# TARGET T0352 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 59 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 T 0.007 0.029 0.002 0.046 0.003 0.017 0.896 3 T 0.001 0.002 0.031 0.681 0.100 0.060 0.125 4 H 0.001 0.001 0.017 0.875 0.024 0.034 0.049 5 D 0.001 0.001 0.019 0.926 0.011 0.030 0.014 6 R 0.001 0.001 0.014 0.950 0.005 0.021 0.009 7 V 0.001 0.001 0.009 0.960 0.005 0.016 0.009 8 R 0.001 0.001 0.005 0.979 0.004 0.009 0.003 9 L 0.001 0.001 0.003 0.976 0.004 0.013 0.003 10 Q 0.001 0.001 0.002 0.968 0.002 0.024 0.004 11 L 0.001 0.001 0.001 0.976 0.003 0.014 0.006 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.978 0.003 0.016 0.003 13 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.003 0.013 0.004 14 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.006 0.004 15 E 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.004 0.002 16 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.002 17 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 18 L 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.009 0.004 19 R 0.001 0.001 0.006 0.946 0.004 0.039 0.005 20 E 0.001 0.001 0.013 0.786 0.007 0.185 0.007 21 H 0.001 0.001 0.021 0.371 0.026 0.554 0.027 22 Q 0.001 0.001 0.028 0.096 0.045 0.757 0.072 23 H 0.004 0.014 0.105 0.068 0.131 0.118 0.560 24 W 0.021 0.033 0.218 0.070 0.165 0.071 0.424 25 R 0.047 0.013 0.273 0.105 0.109 0.169 0.284 26 N 0.039 0.028 0.161 0.088 0.229 0.179 0.276 27 D 0.028 0.014 0.011 0.017 0.526 0.040 0.365 28 E 0.013 0.014 0.002 0.002 0.146 0.019 0.805 29 P 0.006 0.031 0.004 0.013 0.136 0.013 0.797 30 Q 0.006 0.008 0.016 0.034 0.044 0.018 0.873 31 P 0.001 0.001 0.515 0.362 0.020 0.082 0.020 32 H 0.001 0.001 0.594 0.314 0.015 0.058 0.017 33 Q 0.002 0.007 0.677 0.209 0.016 0.047 0.041 34 F 0.011 0.038 0.249 0.330 0.074 0.159 0.139 35 N 0.018 0.012 0.124 0.163 0.083 0.450 0.150 36 S 0.018 0.013 0.048 0.104 0.116 0.499 0.201 37 T 0.017 0.013 0.015 0.032 0.323 0.159 0.441 38 Q 0.031 0.006 0.004 0.009 0.629 0.017 0.303 39 P 0.119 0.013 0.007 0.010 0.163 0.033 0.656 40 F 0.498 0.049 0.018 0.016 0.059 0.032 0.329 41 F 0.641 0.017 0.024 0.017 0.046 0.026 0.231 42 M 0.595 0.021 0.038 0.014 0.072 0.032 0.229 43 D 0.525 0.010 0.026 0.013 0.091 0.038 0.298 44 T 0.387 0.015 0.019 0.007 0.104 0.070 0.398 45 M 0.229 0.026 0.006 0.006 0.251 0.036 0.447 46 E 0.164 0.011 0.001 0.003 0.139 0.008 0.674 47 P 0.022 0.004 0.171 0.619 0.063 0.075 0.047 48 L 0.013 0.004 0.143 0.751 0.024 0.041 0.025 49 E 0.020 0.002 0.170 0.748 0.011 0.029 0.019 50 W 0.032 0.001 0.040 0.897 0.007 0.013 0.009 51 L 0.043 0.001 0.017 0.908 0.004 0.010 0.017 52 Q 0.032 0.001 0.030 0.906 0.009 0.015 0.006 53 W 0.049 0.001 0.021 0.885 0.006 0.030 0.007 54 V 0.072 0.005 0.038 0.783 0.012 0.070 0.022 55 L 0.104 0.008 0.018 0.707 0.037 0.052 0.073 56 I 0.037 0.003 0.014 0.701 0.054 0.029 0.163 57 P 0.002 0.001 0.037 0.919 0.007 0.025 0.008 58 R 0.001 0.002 0.014 0.934 0.011 0.030 0.007 59 M 0.001 0.001 0.007 0.977 0.002 0.009 0.004 60 H 0.001 0.001 0.003 0.987 0.003 0.005 0.002 61 D 0.002 0.001 0.002 0.986 0.002 0.005 0.002 62 L 0.001 0.001 0.004 0.985 0.002 0.004 0.002 63 L 0.002 0.001 0.004 0.972 0.004 0.013 0.003 64 D 0.002 0.001 0.009 0.870 0.005 0.106 0.006 65 N 0.001 0.001 0.005 0.266 0.037 0.675 0.015 66 K 0.001 0.002 0.003 0.008 0.037 0.903 0.047 67 Q 0.002 0.012 0.001 0.001 0.213 0.015 0.756 68 P 0.005 0.056 0.001 0.001 0.141 0.015 0.781 69 L 0.011 0.049 0.012 0.007 0.381 0.035 0.504 70 P 0.011 0.016 0.047 0.008 0.163 0.088 0.668 71 G 0.017 0.004 0.124 0.024 0.286 0.420 0.126 72 A 0.079 0.028 0.215 0.064 0.190 0.263 0.162 73 F 0.177 0.040 0.052 0.071 0.081 0.052 0.527 74 A 0.286 0.043 0.020 0.089 0.087 0.050 0.425 75 V 0.283 0.056 0.007 0.208 0.092 0.022 0.332 76 A 0.061 0.005 0.003 0.509 0.046 0.010 0.367 77 P 0.002 0.001 0.005 0.967 0.007 0.009 0.010 78 Y 0.001 0.001 0.005 0.973 0.004 0.011 0.005 79 Y 0.001 0.001 0.005 0.980 0.003 0.008 0.004 80 E 0.001 0.001 0.002 0.984 0.004 0.004 0.004 81 M 0.002 0.001 0.004 0.970 0.005 0.014 0.006 82 A 0.001 0.001 0.007 0.949 0.003 0.034 0.006 83 L 0.001 0.005 0.011 0.880 0.012 0.076 0.015 84 A 0.001 0.001 0.021 0.683 0.028 0.242 0.025 85 T 0.001 0.001 0.022 0.425 0.054 0.444 0.054 86 D 0.001 0.004 0.027 0.253 0.192 0.133 0.390 87 H 0.001 0.003 0.078 0.294 0.157 0.190 0.277 88 P 0.002 0.003 0.126 0.323 0.104 0.281 0.162 89 Q 0.002 0.003 0.101 0.450 0.099 0.160 0.185 90 R 0.003 0.003 0.033 0.690 0.062 0.063 0.146 91 A 0.002 0.001 0.015 0.887 0.019 0.038 0.038 92 L 0.002 0.001 0.011 0.930 0.008 0.024 0.024 93 I 0.001 0.001 0.003 0.973 0.006 0.008 0.009 94 L 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.003 0.003 95 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 96 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 97 L 0.001 0.001 0.002 0.976 0.001 0.019 0.002 98 E 0.001 0.001 0.002 0.940 0.003 0.051 0.002 99 K 0.001 0.001 0.003 0.940 0.007 0.039 0.010 100 L 0.001 0.002 0.006 0.920 0.021 0.013 0.037 101 D 0.003 0.002 0.012 0.931 0.011 0.022 0.019 102 A 0.004 0.001 0.024 0.899 0.009 0.049 0.014 103 L 0.003 0.002 0.026 0.874 0.013 0.065 0.017 104 F 0.007 0.006 0.017 0.801 0.038 0.092 0.038 105 A 0.009 0.003 0.016 0.583 0.065 0.242 0.082 106 D 0.007 0.004 0.014 0.200 0.187 0.327 0.261 107 D 0.007 0.012 0.014 0.075 0.219 0.153 0.519 108 A 0.009 0.015 0.020 0.060 0.035 0.147 0.714 109 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.991