# TARGET T0352 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 59 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.150 0.099 0.052 0.147 0.035 0.027 0.078 0.070 0.158 0.080 2 T 0.057 0.343 0.165 0.017 0.168 0.008 0.011 0.102 0.039 0.047 0.042 3 T 0.053 0.155 0.071 0.011 0.072 0.006 0.008 0.331 0.147 0.109 0.038 4 H 0.008 0.022 0.010 0.004 0.018 0.004 0.006 0.723 0.185 0.016 0.004 5 D 0.001 0.006 0.002 0.002 0.003 0.003 0.010 0.866 0.098 0.008 0.001 6 R 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.886 0.072 0.017 0.001 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.903 0.076 0.015 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.919 0.072 0.002 0.001 9 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.944 0.041 0.002 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.888 0.077 0.022 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.899 0.085 0.008 0.001 12 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.938 0.047 0.003 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.945 0.038 0.011 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.042 0.006 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.050 0.004 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.955 0.038 0.002 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.944 0.046 0.003 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.921 0.058 0.008 0.001 19 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.857 0.104 0.011 0.003 20 E 0.002 0.007 0.003 0.002 0.004 0.003 0.032 0.727 0.135 0.081 0.002 21 H 0.003 0.790 0.106 0.003 0.047 0.002 0.007 0.025 0.009 0.006 0.001 22 Q 0.082 0.020 0.010 0.008 0.026 0.004 0.015 0.065 0.041 0.468 0.262 23 H 0.042 0.083 0.040 0.024 0.082 0.055 0.113 0.278 0.112 0.132 0.038 24 W 0.117 0.113 0.026 0.018 0.215 0.014 0.020 0.159 0.106 0.107 0.104 25 R 0.071 0.136 0.058 0.019 0.136 0.018 0.042 0.201 0.160 0.118 0.042 26 N 0.077 0.122 0.062 0.017 0.155 0.014 0.058 0.218 0.128 0.126 0.022 27 D 0.018 0.302 0.447 0.032 0.080 0.009 0.021 0.043 0.020 0.021 0.007 28 E 0.076 0.420 0.224 0.011 0.157 0.007 0.018 0.039 0.011 0.014 0.025 29 P 0.039 0.555 0.189 0.008 0.136 0.007 0.011 0.027 0.008 0.010 0.010 30 Q 0.035 0.428 0.169 0.013 0.104 0.006 0.007 0.146 0.057 0.022 0.014 31 P 0.007 0.004 0.003 0.003 0.007 0.004 0.005 0.629 0.317 0.019 0.004 32 H 0.003 0.009 0.006 0.003 0.005 0.004 0.020 0.719 0.205 0.023 0.003 33 Q 0.010 0.013 0.005 0.003 0.020 0.005 0.023 0.610 0.204 0.102 0.006 34 F 0.023 0.058 0.024 0.022 0.061 0.020 0.048 0.474 0.188 0.070 0.012 35 N 0.031 0.033 0.009 0.019 0.049 0.030 0.081 0.264 0.188 0.242 0.056 36 S 0.085 0.071 0.031 0.015 0.164 0.010 0.057 0.214 0.099 0.203 0.050 37 T 0.095 0.108 0.044 0.020 0.148 0.018 0.076 0.173 0.150 0.126 0.043 38 Q 0.067 0.276 0.218 0.041 0.215 0.014 0.027 0.065 0.034 0.021 0.021 39 P 0.123 0.144 0.041 0.011 0.235 0.019 0.076 0.167 0.091 0.053 0.042 40 F 0.071 0.235 0.092 0.031 0.231 0.021 0.036 0.076 0.061 0.107 0.039 41 F 0.176 0.171 0.045 0.008 0.389 0.009 0.017 0.054 0.032 0.041 0.059 42 M 0.123 0.149 0.020 0.010 0.284 0.020 0.024 0.110 0.118 0.083 0.057 43 D 0.103 0.038 0.021 0.022 0.153 0.056 0.105 0.201 0.166 0.090 0.046 44 T 0.093 0.148 0.046 0.008 0.130 0.009 0.032 0.081 0.102 0.298 0.054 45 M 0.097 0.327 0.079 0.010 0.260 0.006 0.013 0.019 0.025 0.118 0.046 46 E 0.004 0.700 0.258 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 P 0.007 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.003 0.645 0.314 0.009 0.003 48 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.863 0.120 0.003 0.001 49 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.912 0.061 0.013 0.001 50 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.901 0.086 0.008 0.001 51 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.895 0.092 0.004 0.001 52 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.927 0.058 0.002 0.001 53 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.904 0.074 0.002 0.001 54 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.888 0.086 0.002 0.001 55 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.010 0.779 0.158 0.038 0.002 56 I 0.001 0.010 0.005 0.002 0.006 0.003 0.023 0.843 0.100 0.006 0.001 57 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.907 0.070 0.002 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.925 0.059 0.004 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.905 0.086 0.006 0.001 60 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.926 0.066 0.003 0.001 61 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.948 0.042 0.002 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.926 0.053 0.006 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.800 0.156 0.015 0.002 64 D 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.082 0.739 0.137 0.026 0.001 65 N 0.003 0.456 0.079 0.011 0.049 0.018 0.146 0.163 0.043 0.029 0.002 66 K 0.064 0.016 0.005 0.002 0.017 0.002 0.005 0.008 0.020 0.614 0.246 67 Q 0.033 0.376 0.436 0.020 0.091 0.002 0.003 0.007 0.008 0.012 0.011 68 P 0.040 0.485 0.196 0.020 0.137 0.009 0.017 0.042 0.026 0.014 0.014 69 L 0.041 0.403 0.239 0.030 0.103 0.013 0.022 0.042 0.041 0.040 0.025 70 P 0.091 0.278 0.109 0.016 0.161 0.013 0.015 0.082 0.108 0.072 0.055 71 G 0.009 0.022 0.019 0.024 0.019 0.073 0.133 0.369 0.292 0.034 0.006 72 A 0.095 0.035 0.013 0.007 0.075 0.009 0.029 0.142 0.155 0.358 0.082 73 F 0.108 0.156 0.024 0.015 0.235 0.021 0.014 0.102 0.102 0.153 0.071 74 A 0.082 0.100 0.033 0.004 0.176 0.004 0.017 0.312 0.165 0.057 0.051 75 V 0.044 0.063 0.043 0.018 0.038 0.004 0.004 0.306 0.235 0.203 0.042 76 A 0.009 0.068 0.026 0.008 0.036 0.005 0.022 0.724 0.096 0.005 0.003 77 P 0.002 0.005 0.003 0.003 0.003 0.003 0.006 0.888 0.080 0.005 0.002 78 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.922 0.063 0.006 0.001 79 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.063 0.004 0.001 80 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.927 0.064 0.002 0.001 81 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.937 0.039 0.005 0.001 82 A 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.002 0.015 0.825 0.115 0.029 0.003 83 L 0.005 0.009 0.001 0.001 0.008 0.002 0.014 0.721 0.171 0.060 0.008 84 A 0.002 0.044 0.011 0.006 0.010 0.018 0.105 0.654 0.131 0.017 0.002 85 T 0.015 0.030 0.016 0.012 0.021 0.019 0.092 0.322 0.096 0.337 0.040 86 D 0.096 0.144 0.090 0.013 0.129 0.012 0.030 0.198 0.075 0.132 0.081 87 H 0.019 0.101 0.029 0.013 0.040 0.022 0.038 0.469 0.184 0.063 0.023 88 P 0.008 0.053 0.019 0.009 0.027 0.014 0.041 0.587 0.159 0.070 0.013 89 Q 0.017 0.042 0.020 0.004 0.023 0.006 0.020 0.510 0.160 0.182 0.016 90 R 0.017 0.022 0.010 0.001 0.021 0.001 0.005 0.706 0.152 0.054 0.010 91 A 0.002 0.014 0.004 0.001 0.006 0.002 0.009 0.853 0.101 0.006 0.001 92 L 0.002 0.010 0.002 0.001 0.008 0.001 0.015 0.909 0.049 0.004 0.001 93 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.883 0.093 0.018 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.064 0.002 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.957 0.038 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.049 0.007 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.885 0.102 0.009 0.001 98 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.927 0.060 0.003 0.001 99 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.884 0.061 0.039 0.002 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.858 0.118 0.012 0.002 101 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.871 0.115 0.004 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.850 0.132 0.006 0.001 103 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.096 0.833 0.055 0.008 0.001 104 F 0.017 0.048 0.012 0.004 0.033 0.009 0.090 0.459 0.146 0.168 0.015 105 A 0.031 0.197 0.085 0.042 0.065 0.032 0.128 0.240 0.073 0.086 0.020 106 D 0.037 0.200 0.106 0.040 0.084 0.032 0.062 0.106 0.095 0.183 0.053 107 D 0.063 0.087 0.065 0.031 0.086 0.022 0.037 0.108 0.104 0.276 0.121 108 A 0.063 0.125 0.045 0.017 0.115 0.019 0.033 0.140 0.158 0.205 0.080 109 S 0.051 0.161 0.078 0.030 0.143 0.029 0.047 0.194 0.121 0.116 0.030