# TARGET T0352 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.1527 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.056 0.112 0.005 0.025 0.034 0.035 0.106 0.009 0.002 0.061 0.555 2 T 0.057 0.391 0.001 0.013 0.015 0.021 0.075 0.009 0.001 0.057 0.361 3 T 0.040 0.711 0.002 0.005 0.004 0.005 0.025 0.006 0.001 0.055 0.146 4 H 0.015 0.903 0.002 0.002 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.013 0.049 5 D 0.018 0.876 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.003 0.001 0.034 0.053 6 R 0.008 0.852 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.079 0.042 7 V 0.008 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.019 0.018 8 R 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.028 0.015 9 L 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 0.014 10 Q 0.003 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.058 0.018 11 L 0.002 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.007 12 Q 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.008 13 A 0.001 0.933 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.044 0.015 14 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 E 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.009 16 A 0.013 0.848 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.085 0.035 17 L 0.023 0.846 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.004 0.061 0.042 18 L 0.095 0.207 0.273 0.002 0.001 0.001 0.022 0.026 0.131 0.150 0.093 19 R 0.328 0.263 0.003 0.003 0.001 0.002 0.052 0.012 0.003 0.048 0.285 20 E 0.046 0.123 0.003 0.003 0.001 0.003 0.054 0.003 0.002 0.018 0.745 21 H 0.044 0.125 0.012 0.014 0.003 0.007 0.111 0.006 0.002 0.040 0.636 22 Q 0.087 0.102 0.007 0.023 0.009 0.023 0.094 0.011 0.004 0.156 0.484 23 H 0.169 0.057 0.007 0.025 0.009 0.019 0.101 0.009 0.002 0.114 0.488 24 W 0.117 0.035 0.003 0.071 0.011 0.031 0.111 0.006 0.002 0.076 0.537 25 R 0.075 0.010 0.001 0.054 0.017 0.036 0.130 0.002 0.001 0.059 0.615 26 N 0.007 0.004 0.001 0.066 0.016 0.046 0.161 0.002 0.001 0.033 0.664 27 D 0.031 0.006 0.001 0.039 0.016 0.022 0.141 0.001 0.001 0.038 0.706 28 E 0.013 0.014 0.001 0.035 0.028 0.026 0.191 0.003 0.001 0.048 0.639 29 P 0.043 0.213 0.002 0.009 0.003 0.005 0.086 0.007 0.001 0.012 0.619 30 Q 0.217 0.574 0.003 0.004 0.002 0.002 0.022 0.028 0.001 0.032 0.115 31 P 0.167 0.311 0.010 0.005 0.001 0.002 0.042 0.010 0.003 0.196 0.252 32 H 0.193 0.232 0.012 0.009 0.005 0.011 0.072 0.010 0.004 0.178 0.274 33 Q 0.269 0.035 0.011 0.013 0.012 0.019 0.080 0.012 0.005 0.194 0.348 34 F 0.123 0.042 0.003 0.023 0.011 0.021 0.125 0.007 0.002 0.059 0.583 35 N 0.088 0.019 0.002 0.017 0.009 0.019 0.106 0.002 0.001 0.041 0.695 36 S 0.026 0.011 0.002 0.020 0.014 0.031 0.165 0.008 0.001 0.066 0.656 37 T 0.077 0.049 0.002 0.019 0.009 0.016 0.133 0.006 0.001 0.060 0.629 38 Q 0.130 0.050 0.005 0.051 0.024 0.035 0.128 0.018 0.002 0.084 0.473 39 P 0.071 0.060 0.002 0.063 0.014 0.027 0.136 0.006 0.001 0.051 0.568 40 F 0.080 0.056 0.004 0.123 0.028 0.042 0.125 0.007 0.002 0.095 0.438 41 F 0.076 0.088 0.003 0.189 0.030 0.037 0.140 0.009 0.001 0.072 0.356 42 M 0.060 0.096 0.002 0.137 0.018 0.039 0.138 0.008 0.001 0.056 0.446 43 D 0.058 0.066 0.002 0.147 0.030 0.044 0.147 0.005 0.001 0.103 0.397 44 T 0.026 0.098 0.004 0.080 0.018 0.031 0.147 0.003 0.001 0.133 0.459 45 M 0.015 0.561 0.002 0.027 0.010 0.014 0.055 0.006 0.001 0.042 0.268 46 E 0.055 0.795 0.003 0.004 0.002 0.002 0.015 0.007 0.001 0.054 0.060 47 P 0.027 0.759 0.007 0.002 0.001 0.001 0.013 0.005 0.002 0.126 0.058 48 L 0.043 0.757 0.004 0.001 0.002 0.004 0.016 0.004 0.001 0.090 0.079 49 E 0.106 0.547 0.009 0.005 0.007 0.016 0.029 0.006 0.003 0.159 0.114 50 W 0.046 0.577 0.004 0.016 0.009 0.021 0.057 0.005 0.001 0.081 0.183 51 L 0.037 0.331 0.006 0.041 0.022 0.038 0.100 0.006 0.001 0.167 0.250 52 Q 0.023 0.223 0.004 0.111 0.042 0.088 0.087 0.005 0.001 0.252 0.165 53 W 0.022 0.049 0.003 0.101 0.041 0.075 0.100 0.002 0.001 0.311 0.296 54 V 0.010 0.050 0.005 0.251 0.091 0.098 0.096 0.002 0.001 0.091 0.305 55 L 0.028 0.099 0.006 0.110 0.040 0.069 0.090 0.005 0.002 0.172 0.380 56 I 0.126 0.168 0.006 0.061 0.035 0.036 0.075 0.009 0.004 0.216 0.263 57 P 0.058 0.298 0.005 0.039 0.007 0.013 0.078 0.005 0.003 0.157 0.337 58 R 0.028 0.768 0.004 0.007 0.003 0.005 0.025 0.006 0.002 0.022 0.131 59 M 0.038 0.828 0.003 0.004 0.004 0.005 0.012 0.015 0.001 0.007 0.085 60 H 0.055 0.646 0.004 0.007 0.006 0.011 0.020 0.011 0.001 0.103 0.136 61 D 0.073 0.347 0.022 0.016 0.009 0.014 0.039 0.011 0.008 0.298 0.163 62 L 0.162 0.093 0.095 0.028 0.009 0.017 0.094 0.024 0.038 0.196 0.243 63 L 0.273 0.035 0.022 0.035 0.014 0.024 0.088 0.015 0.012 0.087 0.394 64 D 0.092 0.007 0.001 0.014 0.005 0.009 0.098 0.002 0.001 0.029 0.743 65 N 0.008 0.002 0.001 0.016 0.008 0.029 0.149 0.005 0.001 0.029 0.755 66 K 0.037 0.003 0.001 0.016 0.005 0.013 0.120 0.001 0.001 0.038 0.765 67 Q 0.011 0.001 0.001 0.029 0.043 0.065 0.167 0.005 0.001 0.059 0.618 68 P 0.062 0.008 0.002 0.016 0.004 0.008 0.089 0.001 0.001 0.022 0.787 69 L 0.348 0.015 0.003 0.017 0.014 0.016 0.088 0.026 0.002 0.077 0.394 70 P 0.152 0.034 0.001 0.011 0.002 0.004 0.096 0.004 0.001 0.042 0.654 71 G 0.059 0.033 0.002 0.029 0.011 0.031 0.141 0.011 0.001 0.037 0.646 72 A 0.070 0.060 0.001 0.053 0.031 0.056 0.128 0.007 0.001 0.054 0.540 73 F 0.073 0.026 0.001 0.057 0.065 0.065 0.127 0.002 0.001 0.072 0.509 74 A 0.013 0.048 0.001 0.085 0.068 0.076 0.136 0.002 0.001 0.050 0.522 75 V 0.016 0.285 0.001 0.025 0.021 0.021 0.081 0.005 0.001 0.041 0.503 76 A 0.030 0.836 0.002 0.006 0.006 0.005 0.016 0.015 0.001 0.016 0.067 77 P 0.012 0.904 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.011 0.056 78 Y 0.005 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.004 0.016 79 Y 0.015 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.003 0.015 80 E 0.016 0.873 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.007 0.002 0.048 0.038 81 M 0.060 0.417 0.029 0.005 0.002 0.002 0.029 0.006 0.012 0.297 0.141 82 A 0.102 0.182 0.078 0.007 0.002 0.003 0.061 0.024 0.038 0.303 0.199 83 L 0.353 0.068 0.010 0.007 0.002 0.004 0.069 0.019 0.007 0.081 0.381 84 A 0.096 0.020 0.001 0.008 0.001 0.004 0.057 0.001 0.001 0.028 0.782 85 T 0.004 0.007 0.001 0.003 0.002 0.005 0.084 0.001 0.001 0.012 0.882 86 D 0.044 0.100 0.002 0.004 0.002 0.004 0.076 0.007 0.001 0.033 0.727 87 H 0.219 0.439 0.002 0.004 0.002 0.002 0.037 0.012 0.001 0.058 0.224 88 P 0.079 0.683 0.002 0.003 0.001 0.001 0.022 0.002 0.001 0.023 0.183 89 Q 0.019 0.899 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.010 0.056 90 R 0.022 0.914 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.003 0.001 0.011 0.034 91 A 0.019 0.887 0.001 0.006 0.003 0.004 0.010 0.002 0.001 0.026 0.041 92 L 0.008 0.868 0.003 0.007 0.005 0.005 0.012 0.002 0.001 0.037 0.051 93 I 0.011 0.939 0.002 0.002 0.002 0.002 0.006 0.004 0.001 0.008 0.024 94 L 0.018 0.897 0.002 0.004 0.002 0.003 0.006 0.003 0.001 0.031 0.032 95 A 0.013 0.841 0.007 0.005 0.002 0.003 0.014 0.003 0.002 0.047 0.062 96 E 0.023 0.857 0.007 0.003 0.002 0.002 0.012 0.007 0.002 0.029 0.056 97 L 0.063 0.750 0.012 0.003 0.003 0.004 0.016 0.013 0.003 0.056 0.077 98 E 0.028 0.782 0.002 0.003 0.002 0.003 0.020 0.003 0.001 0.023 0.132 99 K 0.034 0.701 0.019 0.004 0.002 0.003 0.026 0.007 0.006 0.029 0.169 100 L 0.095 0.637 0.012 0.005 0.003 0.004 0.031 0.032 0.004 0.042 0.137 101 D 0.183 0.440 0.006 0.006 0.004 0.008 0.041 0.014 0.004 0.072 0.221 102 A 0.103 0.187 0.026 0.017 0.005 0.012 0.090 0.005 0.010 0.078 0.467 103 L 0.078 0.097 0.016 0.023 0.010 0.025 0.108 0.008 0.008 0.065 0.562 104 F 0.218 0.051 0.005 0.013 0.012 0.020 0.089 0.008 0.003 0.071 0.511 105 A 0.098 0.019 0.004 0.013 0.005 0.011 0.090 0.003 0.002 0.044 0.710 106 D 0.036 0.007 0.002 0.008 0.004 0.011 0.090 0.004 0.001 0.034 0.805 107 D 0.131 0.013 0.001 0.008 0.008 0.011 0.089 0.004 0.001 0.052 0.682 108 A 0.062 0.012 0.001 0.010 0.008 0.012 0.105 0.004 0.001 0.043 0.741 109 S 0.038 0.011 0.001 0.010 0.013 0.019 0.112 0.005 0.001 0.032 0.760