# TARGET T0352 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1991 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.362 0.119 0.009 0.227 0.007 0.014 0.069 0.035 0.044 0.037 2 T 0.035 0.452 0.241 0.008 0.122 0.006 0.014 0.073 0.019 0.018 0.013 3 T 0.036 0.108 0.051 0.007 0.052 0.008 0.019 0.450 0.159 0.084 0.025 4 H 0.012 0.091 0.044 0.011 0.037 0.009 0.012 0.636 0.112 0.029 0.007 5 D 0.003 0.010 0.005 0.003 0.008 0.005 0.010 0.831 0.080 0.038 0.007 6 R 0.002 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.002 0.930 0.037 0.014 0.001 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.041 0.010 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.009 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.016 0.004 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.028 0.004 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.029 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.018 0.003 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.064 0.004 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.885 0.102 0.003 0.001 20 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.078 0.805 0.079 0.029 0.001 21 H 0.015 0.398 0.090 0.007 0.103 0.005 0.027 0.225 0.067 0.053 0.009 22 Q 0.048 0.024 0.010 0.009 0.025 0.017 0.049 0.303 0.203 0.228 0.084 23 H 0.043 0.060 0.026 0.013 0.064 0.018 0.063 0.336 0.171 0.176 0.031 24 W 0.097 0.114 0.038 0.015 0.169 0.018 0.033 0.212 0.132 0.109 0.064 25 R 0.050 0.186 0.081 0.030 0.152 0.027 0.061 0.215 0.111 0.064 0.022 26 N 0.081 0.112 0.073 0.022 0.133 0.017 0.048 0.189 0.109 0.173 0.043 27 D 0.037 0.249 0.252 0.047 0.139 0.022 0.049 0.061 0.041 0.075 0.027 28 E 0.049 0.392 0.297 0.012 0.158 0.006 0.017 0.029 0.011 0.011 0.018 29 P 0.017 0.553 0.265 0.004 0.120 0.001 0.006 0.015 0.009 0.005 0.005 30 Q 0.013 0.631 0.234 0.002 0.075 0.001 0.002 0.019 0.014 0.005 0.004 31 P 0.006 0.009 0.002 0.001 0.008 0.003 0.014 0.320 0.617 0.014 0.006 32 H 0.006 0.014 0.005 0.003 0.009 0.005 0.023 0.329 0.477 0.120 0.009 33 Q 0.013 0.020 0.003 0.001 0.022 0.002 0.020 0.253 0.299 0.360 0.005 34 F 0.166 0.061 0.012 0.005 0.131 0.010 0.027 0.222 0.162 0.118 0.086 35 N 0.059 0.030 0.024 0.021 0.060 0.033 0.054 0.057 0.122 0.418 0.124 36 S 0.131 0.180 0.059 0.005 0.345 0.002 0.016 0.069 0.076 0.082 0.035 37 T 0.126 0.043 0.020 0.006 0.093 0.008 0.026 0.083 0.192 0.303 0.100 38 Q 0.021 0.385 0.257 0.032 0.161 0.011 0.026 0.064 0.028 0.010 0.004 39 P 0.258 0.130 0.028 0.006 0.373 0.009 0.037 0.060 0.029 0.017 0.054 40 F 0.169 0.135 0.042 0.035 0.369 0.048 0.036 0.042 0.036 0.044 0.042 41 F 0.231 0.114 0.010 0.005 0.507 0.006 0.009 0.032 0.014 0.018 0.053 42 M 0.161 0.158 0.039 0.024 0.335 0.022 0.021 0.053 0.037 0.081 0.068 43 D 0.197 0.080 0.020 0.009 0.286 0.012 0.068 0.068 0.044 0.114 0.102 44 T 0.094 0.142 0.078 0.010 0.127 0.008 0.018 0.083 0.132 0.236 0.074 45 M 0.041 0.298 0.189 0.039 0.119 0.014 0.025 0.110 0.087 0.053 0.024 46 E 0.011 0.422 0.323 0.013 0.057 0.005 0.012 0.112 0.034 0.007 0.003 47 P 0.008 0.010 0.004 0.001 0.011 0.003 0.017 0.544 0.379 0.016 0.006 48 L 0.007 0.012 0.003 0.003 0.009 0.004 0.018 0.649 0.252 0.038 0.005 49 E 0.008 0.011 0.003 0.003 0.013 0.009 0.044 0.682 0.180 0.044 0.003 50 W 0.025 0.021 0.004 0.002 0.053 0.006 0.028 0.709 0.122 0.022 0.008 51 L 0.058 0.031 0.005 0.003 0.108 0.005 0.018 0.565 0.158 0.030 0.019 52 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.017 0.909 0.057 0.003 0.001 53 W 0.004 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.013 0.904 0.056 0.003 0.005 54 V 0.005 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.010 0.906 0.063 0.002 0.002 55 L 0.005 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.738 0.220 0.016 0.003 56 I 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.890 0.093 0.001 0.001 57 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.045 0.922 0.024 0.001 0.001 58 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.885 0.052 0.043 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.840 0.151 0.004 0.001 60 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.899 0.091 0.001 0.001 61 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.963 0.029 0.002 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.920 0.054 0.005 0.001 63 L 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.822 0.139 0.015 0.001 64 D 0.002 0.005 0.003 0.001 0.002 0.004 0.041 0.708 0.179 0.052 0.003 65 N 0.003 0.587 0.140 0.006 0.089 0.006 0.034 0.094 0.023 0.014 0.002 66 K 0.056 0.006 0.003 0.002 0.014 0.002 0.008 0.026 0.045 0.598 0.240 67 Q 0.038 0.411 0.279 0.016 0.171 0.007 0.021 0.031 0.010 0.007 0.009 68 P 0.042 0.387 0.198 0.018 0.195 0.012 0.027 0.048 0.026 0.026 0.020 69 L 0.051 0.391 0.326 0.022 0.122 0.006 0.017 0.020 0.013 0.012 0.019 70 P 0.033 0.301 0.132 0.046 0.095 0.067 0.061 0.121 0.084 0.035 0.025 71 G 0.013 0.045 0.031 0.032 0.029 0.052 0.077 0.198 0.303 0.198 0.022 72 A 0.076 0.080 0.027 0.018 0.109 0.023 0.070 0.254 0.165 0.137 0.040 73 F 0.069 0.123 0.039 0.010 0.144 0.025 0.032 0.175 0.140 0.166 0.075 74 A 0.093 0.113 0.038 0.007 0.149 0.005 0.032 0.286 0.113 0.106 0.059 75 V 0.092 0.122 0.032 0.006 0.101 0.006 0.013 0.220 0.178 0.169 0.062 76 A 0.012 0.105 0.050 0.011 0.055 0.007 0.016 0.666 0.071 0.003 0.004 77 P 0.009 0.022 0.008 0.002 0.021 0.008 0.031 0.850 0.042 0.003 0.004 78 Y 0.011 0.017 0.008 0.005 0.012 0.004 0.016 0.822 0.059 0.042 0.004 79 Y 0.010 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.872 0.087 0.014 0.003 80 E 0.002 0.006 0.001 0.001 0.006 0.002 0.008 0.905 0.066 0.003 0.001 81 M 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 0.924 0.036 0.007 0.001 82 A 0.005 0.005 0.003 0.002 0.009 0.008 0.037 0.860 0.058 0.011 0.002 83 L 0.019 0.024 0.006 0.003 0.023 0.004 0.018 0.711 0.120 0.060 0.012 84 A 0.016 0.039 0.016 0.006 0.026 0.020 0.066 0.570 0.149 0.081 0.011 85 T 0.014 0.205 0.085 0.024 0.073 0.032 0.115 0.284 0.081 0.075 0.012 86 D 0.116 0.043 0.031 0.011 0.076 0.011 0.037 0.075 0.069 0.386 0.144 87 H 0.041 0.329 0.208 0.023 0.133 0.007 0.014 0.148 0.052 0.028 0.017 88 P 0.013 0.082 0.030 0.007 0.038 0.013 0.029 0.560 0.171 0.043 0.012 89 Q 0.013 0.038 0.013 0.003 0.019 0.006 0.027 0.610 0.167 0.094 0.010 90 R 0.008 0.021 0.009 0.004 0.014 0.003 0.007 0.765 0.113 0.052 0.004 91 A 0.002 0.014 0.007 0.002 0.007 0.004 0.006 0.886 0.058 0.011 0.002 92 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.955 0.032 0.003 0.001 93 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.044 0.009 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.037 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.014 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.961 0.028 0.006 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.944 0.049 0.003 0.001 98 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.931 0.049 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.932 0.035 0.026 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.916 0.066 0.010 0.001 101 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.883 0.102 0.003 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.899 0.078 0.005 0.001 103 L 0.001 0.004 0.004 0.001 0.004 0.008 0.067 0.823 0.071 0.014 0.001 104 F 0.021 0.025 0.008 0.003 0.023 0.004 0.023 0.533 0.124 0.213 0.023 105 A 0.026 0.088 0.042 0.013 0.046 0.027 0.061 0.370 0.136 0.166 0.024 106 D 0.023 0.148 0.069 0.022 0.091 0.028 0.068 0.248 0.126 0.148 0.028 107 D 0.093 0.064 0.035 0.010 0.100 0.007 0.027 0.166 0.159 0.239 0.099 108 A 0.037 0.081 0.036 0.013 0.068 0.013 0.049 0.292 0.219 0.165 0.027 109 S 0.041 0.162 0.058 0.014 0.119 0.016 0.058 0.250 0.136 0.117 0.027