# TARGET T0352 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1991 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.027 0.003 0.021 0.034 0.036 0.138 0.008 0.001 0.048 0.630 2 T 0.079 0.092 0.001 0.013 0.015 0.019 0.119 0.006 0.001 0.046 0.609 3 T 0.065 0.364 0.002 0.009 0.006 0.009 0.068 0.009 0.001 0.059 0.408 4 H 0.037 0.786 0.002 0.003 0.002 0.002 0.022 0.007 0.001 0.019 0.120 5 D 0.025 0.840 0.002 0.003 0.002 0.002 0.014 0.003 0.001 0.027 0.081 6 R 0.010 0.849 0.002 0.002 0.002 0.002 0.011 0.003 0.001 0.061 0.057 7 V 0.010 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.019 0.021 8 R 0.005 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.021 0.014 9 L 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.015 0.012 10 Q 0.003 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.047 0.015 11 L 0.002 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 12 Q 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.007 13 A 0.001 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.042 0.014 14 L 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 15 E 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.009 16 A 0.014 0.846 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.086 0.036 17 L 0.023 0.843 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.005 0.062 0.043 18 L 0.099 0.205 0.272 0.002 0.001 0.001 0.022 0.027 0.133 0.146 0.094 19 R 0.335 0.251 0.003 0.003 0.001 0.002 0.052 0.012 0.003 0.048 0.291 20 E 0.046 0.115 0.002 0.003 0.001 0.003 0.054 0.003 0.002 0.018 0.753 21 H 0.045 0.115 0.012 0.014 0.003 0.007 0.111 0.006 0.002 0.040 0.645 22 Q 0.085 0.096 0.007 0.023 0.009 0.024 0.095 0.010 0.003 0.152 0.495 23 H 0.164 0.052 0.007 0.025 0.009 0.019 0.102 0.008 0.002 0.112 0.500 24 W 0.113 0.033 0.003 0.072 0.012 0.031 0.111 0.006 0.002 0.076 0.539 25 R 0.075 0.010 0.001 0.053 0.017 0.036 0.130 0.002 0.001 0.058 0.618 26 N 0.008 0.003 0.001 0.066 0.017 0.046 0.162 0.002 0.001 0.033 0.662 27 D 0.029 0.005 0.001 0.040 0.016 0.022 0.141 0.001 0.001 0.037 0.709 28 E 0.013 0.013 0.001 0.035 0.029 0.027 0.192 0.003 0.001 0.047 0.639 29 P 0.043 0.210 0.002 0.010 0.003 0.005 0.088 0.007 0.001 0.012 0.619 30 Q 0.216 0.573 0.003 0.004 0.002 0.002 0.022 0.028 0.001 0.033 0.116 31 P 0.171 0.317 0.010 0.005 0.001 0.002 0.041 0.010 0.003 0.189 0.250 32 H 0.194 0.235 0.011 0.009 0.005 0.011 0.071 0.010 0.004 0.175 0.274 33 Q 0.264 0.036 0.011 0.013 0.012 0.019 0.081 0.012 0.005 0.197 0.350 34 F 0.123 0.043 0.003 0.023 0.011 0.022 0.125 0.007 0.002 0.060 0.580 35 N 0.092 0.019 0.002 0.017 0.009 0.020 0.106 0.002 0.001 0.041 0.691 36 S 0.026 0.011 0.002 0.020 0.015 0.032 0.165 0.008 0.001 0.065 0.656 37 T 0.075 0.047 0.002 0.019 0.009 0.017 0.133 0.006 0.001 0.059 0.633 38 Q 0.131 0.047 0.005 0.051 0.024 0.036 0.129 0.019 0.002 0.084 0.472 39 P 0.071 0.056 0.002 0.063 0.014 0.027 0.137 0.006 0.001 0.051 0.571 40 F 0.079 0.051 0.004 0.124 0.028 0.042 0.126 0.007 0.002 0.094 0.444 41 F 0.074 0.079 0.003 0.193 0.030 0.037 0.141 0.009 0.001 0.072 0.359 42 M 0.059 0.087 0.002 0.140 0.018 0.040 0.140 0.008 0.001 0.055 0.450 43 D 0.058 0.060 0.002 0.151 0.031 0.045 0.147 0.005 0.001 0.097 0.402 44 T 0.026 0.088 0.003 0.081 0.019 0.032 0.150 0.003 0.001 0.126 0.470 45 M 0.015 0.522 0.002 0.030 0.011 0.015 0.061 0.006 0.001 0.044 0.294 46 E 0.060 0.783 0.003 0.005 0.002 0.002 0.017 0.008 0.001 0.056 0.063 47 P 0.029 0.754 0.007 0.003 0.001 0.001 0.014 0.005 0.002 0.123 0.061 48 L 0.047 0.738 0.004 0.001 0.002 0.004 0.017 0.005 0.001 0.093 0.088 49 E 0.112 0.527 0.009 0.006 0.008 0.018 0.031 0.007 0.003 0.159 0.121 50 W 0.048 0.549 0.004 0.018 0.010 0.024 0.061 0.005 0.002 0.084 0.195 51 L 0.037 0.304 0.006 0.044 0.025 0.043 0.104 0.006 0.001 0.169 0.260 52 Q 0.022 0.201 0.003 0.117 0.046 0.098 0.088 0.005 0.001 0.249 0.169 53 W 0.021 0.043 0.003 0.104 0.044 0.081 0.099 0.002 0.001 0.301 0.301 54 V 0.009 0.044 0.005 0.260 0.098 0.105 0.093 0.002 0.001 0.088 0.295 55 L 0.028 0.089 0.006 0.113 0.043 0.074 0.089 0.005 0.002 0.168 0.382 56 I 0.127 0.153 0.006 0.063 0.038 0.039 0.077 0.009 0.004 0.212 0.271 57 P 0.060 0.284 0.005 0.041 0.008 0.014 0.080 0.005 0.003 0.152 0.348 58 R 0.030 0.754 0.004 0.007 0.003 0.005 0.027 0.006 0.002 0.022 0.139 59 M 0.039 0.817 0.003 0.005 0.005 0.005 0.014 0.015 0.001 0.007 0.090 60 H 0.056 0.639 0.004 0.008 0.007 0.012 0.021 0.011 0.001 0.103 0.139 61 D 0.074 0.344 0.021 0.017 0.010 0.015 0.040 0.011 0.008 0.297 0.164 62 L 0.157 0.094 0.092 0.030 0.010 0.019 0.095 0.023 0.036 0.196 0.247 63 L 0.269 0.035 0.022 0.037 0.015 0.027 0.088 0.015 0.012 0.089 0.392 64 D 0.094 0.007 0.001 0.015 0.005 0.010 0.099 0.002 0.001 0.031 0.736 65 N 0.008 0.002 0.001 0.016 0.008 0.031 0.148 0.005 0.001 0.029 0.752 66 K 0.036 0.003 0.001 0.017 0.006 0.014 0.120 0.001 0.001 0.038 0.766 67 Q 0.011 0.001 0.001 0.028 0.044 0.067 0.167 0.005 0.001 0.057 0.617 68 P 0.062 0.008 0.002 0.016 0.004 0.008 0.089 0.001 0.001 0.022 0.786 69 L 0.350 0.014 0.003 0.017 0.014 0.016 0.088 0.025 0.002 0.078 0.394 70 P 0.148 0.030 0.001 0.011 0.002 0.004 0.096 0.003 0.001 0.041 0.664 71 G 0.056 0.029 0.002 0.029 0.011 0.030 0.141 0.010 0.001 0.036 0.654 72 A 0.067 0.054 0.001 0.053 0.032 0.057 0.130 0.007 0.001 0.054 0.545 73 F 0.071 0.023 0.001 0.057 0.066 0.067 0.126 0.002 0.001 0.067 0.518 74 A 0.012 0.041 0.001 0.088 0.072 0.080 0.136 0.002 0.001 0.046 0.521 75 V 0.016 0.255 0.001 0.026 0.022 0.022 0.085 0.005 0.001 0.039 0.527 76 A 0.038 0.807 0.002 0.007 0.007 0.006 0.019 0.016 0.001 0.018 0.078 77 P 0.013 0.882 0.002 0.004 0.001 0.002 0.010 0.003 0.001 0.013 0.070 78 Y 0.006 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.004 0.018 79 Y 0.015 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.003 0.016 80 E 0.019 0.875 0.005 0.002 0.001 0.002 0.006 0.008 0.002 0.042 0.038 81 M 0.046 0.550 0.020 0.004 0.002 0.002 0.024 0.005 0.009 0.208 0.129 82 A 0.073 0.189 0.143 0.005 0.002 0.003 0.057 0.020 0.078 0.253 0.176 83 L 0.441 0.080 0.009 0.005 0.002 0.004 0.056 0.026 0.006 0.064 0.307 84 A 0.124 0.018 0.001 0.004 0.001 0.003 0.045 0.001 0.001 0.022 0.779 85 T 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.004 0.078 0.001 0.001 0.008 0.898 86 D 0.022 0.093 0.003 0.005 0.002 0.005 0.070 0.005 0.001 0.027 0.767 87 H 0.356 0.412 0.002 0.002 0.002 0.001 0.022 0.012 0.001 0.050 0.140 88 P 0.094 0.610 0.002 0.003 0.001 0.001 0.024 0.002 0.001 0.026 0.236 89 Q 0.017 0.898 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.009 0.062 90 R 0.021 0.929 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.008 0.028 91 A 0.019 0.891 0.001 0.005 0.003 0.004 0.010 0.002 0.001 0.028 0.038 92 L 0.006 0.881 0.002 0.005 0.005 0.005 0.010 0.001 0.001 0.043 0.041 93 I 0.006 0.953 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.010 0.018 94 L 0.010 0.931 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.028 0.016 95 A 0.007 0.905 0.003 0.003 0.002 0.002 0.007 0.002 0.001 0.038 0.030 96 E 0.009 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.019 0.026 97 L 0.020 0.887 0.005 0.002 0.001 0.002 0.006 0.006 0.001 0.042 0.029 98 E 0.010 0.906 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.022 0.047 99 K 0.012 0.893 0.009 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.003 0.013 0.054 100 L 0.051 0.840 0.008 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 0.002 0.017 0.046 101 D 0.089 0.660 0.006 0.003 0.001 0.003 0.022 0.010 0.004 0.065 0.138 102 A 0.075 0.348 0.035 0.006 0.002 0.005 0.062 0.006 0.017 0.096 0.349 103 L 0.125 0.189 0.035 0.010 0.004 0.010 0.087 0.015 0.016 0.099 0.409 104 F 0.211 0.089 0.011 0.008 0.005 0.011 0.083 0.011 0.008 0.071 0.492 105 A 0.120 0.023 0.005 0.008 0.003 0.008 0.073 0.003 0.003 0.038 0.717 106 D 0.051 0.008 0.002 0.006 0.003 0.009 0.078 0.003 0.001 0.037 0.803 107 D 0.091 0.008 0.001 0.006 0.005 0.009 0.079 0.003 0.001 0.042 0.756 108 A 0.050 0.009 0.001 0.009 0.005 0.009 0.089 0.003 0.001 0.033 0.791 109 S 0.033 0.008 0.001 0.008 0.011 0.016 0.109 0.005 0.001 0.030 0.778