# TARGET T0351 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.006 0.004 0.059 0.168 0.737 2 I 0.065 0.027 0.008 0.141 0.117 0.641 3 L 0.082 0.012 0.036 0.520 0.126 0.225 4 Y 0.107 0.004 0.069 0.545 0.141 0.134 5 D 0.175 0.005 0.053 0.514 0.144 0.108 6 A 0.238 0.012 0.040 0.500 0.120 0.090 7 I 0.272 0.017 0.039 0.458 0.108 0.105 8 M 0.324 0.009 0.052 0.375 0.117 0.123 9 Y 0.324 0.017 0.035 0.345 0.113 0.166 10 K 0.277 0.055 0.017 0.189 0.147 0.314 11 Y 0.110 0.027 0.007 0.032 0.613 0.211 12 P 0.056 0.005 0.013 0.013 0.775 0.139 13 N 0.033 0.007 0.018 0.007 0.845 0.090 14 A 0.137 0.035 0.018 0.008 0.675 0.127 15 V 0.213 0.036 0.015 0.010 0.348 0.378 16 S 0.251 0.056 0.027 0.010 0.289 0.367 17 R 0.186 0.024 0.084 0.009 0.475 0.222 18 K 0.185 0.013 0.083 0.009 0.480 0.230 19 D 0.303 0.010 0.051 0.007 0.385 0.243 20 F 0.694 0.015 0.015 0.009 0.133 0.133 21 E 0.831 0.010 0.005 0.007 0.054 0.093 22 L 0.849 0.017 0.004 0.008 0.050 0.071 23 R 0.737 0.014 0.007 0.009 0.147 0.085 24 N 0.444 0.022 0.009 0.009 0.280 0.236 25 D 0.140 0.009 0.010 0.005 0.659 0.177 26 G 0.051 0.009 0.018 0.005 0.676 0.240 27 N 0.095 0.019 0.014 0.003 0.542 0.327 28 G 0.209 0.021 0.015 0.003 0.489 0.263 29 S 0.337 0.009 0.006 0.002 0.195 0.451 30 Y 0.807 0.023 0.003 0.001 0.056 0.110 31 I 0.878 0.005 0.002 0.001 0.040 0.074 32 E 0.877 0.003 0.002 0.001 0.035 0.082 33 K 0.860 0.004 0.003 0.002 0.045 0.085 34 W 0.799 0.004 0.005 0.003 0.070 0.120 35 N 0.747 0.007 0.004 0.004 0.090 0.148 36 L 0.713 0.019 0.005 0.004 0.092 0.167 37 R 0.400 0.020 0.004 0.005 0.152 0.418 38 A 0.135 0.021 0.004 0.006 0.194 0.640 39 P 0.063 0.008 0.003 0.007 0.180 0.739 40 L 0.045 0.017 0.003 0.014 0.145 0.775 41 P 0.046 0.020 0.007 0.051 0.190 0.686 42 T 0.021 0.008 0.006 0.096 0.125 0.744 43 Q 0.003 0.001 0.018 0.827 0.066 0.085 44 A 0.002 0.001 0.017 0.877 0.063 0.040 45 E 0.001 0.002 0.020 0.908 0.042 0.027 46 L 0.002 0.001 0.008 0.948 0.021 0.021 47 E 0.001 0.001 0.004 0.962 0.016 0.017 48 T 0.001 0.001 0.003 0.983 0.007 0.007 49 W 0.001 0.001 0.003 0.986 0.005 0.005 50 W 0.001 0.001 0.005 0.980 0.009 0.006 51 E 0.001 0.001 0.010 0.966 0.016 0.007 52 E 0.001 0.001 0.008 0.949 0.024 0.018 53 L 0.001 0.001 0.008 0.917 0.035 0.037 54 Q 0.002 0.005 0.021 0.736 0.120 0.115 55 K 0.004 0.004 0.019 0.484 0.263 0.226 56 N 0.002 0.003 0.012 0.154 0.276 0.553 57 P 0.002 0.003 0.060 0.098 0.371 0.466 58 P 0.003 0.006 0.149 0.136 0.425 0.280 59 Y 0.003 0.012 0.117 0.166 0.427 0.275 60 E 0.003 0.008 0.029 0.150 0.388 0.422 61 P 0.003 0.003 0.009 0.115 0.187 0.683 62 P 0.002 0.003 0.037 0.791 0.087 0.081 63 D 0.002 0.002 0.043 0.849 0.066 0.037 64 Q 0.005 0.002 0.049 0.871 0.047 0.027 65 V 0.008 0.003 0.027 0.905 0.032 0.026 66 E 0.007 0.001 0.019 0.901 0.039 0.032 67 L 0.007 0.001 0.016 0.906 0.035 0.035 68 L 0.007 0.001 0.016 0.893 0.041 0.042 69 A 0.010 0.003 0.029 0.855 0.055 0.049 70 Q 0.012 0.002 0.037 0.784 0.085 0.081 71 E 0.014 0.004 0.032 0.727 0.104 0.119 72 L 0.017 0.005 0.020 0.624 0.127 0.208 73 S 0.011 0.004 0.010 0.510 0.149 0.316 74 Q 0.004 0.001 0.012 0.769 0.091 0.123 75 E 0.005 0.002 0.008 0.759 0.094 0.132 76 K 0.003 0.001 0.010 0.855 0.062 0.069 77 L 0.002 0.002 0.009 0.868 0.047 0.072 78 A 0.001 0.001 0.006 0.902 0.041 0.048 79 R 0.001 0.001 0.004 0.923 0.035 0.036 80 K 0.001 0.001 0.005 0.841 0.053 0.098 81 Q 0.001 0.002 0.008 0.880 0.033 0.077 82 L 0.002 0.002 0.010 0.912 0.026 0.049 83 E 0.001 0.001 0.012 0.917 0.032 0.037 84 E 0.001 0.001 0.008 0.966 0.012 0.013 85 L 0.001 0.001 0.005 0.947 0.020 0.026 86 N 0.001 0.001 0.006 0.917 0.039 0.037 87 K 0.001 0.001 0.005 0.895 0.055 0.042 88 T 0.002 0.001 0.007 0.798 0.091 0.101 89 L 0.002 0.002 0.006 0.868 0.044 0.078 90 G 0.002 0.004 0.014 0.623 0.129 0.227 91 N 0.003 0.003 0.052 0.714 0.134 0.094 92 E 0.003 0.003 0.058 0.776 0.096 0.065 93 L 0.003 0.002 0.108 0.722 0.111 0.053 94 S 0.005 0.002 0.087 0.636 0.161 0.108 95 D 0.016 0.003 0.097 0.607 0.147 0.130 96 I 0.119 0.015 0.063 0.441 0.169 0.193 97 K 0.410 0.016 0.037 0.221 0.094 0.222 98 L 0.520 0.006 0.049 0.243 0.054 0.128 99 S 0.517 0.010 0.053 0.333 0.037 0.050 100 L 0.455 0.004 0.071 0.403 0.036 0.031 101 L 0.464 0.003 0.054 0.364 0.055 0.059 102 S 0.367 0.011 0.026 0.450 0.070 0.076 103 L 0.206 0.011 0.026 0.535 0.104 0.117 104 K 0.148 0.007 0.012 0.230 0.261 0.341 105 G 0.059 0.006 0.021 0.100 0.339 0.474 106 D 0.129 0.020 0.031 0.114 0.304 0.402 107 Y 0.143 0.023 0.070 0.305 0.224 0.234 108 A 0.136 0.015 0.091 0.365 0.204 0.190 109 E 0.176 0.014 0.092 0.322 0.194 0.201 110 L 0.164 0.013 0.086 0.291 0.236 0.211 111 E 0.156 0.013 0.072 0.250 0.281 0.229 112 H 0.159 0.019 0.074 0.226 0.320 0.202 113 H 0.183 0.011 0.065 0.156 0.354 0.231 114 H 0.147 0.021 0.078 0.145 0.305 0.304 115 H 0.108 0.024 0.037 0.112 0.225 0.493 116 H 0.049 0.017 0.012 0.077 0.139 0.705 117 H 0.001 0.002 0.001 0.004 0.016 0.977