# TARGET T0352 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1991 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.225 0.071 0.045 0.083 0.071 0.080 0.110 0.097 0.098 0.071 0.050 2 T 0.309 0.259 0.078 0.125 0.080 0.047 0.045 0.026 0.017 0.010 0.005 3 T 0.097 0.288 0.080 0.152 0.111 0.094 0.079 0.046 0.029 0.017 0.007 4 H 0.102 0.105 0.042 0.131 0.181 0.168 0.147 0.067 0.036 0.015 0.006 5 D 0.479 0.173 0.140 0.123 0.048 0.019 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 6 R 0.030 0.093 0.098 0.337 0.214 0.118 0.077 0.022 0.008 0.002 0.001 7 V 0.002 0.003 0.017 0.010 0.012 0.033 0.147 0.215 0.245 0.196 0.119 8 R 0.003 0.007 0.083 0.174 0.218 0.264 0.187 0.045 0.014 0.004 0.001 9 L 0.010 0.040 0.696 0.191 0.044 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.002 0.033 0.028 0.041 0.133 0.381 0.194 0.108 0.057 0.024 11 L 0.001 0.001 0.036 0.004 0.005 0.014 0.166 0.212 0.243 0.202 0.120 12 Q 0.001 0.006 0.652 0.198 0.090 0.037 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.011 0.406 0.267 0.191 0.093 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.035 0.002 0.003 0.010 0.132 0.163 0.292 0.233 0.130 15 E 0.001 0.001 0.065 0.032 0.057 0.138 0.467 0.154 0.059 0.022 0.005 16 A 0.001 0.004 0.881 0.080 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.006 0.160 0.073 0.144 0.266 0.271 0.055 0.017 0.006 0.001 18 L 0.002 0.004 0.199 0.009 0.007 0.010 0.094 0.138 0.251 0.192 0.095 19 R 0.004 0.013 0.398 0.174 0.182 0.106 0.088 0.024 0.007 0.003 0.001 20 E 0.007 0.031 0.815 0.085 0.039 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 21 H 0.009 0.025 0.166 0.081 0.117 0.155 0.244 0.097 0.064 0.031 0.011 22 Q 0.263 0.120 0.255 0.088 0.060 0.055 0.081 0.035 0.025 0.013 0.006 23 H 0.049 0.090 0.269 0.176 0.155 0.091 0.089 0.039 0.022 0.013 0.006 24 W 0.026 0.041 0.100 0.066 0.080 0.101 0.196 0.140 0.124 0.085 0.042 25 R 0.073 0.110 0.179 0.188 0.159 0.103 0.105 0.041 0.024 0.012 0.006 26 N 0.149 0.140 0.189 0.166 0.125 0.078 0.080 0.035 0.022 0.011 0.004 27 D 0.297 0.162 0.103 0.143 0.097 0.068 0.062 0.031 0.020 0.012 0.005 28 E 0.368 0.201 0.072 0.128 0.082 0.053 0.051 0.021 0.014 0.006 0.003 29 P 0.091 0.066 0.032 0.058 0.077 0.111 0.166 0.138 0.127 0.087 0.047 30 Q 0.307 0.392 0.095 0.122 0.049 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 31 P 0.481 0.132 0.050 0.115 0.089 0.060 0.040 0.017 0.010 0.004 0.002 32 H 0.526 0.147 0.069 0.110 0.061 0.036 0.025 0.012 0.007 0.003 0.002 33 Q 0.081 0.134 0.119 0.261 0.161 0.107 0.083 0.031 0.015 0.006 0.003 34 F 0.039 0.031 0.028 0.050 0.061 0.090 0.157 0.171 0.166 0.127 0.080 35 N 0.191 0.248 0.148 0.188 0.112 0.058 0.034 0.011 0.006 0.003 0.002 36 S 0.082 0.058 0.043 0.068 0.062 0.064 0.130 0.121 0.139 0.123 0.109 37 T 0.254 0.199 0.071 0.192 0.130 0.070 0.047 0.018 0.010 0.005 0.003 38 Q 0.140 0.119 0.054 0.147 0.133 0.119 0.124 0.068 0.049 0.030 0.017 39 P 0.041 0.044 0.028 0.102 0.113 0.133 0.170 0.124 0.107 0.081 0.059 40 F 0.025 0.019 0.015 0.040 0.053 0.083 0.189 0.187 0.191 0.128 0.070 41 F 0.029 0.038 0.036 0.095 0.091 0.103 0.171 0.144 0.128 0.093 0.073 42 M 0.020 0.017 0.020 0.044 0.043 0.056 0.105 0.135 0.190 0.189 0.183 43 D 0.023 0.039 0.030 0.131 0.157 0.153 0.184 0.128 0.088 0.045 0.023 44 T 0.039 0.061 0.038 0.089 0.071 0.081 0.160 0.141 0.144 0.109 0.067 45 M 0.030 0.015 0.012 0.036 0.047 0.068 0.146 0.152 0.200 0.166 0.127 46 E 0.090 0.215 0.083 0.205 0.155 0.116 0.091 0.024 0.012 0.005 0.003 47 P 0.037 0.038 0.035 0.112 0.097 0.100 0.183 0.132 0.125 0.096 0.045 48 L 0.118 0.087 0.077 0.160 0.152 0.144 0.135 0.055 0.041 0.020 0.010 49 E 0.013 0.026 0.060 0.182 0.164 0.158 0.232 0.097 0.045 0.018 0.007 50 W 0.006 0.008 0.033 0.042 0.052 0.085 0.190 0.188 0.177 0.145 0.072 51 L 0.002 0.002 0.020 0.014 0.013 0.018 0.100 0.155 0.234 0.276 0.165 52 Q 0.001 0.004 0.050 0.060 0.079 0.092 0.195 0.201 0.168 0.106 0.045 53 W 0.001 0.006 0.065 0.027 0.028 0.059 0.171 0.180 0.203 0.177 0.082 54 V 0.002 0.004 0.031 0.023 0.023 0.027 0.130 0.229 0.265 0.186 0.079 55 L 0.002 0.010 0.034 0.022 0.018 0.029 0.139 0.162 0.226 0.225 0.135 56 I 0.003 0.011 0.039 0.048 0.071 0.086 0.194 0.163 0.205 0.117 0.063 57 P 0.203 0.148 0.175 0.181 0.099 0.070 0.069 0.030 0.017 0.006 0.002 58 R 0.015 0.045 0.034 0.119 0.175 0.181 0.245 0.109 0.051 0.021 0.006 59 M 0.003 0.007 0.015 0.021 0.021 0.031 0.091 0.140 0.240 0.227 0.205 60 H 0.028 0.030 0.071 0.200 0.241 0.205 0.138 0.046 0.025 0.010 0.004 61 D 0.023 0.057 0.244 0.267 0.168 0.114 0.077 0.029 0.013 0.005 0.002 62 L 0.002 0.004 0.016 0.017 0.023 0.046 0.148 0.178 0.239 0.202 0.125 63 L 0.001 0.002 0.007 0.012 0.021 0.043 0.165 0.185 0.224 0.193 0.148 64 D 0.033 0.108 0.509 0.180 0.097 0.038 0.022 0.007 0.004 0.002 0.001 65 N 0.070 0.084 0.137 0.163 0.161 0.165 0.144 0.043 0.020 0.009 0.004 66 K 0.653 0.148 0.051 0.068 0.034 0.017 0.014 0.006 0.004 0.002 0.001 67 Q 0.058 0.103 0.038 0.104 0.118 0.144 0.181 0.100 0.075 0.049 0.030 68 P 0.378 0.248 0.075 0.112 0.070 0.041 0.033 0.017 0.013 0.008 0.005 69 L 0.042 0.020 0.006 0.026 0.042 0.076 0.170 0.159 0.173 0.145 0.140 70 P 0.134 0.134 0.052 0.126 0.122 0.098 0.117 0.076 0.062 0.043 0.035 71 G 0.398 0.148 0.061 0.151 0.098 0.060 0.038 0.018 0.014 0.008 0.006 72 A 0.213 0.131 0.062 0.147 0.117 0.104 0.095 0.054 0.037 0.024 0.015 73 F 0.047 0.036 0.030 0.075 0.088 0.124 0.173 0.143 0.135 0.093 0.056 74 A 0.076 0.082 0.066 0.127 0.113 0.120 0.164 0.095 0.071 0.049 0.035 75 V 0.005 0.010 0.009 0.016 0.017 0.024 0.070 0.117 0.200 0.256 0.277 76 A 0.010 0.025 0.018 0.045 0.064 0.090 0.162 0.150 0.183 0.142 0.111 77 P 0.054 0.060 0.050 0.125 0.108 0.112 0.139 0.097 0.108 0.086 0.061 78 Y 0.013 0.019 0.029 0.067 0.093 0.124 0.210 0.158 0.133 0.095 0.059 79 Y 0.002 0.003 0.007 0.014 0.012 0.016 0.058 0.100 0.222 0.288 0.278 80 E 0.002 0.003 0.016 0.034 0.050 0.109 0.211 0.153 0.177 0.143 0.102 81 M 0.007 0.014 0.180 0.138 0.108 0.130 0.177 0.106 0.081 0.041 0.018 82 A 0.001 0.003 0.015 0.026 0.053 0.112 0.271 0.209 0.152 0.103 0.053 83 L 0.001 0.002 0.007 0.010 0.011 0.018 0.068 0.108 0.216 0.292 0.269 84 A 0.008 0.023 0.068 0.158 0.225 0.196 0.197 0.072 0.038 0.012 0.004 85 T 0.110 0.115 0.188 0.193 0.137 0.112 0.087 0.032 0.017 0.007 0.002 86 D 0.268 0.265 0.088 0.158 0.083 0.057 0.046 0.018 0.010 0.005 0.002 87 H 0.175 0.132 0.035 0.096 0.086 0.109 0.148 0.089 0.067 0.040 0.024 88 P 0.517 0.207 0.059 0.081 0.055 0.030 0.025 0.013 0.008 0.004 0.002 89 Q 0.097 0.253 0.078 0.165 0.110 0.110 0.105 0.042 0.025 0.011 0.005 90 R 0.017 0.027 0.031 0.095 0.150 0.189 0.226 0.123 0.082 0.041 0.021 91 A 0.259 0.129 0.145 0.187 0.114 0.079 0.055 0.018 0.009 0.003 0.001 92 L 0.007 0.030 0.097 0.277 0.257 0.181 0.106 0.030 0.011 0.003 0.001 93 I 0.001 0.002 0.010 0.006 0.006 0.012 0.073 0.148 0.242 0.281 0.220 94 L 0.001 0.003 0.028 0.079 0.147 0.241 0.296 0.112 0.058 0.025 0.009 95 A 0.011 0.028 0.733 0.131 0.053 0.023 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 96 E 0.001 0.003 0.025 0.033 0.053 0.163 0.407 0.169 0.083 0.047 0.018 97 L 0.001 0.001 0.014 0.003 0.004 0.010 0.095 0.158 0.257 0.269 0.188 98 E 0.013 0.025 0.428 0.244 0.149 0.081 0.041 0.012 0.004 0.002 0.001 99 K 0.003 0.023 0.378 0.222 0.185 0.118 0.056 0.010 0.003 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.013 0.003 0.004 0.009 0.080 0.131 0.270 0.278 0.211 101 D 0.001 0.002 0.030 0.053 0.102 0.195 0.386 0.129 0.065 0.027 0.009 102 A 0.006 0.023 0.806 0.102 0.042 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.003 0.031 0.025 0.057 0.140 0.339 0.177 0.120 0.074 0.032 104 F 0.002 0.003 0.015 0.010 0.014 0.025 0.137 0.181 0.243 0.226 0.144 105 A 0.019 0.084 0.304 0.225 0.177 0.092 0.063 0.021 0.009 0.004 0.002 106 D 0.137 0.144 0.386 0.178 0.086 0.041 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 107 D 0.378 0.153 0.095 0.105 0.071 0.057 0.069 0.031 0.021 0.013 0.006 108 A 0.455 0.157 0.069 0.083 0.057 0.050 0.056 0.027 0.023 0.015 0.010 109 S 0.443 0.212 0.071 0.086 0.055 0.038 0.037 0.021 0.018 0.012 0.007