# TARGET T0352 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.3431 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 T 0.011 0.012 0.005 0.124 0.005 0.020 0.823 3 T 0.008 0.007 0.015 0.550 0.085 0.065 0.270 4 H 0.003 0.001 0.009 0.786 0.025 0.044 0.132 5 D 0.001 0.001 0.005 0.934 0.019 0.012 0.029 6 R 0.002 0.001 0.004 0.961 0.008 0.005 0.019 7 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.004 0.004 8 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 9 L 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.015 0.002 10 Q 0.001 0.001 0.003 0.974 0.001 0.018 0.005 11 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.002 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.013 0.001 18 L 0.001 0.001 0.003 0.976 0.002 0.017 0.002 19 R 0.001 0.001 0.012 0.908 0.005 0.068 0.007 20 E 0.001 0.001 0.020 0.809 0.014 0.140 0.015 21 H 0.003 0.003 0.029 0.523 0.058 0.315 0.070 22 Q 0.004 0.002 0.029 0.100 0.099 0.615 0.150 23 H 0.034 0.015 0.112 0.098 0.225 0.178 0.339 24 W 0.112 0.039 0.115 0.103 0.132 0.118 0.381 25 R 0.092 0.030 0.098 0.090 0.146 0.126 0.417 26 N 0.073 0.018 0.029 0.025 0.324 0.068 0.462 27 D 0.039 0.010 0.008 0.006 0.398 0.056 0.483 28 E 0.020 0.020 0.001 0.001 0.309 0.012 0.638 29 P 0.014 0.028 0.001 0.001 0.133 0.013 0.810 30 Q 0.011 0.022 0.002 0.001 0.058 0.007 0.899 31 P 0.003 0.004 0.550 0.209 0.029 0.116 0.089 32 H 0.002 0.001 0.670 0.166 0.021 0.095 0.043 33 Q 0.001 0.003 0.711 0.169 0.013 0.069 0.033 34 F 0.006 0.025 0.223 0.320 0.069 0.232 0.125 35 N 0.004 0.008 0.122 0.119 0.063 0.530 0.153 36 S 0.008 0.006 0.044 0.051 0.166 0.405 0.321 37 T 0.009 0.006 0.037 0.028 0.532 0.142 0.246 38 Q 0.015 0.003 0.001 0.001 0.676 0.003 0.301 39 P 0.077 0.014 0.008 0.009 0.148 0.035 0.708 40 F 0.441 0.087 0.024 0.021 0.105 0.070 0.251 41 F 0.548 0.040 0.028 0.046 0.044 0.031 0.263 42 M 0.537 0.021 0.100 0.046 0.041 0.047 0.208 43 D 0.486 0.015 0.085 0.035 0.053 0.147 0.179 44 T 0.224 0.018 0.099 0.019 0.205 0.210 0.226 45 M 0.084 0.030 0.007 0.009 0.628 0.016 0.225 46 E 0.038 0.020 0.003 0.008 0.105 0.006 0.820 47 P 0.002 0.001 0.255 0.589 0.005 0.137 0.012 48 L 0.004 0.001 0.277 0.571 0.008 0.131 0.009 49 E 0.009 0.001 0.148 0.786 0.010 0.027 0.020 50 W 0.018 0.004 0.017 0.924 0.005 0.023 0.009 51 L 0.015 0.001 0.007 0.933 0.002 0.034 0.008 52 Q 0.026 0.001 0.005 0.939 0.008 0.011 0.011 53 W 0.026 0.001 0.003 0.951 0.003 0.009 0.006 54 V 0.052 0.001 0.007 0.848 0.010 0.073 0.009 55 L 0.035 0.005 0.006 0.865 0.013 0.063 0.013 56 I 0.062 0.006 0.012 0.778 0.057 0.033 0.052 57 P 0.029 0.003 0.025 0.748 0.105 0.046 0.044 58 R 0.021 0.015 0.015 0.667 0.040 0.094 0.148 59 M 0.001 0.001 0.016 0.965 0.001 0.009 0.009 60 H 0.001 0.001 0.014 0.974 0.003 0.004 0.005 61 D 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 0.001 62 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.004 0.001 63 L 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.015 0.001 64 D 0.001 0.001 0.009 0.807 0.008 0.162 0.013 65 N 0.001 0.002 0.013 0.286 0.024 0.641 0.033 66 K 0.002 0.002 0.014 0.074 0.130 0.666 0.113 67 Q 0.007 0.007 0.002 0.002 0.336 0.008 0.638 68 P 0.044 0.091 0.004 0.002 0.114 0.021 0.724 69 L 0.030 0.041 0.003 0.001 0.085 0.012 0.829 70 P 0.015 0.009 0.044 0.012 0.197 0.528 0.195 71 G 0.006 0.002 0.048 0.016 0.158 0.696 0.074 72 A 0.057 0.022 0.129 0.093 0.245 0.222 0.232 73 F 0.163 0.053 0.047 0.091 0.140 0.088 0.418 74 A 0.316 0.075 0.032 0.061 0.126 0.069 0.320 75 V 0.219 0.038 0.039 0.234 0.091 0.045 0.334 76 A 0.042 0.004 0.025 0.677 0.050 0.011 0.191 77 P 0.011 0.001 0.026 0.896 0.013 0.016 0.037 78 Y 0.009 0.001 0.016 0.948 0.004 0.012 0.010 79 Y 0.006 0.001 0.007 0.975 0.001 0.005 0.005 80 E 0.004 0.001 0.004 0.981 0.001 0.006 0.003 81 M 0.003 0.001 0.004 0.975 0.002 0.014 0.003 82 A 0.003 0.001 0.008 0.953 0.003 0.027 0.006 83 L 0.006 0.002 0.016 0.885 0.007 0.068 0.015 84 A 0.006 0.002 0.030 0.766 0.032 0.131 0.034 85 T 0.003 0.002 0.022 0.614 0.054 0.231 0.073 86 D 0.004 0.003 0.017 0.310 0.268 0.127 0.271 87 H 0.004 0.004 0.018 0.284 0.323 0.036 0.332 88 P 0.003 0.003 0.072 0.515 0.061 0.216 0.130 89 Q 0.006 0.006 0.088 0.619 0.035 0.162 0.084 90 R 0.006 0.002 0.036 0.837 0.014 0.028 0.077 91 A 0.005 0.001 0.012 0.944 0.011 0.011 0.017 92 L 0.007 0.001 0.007 0.959 0.004 0.011 0.010 93 I 0.003 0.001 0.002 0.979 0.001 0.009 0.005 94 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.002 95 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.014 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.009 0.003 101 D 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.005 0.003 102 A 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.016 0.002 103 L 0.001 0.001 0.008 0.943 0.002 0.036 0.009 104 F 0.002 0.003 0.016 0.823 0.013 0.111 0.031 105 A 0.004 0.003 0.020 0.472 0.072 0.291 0.137 106 D 0.005 0.003 0.034 0.227 0.207 0.236 0.288 107 D 0.006 0.003 0.035 0.130 0.241 0.204 0.381 108 A 0.007 0.007 0.032 0.067 0.105 0.132 0.650 109 S 0.003 0.002 0.007 0.008 0.022 0.009 0.948