# TARGET T0352 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.3431 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.017 0.016 0.015 0.005 0.009 0.028 0.003 0.001 0.003 0.830 2 T 0.047 0.009 0.008 0.018 0.009 0.015 0.201 0.003 0.001 0.004 0.685 3 T 0.097 0.006 0.009 0.010 0.004 0.006 0.102 0.001 0.001 0.006 0.760 4 H 0.046 0.019 0.002 0.015 0.003 0.007 0.261 0.001 0.001 0.004 0.641 5 D 0.039 0.029 0.001 0.006 0.001 0.002 0.220 0.001 0.001 0.006 0.694 6 R 0.040 0.122 0.001 0.003 0.001 0.002 0.364 0.001 0.001 0.006 0.463 7 V 0.036 0.567 0.001 0.004 0.003 0.006 0.191 0.002 0.001 0.004 0.185 8 R 0.023 0.910 0.001 0.002 0.001 0.003 0.014 0.003 0.001 0.001 0.041 9 L 0.010 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.030 10 Q 0.013 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 11 L 0.017 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 12 Q 0.007 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 13 A 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 14 L 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 15 E 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 16 A 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 17 L 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 18 L 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 19 R 0.014 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 20 E 0.032 0.917 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.025 21 H 0.079 0.820 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.044 22 Q 0.138 0.578 0.038 0.005 0.005 0.005 0.010 0.057 0.001 0.002 0.163 23 H 0.081 0.337 0.142 0.013 0.010 0.016 0.027 0.023 0.001 0.001 0.349 24 W 0.104 0.251 0.013 0.071 0.036 0.046 0.040 0.022 0.001 0.002 0.415 25 R 0.131 0.130 0.015 0.044 0.024 0.037 0.065 0.010 0.001 0.005 0.539 26 N 0.099 0.090 0.014 0.042 0.031 0.040 0.066 0.007 0.001 0.003 0.608 27 D 0.155 0.041 0.012 0.064 0.019 0.040 0.080 0.011 0.001 0.007 0.572 28 E 0.179 0.013 0.015 0.044 0.013 0.030 0.127 0.004 0.001 0.007 0.567 29 P 0.012 0.001 0.007 0.012 0.002 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.942 30 Q 0.047 0.003 0.002 0.034 0.012 0.027 0.248 0.001 0.001 0.002 0.624 31 P 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.985 32 H 0.017 0.020 0.001 0.015 0.015 0.023 0.260 0.001 0.001 0.003 0.646 33 Q 0.261 0.057 0.001 0.008 0.008 0.018 0.314 0.001 0.001 0.012 0.320 34 F 0.169 0.624 0.001 0.025 0.013 0.013 0.019 0.003 0.001 0.001 0.133 35 N 0.172 0.608 0.003 0.007 0.004 0.010 0.024 0.005 0.001 0.004 0.162 36 S 0.338 0.342 0.013 0.005 0.004 0.008 0.030 0.014 0.001 0.002 0.243 37 T 0.241 0.304 0.025 0.023 0.008 0.011 0.027 0.046 0.001 0.002 0.313 38 Q 0.174 0.183 0.054 0.036 0.017 0.024 0.104 0.014 0.001 0.004 0.390 39 P 0.002 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.982 40 F 0.034 0.032 0.001 0.033 0.029 0.083 0.228 0.002 0.001 0.005 0.553 41 F 0.428 0.112 0.002 0.015 0.009 0.017 0.055 0.002 0.001 0.005 0.354 42 M 0.059 0.694 0.001 0.050 0.029 0.034 0.016 0.003 0.001 0.001 0.113 43 D 0.138 0.379 0.004 0.015 0.010 0.017 0.060 0.006 0.001 0.003 0.368 44 T 0.359 0.285 0.011 0.019 0.006 0.016 0.058 0.017 0.001 0.004 0.225 45 M 0.306 0.285 0.031 0.027 0.008 0.010 0.086 0.018 0.001 0.007 0.221 46 E 0.105 0.162 0.046 0.009 0.004 0.007 0.221 0.002 0.001 0.003 0.440 47 P 0.003 0.030 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.954 48 L 0.041 0.114 0.001 0.009 0.006 0.014 0.134 0.002 0.001 0.004 0.677 49 E 0.135 0.364 0.002 0.002 0.001 0.009 0.141 0.001 0.001 0.005 0.341 50 W 0.024 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.135 51 L 0.029 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 52 Q 0.050 0.874 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.064 53 W 0.048 0.855 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.075 54 V 0.121 0.813 0.001 0.007 0.004 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 0.028 55 L 0.084 0.645 0.048 0.007 0.008 0.015 0.010 0.015 0.001 0.001 0.168 56 I 0.064 0.459 0.052 0.073 0.042 0.111 0.044 0.014 0.001 0.001 0.140 57 P 0.003 0.011 0.002 0.009 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.968 58 R 0.028 0.063 0.006 0.098 0.041 0.103 0.157 0.003 0.001 0.007 0.494 59 M 0.234 0.152 0.012 0.049 0.025 0.079 0.078 0.005 0.001 0.013 0.353 60 H 0.066 0.432 0.002 0.112 0.048 0.076 0.037 0.005 0.001 0.002 0.221 61 D 0.083 0.265 0.003 0.039 0.057 0.087 0.040 0.003 0.001 0.002 0.421 62 L 0.063 0.423 0.005 0.077 0.107 0.135 0.023 0.003 0.001 0.001 0.166 63 L 0.018 0.431 0.002 0.100 0.136 0.221 0.023 0.003 0.001 0.001 0.065 64 D 0.052 0.378 0.003 0.039 0.083 0.178 0.042 0.012 0.001 0.002 0.210 65 N 0.214 0.315 0.007 0.034 0.040 0.069 0.049 0.020 0.001 0.003 0.249 66 K 0.385 0.067 0.036 0.036 0.019 0.034 0.078 0.047 0.001 0.019 0.278 67 Q 0.110 0.011 0.226 0.031 0.022 0.028 0.126 0.005 0.001 0.005 0.436 68 P 0.002 0.001 0.004 0.006 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.978 69 L 0.028 0.002 0.001 0.055 0.014 0.054 0.155 0.001 0.001 0.002 0.689 70 P 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.985 71 G 0.051 0.013 0.001 0.031 0.021 0.041 0.248 0.001 0.001 0.006 0.589 72 A 0.273 0.023 0.001 0.018 0.005 0.010 0.145 0.001 0.001 0.006 0.520 73 F 0.196 0.190 0.001 0.049 0.014 0.012 0.078 0.002 0.001 0.002 0.456 74 A 0.156 0.256 0.006 0.035 0.016 0.039 0.150 0.002 0.001 0.008 0.331 75 V 0.128 0.323 0.012 0.023 0.020 0.050 0.069 0.005 0.001 0.003 0.367 76 A 0.118 0.413 0.013 0.063 0.017 0.082 0.049 0.006 0.001 0.002 0.238 77 P 0.002 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.977 78 Y 0.037 0.136 0.001 0.012 0.006 0.011 0.146 0.002 0.001 0.003 0.646 79 Y 0.055 0.566 0.002 0.008 0.004 0.008 0.060 0.003 0.001 0.001 0.294 80 E 0.010 0.921 0.001 0.004 0.003 0.004 0.009 0.002 0.001 0.001 0.047 81 M 0.039 0.887 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.056 82 A 0.039 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.026 83 L 0.053 0.915 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.017 84 A 0.080 0.747 0.018 0.002 0.002 0.003 0.005 0.038 0.001 0.001 0.105 85 T 0.223 0.388 0.038 0.004 0.002 0.004 0.010 0.052 0.001 0.001 0.278 86 D 0.223 0.130 0.019 0.011 0.003 0.002 0.015 0.058 0.001 0.001 0.539 87 H 0.269 0.081 0.045 0.013 0.003 0.005 0.120 0.010 0.001 0.006 0.447 88 P 0.005 0.006 0.008 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.964 89 Q 0.051 0.024 0.001 0.018 0.006 0.010 0.248 0.002 0.001 0.005 0.636 90 R 0.485 0.091 0.004 0.010 0.002 0.006 0.093 0.001 0.001 0.012 0.297 91 A 0.042 0.615 0.001 0.031 0.011 0.013 0.035 0.003 0.001 0.001 0.247 92 L 0.049 0.563 0.002 0.016 0.009 0.017 0.056 0.002 0.001 0.002 0.284 93 I 0.036 0.792 0.002 0.014 0.011 0.022 0.017 0.004 0.001 0.001 0.102 94 L 0.017 0.915 0.001 0.009 0.005 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.025 95 A 0.014 0.880 0.002 0.004 0.005 0.008 0.007 0.005 0.001 0.001 0.075 96 E 0.025 0.911 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.049 97 L 0.038 0.905 0.006 0.002 0.002 0.004 0.005 0.007 0.001 0.001 0.030 98 E 0.022 0.891 0.010 0.002 0.002 0.006 0.011 0.006 0.001 0.001 0.049 99 K 0.055 0.754 0.006 0.002 0.005 0.004 0.011 0.030 0.001 0.001 0.132 100 L 0.051 0.892 0.008 0.002 0.001 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.032 101 D 0.010 0.855 0.005 0.004 0.006 0.008 0.010 0.011 0.001 0.001 0.090 102 A 0.036 0.794 0.003 0.004 0.008 0.008 0.018 0.020 0.001 0.001 0.107 103 L 0.100 0.787 0.004 0.005 0.007 0.011 0.009 0.025 0.001 0.001 0.052 104 F 0.133 0.697 0.026 0.008 0.011 0.023 0.016 0.026 0.001 0.003 0.059 105 A 0.098 0.537 0.046 0.018 0.025 0.043 0.021 0.037 0.001 0.001 0.175 106 D 0.139 0.175 0.010 0.017 0.017 0.016 0.018 0.050 0.001 0.001 0.557 107 D 0.181 0.078 0.023 0.013 0.011 0.011 0.091 0.020 0.001 0.005 0.568 108 A 0.103 0.026 0.025 0.016 0.008 0.012 0.219 0.008 0.001 0.018 0.565 109 S 0.133 0.026 0.014 0.014 0.007 0.009 0.444 0.003 0.001 0.016 0.334