# TARGET T0352 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.3431 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.426 0.100 0.064 0.098 0.066 0.056 0.065 0.046 0.040 0.025 0.015 2 T 0.292 0.310 0.075 0.111 0.071 0.048 0.046 0.023 0.015 0.007 0.003 3 T 0.123 0.290 0.096 0.165 0.102 0.081 0.063 0.034 0.025 0.014 0.007 4 H 0.162 0.155 0.063 0.153 0.161 0.137 0.104 0.035 0.021 0.007 0.003 5 D 0.473 0.151 0.195 0.112 0.040 0.016 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 6 R 0.063 0.130 0.147 0.365 0.161 0.076 0.041 0.011 0.004 0.001 0.001 7 V 0.007 0.010 0.029 0.020 0.025 0.064 0.226 0.208 0.203 0.142 0.066 8 R 0.009 0.016 0.186 0.253 0.229 0.180 0.104 0.016 0.005 0.001 0.001 9 L 0.022 0.074 0.748 0.108 0.030 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.004 0.073 0.047 0.078 0.186 0.364 0.140 0.076 0.025 0.007 11 L 0.001 0.001 0.061 0.007 0.010 0.029 0.259 0.220 0.209 0.139 0.064 12 Q 0.001 0.008 0.803 0.124 0.041 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.010 0.361 0.293 0.204 0.100 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.033 0.003 0.003 0.008 0.091 0.140 0.291 0.268 0.162 15 E 0.001 0.001 0.082 0.056 0.104 0.205 0.408 0.097 0.034 0.011 0.002 16 A 0.001 0.007 0.904 0.065 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.006 0.092 0.061 0.134 0.279 0.336 0.059 0.023 0.007 0.001 18 L 0.001 0.004 0.095 0.010 0.008 0.016 0.128 0.146 0.255 0.221 0.115 19 R 0.006 0.031 0.368 0.219 0.178 0.108 0.064 0.017 0.007 0.003 0.001 20 E 0.015 0.070 0.686 0.134 0.056 0.026 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 21 H 0.020 0.047 0.093 0.077 0.099 0.153 0.281 0.109 0.073 0.036 0.012 22 Q 0.425 0.164 0.129 0.085 0.053 0.047 0.055 0.020 0.014 0.007 0.003 23 H 0.119 0.147 0.177 0.173 0.119 0.092 0.086 0.038 0.027 0.014 0.007 24 W 0.062 0.065 0.072 0.077 0.070 0.090 0.150 0.116 0.139 0.100 0.058 25 R 0.138 0.209 0.118 0.189 0.134 0.092 0.070 0.025 0.015 0.007 0.003 26 N 0.246 0.170 0.120 0.152 0.106 0.078 0.063 0.029 0.020 0.010 0.005 27 D 0.269 0.175 0.086 0.136 0.102 0.080 0.073 0.034 0.025 0.014 0.007 28 E 0.481 0.199 0.052 0.101 0.062 0.042 0.032 0.014 0.010 0.005 0.003 29 P 0.134 0.078 0.030 0.067 0.076 0.095 0.145 0.115 0.124 0.086 0.051 30 Q 0.289 0.374 0.086 0.132 0.058 0.027 0.017 0.008 0.005 0.003 0.001 31 P 0.397 0.141 0.049 0.139 0.106 0.073 0.050 0.022 0.013 0.006 0.003 32 H 0.454 0.168 0.069 0.110 0.070 0.050 0.040 0.017 0.012 0.006 0.003 33 Q 0.087 0.113 0.117 0.262 0.173 0.118 0.079 0.028 0.015 0.006 0.002 34 F 0.061 0.040 0.032 0.048 0.049 0.074 0.141 0.138 0.175 0.143 0.099 35 N 0.166 0.214 0.149 0.190 0.124 0.076 0.045 0.016 0.010 0.005 0.003 36 S 0.097 0.071 0.040 0.062 0.048 0.059 0.118 0.106 0.144 0.135 0.118 37 T 0.219 0.192 0.082 0.188 0.125 0.080 0.056 0.025 0.017 0.010 0.006 38 Q 0.132 0.127 0.067 0.150 0.133 0.112 0.115 0.064 0.053 0.031 0.016 39 P 0.062 0.047 0.025 0.095 0.094 0.114 0.156 0.116 0.124 0.097 0.070 40 F 0.044 0.034 0.023 0.058 0.063 0.077 0.150 0.156 0.176 0.133 0.085 41 F 0.052 0.049 0.029 0.079 0.081 0.097 0.151 0.132 0.137 0.106 0.089 42 M 0.026 0.033 0.022 0.058 0.057 0.063 0.104 0.116 0.166 0.179 0.176 43 D 0.020 0.039 0.030 0.111 0.121 0.135 0.185 0.126 0.117 0.071 0.044 44 T 0.043 0.062 0.044 0.108 0.095 0.097 0.136 0.117 0.123 0.095 0.080 45 M 0.033 0.026 0.019 0.049 0.056 0.072 0.144 0.132 0.180 0.161 0.129 46 E 0.096 0.191 0.081 0.237 0.158 0.106 0.076 0.027 0.017 0.007 0.004 47 P 0.070 0.054 0.027 0.094 0.094 0.102 0.166 0.121 0.123 0.090 0.059 48 L 0.182 0.120 0.069 0.196 0.160 0.123 0.086 0.027 0.019 0.010 0.007 49 E 0.036 0.069 0.084 0.169 0.161 0.174 0.173 0.070 0.040 0.018 0.007 50 W 0.017 0.021 0.035 0.074 0.076 0.116 0.236 0.152 0.143 0.089 0.041 51 L 0.008 0.015 0.037 0.045 0.030 0.040 0.127 0.143 0.225 0.196 0.132 52 Q 0.003 0.015 0.062 0.098 0.123 0.144 0.198 0.130 0.115 0.077 0.034 53 W 0.005 0.017 0.059 0.060 0.047 0.072 0.182 0.170 0.183 0.140 0.065 54 V 0.005 0.016 0.076 0.046 0.025 0.030 0.138 0.167 0.222 0.174 0.099 55 L 0.005 0.021 0.057 0.038 0.033 0.048 0.146 0.140 0.198 0.188 0.126 56 I 0.009 0.033 0.068 0.087 0.081 0.096 0.203 0.143 0.143 0.093 0.045 57 P 0.181 0.119 0.160 0.168 0.109 0.093 0.097 0.040 0.021 0.009 0.003 58 R 0.018 0.045 0.052 0.101 0.127 0.184 0.257 0.110 0.064 0.031 0.011 59 M 0.006 0.014 0.040 0.037 0.031 0.042 0.116 0.130 0.216 0.198 0.168 60 H 0.025 0.039 0.096 0.213 0.192 0.175 0.147 0.052 0.036 0.019 0.008 61 D 0.014 0.058 0.226 0.236 0.177 0.125 0.090 0.037 0.022 0.011 0.004 62 L 0.003 0.006 0.037 0.026 0.020 0.030 0.113 0.134 0.237 0.220 0.173 63 L 0.002 0.004 0.014 0.020 0.032 0.060 0.175 0.176 0.207 0.179 0.132 64 D 0.018 0.090 0.396 0.210 0.134 0.077 0.046 0.014 0.009 0.004 0.002 65 N 0.070 0.093 0.142 0.165 0.140 0.152 0.148 0.049 0.025 0.012 0.005 66 K 0.618 0.156 0.058 0.074 0.035 0.022 0.018 0.008 0.006 0.003 0.002 67 Q 0.077 0.114 0.048 0.111 0.107 0.116 0.159 0.093 0.084 0.055 0.035 68 P 0.274 0.210 0.081 0.137 0.091 0.068 0.054 0.029 0.028 0.017 0.011 69 L 0.054 0.026 0.009 0.033 0.041 0.065 0.137 0.139 0.183 0.159 0.154 70 P 0.163 0.134 0.045 0.120 0.115 0.099 0.113 0.075 0.065 0.042 0.031 71 G 0.365 0.171 0.064 0.153 0.097 0.062 0.044 0.019 0.014 0.008 0.005 72 A 0.225 0.121 0.052 0.129 0.117 0.112 0.104 0.055 0.042 0.027 0.016 73 F 0.033 0.034 0.029 0.065 0.067 0.094 0.163 0.153 0.171 0.121 0.070 74 A 0.050 0.078 0.062 0.110 0.112 0.126 0.173 0.109 0.089 0.056 0.036 75 V 0.005 0.008 0.007 0.014 0.014 0.022 0.077 0.111 0.228 0.265 0.249 76 A 0.012 0.027 0.022 0.063 0.086 0.118 0.202 0.143 0.149 0.108 0.071 77 P 0.086 0.074 0.084 0.135 0.095 0.092 0.134 0.089 0.095 0.072 0.045 78 Y 0.013 0.020 0.031 0.059 0.071 0.096 0.198 0.168 0.162 0.117 0.063 79 Y 0.002 0.004 0.010 0.018 0.018 0.028 0.093 0.138 0.259 0.247 0.183 80 E 0.003 0.008 0.037 0.086 0.122 0.166 0.227 0.130 0.113 0.071 0.037 81 M 0.010 0.029 0.233 0.165 0.141 0.130 0.139 0.069 0.049 0.025 0.010 82 A 0.003 0.007 0.028 0.048 0.068 0.115 0.262 0.187 0.158 0.087 0.038 83 L 0.002 0.004 0.010 0.014 0.018 0.032 0.110 0.145 0.236 0.243 0.186 84 A 0.017 0.064 0.147 0.261 0.234 0.143 0.090 0.026 0.013 0.004 0.001 85 T 0.140 0.133 0.160 0.165 0.124 0.106 0.092 0.038 0.025 0.012 0.005 86 D 0.243 0.246 0.088 0.159 0.091 0.068 0.058 0.022 0.014 0.007 0.003 87 H 0.208 0.119 0.038 0.093 0.090 0.105 0.142 0.083 0.063 0.038 0.020 88 P 0.505 0.199 0.066 0.091 0.052 0.031 0.027 0.013 0.009 0.004 0.002 89 Q 0.096 0.204 0.081 0.162 0.127 0.120 0.107 0.047 0.033 0.015 0.007 90 R 0.022 0.024 0.024 0.096 0.164 0.213 0.212 0.112 0.078 0.039 0.018 91 A 0.241 0.131 0.186 0.173 0.108 0.073 0.056 0.018 0.009 0.004 0.002 92 L 0.006 0.033 0.130 0.266 0.225 0.171 0.117 0.032 0.014 0.005 0.001 93 I 0.001 0.003 0.012 0.010 0.009 0.018 0.087 0.134 0.247 0.273 0.206 94 L 0.004 0.007 0.054 0.106 0.174 0.240 0.263 0.084 0.044 0.018 0.005 95 A 0.018 0.048 0.663 0.138 0.065 0.034 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 96 E 0.001 0.003 0.024 0.030 0.058 0.152 0.376 0.171 0.110 0.054 0.020 97 L 0.001 0.001 0.017 0.007 0.006 0.016 0.128 0.158 0.252 0.251 0.163 98 E 0.008 0.028 0.469 0.254 0.136 0.064 0.030 0.007 0.003 0.001 0.001 99 K 0.004 0.026 0.313 0.234 0.200 0.135 0.068 0.013 0.005 0.002 0.001 100 L 0.001 0.001 0.022 0.006 0.006 0.012 0.086 0.132 0.267 0.267 0.199 101 D 0.001 0.004 0.039 0.051 0.093 0.206 0.379 0.124 0.063 0.030 0.009 102 A 0.004 0.030 0.767 0.132 0.043 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.007 0.065 0.037 0.063 0.131 0.328 0.152 0.117 0.069 0.030 104 F 0.003 0.007 0.029 0.020 0.021 0.039 0.144 0.153 0.225 0.211 0.148 105 A 0.025 0.100 0.218 0.222 0.183 0.121 0.082 0.026 0.014 0.007 0.003 106 D 0.158 0.154 0.350 0.184 0.082 0.042 0.020 0.005 0.003 0.001 0.001 107 D 0.400 0.188 0.090 0.105 0.065 0.053 0.051 0.021 0.014 0.008 0.004 108 A 0.446 0.183 0.059 0.090 0.061 0.049 0.045 0.023 0.021 0.014 0.010 109 S 0.453 0.211 0.069 0.095 0.054 0.038 0.032 0.017 0.016 0.010 0.005