# TARGET T0352 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 59 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.740 0.191 0.051 0.014 0.002 0.001 0.001 2 T 0.778 0.160 0.044 0.014 0.003 0.001 0.001 3 T 0.578 0.263 0.094 0.048 0.014 0.002 0.001 4 H 0.367 0.286 0.220 0.098 0.026 0.004 0.001 5 D 0.739 0.218 0.037 0.005 0.001 0.001 0.001 6 R 0.409 0.405 0.136 0.041 0.008 0.001 0.001 7 V 0.170 0.113 0.169 0.290 0.217 0.040 0.001 8 R 0.178 0.369 0.275 0.140 0.035 0.003 0.001 9 L 0.332 0.516 0.125 0.024 0.002 0.001 0.001 10 Q 0.077 0.125 0.287 0.390 0.110 0.012 0.001 11 L 0.142 0.118 0.088 0.179 0.288 0.175 0.010 12 Q 0.298 0.402 0.230 0.062 0.007 0.001 0.001 13 A 0.220 0.385 0.271 0.107 0.017 0.001 0.001 14 L 0.109 0.083 0.090 0.221 0.323 0.166 0.007 15 E 0.067 0.160 0.236 0.317 0.186 0.032 0.001 16 A 0.316 0.467 0.163 0.043 0.010 0.001 0.001 17 L 0.097 0.165 0.306 0.324 0.097 0.011 0.001 18 L 0.272 0.184 0.135 0.206 0.164 0.038 0.001 19 R 0.515 0.348 0.109 0.025 0.003 0.001 0.001 20 E 0.776 0.185 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 21 H 0.392 0.275 0.199 0.099 0.030 0.005 0.001 22 Q 0.721 0.202 0.058 0.016 0.003 0.001 0.001 23 H 0.548 0.225 0.136 0.068 0.019 0.003 0.001 24 W 0.489 0.195 0.136 0.113 0.056 0.011 0.001 25 R 0.521 0.243 0.131 0.075 0.024 0.004 0.001 26 N 0.625 0.241 0.089 0.034 0.010 0.002 0.001 27 D 0.470 0.263 0.143 0.095 0.026 0.004 0.001 28 E 0.422 0.259 0.169 0.106 0.037 0.007 0.001 29 P 0.494 0.224 0.148 0.092 0.036 0.007 0.001 30 Q 0.769 0.162 0.043 0.020 0.005 0.001 0.001 31 P 0.686 0.195 0.078 0.032 0.008 0.001 0.001 32 H 0.805 0.146 0.033 0.011 0.003 0.001 0.001 33 Q 0.457 0.277 0.149 0.082 0.029 0.006 0.001 34 F 0.200 0.168 0.186 0.226 0.163 0.053 0.004 35 N 0.337 0.345 0.191 0.089 0.030 0.008 0.001 36 S 0.355 0.277 0.159 0.116 0.066 0.025 0.003 37 T 0.273 0.320 0.220 0.131 0.044 0.010 0.001 38 Q 0.252 0.223 0.181 0.200 0.110 0.030 0.003 39 P 0.221 0.228 0.199 0.178 0.116 0.048 0.010 40 F 0.329 0.154 0.122 0.146 0.130 0.093 0.026 41 F 0.305 0.140 0.100 0.132 0.136 0.138 0.048 42 M 0.221 0.130 0.133 0.167 0.155 0.136 0.057 43 D 0.306 0.197 0.135 0.145 0.103 0.080 0.034 44 T 0.185 0.153 0.155 0.177 0.146 0.138 0.046 45 M 0.229 0.157 0.136 0.148 0.167 0.127 0.036 46 E 0.294 0.238 0.177 0.159 0.090 0.035 0.007 47 P 0.248 0.144 0.139 0.166 0.157 0.126 0.020 48 L 0.532 0.202 0.124 0.081 0.040 0.017 0.004 49 E 0.402 0.208 0.136 0.124 0.078 0.043 0.009 50 W 0.195 0.079 0.099 0.145 0.228 0.224 0.030 51 L 0.167 0.071 0.078 0.143 0.194 0.247 0.099 52 Q 0.294 0.109 0.079 0.100 0.148 0.197 0.073 53 W 0.135 0.073 0.091 0.123 0.199 0.276 0.103 54 V 0.089 0.036 0.037 0.096 0.156 0.390 0.197 55 L 0.163 0.079 0.076 0.150 0.205 0.255 0.072 56 I 0.215 0.116 0.114 0.131 0.198 0.192 0.035 57 P 0.463 0.203 0.133 0.114 0.059 0.025 0.003 58 R 0.286 0.158 0.164 0.187 0.127 0.069 0.009 59 M 0.174 0.090 0.087 0.169 0.273 0.194 0.013 60 H 0.298 0.274 0.192 0.156 0.067 0.013 0.001 61 D 0.321 0.322 0.187 0.104 0.048 0.017 0.001 62 L 0.179 0.146 0.192 0.254 0.172 0.055 0.002 63 L 0.167 0.136 0.165 0.262 0.205 0.062 0.003 64 D 0.376 0.321 0.182 0.085 0.029 0.006 0.001 65 N 0.508 0.256 0.133 0.065 0.029 0.008 0.001 66 K 0.439 0.263 0.147 0.095 0.040 0.014 0.002 67 Q 0.343 0.273 0.185 0.133 0.054 0.012 0.001 68 P 0.423 0.251 0.144 0.105 0.055 0.019 0.003 69 L 0.271 0.164 0.145 0.172 0.153 0.083 0.012 70 P 0.393 0.199 0.159 0.145 0.076 0.025 0.004 71 G 0.484 0.256 0.134 0.078 0.033 0.012 0.002 72 A 0.297 0.227 0.163 0.157 0.103 0.044 0.009 73 F 0.095 0.110 0.126 0.199 0.232 0.178 0.060 74 A 0.080 0.110 0.120 0.173 0.205 0.211 0.100 75 V 0.038 0.037 0.051 0.102 0.178 0.363 0.230 76 A 0.025 0.060 0.083 0.146 0.212 0.307 0.167 77 P 0.087 0.132 0.161 0.199 0.183 0.170 0.069 78 Y 0.027 0.064 0.103 0.189 0.240 0.246 0.132 79 Y 0.020 0.025 0.031 0.083 0.198 0.434 0.209 80 E 0.028 0.068 0.139 0.270 0.278 0.188 0.028 81 M 0.079 0.248 0.271 0.216 0.123 0.057 0.006 82 A 0.016 0.046 0.127 0.298 0.333 0.168 0.013 83 L 0.010 0.026 0.060 0.210 0.434 0.245 0.015 84 A 0.169 0.393 0.258 0.130 0.039 0.010 0.001 85 T 0.386 0.386 0.147 0.060 0.017 0.003 0.001 86 D 0.235 0.313 0.260 0.139 0.042 0.009 0.001 87 H 0.497 0.258 0.135 0.076 0.028 0.006 0.001 88 P 0.581 0.259 0.100 0.042 0.014 0.003 0.001 89 Q 0.347 0.248 0.180 0.139 0.066 0.019 0.002 90 R 0.203 0.264 0.245 0.180 0.084 0.022 0.002 91 A 0.468 0.309 0.133 0.061 0.023 0.006 0.001 92 L 0.159 0.230 0.249 0.241 0.095 0.023 0.002 93 I 0.080 0.065 0.082 0.189 0.305 0.256 0.022 94 L 0.075 0.175 0.260 0.271 0.166 0.048 0.005 95 A 0.165 0.323 0.254 0.160 0.070 0.026 0.002 96 E 0.027 0.049 0.102 0.259 0.338 0.208 0.017 97 L 0.013 0.031 0.071 0.182 0.336 0.325 0.042 98 E 0.111 0.316 0.294 0.179 0.077 0.020 0.003 99 K 0.062 0.189 0.314 0.282 0.121 0.029 0.003 100 L 0.019 0.018 0.026 0.095 0.319 0.468 0.056 101 D 0.070 0.157 0.253 0.304 0.175 0.039 0.002 102 A 0.323 0.372 0.198 0.078 0.023 0.005 0.001 103 L 0.074 0.084 0.209 0.354 0.225 0.052 0.001 104 F 0.218 0.151 0.137 0.235 0.213 0.045 0.001 105 A 0.541 0.319 0.111 0.026 0.004 0.001 0.001 106 D 0.815 0.156 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 107 D 0.667 0.202 0.081 0.040 0.009 0.001 0.001 108 A 0.813 0.138 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 109 S 0.841 0.118 0.029 0.010 0.002 0.001 0.001