# TARGET T0352 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.1527 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.045 0.018 0.021 0.008 0.015 0.046 0.004 0.001 0.005 0.725 2 T 0.059 0.031 0.009 0.020 0.010 0.017 0.225 0.004 0.001 0.005 0.620 3 T 0.105 0.024 0.009 0.009 0.004 0.007 0.162 0.002 0.001 0.006 0.671 4 H 0.061 0.083 0.004 0.015 0.004 0.009 0.255 0.002 0.001 0.006 0.561 5 D 0.029 0.114 0.001 0.005 0.002 0.002 0.287 0.001 0.001 0.006 0.552 6 R 0.034 0.317 0.001 0.001 0.001 0.001 0.266 0.001 0.001 0.005 0.372 7 V 0.018 0.836 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 0.002 0.001 0.001 0.086 8 R 0.014 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.021 9 L 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 10 Q 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.016 11 L 0.015 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 12 Q 0.007 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 13 A 0.007 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 14 L 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 15 E 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 16 A 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 17 L 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 18 L 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 19 R 0.014 0.969 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 20 E 0.030 0.920 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.024 21 H 0.076 0.826 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.041 22 Q 0.135 0.590 0.037 0.005 0.005 0.004 0.009 0.057 0.001 0.002 0.156 23 H 0.079 0.349 0.145 0.012 0.010 0.015 0.026 0.023 0.001 0.001 0.341 24 W 0.103 0.260 0.012 0.068 0.034 0.043 0.040 0.023 0.001 0.002 0.415 25 R 0.136 0.140 0.015 0.042 0.024 0.035 0.064 0.010 0.001 0.005 0.527 26 N 0.104 0.099 0.014 0.041 0.030 0.038 0.065 0.008 0.001 0.003 0.599 27 D 0.167 0.044 0.012 0.063 0.019 0.038 0.080 0.012 0.001 0.007 0.559 28 E 0.186 0.013 0.016 0.042 0.012 0.028 0.123 0.005 0.001 0.007 0.567 29 P 0.013 0.001 0.008 0.013 0.002 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.940 30 Q 0.048 0.003 0.002 0.035 0.011 0.027 0.251 0.001 0.001 0.003 0.620 31 P 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.985 32 H 0.017 0.019 0.001 0.015 0.015 0.022 0.268 0.001 0.001 0.003 0.641 33 Q 0.260 0.056 0.001 0.008 0.008 0.018 0.316 0.001 0.001 0.012 0.320 34 F 0.169 0.626 0.001 0.026 0.012 0.013 0.019 0.003 0.001 0.001 0.131 35 N 0.167 0.612 0.003 0.007 0.004 0.010 0.024 0.005 0.001 0.004 0.164 36 S 0.335 0.353 0.013 0.005 0.004 0.008 0.028 0.014 0.001 0.002 0.240 37 T 0.240 0.318 0.022 0.021 0.008 0.011 0.025 0.046 0.001 0.002 0.307 38 Q 0.174 0.199 0.054 0.034 0.016 0.023 0.100 0.014 0.001 0.004 0.381 39 P 0.002 0.007 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.980 40 F 0.037 0.037 0.001 0.032 0.029 0.081 0.222 0.003 0.001 0.005 0.553 41 F 0.421 0.126 0.002 0.015 0.009 0.017 0.054 0.002 0.001 0.004 0.348 42 M 0.056 0.713 0.001 0.046 0.028 0.031 0.015 0.003 0.001 0.001 0.107 43 D 0.139 0.398 0.004 0.014 0.009 0.016 0.057 0.007 0.001 0.003 0.355 44 T 0.360 0.293 0.011 0.018 0.006 0.015 0.055 0.018 0.001 0.004 0.219 45 M 0.302 0.292 0.032 0.026 0.007 0.010 0.086 0.018 0.001 0.007 0.219 46 E 0.101 0.168 0.045 0.009 0.004 0.006 0.222 0.002 0.001 0.003 0.440 47 P 0.003 0.031 0.002 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.954 48 L 0.042 0.119 0.001 0.009 0.006 0.014 0.142 0.002 0.001 0.004 0.661 49 E 0.138 0.378 0.002 0.002 0.001 0.009 0.137 0.001 0.001 0.005 0.328 50 W 0.023 0.841 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.131 51 L 0.029 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 52 Q 0.051 0.873 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.064 53 W 0.048 0.856 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.075 54 V 0.121 0.813 0.001 0.007 0.004 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 0.028 55 L 0.082 0.649 0.048 0.007 0.008 0.015 0.010 0.014 0.001 0.001 0.166 56 I 0.062 0.466 0.049 0.075 0.042 0.111 0.044 0.014 0.001 0.001 0.136 57 P 0.004 0.011 0.002 0.009 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.967 58 R 0.028 0.064 0.006 0.098 0.042 0.102 0.162 0.003 0.001 0.007 0.489 59 M 0.231 0.154 0.012 0.049 0.025 0.077 0.080 0.005 0.001 0.013 0.355 60 H 0.065 0.445 0.002 0.108 0.045 0.072 0.037 0.005 0.001 0.002 0.219 61 D 0.085 0.272 0.003 0.036 0.053 0.081 0.042 0.003 0.001 0.002 0.423 62 L 0.066 0.441 0.005 0.070 0.098 0.123 0.023 0.003 0.001 0.001 0.169 63 L 0.019 0.456 0.002 0.093 0.127 0.209 0.024 0.003 0.001 0.001 0.066 64 D 0.053 0.392 0.003 0.035 0.076 0.163 0.043 0.013 0.001 0.002 0.219 65 N 0.221 0.324 0.007 0.030 0.036 0.060 0.047 0.020 0.001 0.003 0.252 66 K 0.401 0.072 0.036 0.033 0.018 0.031 0.076 0.047 0.001 0.018 0.267 67 Q 0.115 0.013 0.224 0.031 0.020 0.027 0.125 0.005 0.001 0.005 0.436 68 P 0.002 0.001 0.004 0.006 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.978 69 L 0.030 0.002 0.001 0.056 0.014 0.054 0.155 0.001 0.001 0.002 0.686 70 P 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.985 71 G 0.052 0.014 0.001 0.032 0.021 0.041 0.247 0.001 0.001 0.006 0.587 72 A 0.267 0.024 0.001 0.018 0.005 0.010 0.147 0.001 0.001 0.005 0.522 73 F 0.190 0.202 0.001 0.049 0.013 0.012 0.076 0.002 0.001 0.002 0.453 74 A 0.154 0.274 0.006 0.034 0.014 0.036 0.146 0.002 0.001 0.007 0.325 75 V 0.130 0.338 0.012 0.022 0.018 0.046 0.069 0.005 0.001 0.003 0.358 76 A 0.124 0.428 0.014 0.059 0.014 0.073 0.047 0.006 0.001 0.002 0.232 77 P 0.002 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.976 78 Y 0.039 0.143 0.001 0.010 0.004 0.008 0.143 0.002 0.001 0.003 0.647 79 Y 0.046 0.588 0.002 0.007 0.003 0.006 0.057 0.003 0.001 0.001 0.289 80 E 0.008 0.932 0.001 0.003 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.042 81 M 0.031 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.048 82 A 0.029 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 83 L 0.036 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.011 84 A 0.058 0.834 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 0.065 85 T 0.187 0.532 0.021 0.002 0.001 0.002 0.006 0.065 0.001 0.001 0.185 86 D 0.340 0.238 0.019 0.007 0.002 0.001 0.011 0.092 0.001 0.001 0.289 87 H 0.252 0.106 0.080 0.006 0.001 0.002 0.110 0.011 0.001 0.004 0.426 88 P 0.004 0.008 0.016 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.954 89 Q 0.038 0.032 0.001 0.012 0.003 0.007 0.224 0.002 0.001 0.005 0.677 90 R 0.350 0.180 0.003 0.007 0.002 0.005 0.120 0.001 0.001 0.010 0.322 91 A 0.026 0.762 0.001 0.008 0.003 0.003 0.014 0.002 0.001 0.001 0.180 92 L 0.044 0.806 0.001 0.004 0.002 0.004 0.020 0.002 0.001 0.001 0.116 93 I 0.024 0.913 0.001 0.003 0.002 0.006 0.008 0.003 0.001 0.001 0.040 94 L 0.009 0.964 0.001 0.002 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.013 95 A 0.012 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.058 96 E 0.029 0.934 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.027 97 L 0.040 0.899 0.009 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.001 0.001 0.026 98 E 0.032 0.887 0.014 0.001 0.001 0.003 0.007 0.010 0.001 0.001 0.043 99 K 0.076 0.731 0.008 0.002 0.004 0.003 0.006 0.045 0.001 0.001 0.124 100 L 0.090 0.803 0.020 0.005 0.003 0.006 0.005 0.014 0.001 0.002 0.052 101 D 0.034 0.624 0.019 0.017 0.020 0.024 0.032 0.042 0.001 0.002 0.185 102 A 0.068 0.475 0.018 0.027 0.026 0.028 0.036 0.030 0.001 0.002 0.289 103 L 0.148 0.468 0.011 0.030 0.032 0.056 0.049 0.028 0.001 0.005 0.171 104 F 0.187 0.356 0.032 0.049 0.057 0.095 0.061 0.025 0.001 0.007 0.131 105 A 0.095 0.236 0.028 0.064 0.071 0.104 0.049 0.027 0.001 0.004 0.323 106 D 0.126 0.071 0.012 0.037 0.038 0.042 0.071 0.023 0.001 0.005 0.575 107 D 0.154 0.027 0.016 0.018 0.013 0.017 0.173 0.009 0.001 0.013 0.559 108 A 0.080 0.013 0.019 0.018 0.010 0.012 0.289 0.004 0.001 0.025 0.530 109 S 0.099 0.014 0.007 0.012 0.007 0.009 0.542 0.002 0.001 0.024 0.282