# TARGET T0352 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.3431 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.777 0.158 0.045 0.015 0.004 0.001 0.001 2 T 0.781 0.154 0.045 0.015 0.004 0.001 0.001 3 T 0.577 0.266 0.104 0.042 0.010 0.001 0.001 4 H 0.321 0.275 0.221 0.130 0.043 0.010 0.001 5 D 0.680 0.212 0.070 0.027 0.009 0.002 0.001 6 R 0.281 0.394 0.227 0.078 0.017 0.003 0.001 7 V 0.033 0.045 0.106 0.308 0.372 0.133 0.004 8 R 0.096 0.288 0.343 0.213 0.052 0.007 0.001 9 L 0.299 0.503 0.151 0.038 0.008 0.001 0.001 10 Q 0.032 0.100 0.221 0.362 0.226 0.058 0.001 11 L 0.003 0.006 0.019 0.104 0.395 0.446 0.026 12 Q 0.075 0.306 0.410 0.174 0.030 0.004 0.001 13 A 0.112 0.343 0.330 0.172 0.039 0.005 0.001 14 L 0.012 0.016 0.027 0.115 0.367 0.444 0.020 15 E 0.036 0.074 0.201 0.333 0.261 0.092 0.003 16 A 0.282 0.461 0.186 0.056 0.011 0.003 0.001 17 L 0.111 0.164 0.278 0.305 0.120 0.021 0.001 18 L 0.081 0.075 0.127 0.291 0.315 0.107 0.003 19 R 0.242 0.381 0.257 0.093 0.022 0.004 0.001 20 E 0.626 0.281 0.068 0.019 0.004 0.001 0.001 21 H 0.383 0.238 0.206 0.129 0.037 0.007 0.001 22 Q 0.682 0.213 0.068 0.027 0.008 0.001 0.001 23 H 0.451 0.305 0.156 0.068 0.016 0.003 0.001 24 W 0.390 0.190 0.162 0.160 0.078 0.018 0.001 25 R 0.546 0.274 0.122 0.046 0.011 0.002 0.001 26 N 0.798 0.133 0.044 0.019 0.006 0.001 0.001 27 D 0.736 0.173 0.062 0.023 0.005 0.001 0.001 28 E 0.697 0.202 0.073 0.023 0.004 0.001 0.001 29 P 0.701 0.164 0.077 0.041 0.014 0.002 0.001 30 Q 0.775 0.168 0.042 0.012 0.003 0.001 0.001 31 P 0.732 0.173 0.064 0.025 0.005 0.001 0.001 32 H 0.689 0.197 0.074 0.030 0.009 0.002 0.001 33 Q 0.380 0.295 0.187 0.096 0.033 0.009 0.001 34 F 0.209 0.154 0.191 0.229 0.155 0.056 0.007 35 N 0.333 0.291 0.190 0.117 0.049 0.017 0.003 36 S 0.348 0.217 0.157 0.138 0.086 0.044 0.010 37 T 0.370 0.241 0.164 0.121 0.063 0.033 0.008 38 Q 0.336 0.234 0.183 0.138 0.072 0.032 0.006 39 P 0.203 0.158 0.157 0.178 0.157 0.119 0.029 40 F 0.096 0.077 0.104 0.165 0.205 0.249 0.103 41 F 0.139 0.100 0.095 0.134 0.174 0.237 0.121 42 M 0.145 0.120 0.110 0.158 0.172 0.185 0.110 43 D 0.149 0.109 0.116 0.175 0.198 0.188 0.066 44 T 0.139 0.167 0.161 0.154 0.142 0.164 0.074 45 M 0.350 0.169 0.139 0.160 0.111 0.062 0.009 46 E 0.333 0.349 0.198 0.087 0.024 0.007 0.001 47 P 0.307 0.162 0.130 0.158 0.143 0.090 0.011 48 L 0.470 0.199 0.129 0.093 0.066 0.039 0.005 49 E 0.365 0.264 0.177 0.109 0.054 0.026 0.004 50 W 0.363 0.130 0.146 0.149 0.117 0.081 0.013 51 L 0.358 0.140 0.084 0.097 0.132 0.170 0.019 52 Q 0.390 0.160 0.157 0.149 0.087 0.049 0.009 53 W 0.707 0.130 0.056 0.045 0.032 0.026 0.003 54 V 0.596 0.112 0.079 0.079 0.058 0.060 0.016 55 L 0.410 0.127 0.094 0.125 0.134 0.098 0.012 56 I 0.236 0.165 0.199 0.182 0.122 0.078 0.019 57 P 0.301 0.198 0.145 0.137 0.120 0.078 0.020 58 R 0.178 0.139 0.196 0.240 0.157 0.078 0.011 59 M 0.165 0.087 0.080 0.132 0.219 0.282 0.036 60 H 0.277 0.267 0.215 0.163 0.060 0.016 0.001 61 D 0.276 0.360 0.202 0.118 0.036 0.007 0.001 62 L 0.123 0.093 0.132 0.273 0.263 0.110 0.007 63 L 0.069 0.108 0.171 0.301 0.268 0.078 0.004 64 D 0.353 0.378 0.183 0.067 0.016 0.003 0.001 65 N 0.424 0.294 0.168 0.086 0.023 0.004 0.001 66 K 0.439 0.289 0.151 0.079 0.029 0.011 0.001 67 Q 0.376 0.278 0.173 0.108 0.046 0.016 0.003 68 P 0.327 0.236 0.169 0.135 0.083 0.041 0.008 69 L 0.177 0.168 0.177 0.212 0.166 0.089 0.012 70 P 0.246 0.245 0.197 0.158 0.097 0.047 0.011 71 G 0.335 0.274 0.174 0.122 0.060 0.028 0.008 72 A 0.185 0.220 0.195 0.173 0.127 0.079 0.020 73 F 0.115 0.126 0.158 0.221 0.206 0.146 0.028 74 A 0.073 0.129 0.187 0.224 0.196 0.148 0.043 75 V 0.018 0.021 0.027 0.065 0.166 0.438 0.266 76 A 0.019 0.048 0.109 0.195 0.257 0.278 0.095 77 P 0.077 0.159 0.191 0.185 0.174 0.162 0.052 78 Y 0.040 0.061 0.117 0.215 0.260 0.226 0.082 79 Y 0.019 0.020 0.025 0.078 0.239 0.515 0.105 80 E 0.022 0.098 0.215 0.310 0.237 0.106 0.011 81 M 0.100 0.249 0.213 0.200 0.141 0.086 0.011 82 A 0.019 0.064 0.177 0.323 0.269 0.136 0.012 83 L 0.019 0.037 0.109 0.321 0.391 0.120 0.004 84 A 0.245 0.429 0.235 0.074 0.014 0.002 0.001 85 T 0.549 0.304 0.104 0.034 0.007 0.001 0.001 86 D 0.524 0.290 0.115 0.053 0.015 0.003 0.001 87 H 0.452 0.264 0.164 0.092 0.024 0.004 0.001 88 P 0.711 0.195 0.056 0.025 0.010 0.003 0.001 89 Q 0.387 0.305 0.167 0.097 0.036 0.008 0.001 90 R 0.144 0.195 0.264 0.238 0.121 0.034 0.002 91 A 0.326 0.313 0.202 0.111 0.039 0.009 0.001 92 L 0.136 0.249 0.287 0.206 0.093 0.027 0.002 93 I 0.029 0.039 0.064 0.167 0.337 0.341 0.022 94 L 0.026 0.088 0.188 0.293 0.259 0.136 0.008 95 A 0.130 0.339 0.249 0.158 0.080 0.039 0.006 96 E 0.016 0.071 0.199 0.358 0.254 0.097 0.006 97 L 0.004 0.010 0.028 0.115 0.361 0.440 0.041 98 E 0.062 0.253 0.355 0.228 0.080 0.020 0.002 99 K 0.060 0.303 0.360 0.204 0.059 0.013 0.001 100 L 0.010 0.018 0.039 0.167 0.405 0.338 0.022 101 D 0.048 0.145 0.265 0.319 0.176 0.044 0.002 102 A 0.246 0.442 0.209 0.079 0.020 0.004 0.001 103 L 0.105 0.130 0.238 0.316 0.169 0.040 0.002 104 F 0.119 0.134 0.207 0.290 0.196 0.052 0.002 105 A 0.475 0.342 0.134 0.039 0.008 0.001 0.001 106 D 0.760 0.181 0.044 0.013 0.002 0.001 0.001 107 D 0.760 0.166 0.053 0.017 0.003 0.001 0.001 108 A 0.836 0.121 0.031 0.010 0.002 0.001 0.001 109 S 0.851 0.115 0.026 0.007 0.001 0.001 0.001