# TARGET T0352 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.3431 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.331 0.093 0.010 0.247 0.010 0.025 0.087 0.043 0.031 0.032 2 T 0.068 0.321 0.142 0.013 0.175 0.012 0.030 0.122 0.042 0.043 0.032 3 T 0.059 0.128 0.068 0.015 0.090 0.012 0.020 0.308 0.135 0.123 0.042 4 H 0.017 0.086 0.044 0.014 0.047 0.010 0.011 0.627 0.106 0.028 0.009 5 D 0.003 0.005 0.002 0.002 0.005 0.004 0.010 0.843 0.099 0.024 0.004 6 R 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.942 0.037 0.008 0.001 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.037 0.007 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.031 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.011 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.019 0.007 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.038 0.005 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.032 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.015 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.970 0.024 0.003 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.062 0.005 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.879 0.107 0.003 0.001 20 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.113 0.785 0.074 0.017 0.001 21 H 0.012 0.529 0.137 0.011 0.113 0.005 0.017 0.095 0.036 0.038 0.006 22 Q 0.071 0.025 0.010 0.009 0.029 0.019 0.045 0.191 0.166 0.296 0.139 23 H 0.033 0.072 0.030 0.019 0.061 0.021 0.085 0.292 0.160 0.191 0.036 24 W 0.100 0.138 0.051 0.018 0.196 0.020 0.035 0.139 0.130 0.107 0.066 25 R 0.066 0.208 0.075 0.021 0.206 0.027 0.064 0.150 0.096 0.059 0.028 26 N 0.115 0.139 0.063 0.014 0.198 0.010 0.038 0.112 0.096 0.157 0.058 27 D 0.050 0.290 0.257 0.030 0.171 0.011 0.032 0.042 0.031 0.056 0.030 28 E 0.047 0.378 0.289 0.025 0.137 0.009 0.031 0.027 0.017 0.021 0.020 29 P 0.024 0.478 0.298 0.013 0.128 0.004 0.014 0.019 0.010 0.006 0.006 30 Q 0.008 0.655 0.244 0.003 0.056 0.001 0.002 0.012 0.011 0.006 0.003 31 P 0.005 0.008 0.002 0.001 0.007 0.002 0.011 0.306 0.645 0.010 0.003 32 H 0.003 0.006 0.004 0.001 0.005 0.003 0.016 0.384 0.499 0.072 0.006 33 Q 0.007 0.009 0.002 0.001 0.011 0.002 0.012 0.243 0.299 0.410 0.004 34 F 0.181 0.069 0.019 0.005 0.141 0.005 0.017 0.252 0.124 0.105 0.082 35 N 0.031 0.035 0.035 0.036 0.050 0.069 0.061 0.089 0.123 0.405 0.068 36 S 0.195 0.109 0.024 0.004 0.389 0.002 0.010 0.048 0.047 0.102 0.071 37 T 0.076 0.033 0.015 0.007 0.059 0.005 0.017 0.095 0.178 0.433 0.082 38 Q 0.018 0.377 0.267 0.051 0.123 0.012 0.029 0.075 0.030 0.014 0.005 39 P 0.253 0.120 0.020 0.008 0.301 0.015 0.063 0.093 0.046 0.023 0.059 40 F 0.116 0.131 0.053 0.055 0.245 0.057 0.064 0.088 0.061 0.078 0.052 41 F 0.276 0.101 0.012 0.007 0.397 0.008 0.014 0.064 0.022 0.037 0.061 42 M 0.145 0.170 0.055 0.022 0.304 0.027 0.026 0.088 0.046 0.064 0.053 43 D 0.139 0.090 0.030 0.011 0.213 0.019 0.092 0.175 0.077 0.079 0.074 44 T 0.069 0.118 0.058 0.015 0.094 0.008 0.021 0.088 0.128 0.332 0.069 45 M 0.043 0.373 0.183 0.030 0.144 0.009 0.017 0.100 0.058 0.028 0.016 46 E 0.005 0.412 0.355 0.020 0.031 0.008 0.012 0.108 0.037 0.009 0.002 47 P 0.006 0.007 0.004 0.002 0.009 0.004 0.021 0.700 0.233 0.009 0.005 48 L 0.003 0.004 0.002 0.003 0.005 0.004 0.020 0.706 0.233 0.019 0.003 49 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 0.743 0.205 0.025 0.001 50 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.893 0.083 0.004 0.001 51 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.849 0.125 0.007 0.001 52 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.897 0.089 0.003 0.001 53 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.900 0.084 0.001 0.001 54 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.861 0.124 0.001 0.001 55 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.759 0.223 0.007 0.001 56 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.885 0.106 0.001 0.001 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.924 0.032 0.001 0.001 58 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.904 0.057 0.019 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.852 0.143 0.002 0.001 60 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.882 0.109 0.002 0.001 61 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.933 0.048 0.005 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.893 0.077 0.006 0.001 63 L 0.002 0.006 0.003 0.001 0.002 0.002 0.017 0.788 0.160 0.017 0.003 64 D 0.005 0.011 0.006 0.002 0.007 0.010 0.092 0.608 0.172 0.082 0.005 65 N 0.010 0.499 0.133 0.014 0.145 0.009 0.047 0.092 0.025 0.020 0.005 66 K 0.055 0.011 0.008 0.006 0.022 0.005 0.017 0.024 0.043 0.596 0.212 67 Q 0.042 0.329 0.295 0.038 0.160 0.014 0.046 0.040 0.014 0.009 0.013 68 P 0.041 0.328 0.202 0.032 0.145 0.018 0.038 0.073 0.053 0.048 0.023 69 L 0.037 0.291 0.315 0.068 0.080 0.027 0.032 0.048 0.039 0.037 0.026 70 P 0.027 0.202 0.131 0.078 0.071 0.075 0.091 0.184 0.096 0.030 0.015 71 G 0.011 0.048 0.048 0.046 0.023 0.052 0.063 0.217 0.266 0.202 0.024 72 A 0.054 0.049 0.019 0.016 0.064 0.025 0.076 0.319 0.182 0.156 0.039 73 F 0.052 0.093 0.036 0.013 0.104 0.027 0.040 0.190 0.167 0.198 0.081 74 A 0.087 0.072 0.020 0.006 0.145 0.004 0.033 0.323 0.160 0.089 0.059 75 V 0.084 0.083 0.028 0.007 0.095 0.005 0.013 0.295 0.217 0.130 0.041 76 A 0.009 0.047 0.026 0.008 0.031 0.004 0.012 0.760 0.096 0.004 0.004 77 P 0.008 0.012 0.004 0.002 0.015 0.007 0.038 0.863 0.045 0.002 0.003 78 Y 0.008 0.006 0.002 0.003 0.009 0.005 0.014 0.876 0.054 0.018 0.005 79 Y 0.008 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.841 0.113 0.019 0.003 80 E 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.010 0.893 0.077 0.004 0.001 81 M 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 0.899 0.057 0.008 0.001 82 A 0.004 0.005 0.003 0.002 0.006 0.007 0.047 0.836 0.080 0.008 0.002 83 L 0.018 0.017 0.006 0.004 0.019 0.004 0.017 0.694 0.146 0.064 0.013 84 A 0.014 0.052 0.024 0.012 0.027 0.031 0.089 0.495 0.192 0.057 0.007 85 T 0.015 0.105 0.059 0.030 0.041 0.030 0.137 0.356 0.116 0.098 0.015 86 D 0.067 0.046 0.037 0.015 0.059 0.019 0.079 0.104 0.091 0.382 0.100 87 H 0.057 0.288 0.138 0.018 0.156 0.007 0.021 0.199 0.067 0.024 0.025 88 P 0.013 0.068 0.025 0.006 0.034 0.015 0.030 0.544 0.209 0.046 0.010 89 Q 0.013 0.029 0.011 0.003 0.022 0.007 0.030 0.633 0.158 0.080 0.012 90 R 0.012 0.027 0.010 0.004 0.024 0.003 0.006 0.697 0.132 0.077 0.009 91 A 0.003 0.013 0.006 0.002 0.009 0.003 0.008 0.864 0.080 0.011 0.003 92 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.941 0.040 0.004 0.001 93 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.941 0.043 0.006 0.001 94 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.925 0.061 0.005 0.001 95 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.964 0.025 0.001 0.001 96 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.959 0.023 0.006 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.056 0.004 0.001 98 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.943 0.045 0.002 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.033 0.021 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.912 0.077 0.007 0.001 101 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.892 0.097 0.002 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.871 0.093 0.010 0.001 103 L 0.001 0.004 0.003 0.002 0.003 0.007 0.075 0.775 0.105 0.025 0.001 104 F 0.027 0.025 0.009 0.004 0.025 0.004 0.026 0.510 0.150 0.190 0.030 105 A 0.015 0.085 0.043 0.023 0.034 0.038 0.077 0.359 0.165 0.146 0.016 106 D 0.034 0.138 0.073 0.029 0.096 0.032 0.083 0.226 0.109 0.139 0.040 107 D 0.095 0.062 0.034 0.014 0.098 0.011 0.039 0.134 0.131 0.264 0.117 108 A 0.048 0.132 0.063 0.024 0.087 0.017 0.052 0.189 0.164 0.181 0.043 109 S 0.048 0.210 0.099 0.028 0.133 0.024 0.051 0.180 0.103 0.095 0.029