# TARGET T0352 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15.1991 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.693 0.204 0.065 0.027 0.009 0.002 0.001 2 T 0.699 0.191 0.062 0.031 0.013 0.004 0.001 3 T 0.447 0.312 0.149 0.072 0.018 0.003 0.001 4 H 0.196 0.304 0.260 0.173 0.058 0.010 0.001 5 D 0.601 0.261 0.096 0.032 0.008 0.002 0.001 6 R 0.162 0.406 0.301 0.105 0.023 0.003 0.001 7 V 0.015 0.019 0.053 0.253 0.467 0.186 0.006 8 R 0.035 0.164 0.294 0.326 0.148 0.031 0.001 9 L 0.116 0.462 0.306 0.096 0.017 0.002 0.001 10 Q 0.009 0.036 0.152 0.343 0.342 0.113 0.004 11 L 0.003 0.003 0.007 0.040 0.261 0.632 0.054 12 Q 0.056 0.215 0.367 0.281 0.070 0.011 0.001 13 A 0.048 0.213 0.361 0.284 0.084 0.010 0.001 14 L 0.014 0.014 0.030 0.126 0.397 0.399 0.019 15 E 0.051 0.103 0.212 0.347 0.232 0.055 0.001 16 A 0.405 0.413 0.127 0.041 0.011 0.002 0.001 17 L 0.141 0.216 0.306 0.264 0.064 0.008 0.001 18 L 0.180 0.095 0.116 0.235 0.278 0.094 0.003 19 R 0.467 0.341 0.137 0.045 0.009 0.001 0.001 20 E 0.662 0.256 0.060 0.017 0.004 0.001 0.001 21 H 0.484 0.221 0.182 0.085 0.024 0.003 0.001 22 Q 0.780 0.167 0.038 0.013 0.003 0.001 0.001 23 H 0.591 0.246 0.103 0.044 0.014 0.002 0.001 24 W 0.406 0.188 0.173 0.151 0.071 0.011 0.001 25 R 0.501 0.240 0.143 0.088 0.025 0.003 0.001 26 N 0.680 0.215 0.069 0.027 0.007 0.001 0.001 27 D 0.533 0.250 0.139 0.060 0.016 0.002 0.001 28 E 0.640 0.253 0.074 0.027 0.005 0.001 0.001 29 P 0.568 0.219 0.110 0.073 0.026 0.004 0.001 30 Q 0.793 0.158 0.035 0.011 0.003 0.001 0.001 31 P 0.819 0.127 0.036 0.014 0.003 0.001 0.001 32 H 0.651 0.243 0.077 0.024 0.004 0.001 0.001 33 Q 0.450 0.296 0.152 0.074 0.021 0.005 0.001 34 F 0.248 0.186 0.200 0.211 0.126 0.027 0.002 35 N 0.461 0.298 0.152 0.066 0.019 0.004 0.001 36 S 0.323 0.215 0.195 0.168 0.080 0.018 0.002 37 T 0.399 0.328 0.175 0.066 0.022 0.007 0.001 38 Q 0.195 0.251 0.235 0.198 0.094 0.025 0.002 39 P 0.098 0.089 0.132 0.217 0.271 0.170 0.023 40 F 0.104 0.074 0.078 0.127 0.195 0.316 0.106 41 F 0.182 0.112 0.086 0.136 0.171 0.232 0.081 42 M 0.090 0.091 0.096 0.145 0.209 0.249 0.121 43 D 0.055 0.068 0.099 0.201 0.235 0.242 0.099 44 T 0.124 0.108 0.111 0.141 0.193 0.236 0.087 45 M 0.248 0.171 0.154 0.178 0.149 0.085 0.015 46 E 0.389 0.243 0.185 0.107 0.043 0.025 0.007 47 P 0.359 0.161 0.155 0.145 0.107 0.061 0.012 48 L 0.439 0.198 0.134 0.104 0.074 0.042 0.010 49 E 0.395 0.262 0.146 0.107 0.055 0.030 0.005 50 W 0.327 0.159 0.158 0.158 0.124 0.063 0.011 51 L 0.203 0.131 0.125 0.165 0.181 0.171 0.025 52 Q 0.119 0.157 0.192 0.242 0.155 0.110 0.025 53 W 0.179 0.133 0.131 0.148 0.169 0.185 0.056 54 V 0.195 0.108 0.129 0.179 0.166 0.161 0.063 55 L 0.181 0.086 0.068 0.111 0.160 0.297 0.098 56 I 0.134 0.169 0.169 0.201 0.158 0.125 0.044 57 P 0.092 0.139 0.220 0.255 0.178 0.096 0.019 58 R 0.043 0.062 0.126 0.247 0.285 0.209 0.028 59 M 0.085 0.051 0.048 0.123 0.284 0.364 0.045 60 H 0.165 0.291 0.247 0.192 0.082 0.022 0.001 61 D 0.100 0.249 0.304 0.270 0.069 0.008 0.001 62 L 0.034 0.036 0.057 0.182 0.375 0.292 0.023 63 L 0.032 0.084 0.159 0.334 0.303 0.084 0.004 64 D 0.296 0.415 0.197 0.069 0.019 0.004 0.001 65 N 0.282 0.322 0.240 0.119 0.032 0.005 0.001 66 K 0.408 0.282 0.158 0.098 0.042 0.011 0.001 67 Q 0.268 0.276 0.206 0.141 0.079 0.028 0.003 68 P 0.334 0.265 0.177 0.123 0.067 0.028 0.006 69 L 0.146 0.142 0.172 0.255 0.195 0.080 0.011 70 P 0.159 0.211 0.223 0.222 0.127 0.049 0.010 71 G 0.265 0.318 0.210 0.127 0.052 0.021 0.006 72 A 0.157 0.233 0.213 0.178 0.131 0.073 0.016 73 F 0.041 0.062 0.121 0.237 0.300 0.198 0.041 74 A 0.075 0.108 0.159 0.209 0.205 0.182 0.062 75 V 0.030 0.028 0.029 0.062 0.146 0.408 0.296 76 A 0.043 0.071 0.098 0.165 0.209 0.246 0.168 77 P 0.047 0.087 0.132 0.169 0.177 0.229 0.159 78 Y 0.033 0.054 0.084 0.139 0.190 0.276 0.224 79 Y 0.018 0.027 0.044 0.099 0.201 0.406 0.206 80 E 0.028 0.094 0.154 0.259 0.255 0.164 0.045 81 M 0.090 0.197 0.204 0.208 0.166 0.111 0.025 82 A 0.027 0.115 0.218 0.299 0.228 0.102 0.011 83 L 0.022 0.040 0.101 0.292 0.385 0.152 0.007 84 A 0.213 0.363 0.269 0.118 0.032 0.005 0.001 85 T 0.526 0.325 0.104 0.035 0.008 0.001 0.001 86 D 0.495 0.290 0.139 0.058 0.015 0.003 0.001 87 H 0.427 0.279 0.172 0.093 0.026 0.004 0.001 88 P 0.750 0.178 0.043 0.018 0.008 0.002 0.001 89 Q 0.324 0.334 0.207 0.099 0.030 0.006 0.001 90 R 0.105 0.190 0.234 0.268 0.154 0.045 0.003 91 A 0.154 0.300 0.283 0.181 0.066 0.014 0.001 92 L 0.061 0.218 0.341 0.250 0.107 0.023 0.001 93 I 0.011 0.012 0.028 0.125 0.374 0.414 0.037 94 L 0.009 0.048 0.132 0.303 0.316 0.180 0.012 95 A 0.041 0.229 0.321 0.235 0.118 0.050 0.006 96 E 0.005 0.031 0.128 0.303 0.358 0.165 0.011 97 L 0.002 0.004 0.009 0.049 0.269 0.594 0.072 98 E 0.048 0.225 0.334 0.265 0.100 0.026 0.001 99 K 0.026 0.178 0.356 0.314 0.110 0.016 0.001 100 L 0.004 0.008 0.023 0.122 0.399 0.410 0.034 101 D 0.019 0.089 0.200 0.369 0.259 0.062 0.002 102 A 0.185 0.437 0.239 0.100 0.032 0.007 0.001 103 L 0.046 0.103 0.214 0.362 0.221 0.051 0.002 104 F 0.059 0.097 0.170 0.322 0.275 0.075 0.003 105 A 0.416 0.377 0.151 0.046 0.009 0.001 0.001 106 D 0.662 0.251 0.067 0.017 0.003 0.001 0.001 107 D 0.718 0.194 0.062 0.021 0.004 0.001 0.001 108 A 0.784 0.148 0.047 0.017 0.004 0.001 0.001 109 S 0.838 0.119 0.031 0.010 0.002 0.001 0.001