 0.129 0.088 0.048 30 Q 0.309 0.390 0.096 0.121 0.049 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 31 P 0.488 0.135 0.049 0.112 0.087 0.058 0.039 0.016 0.009 0.004 0.001 32 H 0.539 0.147 0.068 0.107 0.059 0.034 0.024 0.011 0.007 0.003 0.002 33 Q 0.086 0.133 0.115 0.257 0.159 0.108 0.085 0.032 0.016 0.007 0.003 34 F 0.043 0.034 0.031 0.055 0.065 0.093 0.157 0.167 0.160 0.121 0.074 35 N 0.193 0.245 0.143 0.188 0.113 0.059 0.035 0.012 0.007 0.003 0.002 36 S 0.081 0.057 0.041 0.067 0.062 0.064 0.131 0.123 0.140 0.124 0.110 37 T 0.251 0.199 0.072 0.192 0.131 0.070 0.047 0.018 0.010 0.005 0.003 38 Q 0.136 0.115 0.053 0.147 0.134 0.119 0.126 0.070 0.051 0.031 0.018 39 P 0.041 0.044 0.029 0.104 0.113 0.132 0.167 0.123 0.106 0.082 0.059 40 F 0.024 0.018 0.015 0.039 0.052 0.081 0.192 0.190 0.194 0.128 0.067 41 F 0.027 0.036 0.034 0.092 0.089 0.103 0.172 0.146 0.131 0.094 0.076 42 M 0.017 0.015 0.018 0.040 0.038 0.051 0.100 0.135 0.195 0.198 0.192 43 D 0.019 0.034 0.025 0.123 0.153 0.153 0.191 0.136 0.094 0.047 0.024 44 T 0.033 0.056 0.036 0.083 0.067 0.079 0.158 0.145 0.152 0.118 0.073 45 M 0.030 0.014 0.012 0.037 0.048 0.069 0.150 0.154 0.200 0.163 0.122 46 E 0.080 0.185 0.077 0.203 0.165 0.131 0.108 0.029 0.014 0.006 0.003 47 P 0.031 0.033 0.033 0.099 0.083 0.085 0.174 0.140 0.145 0.118 0.058 48 L 0.091 0.075 0.073 0.163 0.159 0.154 0.145 0.061 0.045 0.022 0.011 49 E 0.013 0.025 0.059 0.165 0.155 0.157 0.241 0.106 0.051 0.021 0.008 50 W 0.006 0.008 0.035 0.045 0.055 0.089 0.197 0.189 0.173 0.137 0.067 51 L 0.002 0.002 0.020 0.013 0.012 0.017 0.095 0.150 0.236 0.282 0.170 52 Q 0.001 0.004 0.047 0.054 0.072 0.086 0.193 0.206 0.176 0.113 0.049 53 W 0.002 0.007 0.071 0.029 0.029 0.059 0.168 0.178 0.202 0.174 0.081 54 V 0.003 0.004 0.034 0.025 0.024 0.029 0.133 0.227 0.260 0.183 0.078 55 L 0.002 0.011 0.037 0.024 0.019 0.030 0.142 0.163 0.224 0.218 0.129 56 I 0.003 0.011 0.041 0.048 0.071 0.087 0.197 0.161 0.202 0.116 0.063 57 P 0.213 0.152 0.175 0.185 0.098 0.067 0.063 0.026 0.014 0.005 0.002 58 R 0.017 0.047 0.035 0.121 0.175 0.180 0.242 0.106 0.050 0.021 0.006 59 M 0.004 0.008 0.016 0.023 0.023 0.033 0.096 0.143 0.238 0.221 0.196 60 H 0.030 0.032 0.074 0.201 0.240 0.202 0.136 0.045 0.025 0.010 0.004 61 D 0.026 0.060 0.238 0.267 0.168 0.114 0.076 0.030 0.013 0.006 0.002 62 L 0.003 0.005 0.018 0.019 0.025 0.048 0.151 0.178 0.236 0.197 0.121 63 L 0.002 0.002 0.008 0.012 0.021 0.044 0.165 0.183 0.223 0.191 0.148 64 D 0.035 0.110 0.494 0.182 0.100 0.040 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 65 N 0.070 0.085 0.138 0.163 0.160 0.161 0.144 0.045 0.021 0.010 0.004 66 K 0.654 0.146 0.052 0.068 0.034 0.018 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 67 Q 0.058 0.102 0.039 0.105 0.118 0.143 0.179 0.100 0.075 0.050 0.031 68 P 0.361 0.244 0.074 0.113 0.073 0.044 0.037 0.020 0.016 0.010 0.007 69 L 0.047 0.021 0.007 0.028 0.045 0.079 0.172 0.156 0.169 0.140 0.135 70 P 0.136 0.132 0.051 0.125 0.122 0.098 0.118 0.077 0.063 0.043 0.036 71 G 0.397 0.143 0.059 0.150 0.100 0.062 0.040 0.020 0.014 0.009 0.007 72 A 0.198 0.126 0.060 0.146 0.119 0.108 0.101 0.058 0.041 0.027 0.017 73 F 0.045 0.035 0.029 0.071 0.084 0.121 0.172 0.145 0.140 0.098 0.059 74 A 0.068 0.071 0.059 0.113 0.106 0.120 0.174 0.106 0.083 0.058 0.043 75 V 0.005 0.009 0.009 0.015 0.017 0.023 0.070 0.117 0.200 0.256 0.279 76 A 0.009 0.022 0.016 0.040 0.056 0.082 0.155 0.152 0.193 0.153 0.122 77 P 0.043 0.052 0.045 0.115 0.106 0.114 0.145 0.103 0.116 0.093 0.067 78 Y 0.011 0.017 0.030 0.062 0.086 0.114 0.204 0.161 0.143 0.105 0.068 79 Y 0.002 0.002 0.007 0.013 0.011 0.015 0.055 0.098 0.222 0.291 0.285 80 E 0.001 0.002 0.014 0.028 0.041 0.094 0.197 0.152 0.187 0.161 0.123 81 M 0.005 0.011 0.157 0.121 0.102 0.131 0.192 0.118 0.093 0.048 0.022 82 A 0.001 0.002 0.014 0.023 0.047 0.105 0.269 0.213 0.159 0.109 0.058 83 L 0.001 0.001 0.006 0.009 0.010 0.016 0.065 0.105 0.216 0.297 0.275 84 A 0.007 0.019 0.057 0.143 0.216 0.201 0.215 0.081 0.043 0.014 0.004 85 T 0.100 0.106 0.183 0.190 0.139 0.119 0.096 0.036 0.020 0.008 0.003 86 D 0.232 0.269 0.090 0.166 0.089 0.063 0.052 0.021 0.011 0.006 0.002 87 H 0.184 0.140 0.036 0.098 0.086 0.107 0.141 0.084 0.063 0.038 0.022 88 P 0.549 0.198 0.056 0.075 0.050 0.027 0.022 0.011 0.007 0.003 0.002 89 Q 0.086 0.229 0.072 0.164 0.114 0.118 0.120 0.049 0.029 0.013 0.006 90 R 0.016 0.025 0.032 0.092 0.145 0.186 0.229 0.125 0.085 0.043 0.022 91 A 0.246 0.123 0.152 0.191 0.116 0.082 0.057 0.019 0.009 0.003 0.001 92 L 0.007 0.030 0.104 0.279 0.255 0.178 0.103 0.029 0.010 0.003 0.001 93 I 0.001 0.002 0.012 0.007 0.007 0.012 0.074 0.147 0.241 0.280 0.218 94 L 0.001 0.003 0.031 0.078 0.142 0.234 0.300 0.114 0.061 0.027 0.010 95 A 0.010 0.026 0.739 0.129 0.053 0.023 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 96 E 0.001 0.003 0.028 0.034 0.053 0.164 0.410 0.165 0.080 0.045 0.017 97 L 0.001 0.001 0.016 0.004 0.004 0.010 0.099 0.160 0.257 0.266 0.183 98 E 0.013 0.024 0.427 0.241 0.149 0.083 0.044 0.013 0.004 0.002 0.001 99 K 0.003 0.022 0.358 0.223 0.193 0.125 0.061 0.011 0.004 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.011 0.003 0.003 0.008 0.076 0.129 0.272 0.283 0.216 101 D 0.001 0.002 0.029 0.052 0.101 0.195 0.392 0.127 0.064 0.028 0.010 102 A 0.005 0.023 0.800 0.107 0.044 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.003 0.028 0.022 0.049 0.130 0.343 0.183 0.128 0.080 0.033 104 F 0.001 0.002 0.010 0.006 0.010 0.020 0.126 0.174 0.254 0.235 0.163 105 A 0.019 0.075 0.339 0.202 0.172 0.095 0.064 0.020 0.008 0.004 0.002 106 D 0.129 0.171 0.380 0.182 0.081 0.037 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 107 D 0.346 0.180 0.106 0.111 0.077 0.059 0.065 0.027 0.017 0.009 0.004 108 A 0.377 0.129 0.092 0.101 0.072 0.069 0.078 0.034 0.025 0.014 0.009 109 S 0.269 0.256 0.173 0.125 0.068 0.041 0.036 0.014 0.009 0.005 0.003 110 L 0.092 0.067 0.080 0.094 0.092 0.133 0.179 0.108 0.083 0.049 0.022 111 E 0.285 0.167 0.162 0.146 0.090 0.058 0.048 0.021 0.013 0.007 0.004 112 H 0.164 0.141 0.206 0.171 0.107 0.073 0.065 0.032 0.022 0.012 0.006 113 H 0.195 0.128 0.098 0.144 0.115 0.098 0.097 0.054 0.038 0.023 0.010 114 H 0.164 0.128 0.106 0.136 0.114 0.100 0.108 0.063 0.045 0.025 0.011 115 H 0.228 0.143 0.144 0.145 0.099 0.075 0.075 0.041 0.028 0.016 0.007 116 H 0.255 0.157 0.105 0.141 0.102 0.072 0.071 0.040 0.030 0.018 0.009 117 H 0.331 0.149 0.057 0.102 0.081 0.065 0.074 0.053 0.044 0.029 0.015