# TARGET T0352 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1991 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.019 0.020 0.016 0.005 0.009 0.027 0.004 0.001 0.003 0.808 2 T 0.044 0.009 0.009 0.018 0.009 0.014 0.210 0.003 0.001 0.004 0.681 3 T 0.083 0.005 0.010 0.010 0.003 0.005 0.094 0.001 0.001 0.005 0.784 4 H 0.039 0.016 0.002 0.015 0.003 0.006 0.244 0.001 0.001 0.004 0.671 5 D 0.039 0.026 0.001 0.006 0.001 0.002 0.243 0.001 0.001 0.007 0.674 6 R 0.045 0.123 0.001 0.003 0.001 0.002 0.357 0.001 0.001 0.006 0.462 7 V 0.038 0.590 0.001 0.004 0.002 0.006 0.172 0.002 0.001 0.004 0.181 8 R 0.023 0.911 0.001 0.002 0.001 0.003 0.014 0.003 0.001 0.001 0.041 9 L 0.011 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.030 10 Q 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 11 L 0.017 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 12 Q 0.007 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 13 A 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 14 L 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 15 E 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.008 16 A 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 17 L 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 18 L 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 19 R 0.014 0.968 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 20 E 0.033 0.916 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.025 21 H 0.079 0.818 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.001 0.044 22 Q 0.139 0.575 0.038 0.005 0.005 0.005 0.010 0.057 0.001 0.002 0.165 23 H 0.081 0.335 0.142 0.013 0.011 0.016 0.027 0.023 0.001 0.001 0.351 24 W 0.104 0.249 0.013 0.071 0.037 0.046 0.041 0.022 0.001 0.002 0.416 25 R 0.130 0.130 0.015 0.044 0.025 0.037 0.065 0.010 0.001 0.005 0.540 26 N 0.099 0.089 0.014 0.042 0.031 0.040 0.066 0.007 0.001 0.003 0.608 27 D 0.155 0.041 0.012 0.064 0.019 0.040 0.081 0.011 0.001 0.007 0.572 28 E 0.179 0.013 0.015 0.044 0.013 0.030 0.127 0.004 0.001 0.007 0.567 29 P 0.012 0.001 0.007 0.012 0.002 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.942 30 Q 0.047 0.003 0.002 0.034 0.012 0.027 0.248 0.001 0.001 0.002 0.624 31 P 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.985 32 H 0.017 0.020 0.001 0.015 0.015 0.023 0.260 0.001 0.001 0.003 0.646 33 Q 0.262 0.057 0.001 0.008 0.008 0.018 0.314 0.001 0.001 0.012 0.320 34 F 0.170 0.623 0.001 0.025 0.013 0.013 0.019 0.003 0.001 0.001 0.133 35 N 0.173 0.607 0.003 0.007 0.004 0.010 0.024 0.005 0.001 0.004 0.163 36 S 0.339 0.341 0.013 0.005 0.004 0.008 0.030 0.014 0.001 0.002 0.244 37 T 0.241 0.303 0.025 0.023 0.008 0.011 0.027 0.046 0.001 0.002 0.314 38 Q 0.175 0.182 0.054 0.036 0.017 0.024 0.104 0.014 0.001 0.004 0.390 39 P 0.002 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.982 40 F 0.034 0.031 0.001 0.033 0.030 0.083 0.228 0.002 0.001 0.005 0.552 41 F 0.428 0.112 0.002 0.015 0.010 0.017 0.055 0.002 0.001 0.005 0.355 42 M 0.059 0.693 0.001 0.050 0.029 0.034 0.016 0.003 0.001 0.001 0.114 43 D 0.138 0.378 0.004 0.015 0.010 0.017 0.060 0.006 0.001 0.003 0.368 44 T 0.358 0.284 0.011 0.019 0.006 0.016 0.058 0.017 0.001 0.004 0.226 45 M 0.306 0.285 0.031 0.027 0.008 0.010 0.086 0.018 0.001 0.007 0.221 46 E 0.105 0.162 0.046 0.009 0.004 0.007 0.221 0.002 0.001 0.003 0.440 47 P 0.003 0.030 0.002 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.954 48 L 0.040 0.113 0.001 0.009 0.006 0.014 0.133 0.002 0.001 0.004 0.679 49 E 0.135 0.362 0.002 0.002 0.001 0.009 0.141 0.001 0.001 0.005 0.343 50 W 0.025 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.135 51 L 0.029 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 52 Q 0.050 0.874 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.064 53 W 0.048 0.855 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.075 54 V 0.121 0.813 0.001 0.007 0.004 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 0.028 55 L 0.084 0.645 0.048 0.007 0.008 0.015 0.010 0.015 0.001 0.001 0.167 56 I 0.064 0.459 0.052 0.073 0.042 0.111 0.044 0.014 0.001 0.001 0.140 57 P 0.003 0.011 0.002 0.009 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.968 58 R 0.028 0.063 0.006 0.098 0.041 0.103 0.157 0.003 0.001 0.007 0.494 59 M 0.235 0.151 0.012 0.049 0.025 0.079 0.078 0.005 0.001 0.013 0.353 60 H 0.066 0.430 0.002 0.113 0.048 0.076 0.037 0.005 0.001 0.002 0.221 61 D 0.083 0.264 0.003 0.039 0.058 0.087 0.040 0.003 0.001 0.002 0.421 62 L 0.063 0.420 0.005 0.077 0.108 0.136 0.023 0.003 0.001 0.001 0.166 63 L 0.018 0.427 0.002 0.101 0.137 0.222 0.023 0.003 0.001 0.001 0.066 64 D 0.052 0.374 0.003 0.039 0.083 0.180 0.043 0.012 0.001 0.002 0.211 65 N 0.212 0.312 0.007 0.034 0.041 0.070 0.050 0.020 0.001 0.003 0.251 66 K 0.383 0.067 0.036 0.036 0.020 0.034 0.079 0.047 0.001 0.019 0.279 67 Q 0.110 0.011 0.225 0.032 0.022 0.028 0.127 0.005 0.001 0.005 0.436 68 P 0.002 0.001 0.004 0.006 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.978 69 L 0.028 0.002 0.001 0.055 0.014 0.054 0.155 0.001 0.001 0.002 0.689 70 P 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.985 71 G 0.051 0.013 0.001 0.031 0.021 0.041 0.248 0.001 0.001 0.006 0.590 72 A 0.274 0.022 0.001 0.018 0.005 0.010 0.144 0.001 0.001 0.006 0.520 73 F 0.197 0.188 0.001 0.049 0.014 0.012 0.078 0.002 0.001 0.002 0.456 74 A 0.156 0.254 0.006 0.036 0.016 0.039 0.150 0.002 0.001 0.008 0.333 75 V 0.128 0.320 0.012 0.023 0.020 0.050 0.070 0.005 0.001 0.003 0.369 76 A 0.117 0.410 0.013 0.064 0.017 0.083 0.049 0.006 0.001 0.002 0.239 77 P 0.002 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.977 78 Y 0.037 0.136 0.001 0.012 0.006 0.011 0.148 0.002 0.001 0.003 0.645 79 Y 0.056 0.563 0.002 0.008 0.004 0.008 0.060 0.003 0.001 0.001 0.295 80 E 0.010 0.921 0.001 0.004 0.003 0.004 0.009 0.002 0.001 0.001 0.047 81 M 0.038 0.887 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.057 82 A 0.039 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.026 83 L 0.052 0.916 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.017 84 A 0.079 0.754 0.018 0.002 0.002 0.003 0.004 0.037 0.001 0.001 0.100 85 T 0.221 0.393 0.037 0.004 0.002 0.004 0.010 0.053 0.001 0.001 0.275 86 D 0.221 0.128 0.018 0.011 0.003 0.002 0.014 0.059 0.001 0.001 0.545 87 H 0.268 0.079 0.046 0.013 0.003 0.005 0.123 0.010 0.001 0.006 0.447 88 P 0.006 0.006 0.009 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.964 89 Q 0.051 0.024 0.001 0.018 0.006 0.010 0.250 0.002 0.001 0.005 0.634 90 R 0.482 0.091 0.004 0.010 0.003 0.006 0.094 0.001 0.001 0.012 0.298 91 A 0.041 0.614 0.001 0.032 0.012 0.014 0.035 0.003 0.001 0.001 0.247 92 L 0.049 0.559 0.002 0.016 0.009 0.017 0.057 0.002 0.001 0.002 0.286 93 I 0.036 0.792 0.002 0.014 0.011 0.022 0.017 0.004 0.001 0.001 0.101 94 L 0.017 0.915 0.001 0.009 0.005 0.015 0.007 0.004 0.001 0.001 0.025 95 A 0.014 0.879 0.002 0.004 0.005 0.008 0.007 0.005 0.001 0.001 0.076 96 E 0.025 0.910 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.049 97 L 0.038 0.905 0.006 0.002 0.002 0.004 0.005 0.007 0.001 0.001 0.029 98 E 0.022 0.891 0.010 0.002 0.002 0.006 0.011 0.006 0.001 0.001 0.049 99 K 0.055 0.756 0.006 0.002 0.005 0.004 0.011 0.029 0.001 0.001 0.131 100 L 0.051 0.892 0.008 0.002 0.001 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.032 101 D 0.009 0.856 0.005 0.004 0.006 0.008 0.010 0.011 0.001 0.001 0.090 102 A 0.036 0.797 0.003 0.004 0.008 0.007 0.018 0.019 0.001 0.001 0.106 103 L 0.097 0.793 0.004 0.005 0.006 0.010 0.009 0.024 0.001 0.001 0.050 104 F 0.130 0.707 0.025 0.007 0.010 0.021 0.016 0.025 0.001 0.002 0.057 105 A 0.095 0.556 0.045 0.016 0.022 0.039 0.020 0.034 0.001 0.001 0.171 106 D 0.134 0.189 0.009 0.015 0.015 0.014 0.016 0.049 0.001 0.001 0.556 107 D 0.189 0.090 0.022 0.012 0.010 0.010 0.084 0.020 0.001 0.005 0.556 108 A 0.107 0.034 0.027 0.016 0.009 0.013 0.211 0.009 0.001 0.017 0.556 109 S 0.131 0.033 0.014 0.015 0.008 0.010 0.428 0.004 0.001 0.015 0.341