# TARGET T0352 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1991 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 T 0.010 0.012 0.005 0.133 0.005 0.020 0.816 3 T 0.007 0.007 0.014 0.582 0.085 0.064 0.241 4 H 0.002 0.001 0.009 0.813 0.023 0.043 0.110 5 D 0.001 0.001 0.005 0.934 0.019 0.012 0.029 6 R 0.002 0.001 0.004 0.960 0.008 0.005 0.020 7 V 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.004 0.004 8 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 9 L 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.015 0.002 10 Q 0.001 0.001 0.003 0.974 0.001 0.018 0.005 11 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.002 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.007 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.013 0.001 18 L 0.001 0.001 0.003 0.975 0.002 0.017 0.002 19 R 0.001 0.001 0.012 0.908 0.005 0.068 0.007 20 E 0.001 0.001 0.020 0.809 0.014 0.140 0.015 21 H 0.003 0.003 0.029 0.524 0.058 0.314 0.070 22 Q 0.004 0.002 0.030 0.100 0.100 0.614 0.151 23 H 0.034 0.015 0.112 0.098 0.225 0.178 0.339 24 W 0.113 0.039 0.115 0.103 0.132 0.118 0.381 25 R 0.093 0.030 0.098 0.090 0.146 0.126 0.418 26 N 0.073 0.018 0.029 0.025 0.323 0.069 0.462 27 D 0.039 0.010 0.008 0.006 0.398 0.056 0.483 28 E 0.020 0.020 0.001 0.001 0.309 0.012 0.638 29 P 0.014 0.028 0.001 0.001 0.133 0.013 0.810 30 Q 0.011 0.022 0.002 0.001 0.058 0.007 0.899 31 P 0.003 0.004 0.551 0.208 0.029 0.116 0.089 32 H 0.002 0.001 0.671 0.165 0.021 0.096 0.043 33 Q 0.001 0.003 0.711 0.169 0.013 0.069 0.033 34 F 0.006 0.025 0.223 0.319 0.069 0.232 0.126 35 N 0.004 0.008 0.122 0.119 0.063 0.529 0.154 36 S 0.008 0.006 0.044 0.051 0.166 0.405 0.320 37 T 0.009 0.006 0.037 0.028 0.532 0.142 0.246 38 Q 0.015 0.003 0.001 0.001 0.676 0.003 0.301 39 P 0.078 0.014 0.008 0.010 0.147 0.035 0.709 40 F 0.440 0.087 0.024 0.022 0.105 0.070 0.251 41 F 0.547 0.040 0.028 0.046 0.044 0.032 0.264 42 M 0.536 0.021 0.101 0.046 0.041 0.048 0.208 43 D 0.484 0.015 0.085 0.035 0.053 0.148 0.179 44 T 0.223 0.018 0.099 0.019 0.205 0.210 0.227 45 M 0.084 0.030 0.007 0.009 0.629 0.016 0.225 46 E 0.038 0.020 0.003 0.008 0.105 0.006 0.820 47 P 0.002 0.001 0.255 0.588 0.005 0.138 0.012 48 L 0.004 0.001 0.278 0.569 0.008 0.132 0.009 49 E 0.009 0.001 0.149 0.784 0.010 0.027 0.020 50 W 0.018 0.004 0.017 0.923 0.005 0.023 0.009 51 L 0.016 0.001 0.007 0.932 0.002 0.035 0.008 52 Q 0.026 0.001 0.005 0.938 0.009 0.011 0.011 53 W 0.026 0.001 0.003 0.951 0.003 0.009 0.006 54 V 0.053 0.002 0.007 0.846 0.010 0.074 0.009 55 L 0.036 0.005 0.006 0.864 0.013 0.063 0.014 56 I 0.063 0.006 0.012 0.776 0.058 0.033 0.053 57 P 0.029 0.003 0.025 0.747 0.105 0.046 0.044 58 R 0.021 0.015 0.015 0.666 0.041 0.094 0.149 59 M 0.001 0.001 0.016 0.964 0.001 0.009 0.009 60 H 0.001 0.001 0.014 0.974 0.003 0.004 0.005 61 D 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.002 0.001 62 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.004 0.001 63 L 0.001 0.001 0.003 0.977 0.002 0.015 0.001 64 D 0.001 0.001 0.009 0.807 0.008 0.162 0.013 65 N 0.001 0.002 0.013 0.286 0.024 0.641 0.034 66 K 0.002 0.002 0.014 0.074 0.131 0.664 0.113 67 Q 0.007 0.007 0.002 0.002 0.335 0.008 0.638 68 P 0.044 0.091 0.004 0.002 0.114 0.021 0.724 69 L 0.030 0.041 0.003 0.001 0.085 0.012 0.829 70 P 0.015 0.009 0.044 0.012 0.198 0.526 0.197 71 G 0.006 0.002 0.047 0.016 0.159 0.695 0.074 72 A 0.057 0.022 0.128 0.093 0.246 0.222 0.232 73 F 0.162 0.053 0.047 0.091 0.141 0.087 0.420 74 A 0.314 0.075 0.032 0.061 0.127 0.069 0.321 75 V 0.215 0.038 0.039 0.235 0.093 0.045 0.335 76 A 0.041 0.004 0.024 0.678 0.050 0.011 0.192 77 P 0.010 0.001 0.025 0.897 0.013 0.016 0.037 78 Y 0.008 0.001 0.016 0.949 0.004 0.012 0.009 79 Y 0.005 0.001 0.006 0.977 0.001 0.005 0.005 80 E 0.004 0.001 0.003 0.983 0.001 0.006 0.003 81 M 0.002 0.001 0.003 0.978 0.001 0.012 0.002 82 A 0.003 0.001 0.007 0.960 0.002 0.023 0.005 83 L 0.005 0.002 0.015 0.900 0.006 0.059 0.013 84 A 0.005 0.002 0.027 0.792 0.027 0.120 0.028 85 T 0.003 0.002 0.019 0.639 0.043 0.238 0.057 86 D 0.003 0.003 0.015 0.319 0.258 0.137 0.265 87 H 0.003 0.004 0.017 0.286 0.315 0.037 0.338 88 P 0.003 0.003 0.071 0.510 0.063 0.214 0.137 89 Q 0.006 0.006 0.089 0.618 0.037 0.158 0.087 90 R 0.006 0.002 0.036 0.837 0.014 0.028 0.077 91 A 0.005 0.001 0.012 0.944 0.011 0.011 0.017 92 L 0.007 0.001 0.007 0.960 0.004 0.011 0.010 93 I 0.003 0.001 0.002 0.979 0.001 0.009 0.005 94 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.002 0.002 95 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.014 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.009 0.003 101 D 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.005 0.003 102 A 0.001 0.001 0.003 0.977 0.001 0.016 0.002 103 L 0.001 0.001 0.008 0.940 0.003 0.038 0.010 104 F 0.002 0.003 0.017 0.813 0.014 0.118 0.033 105 A 0.004 0.003 0.020 0.449 0.076 0.302 0.146 106 D 0.005 0.003 0.034 0.211 0.211 0.237 0.298 107 D 0.006 0.003 0.036 0.122 0.242 0.194 0.396 108 A 0.007 0.008 0.034 0.069 0.098 0.129 0.656 109 S 0.003 0.002 0.006 0.007 0.020 0.008 0.953