# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.384 0.041 0.075 0.069 0.056 0.187 0.173 2 I 0.027 0.650 0.023 0.033 0.047 0.038 0.084 0.099 3 L 0.072 0.625 0.026 0.016 0.026 0.031 0.106 0.098 4 Y 0.061 0.501 0.033 0.037 0.050 0.042 0.124 0.153 5 D 0.068 0.295 0.033 0.034 0.073 0.054 0.164 0.280 6 A 0.084 0.081 0.092 0.047 0.095 0.104 0.135 0.362 7 I 0.061 0.030 0.094 0.192 0.206 0.084 0.084 0.250 8 M 0.022 0.008 0.047 0.030 0.063 0.094 0.038 0.698 9 Y 0.008 0.006 0.108 0.110 0.144 0.145 0.047 0.432 10 K 0.035 0.010 0.036 0.041 0.054 0.139 0.035 0.651 11 Y 0.340 0.025 0.027 0.029 0.027 0.097 0.082 0.374 12 P 0.074 0.020 0.026 0.025 0.037 0.095 0.055 0.669 13 N 0.055 0.021 0.051 0.029 0.063 0.097 0.086 0.598 14 A 0.040 0.011 0.038 0.046 0.058 0.127 0.051 0.629 15 V 0.035 0.008 0.066 0.075 0.067 0.128 0.055 0.566 16 S 0.067 0.010 0.023 0.016 0.029 0.092 0.036 0.728 17 R 0.197 0.017 0.030 0.020 0.032 0.119 0.073 0.511 18 K 0.026 0.010 0.034 0.039 0.067 0.131 0.037 0.656 19 D 0.010 0.004 0.073 0.042 0.154 0.118 0.046 0.553 20 F 0.007 0.003 0.100 0.209 0.289 0.068 0.088 0.235 21 E 0.009 0.002 0.157 0.200 0.275 0.068 0.068 0.221 22 L 0.020 0.001 0.114 0.186 0.214 0.076 0.037 0.353 23 R 0.094 0.002 0.079 0.099 0.119 0.132 0.056 0.419 24 N 0.061 0.003 0.030 0.027 0.061 0.160 0.038 0.620 25 D 0.029 0.002 0.009 0.008 0.019 0.138 0.011 0.784 26 G 0.170 0.017 0.015 0.019 0.027 0.142 0.055 0.554 27 N 0.137 0.069 0.011 0.024 0.045 0.139 0.028 0.548 28 G 0.051 0.040 0.019 0.034 0.092 0.091 0.030 0.643 29 S 0.017 0.046 0.033 0.212 0.288 0.079 0.049 0.276 30 Y 0.023 0.043 0.031 0.141 0.286 0.063 0.088 0.327 31 I 0.035 0.032 0.046 0.311 0.244 0.044 0.105 0.184 32 E 0.039 0.031 0.030 0.205 0.358 0.042 0.062 0.233 33 K 0.028 0.013 0.051 0.118 0.296 0.064 0.071 0.359 34 W 0.027 0.007 0.041 0.212 0.379 0.060 0.032 0.242 35 N 0.046 0.004 0.040 0.150 0.222 0.064 0.054 0.420 36 L 0.010 0.003 0.029 0.121 0.194 0.100 0.035 0.508 37 R 0.025 0.002 0.045 0.065 0.116 0.089 0.028 0.629 38 A 0.030 0.003 0.028 0.123 0.106 0.111 0.057 0.543 39 P 0.019 0.010 0.034 0.020 0.036 0.109 0.035 0.737 40 L 0.088 0.053 0.025 0.041 0.051 0.151 0.038 0.552 41 P 0.038 0.123 0.016 0.010 0.008 0.081 0.026 0.698 42 T 0.049 0.859 0.002 0.002 0.003 0.011 0.020 0.054 43 Q 0.055 0.865 0.004 0.001 0.002 0.011 0.014 0.046 44 A 0.019 0.273 0.010 0.013 0.012 0.028 0.537 0.109 45 E 0.006 0.662 0.003 0.002 0.003 0.011 0.286 0.028 46 L 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.007 47 E 0.003 0.967 0.002 0.002 0.003 0.002 0.009 0.012 48 T 0.007 0.926 0.003 0.002 0.003 0.004 0.044 0.011 49 W 0.012 0.956 0.002 0.001 0.001 0.002 0.023 0.004 50 W 0.049 0.834 0.012 0.003 0.002 0.005 0.070 0.024 51 E 0.064 0.587 0.013 0.005 0.004 0.027 0.078 0.222 52 E 0.170 0.108 0.040 0.008 0.011 0.058 0.279 0.326 53 L 0.188 0.042 0.029 0.012 0.009 0.096 0.229 0.395 54 Q 0.039 0.009 0.006 0.004 0.007 0.075 0.027 0.833 55 K 0.012 0.003 0.005 0.003 0.006 0.084 0.011 0.877 56 N 0.123 0.007 0.012 0.012 0.014 0.134 0.044 0.654 57 P 0.159 0.006 0.013 0.014 0.017 0.128 0.032 0.630 58 P 0.025 0.003 0.012 0.008 0.017 0.118 0.018 0.799 59 Y 0.012 0.003 0.015 0.012 0.018 0.129 0.017 0.793 60 E 0.054 0.018 0.016 0.015 0.014 0.136 0.030 0.716 61 P 0.234 0.131 0.010 0.008 0.009 0.081 0.050 0.477 62 P 0.107 0.278 0.013 0.008 0.012 0.081 0.039 0.462 63 D 0.041 0.519 0.013 0.012 0.022 0.059 0.035 0.299 64 Q 0.028 0.786 0.007 0.008 0.013 0.022 0.033 0.103 65 V 0.014 0.924 0.004 0.005 0.005 0.007 0.014 0.027 66 E 0.014 0.893 0.006 0.007 0.008 0.008 0.025 0.040 67 L 0.019 0.883 0.011 0.005 0.006 0.008 0.034 0.032 68 L 0.070 0.823 0.005 0.003 0.004 0.007 0.057 0.029 69 A 0.064 0.230 0.013 0.005 0.005 0.018 0.573 0.092 70 Q 0.016 0.595 0.004 0.004 0.004 0.024 0.176 0.176 71 E 0.032 0.772 0.003 0.001 0.002 0.023 0.016 0.151 72 L 0.021 0.759 0.004 0.004 0.003 0.027 0.034 0.147 73 S 0.009 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.016 74 Q 0.008 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 75 E 0.003 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 76 K 0.018 0.949 0.003 0.001 0.001 0.002 0.017 0.010 77 L 0.048 0.817 0.016 0.001 0.001 0.006 0.091 0.021 78 A 0.016 0.927 0.002 0.001 0.001 0.002 0.033 0.020 79 R 0.019 0.898 0.002 0.001 0.001 0.004 0.031 0.047 80 K 0.002 0.950 0.002 0.001 0.001 0.003 0.009 0.032 81 Q 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 82 L 0.090 0.518 0.021 0.001 0.001 0.007 0.345 0.018 83 E 0.057 0.822 0.005 0.001 0.001 0.009 0.058 0.048 84 E 0.223 0.279 0.029 0.001 0.001 0.025 0.166 0.277 85 L 0.029 0.271 0.026 0.003 0.002 0.084 0.244 0.341 86 N 0.100 0.249 0.021 0.001 0.002 0.041 0.100 0.486 87 K 0.094 0.158 0.012 0.004 0.003 0.102 0.032 0.596 88 T 0.069 0.158 0.027 0.005 0.006 0.123 0.059 0.554 89 L 0.121 0.205 0.013 0.003 0.006 0.100 0.071 0.482 90 G 0.105 0.148 0.027 0.007 0.011 0.080 0.215 0.406 91 N 0.029 0.185 0.044 0.016 0.014 0.072 0.241 0.399 92 E 0.078 0.275 0.045 0.020 0.033 0.101 0.083 0.365 93 L 0.169 0.179 0.049 0.022 0.026 0.066 0.119 0.370 94 S 0.041 0.266 0.026 0.032 0.057 0.081 0.047 0.450 95 D 0.020 0.146 0.038 0.018 0.060 0.088 0.102 0.527 96 I 0.015 0.345 0.037 0.152 0.107 0.060 0.089 0.195 97 K 0.055 0.336 0.062 0.067 0.149 0.048 0.106 0.179 98 L 0.026 0.162 0.064 0.129 0.149 0.046 0.182 0.242 99 S 0.018 0.128 0.103 0.210 0.296 0.038 0.094 0.112 100 L 0.062 0.084 0.086 0.114 0.211 0.055 0.099 0.289 101 L 0.011 0.026 0.112 0.291 0.302 0.045 0.063 0.150 102 S 0.042 0.027 0.084 0.101 0.195 0.076 0.074 0.402 103 L 0.180 0.060 0.044 0.082 0.074 0.092 0.082 0.385 104 K 0.067 0.058 0.022 0.033 0.057 0.093 0.024 0.646 105 G 0.044 0.063 0.023 0.015 0.032 0.081 0.032 0.709 106 D 0.054 0.288 0.024 0.067 0.065 0.079 0.050 0.372 107 Y 0.102 0.269 0.037 0.035 0.042 0.059 0.052 0.404 108 A 0.038 0.221 0.037 0.121 0.097 0.059 0.083 0.345 109 E 0.052 0.165 0.042 0.050 0.078 0.066 0.119 0.428 110 L 0.147 0.205 0.037 0.064 0.064 0.064 0.152 0.268 111 E 0.097 0.113 0.036 0.076 0.094 0.076 0.086 0.422 112 H 0.095 0.054 0.019 0.030 0.053 0.078 0.078 0.592 113 H 0.091 0.036 0.024 0.047 0.064 0.118 0.075 0.545 114 H 0.115 0.015 0.016 0.030 0.048 0.101 0.053 0.622 115 H 0.065 0.010 0.011 0.025 0.035 0.108 0.043 0.703 116 H 0.029 0.008 0.014 0.020 0.038 0.113 0.037 0.740 117 H 0.044 0.011 0.020 0.034 0.056 0.111 0.049 0.675