# TARGET T0351 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.084 0.093 0.118 0.091 0.093 0.117 0.094 0.093 0.067 0.051 2 I 0.034 0.103 0.075 0.170 0.157 0.144 0.145 0.073 0.049 0.031 0.019 3 L 0.007 0.008 0.009 0.023 0.030 0.042 0.114 0.153 0.224 0.216 0.174 4 Y 0.023 0.029 0.038 0.109 0.185 0.211 0.215 0.090 0.062 0.026 0.011 5 D 0.019 0.051 0.142 0.320 0.187 0.120 0.092 0.034 0.019 0.009 0.005 6 A 0.004 0.005 0.018 0.024 0.024 0.042 0.123 0.156 0.212 0.225 0.168 7 I 0.004 0.004 0.022 0.023 0.021 0.033 0.114 0.169 0.227 0.230 0.152 8 M 0.002 0.013 0.087 0.147 0.198 0.176 0.183 0.098 0.060 0.026 0.010 9 Y 0.003 0.012 0.055 0.057 0.072 0.118 0.198 0.145 0.153 0.120 0.068 10 K 0.032 0.054 0.049 0.148 0.157 0.121 0.187 0.122 0.081 0.035 0.012 11 Y 0.011 0.016 0.011 0.033 0.045 0.079 0.216 0.201 0.190 0.126 0.071 12 P 0.150 0.184 0.156 0.221 0.127 0.067 0.048 0.023 0.014 0.007 0.003 13 N 0.368 0.197 0.070 0.151 0.088 0.055 0.043 0.015 0.009 0.004 0.001 14 A 0.089 0.043 0.025 0.047 0.047 0.063 0.140 0.154 0.173 0.130 0.090 15 V 0.103 0.143 0.057 0.122 0.114 0.120 0.139 0.082 0.063 0.039 0.018 16 S 0.184 0.239 0.093 0.167 0.102 0.070 0.064 0.036 0.023 0.014 0.008 17 R 0.210 0.109 0.086 0.196 0.161 0.103 0.074 0.033 0.018 0.008 0.003 18 K 0.309 0.147 0.105 0.175 0.107 0.068 0.048 0.019 0.011 0.006 0.005 19 D 0.025 0.084 0.067 0.223 0.180 0.144 0.135 0.069 0.042 0.022 0.009 20 F 0.017 0.009 0.010 0.019 0.037 0.079 0.183 0.192 0.205 0.153 0.094 21 E 0.081 0.199 0.233 0.275 0.127 0.046 0.026 0.007 0.003 0.001 0.001 22 L 0.002 0.005 0.009 0.017 0.024 0.040 0.127 0.147 0.206 0.231 0.193 23 R 0.017 0.044 0.049 0.213 0.224 0.166 0.136 0.070 0.045 0.023 0.014 24 N 0.171 0.148 0.091 0.148 0.128 0.119 0.108 0.043 0.025 0.012 0.007 25 D 0.096 0.144 0.112 0.221 0.143 0.100 0.097 0.046 0.023 0.013 0.006 26 G 0.368 0.124 0.039 0.097 0.089 0.082 0.082 0.044 0.033 0.025 0.017 27 N 0.127 0.346 0.090 0.203 0.100 0.053 0.041 0.016 0.011 0.007 0.005 28 G 0.054 0.047 0.023 0.099 0.118 0.128 0.167 0.117 0.109 0.079 0.058 29 S 0.188 0.213 0.088 0.203 0.126 0.086 0.055 0.019 0.012 0.006 0.004 30 Y 0.006 0.028 0.016 0.105 0.147 0.181 0.243 0.134 0.080 0.041 0.019 31 I 0.003 0.003 0.004 0.011 0.016 0.026 0.062 0.110 0.212 0.252 0.301 32 E 0.023 0.038 0.062 0.254 0.242 0.170 0.125 0.048 0.024 0.009 0.004 33 K 0.056 0.115 0.203 0.325 0.157 0.077 0.040 0.015 0.007 0.003 0.001 34 W 0.002 0.003 0.004 0.016 0.032 0.072 0.203 0.227 0.206 0.152 0.082 35 N 0.064 0.160 0.105 0.274 0.193 0.103 0.067 0.019 0.009 0.004 0.002 36 L 0.002 0.003 0.007 0.009 0.010 0.014 0.055 0.102 0.217 0.266 0.315 37 R 0.111 0.197 0.093 0.254 0.181 0.088 0.055 0.013 0.006 0.002 0.001 38 A 0.031 0.032 0.011 0.034 0.045 0.059 0.161 0.178 0.218 0.152 0.078 39 P 0.279 0.138 0.038 0.140 0.106 0.094 0.089 0.045 0.036 0.022 0.013 40 L 0.157 0.065 0.026 0.075 0.091 0.101 0.179 0.124 0.102 0.055 0.025 41 P 0.162 0.176 0.041 0.116 0.106 0.098 0.111 0.077 0.052 0.040 0.022 42 T 0.074 0.320 0.091 0.156 0.097 0.087 0.068 0.041 0.031 0.023 0.012 43 Q 0.349 0.128 0.092 0.171 0.123 0.076 0.041 0.013 0.006 0.002 0.001 44 A 0.728 0.132 0.087 0.039 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 45 E 0.036 0.056 0.148 0.225 0.153 0.143 0.155 0.054 0.022 0.007 0.003 46 L 0.015 0.008 0.107 0.034 0.037 0.073 0.217 0.181 0.152 0.122 0.054 47 E 0.003 0.013 0.606 0.196 0.095 0.054 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 48 T 0.005 0.021 0.630 0.201 0.083 0.038 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 49 W 0.004 0.011 0.056 0.036 0.056 0.128 0.287 0.158 0.125 0.094 0.045 50 W 0.001 0.007 0.135 0.037 0.052 0.094 0.301 0.161 0.127 0.063 0.023 51 E 0.011 0.023 0.739 0.113 0.063 0.026 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 52 E 0.015 0.042 0.573 0.186 0.113 0.046 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 53 L 0.006 0.012 0.135 0.027 0.028 0.043 0.158 0.149 0.221 0.148 0.073 54 Q 0.007 0.012 0.086 0.094 0.162 0.197 0.259 0.103 0.056 0.019 0.006 55 K 0.072 0.095 0.726 0.077 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 N 0.054 0.143 0.115 0.147 0.178 0.146 0.137 0.047 0.021 0.009 0.002 57 P 0.343 0.150 0.038 0.062 0.061 0.055 0.093 0.073 0.064 0.041 0.020 58 P 0.448 0.129 0.033 0.088 0.082 0.068 0.082 0.034 0.021 0.011 0.005 59 Y 0.273 0.114 0.062 0.105 0.096 0.076 0.106 0.072 0.056 0.030 0.011 60 E 0.403 0.205 0.046 0.098 0.066 0.051 0.050 0.035 0.024 0.015 0.006 61 P 0.292 0.197 0.065 0.134 0.089 0.079 0.065 0.038 0.024 0.013 0.005 62 P 0.281 0.114 0.041 0.086 0.091 0.097 0.123 0.083 0.053 0.024 0.007 63 D 0.405 0.267 0.112 0.128 0.048 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 64 Q 0.074 0.154 0.123 0.206 0.135 0.115 0.098 0.047 0.027 0.014 0.006 65 V 0.181 0.073 0.126 0.102 0.092 0.120 0.149 0.078 0.051 0.022 0.008 66 E 0.110 0.126 0.403 0.255 0.066 0.023 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 67 L 0.034 0.063 0.411 0.190 0.099 0.079 0.076 0.029 0.013 0.005 0.002 68 L 0.028 0.026 0.418 0.094 0.066 0.082 0.127 0.067 0.048 0.030 0.014 69 A 0.008 0.019 0.564 0.137 0.084 0.075 0.083 0.021 0.007 0.002 0.001 70 Q 0.005 0.018 0.729 0.141 0.060 0.029 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 71 E 0.031 0.043 0.580 0.104 0.069 0.068 0.076 0.018 0.007 0.003 0.001 72 L 0.014 0.020 0.569 0.073 0.052 0.055 0.107 0.052 0.033 0.018 0.006 73 S 0.020 0.057 0.706 0.090 0.055 0.034 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 74 Q 0.013 0.030 0.784 0.103 0.040 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 75 E 0.053 0.058 0.773 0.059 0.026 0.014 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 76 K 0.042 0.029 0.805 0.078 0.022 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 77 L 0.014 0.015 0.765 0.054 0.044 0.041 0.046 0.013 0.006 0.003 0.001 78 A 0.002 0.010 0.762 0.042 0.029 0.045 0.073 0.023 0.009 0.004 0.001 79 R 0.001 0.008 0.760 0.105 0.066 0.033 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 80 K 0.025 0.030 0.819 0.062 0.034 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 81 Q 0.006 0.021 0.516 0.113 0.096 0.094 0.097 0.029 0.017 0.008 0.003 82 L 0.001 0.007 0.546 0.026 0.031 0.048 0.176 0.074 0.053 0.028 0.009 83 E 0.005 0.011 0.850 0.085 0.033 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.012 0.021 0.864 0.064 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.002 0.006 0.175 0.027 0.039 0.085 0.247 0.134 0.152 0.091 0.042 86 N 0.003 0.007 0.143 0.057 0.086 0.143 0.327 0.133 0.070 0.024 0.007 87 K 0.012 0.035 0.821 0.095 0.029 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.115 0.171 0.419 0.135 0.088 0.048 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 89 L 0.014 0.029 0.045 0.034 0.048 0.070 0.183 0.150 0.180 0.146 0.104 90 G 0.177 0.204 0.131 0.135 0.129 0.094 0.081 0.026 0.013 0.006 0.003 91 N 0.317 0.197 0.260 0.124 0.061 0.024 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 92 E 0.081 0.072 0.066 0.114 0.129 0.148 0.218 0.088 0.047 0.024 0.015 93 L 0.038 0.021 0.051 0.061 0.057 0.076 0.128 0.114 0.155 0.155 0.143 94 S 0.046 0.034 0.118 0.107 0.108 0.149 0.228 0.104 0.060 0.030 0.014 95 D 0.045 0.078 0.272 0.357 0.138 0.069 0.027 0.009 0.003 0.002 0.001 96 I 0.008 0.007 0.019 0.011 0.016 0.034 0.149 0.175 0.202 0.222 0.157 97 K 0.014 0.053 0.174 0.319 0.195 0.105 0.077 0.027 0.018 0.010 0.007 98 L 0.004 0.007 0.037 0.016 0.021 0.033 0.129 0.145 0.226 0.228 0.154 99 S 0.021 0.057 0.214 0.340 0.209 0.093 0.045 0.012 0.005 0.002 0.001 100 L 0.011 0.023 0.062 0.042 0.036 0.049 0.152 0.158 0.204 0.165 0.098 101 L 0.011 0.015 0.053 0.084 0.096 0.113 0.170 0.142 0.151 0.100 0.065 102 S 0.041 0.121 0.181 0.201 0.154 0.106 0.106 0.044 0.028 0.012 0.006 103 L 0.014 0.017 0.043 0.044 0.046 0.056 0.121 0.140 0.189 0.188 0.142 104 K 0.084 0.210 0.125 0.253 0.155 0.079 0.059 0.019 0.010 0.004 0.002 105 G 0.269 0.136 0.061 0.108 0.096 0.081 0.098 0.058 0.046 0.030 0.018 106 D 0.236 0.309 0.118 0.166 0.080 0.042 0.027 0.010 0.006 0.003 0.002 107 Y 0.111 0.093 0.062 0.130 0.122 0.117 0.149 0.081 0.072 0.042 0.022 108 A 0.355 0.134 0.089 0.102 0.075 0.069 0.080 0.041 0.029 0.015 0.009 109 E 0.154 0.179 0.159 0.250 0.122 0.065 0.042 0.015 0.009 0.004 0.002 110 L 0.072 0.047 0.073 0.075 0.075 0.105 0.152 0.122 0.126 0.096 0.058 111 E 0.179 0.139 0.176 0.184 0.119 0.075 0.063 0.030 0.020 0.010 0.005 112 H 0.100 0.107 0.186 0.166 0.123 0.096 0.107 0.054 0.034 0.019 0.008 113 H 0.110 0.132 0.119 0.161 0.126 0.098 0.105 0.062 0.043 0.029 0.014 114 H 0.172 0.126 0.121 0.139 0.112 0.087 0.101 0.058 0.045 0.027 0.012 115 H 0.215 0.132 0.116 0.146 0.106 0.079 0.088 0.050 0.036 0.021 0.009 116 H 0.208 0.165 0.103 0.141 0.108 0.080 0.081 0.049 0.036 0.020 0.009 117 H 0.306 0.166 0.065 0.118 0.090 0.068 0.070 0.047 0.037 0.022 0.011