# TARGET T0352 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.1527 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.159 0.078 0.054 0.100 0.085 0.094 0.134 0.102 0.093 0.061 0.040 2 T 0.303 0.266 0.100 0.132 0.078 0.045 0.037 0.019 0.011 0.006 0.003 3 T 0.061 0.244 0.104 0.170 0.112 0.106 0.093 0.053 0.031 0.018 0.007 4 H 0.060 0.056 0.047 0.096 0.157 0.193 0.215 0.097 0.051 0.020 0.008 5 D 0.419 0.180 0.194 0.137 0.043 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 6 R 0.012 0.052 0.111 0.355 0.236 0.131 0.076 0.019 0.006 0.001 0.001 7 V 0.002 0.002 0.042 0.009 0.009 0.024 0.127 0.189 0.240 0.215 0.142 8 R 0.001 0.004 0.127 0.175 0.207 0.250 0.184 0.037 0.010 0.003 0.001 9 L 0.004 0.022 0.719 0.189 0.048 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.041 0.021 0.034 0.129 0.415 0.187 0.099 0.051 0.021 11 L 0.001 0.001 0.086 0.004 0.005 0.013 0.189 0.209 0.228 0.173 0.092 12 Q 0.001 0.005 0.712 0.168 0.075 0.027 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.010 0.473 0.247 0.173 0.074 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.076 0.003 0.004 0.011 0.143 0.162 0.287 0.207 0.106 15 E 0.001 0.001 0.087 0.033 0.057 0.134 0.465 0.144 0.054 0.020 0.005 16 A 0.001 0.003 0.890 0.074 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.007 0.185 0.079 0.150 0.259 0.249 0.050 0.015 0.005 0.001 18 L 0.002 0.004 0.231 0.010 0.007 0.010 0.092 0.133 0.243 0.181 0.088 19 R 0.004 0.013 0.392 0.170 0.181 0.109 0.093 0.026 0.007 0.003 0.001 20 E 0.007 0.030 0.817 0.085 0.039 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 21 H 0.009 0.026 0.179 0.083 0.116 0.152 0.237 0.094 0.062 0.030 0.010 22 Q 0.244 0.116 0.260 0.088 0.061 0.057 0.087 0.038 0.028 0.015 0.006 23 H 0.050 0.090 0.271 0.173 0.154 0.091 0.090 0.040 0.023 0.013 0.006 24 W 0.027 0.043 0.109 0.069 0.081 0.100 0.191 0.136 0.121 0.082 0.041 25 R 0.065 0.100 0.173 0.183 0.163 0.109 0.115 0.045 0.027 0.013 0.007 26 N 0.148 0.144 0.202 0.169 0.123 0.074 0.074 0.032 0.020 0.010 0.004 27 D 0.287 0.160 0.105 0.144 0.100 0.070 0.065 0.032 0.020 0.012 0.005 28 E 0.381 0.201 0.072 0.124 0.079 0.051 0.049 0.020 0.014 0.006 0.003 29 P 0.094 0.069 0.033 0.059 0.078 0.111 0.165 0.136 0.125 0.085 0.046 30 Q 0.314 0.382 0.095 0.123 0.050 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 31 P 0.483 0.131 0.049 0.113 0.089 0.060 0.041 0.018 0.010 0.004 0.002 32 H 0.519 0.147 0.071 0.112 0.062 0.037 0.026 0.013 0.007 0.004 0.002 33 Q 0.081 0.130 0.117 0.258 0.161 0.110 0.086 0.032 0.016 0.007 0.003 34 F 0.040 0.032 0.030 0.052 0.063 0.092 0.157 0.169 0.163 0.124 0.078 35 N 0.193 0.249 0.150 0.189 0.110 0.056 0.032 0.011 0.006 0.003 0.002 36 S 0.079 0.056 0.041 0.067 0.061 0.064 0.131 0.123 0.141 0.125 0.112 37 T 0.258 0.203 0.073 0.192 0.128 0.068 0.045 0.017 0.009 0.005 0.003 38 Q 0.136 0.117 0.054 0.147 0.134 0.121 0.126 0.069 0.049 0.030 0.017 39 P 0.041 0.045 0.029 0.103 0.113 0.132 0.168 0.123 0.106 0.081 0.059 40 F 0.025 0.018 0.015 0.039 0.053 0.082 0.192 0.188 0.192 0.127 0.068 41 F 0.028 0.037 0.035 0.094 0.090 0.103 0.172 0.144 0.130 0.093 0.074 42 M 0.019 0.016 0.019 0.042 0.041 0.054 0.102 0.135 0.192 0.193 0.188 43 D 0.021 0.037 0.028 0.128 0.156 0.154 0.187 0.130 0.089 0.045 0.023 44 T 0.035 0.059 0.037 0.086 0.070 0.080 0.159 0.143 0.148 0.113 0.070 45 M 0.031 0.015 0.012 0.038 0.049 0.071 0.150 0.153 0.199 0.162 0.120 46 E 0.086 0.197 0.081 0.204 0.160 0.124 0.100 0.027 0.013 0.006 0.003 47 P 0.033 0.034 0.034 0.105 0.090 0.094 0.183 0.137 0.135 0.105 0.050 48 L 0.098 0.075 0.073 0.156 0.152 0.150 0.149 0.063 0.048 0.024 0.012 49 E 0.012 0.025 0.059 0.171 0.158 0.157 0.237 0.104 0.049 0.020 0.008 50 W 0.006 0.008 0.035 0.042 0.052 0.084 0.191 0.188 0.178 0.144 0.071 51 L 0.002 0.002 0.021 0.014 0.012 0.017 0.096 0.152 0.235 0.280 0.169 52 Q 0.001 0.004 0.049 0.055 0.072 0.085 0.192 0.204 0.175 0.114 0.049 53 W 0.001 0.006 0.068 0.027 0.028 0.058 0.169 0.180 0.204 0.177 0.082 54 V 0.002 0.004 0.032 0.022 0.022 0.027 0.128 0.225 0.265 0.189 0.082 55 L 0.001 0.009 0.033 0.021 0.017 0.027 0.134 0.161 0.229 0.229 0.139 56 I 0.003 0.010 0.038 0.045 0.068 0.085 0.196 0.164 0.207 0.119 0.065 57 P 0.190 0.139 0.174 0.181 0.102 0.075 0.076 0.034 0.019 0.007 0.003 58 R 0.014 0.043 0.033 0.117 0.173 0.181 0.248 0.112 0.053 0.022 0.006 59 M 0.003 0.006 0.014 0.020 0.020 0.030 0.090 0.140 0.241 0.228 0.206 60 H 0.027 0.029 0.068 0.198 0.243 0.208 0.140 0.047 0.026 0.010 0.004 61 D 0.023 0.057 0.238 0.266 0.170 0.116 0.079 0.030 0.013 0.006 0.002 62 L 0.002 0.004 0.015 0.016 0.022 0.045 0.147 0.178 0.240 0.204 0.126 63 L 0.001 0.002 0.006 0.011 0.020 0.042 0.163 0.185 0.224 0.195 0.152 64 D 0.033 0.111 0.506 0.182 0.097 0.037 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 65 N 0.076 0.086 0.136 0.165 0.161 0.163 0.141 0.042 0.019 0.008 0.003 66 K 0.663 0.147 0.049 0.067 0.033 0.017 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 67 Q 0.054 0.101 0.037 0.103 0.119 0.145 0.183 0.102 0.076 0.050 0.030 68 P 0.365 0.245 0.074 0.113 0.073 0.044 0.036 0.019 0.015 0.010 0.006 69 L 0.045 0.021 0.007 0.027 0.043 0.079 0.172 0.158 0.171 0.142 0.136 70 P 0.135 0.134 0.052 0.126 0.123 0.098 0.118 0.076 0.062 0.042 0.034 71 G 0.408 0.146 0.060 0.150 0.097 0.058 0.037 0.018 0.013 0.008 0.006 72 A 0.200 0.127 0.060 0.146 0.118 0.108 0.100 0.058 0.040 0.026 0.016 73 F 0.046 0.036 0.030 0.073 0.087 0.123 0.173 0.144 0.136 0.095 0.057 74 A 0.074 0.078 0.065 0.121 0.110 0.119 0.168 0.099 0.075 0.052 0.038 75 V 0.005 0.010 0.010 0.016 0.018 0.025 0.072 0.118 0.199 0.252 0.275 76 A 0.011 0.028 0.020 0.047 0.064 0.089 0.159 0.149 0.183 0.139 0.110 77 P 0.059 0.065 0.056 0.132 0.116 0.119 0.138 0.091 0.098 0.074 0.053 78 Y 0.018 0.023 0.040 0.076 0.099 0.125 0.205 0.147 0.124 0.087 0.056 79 Y 0.002 0.003 0.010 0.018 0.014 0.018 0.063 0.105 0.223 0.277 0.266 80 E 0.002 0.002 0.017 0.028 0.042 0.095 0.203 0.153 0.183 0.156 0.118 81 M 0.007 0.015 0.226 0.150 0.111 0.124 0.158 0.090 0.066 0.036 0.018 82 A 0.001 0.004 0.021 0.028 0.054 0.114 0.272 0.200 0.148 0.101 0.057 83 L 0.001 0.002 0.008 0.010 0.010 0.016 0.062 0.101 0.205 0.297 0.289 84 A 0.010 0.023 0.076 0.147 0.215 0.192 0.201 0.075 0.041 0.015 0.005 85 T 0.101 0.105 0.244 0.190 0.124 0.100 0.077 0.030 0.017 0.008 0.004 86 D 0.120 0.170 0.072 0.155 0.120 0.116 0.128 0.058 0.034 0.020 0.007 87 H 0.202 0.162 0.040 0.091 0.080 0.094 0.121 0.078 0.066 0.042 0.024 88 P 0.541 0.184 0.064 0.078 0.052 0.031 0.024 0.012 0.008 0.004 0.003 89 Q 0.062 0.115 0.059 0.142 0.123 0.147 0.171 0.082 0.057 0.029 0.013 90 R 0.023 0.037 0.050 0.109 0.130 0.161 0.204 0.119 0.093 0.048 0.026 91 A 0.096 0.074 0.148 0.219 0.146 0.125 0.103 0.046 0.026 0.011 0.005 92 L 0.006 0.020 0.119 0.169 0.181 0.175 0.171 0.081 0.048 0.021 0.009 93 I 0.001 0.002 0.017 0.009 0.009 0.017 0.089 0.149 0.238 0.255 0.215 94 L 0.001 0.002 0.040 0.081 0.143 0.238 0.285 0.106 0.063 0.029 0.011 95 A 0.011 0.023 0.626 0.147 0.081 0.051 0.040 0.012 0.006 0.002 0.001 96 E 0.001 0.002 0.028 0.026 0.041 0.120 0.353 0.193 0.127 0.076 0.033 97 L 0.001 0.001 0.014 0.004 0.004 0.010 0.082 0.135 0.242 0.285 0.223 98 E 0.009 0.020 0.405 0.242 0.167 0.092 0.045 0.012 0.005 0.002 0.001 99 K 0.010 0.031 0.447 0.213 0.148 0.094 0.044 0.008 0.003 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.008 0.004 0.006 0.017 0.128 0.168 0.271 0.241 0.155 101 D 0.001 0.002 0.018 0.033 0.062 0.155 0.369 0.175 0.105 0.056 0.024 102 A 0.009 0.032 0.768 0.107 0.051 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.005 0.034 0.031 0.066 0.136 0.300 0.172 0.126 0.088 0.042 104 F 0.002 0.004 0.013 0.011 0.015 0.024 0.114 0.152 0.239 0.242 0.183 105 A 0.022 0.072 0.165 0.200 0.195 0.141 0.121 0.044 0.023 0.011 0.006 106 D 0.146 0.157 0.331 0.194 0.092 0.046 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 107 D 0.350 0.159 0.090 0.117 0.079 0.062 0.071 0.032 0.021 0.014 0.006 108 A 0.508 0.156 0.059 0.079 0.050 0.040 0.044 0.022 0.019 0.013 0.009 109 S 0.457 0.212 0.063 0.088 0.054 0.036 0.035 0.020 0.017 0.011 0.007