# TARGET T0352 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 59 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.006 0.836 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 0.002 0.107 0.010 0.008 0.006 2 T 0.001 0.022 0.896 0.001 0.003 0.039 0.001 0.001 0.003 0.021 0.009 0.001 0.008 3 T 0.001 0.006 0.203 0.001 0.014 0.641 0.001 0.001 0.001 0.072 0.060 0.002 0.001 4 H 0.001 0.001 0.045 0.001 0.016 0.882 0.001 0.001 0.001 0.014 0.043 0.001 0.001 5 D 0.001 0.001 0.023 0.001 0.013 0.940 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.001 0.001 6 R 0.001 0.001 0.019 0.001 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 7 V 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 20 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.897 0.001 0.001 0.001 0.006 0.089 0.001 0.001 21 H 0.001 0.001 0.027 0.001 0.015 0.461 0.001 0.001 0.001 0.031 0.465 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.002 0.087 0.001 0.045 0.142 0.001 0.001 0.001 0.047 0.674 0.001 0.001 23 H 0.001 0.012 0.506 0.001 0.092 0.132 0.001 0.001 0.001 0.137 0.106 0.003 0.011 24 W 0.001 0.022 0.276 0.002 0.207 0.154 0.001 0.001 0.002 0.161 0.126 0.019 0.031 25 R 0.004 0.014 0.261 0.003 0.182 0.156 0.001 0.001 0.002 0.155 0.129 0.038 0.053 26 N 0.002 0.017 0.365 0.004 0.094 0.130 0.001 0.001 0.002 0.180 0.078 0.017 0.111 27 D 0.001 0.013 0.507 0.002 0.013 0.073 0.001 0.001 0.003 0.277 0.036 0.034 0.043 28 E 0.001 0.008 0.818 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.107 0.017 0.006 0.017 29 P 0.001 0.016 0.923 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.030 0.005 0.002 0.008 30 Q 0.001 0.022 0.732 0.001 0.012 0.136 0.001 0.001 0.002 0.070 0.014 0.003 0.009 31 P 0.001 0.001 0.049 0.001 0.150 0.665 0.001 0.001 0.001 0.041 0.091 0.001 0.002 32 H 0.001 0.001 0.036 0.001 0.217 0.641 0.001 0.001 0.001 0.016 0.084 0.001 0.002 33 Q 0.001 0.003 0.028 0.001 0.205 0.705 0.001 0.001 0.001 0.017 0.029 0.002 0.010 34 F 0.001 0.010 0.034 0.001 0.098 0.727 0.001 0.001 0.001 0.020 0.096 0.003 0.008 35 N 0.002 0.009 0.076 0.001 0.074 0.501 0.001 0.001 0.001 0.051 0.268 0.006 0.011 36 S 0.001 0.006 0.133 0.002 0.042 0.225 0.001 0.001 0.001 0.141 0.440 0.001 0.009 37 T 0.001 0.013 0.230 0.006 0.039 0.050 0.001 0.001 0.001 0.337 0.307 0.009 0.007 38 Q 0.001 0.009 0.532 0.004 0.023 0.011 0.001 0.001 0.004 0.356 0.031 0.016 0.014 39 P 0.001 0.013 0.454 0.009 0.089 0.021 0.001 0.001 0.006 0.127 0.225 0.010 0.045 40 F 0.024 0.101 0.223 0.012 0.084 0.032 0.017 0.014 0.077 0.101 0.201 0.054 0.059 41 F 0.040 0.029 0.406 0.006 0.058 0.026 0.025 0.017 0.112 0.106 0.035 0.032 0.106 42 M 0.058 0.026 0.226 0.017 0.090 0.038 0.045 0.011 0.130 0.143 0.113 0.040 0.064 43 D 0.030 0.015 0.255 0.014 0.098 0.041 0.011 0.006 0.082 0.164 0.180 0.033 0.069 44 T 0.023 0.038 0.280 0.014 0.073 0.032 0.005 0.003 0.045 0.240 0.164 0.029 0.054 45 M 0.002 0.012 0.377 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.014 0.508 0.017 0.041 0.011 46 E 0.001 0.016 0.800 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.004 0.104 0.011 0.001 0.041 47 P 0.001 0.001 0.011 0.001 0.031 0.892 0.001 0.001 0.001 0.017 0.049 0.001 0.001 48 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.001 0.001 49 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 0.954 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 50 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 52 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 53 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 55 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 56 I 0.001 0.001 0.013 0.001 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 57 P 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 60 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 61 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.938 0.001 0.001 0.001 0.003 0.052 0.001 0.001 65 N 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.318 0.001 0.001 0.001 0.020 0.641 0.001 0.001 66 K 0.001 0.002 0.178 0.001 0.009 0.075 0.001 0.001 0.001 0.116 0.618 0.001 0.001 67 Q 0.001 0.002 0.792 0.001 0.010 0.018 0.001 0.001 0.001 0.154 0.018 0.003 0.002 68 P 0.001 0.035 0.653 0.001 0.046 0.038 0.001 0.001 0.002 0.137 0.077 0.001 0.011 69 L 0.001 0.022 0.516 0.001 0.049 0.049 0.001 0.001 0.002 0.291 0.061 0.008 0.002 70 P 0.001 0.006 0.609 0.002 0.103 0.057 0.001 0.001 0.003 0.114 0.093 0.001 0.011 71 G 0.001 0.016 0.274 0.009 0.231 0.094 0.001 0.001 0.010 0.115 0.234 0.008 0.007 72 A 0.002 0.015 0.250 0.003 0.302 0.122 0.001 0.002 0.026 0.135 0.119 0.007 0.016 73 F 0.002 0.014 0.278 0.004 0.228 0.114 0.002 0.003 0.041 0.197 0.099 0.008 0.012 74 A 0.005 0.047 0.281 0.002 0.106 0.126 0.007 0.005 0.069 0.130 0.179 0.015 0.028 75 V 0.002 0.052 0.317 0.001 0.047 0.327 0.003 0.006 0.050 0.096 0.074 0.005 0.022 76 A 0.001 0.002 0.344 0.001 0.009 0.517 0.001 0.001 0.006 0.098 0.015 0.003 0.004 77 P 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 78 Y 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 79 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 80 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.052 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.014 0.779 0.001 0.001 0.001 0.010 0.186 0.001 0.001 85 T 0.001 0.001 0.073 0.001 0.027 0.500 0.001 0.001 0.001 0.064 0.332 0.001 0.001 86 D 0.001 0.006 0.251 0.001 0.049 0.322 0.001 0.001 0.001 0.185 0.184 0.001 0.002 87 H 0.001 0.005 0.145 0.001 0.092 0.385 0.001 0.001 0.001 0.124 0.247 0.001 0.001 88 P 0.001 0.002 0.155 0.001 0.073 0.430 0.001 0.001 0.001 0.144 0.194 0.001 0.001 89 Q 0.001 0.006 0.181 0.001 0.048 0.579 0.001 0.001 0.001 0.093 0.090 0.001 0.002 90 R 0.001 0.001 0.049 0.001 0.019 0.886 0.001 0.001 0.001 0.024 0.019 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.016 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 92 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.011 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 93 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 94 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 101 D 0.001 0.001 0.041 0.001 0.020 0.870 0.001 0.001 0.002 0.035 0.028 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.022 0.923 0.001 0.001 0.004 0.007 0.028 0.001 0.001 103 L 0.001 0.003 0.005 0.001 0.013 0.930 0.001 0.001 0.001 0.009 0.035 0.001 0.001 104 F 0.001 0.006 0.034 0.001 0.012 0.760 0.001 0.001 0.002 0.027 0.154 0.002 0.002 105 A 0.001 0.003 0.305 0.001 0.008 0.354 0.001 0.001 0.002 0.160 0.162 0.002 0.002 106 D 0.001 0.004 0.482 0.001 0.008 0.048 0.001 0.001 0.001 0.306 0.148 0.001 0.001 107 D 0.001 0.008 0.590 0.001 0.014 0.023 0.001 0.001 0.001 0.244 0.117 0.001 0.002 108 A 0.001 0.008 0.761 0.001 0.022 0.061 0.001 0.001 0.001 0.065 0.075 0.002 0.005 109 S 0.001 0.002 0.942 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.001 0.002