# TARGET T0351 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.530 0.011 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.126 0.038 0.038 0.198 2 I 0.010 0.638 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.086 0.040 0.032 0.168 3 L 0.029 0.864 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.033 0.006 0.035 4 Y 0.039 0.758 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 0.050 0.017 0.095 5 D 0.061 0.545 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.058 0.037 0.221 6 A 0.072 0.304 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.152 0.048 0.206 7 I 0.105 0.135 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.200 0.128 0.075 0.337 8 M 0.059 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.054 0.085 0.544 9 Y 0.002 0.008 0.003 0.001 0.006 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.311 0.060 0.112 0.482 10 K 0.016 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.043 0.121 0.653 11 Y 0.395 0.059 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.053 0.070 0.351 12 P 0.102 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.051 0.122 0.672 13 N 0.050 0.043 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.067 0.114 0.599 14 A 0.098 0.030 0.003 0.002 0.004 0.006 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.042 0.124 0.606 15 V 0.055 0.009 0.008 0.001 0.054 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.055 0.109 0.551 16 S 0.048 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.111 0.048 0.092 0.672 17 R 0.234 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.055 0.047 0.102 0.538 18 K 0.014 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.198 0.042 0.130 0.590 19 D 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.262 0.042 0.088 0.576 20 F 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.028 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.575 0.056 0.051 0.248 21 E 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.015 0.016 0.011 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.685 0.079 0.021 0.145 22 L 0.005 0.003 0.005 0.002 0.057 0.033 0.096 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.361 0.069 0.036 0.268 23 R 0.041 0.006 0.001 0.005 0.070 0.129 0.044 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.266 0.058 0.056 0.301 24 N 0.095 0.007 0.004 0.003 0.029 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.052 0.101 0.601 25 D 0.070 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.059 0.134 0.658 26 G 0.021 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.035 0.127 0.769 27 N 0.031 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.025 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.051 0.115 0.653 28 G 0.033 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.018 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.047 0.131 0.639 29 S 0.016 0.030 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.044 0.110 0.065 0.024 0.073 0.030 0.023 0.004 0.151 0.062 0.070 0.292 30 Y 0.033 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.015 0.023 0.097 0.063 0.026 0.011 0.133 0.102 0.067 0.365 31 I 0.046 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.010 0.024 0.085 0.022 0.030 0.211 0.129 0.072 0.340 32 E 0.034 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.037 0.046 0.032 0.372 0.053 0.071 0.322 33 K 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.439 0.049 0.062 0.401 34 W 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.520 0.039 0.061 0.362 35 N 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.446 0.048 0.053 0.428 36 L 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.433 0.026 0.062 0.465 37 R 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.043 0.081 0.681 38 A 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.221 0.054 0.102 0.613 39 P 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.035 0.100 0.818 40 L 0.046 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.017 0.119 0.698 41 P 0.016 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.016 0.091 0.762 42 T 0.035 0.804 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.010 0.100 43 Q 0.027 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.003 0.034 44 A 0.008 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.779 0.010 0.050 45 E 0.002 0.769 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.008 0.039 46 L 0.007 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.034 47 E 0.008 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.003 0.074 48 T 0.004 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.054 49 W 0.010 0.916 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.004 0.043 50 W 0.025 0.918 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.028 51 E 0.054 0.758 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.011 0.153 52 E 0.059 0.307 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.044 0.381 53 L 0.447 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.142 0.081 0.308 54 Q 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.084 0.835 55 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.044 0.945 56 N 0.063 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.096 0.797 57 P 0.131 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.045 0.125 0.678 58 P 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.067 0.907 59 Y 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.018 0.104 0.845 60 E 0.022 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.027 0.136 0.769 61 P 0.140 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.042 0.089 0.561 62 P 0.062 0.296 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.022 0.080 0.525 63 D 0.018 0.668 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.029 0.032 0.224 64 Q 0.012 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.023 0.008 0.074 65 V 0.008 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.004 0.044 66 E 0.010 0.850 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.044 0.008 0.071 67 L 0.018 0.843 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.010 0.077 68 L 0.049 0.842 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.008 0.071 69 A 0.091 0.267 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.423 0.025 0.179 70 Q 0.024 0.460 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.153 0.061 0.290 71 E 0.052 0.491 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.038 0.049 0.361 72 L 0.029 0.515 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.079 0.052 0.314 73 S 0.012 0.850 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.008 0.092 74 Q 0.006 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.045 75 E 0.009 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.004 0.054 76 K 0.008 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.006 0.070 77 L 0.009 0.838 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.006 0.052 78 A 0.013 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.036 79 R 0.012 0.889 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 0.074 80 K 0.002 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.052 81 Q 0.005 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.040 82 L 0.017 0.407 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.522 0.006 0.028 83 E 0.034 0.801 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.014 0.082 84 E 0.031 0.215 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.559 0.035 0.138 85 L 0.035 0.470 0.033 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.044 0.168 86 N 0.146 0.373 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.162 0.032 0.257 87 K 0.098 0.181 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.091 0.046 0.576 88 T 0.018 0.230 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.029 0.074 0.640 89 L 0.060 0.543 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.036 0.324 90 G 0.101 0.351 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.250 0.032 0.260 91 N 0.046 0.500 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.229 0.039 0.176 92 E 0.013 0.747 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.024 0.187 93 L 0.041 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.017 0.008 0.068 94 S 0.015 0.824 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 0.017 0.103 95 D 0.006 0.426 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.466 0.022 0.074 96 I 0.009 0.848 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.059 0.019 0.056 97 K 0.015 0.881 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.007 0.068 98 L 0.007 0.669 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.198 0.015 0.094 99 S 0.030 0.698 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.085 0.035 0.125 100 L 0.050 0.579 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.078 0.036 0.207 101 L 0.065 0.271 0.062 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.164 0.066 0.346 102 S 0.154 0.060 0.015 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.056 0.104 0.553 103 L 0.044 0.101 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.043 0.100 0.662 104 K 0.063 0.200 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.048 0.099 0.546 105 G 0.076 0.228 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.041 0.092 0.532 106 D 0.110 0.355 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.052 0.058 0.371 107 Y 0.116 0.395 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.045 0.054 0.344 108 A 0.057 0.387 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.083 0.074 0.069 0.303 109 E 0.106 0.253 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.066 0.109 0.059 0.374 110 L 0.139 0.185 0.017 0.004 0.004 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.059 0.130 0.082 0.360 111 E 0.122 0.109 0.009 0.007 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.055 0.076 0.079 0.522 112 H 0.098 0.054 0.009 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.081 0.077 0.627 113 H 0.105 0.027 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.078 0.080 0.658 114 H 0.102 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.034 0.079 0.740 115 H 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.020 0.086 0.841 116 H 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.018 0.094 0.852 117 H 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 0.027 0.115 0.806