# TARGET T0351 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.080 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.019 0.119 0.615 2 I 0.059 0.094 0.009 0.002 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.010 0.190 0.536 3 L 0.045 0.138 0.010 0.002 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.141 0.008 0.081 0.557 4 Y 0.041 0.236 0.002 0.001 0.005 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.008 0.073 0.389 5 D 0.046 0.351 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.010 0.085 0.376 6 A 0.121 0.555 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.015 0.026 0.194 7 I 0.058 0.657 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.155 0.008 0.012 0.099 8 M 0.043 0.502 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.011 0.012 0.157 9 Y 0.054 0.413 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.002 0.232 0.016 0.016 0.212 10 K 0.085 0.215 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.243 0.026 0.025 0.352 11 Y 0.066 0.122 0.051 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 0.151 0.011 0.038 0.523 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 13 N 0.015 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.005 0.007 0.003 0.001 0.098 0.008 0.093 0.737 14 A 0.339 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.059 0.018 0.041 0.508 15 V 0.109 0.051 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.131 0.006 0.191 0.479 16 S 0.054 0.029 0.003 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.008 0.103 0.683 17 R 0.060 0.045 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.222 0.009 0.100 0.538 18 K 0.101 0.018 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.021 0.207 0.491 19 D 0.121 0.015 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.015 0.192 0.454 20 F 0.048 0.022 0.004 0.002 0.014 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.692 0.009 0.020 0.166 21 E 0.018 0.015 0.003 0.001 0.010 0.008 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.023 0.017 0.499 0.005 0.081 0.295 22 L 0.005 0.006 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.021 0.078 0.052 0.578 0.003 0.032 0.204 23 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.014 0.009 0.019 0.057 0.086 0.046 0.014 0.494 0.003 0.041 0.200 24 N 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.034 0.090 0.014 0.006 0.003 0.001 0.002 0.267 0.008 0.076 0.483 25 D 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.074 0.013 0.005 0.007 0.001 0.001 0.002 0.153 0.016 0.166 0.494 26 G 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.022 0.308 0.548 27 N 0.104 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.020 0.331 0.494 28 G 0.173 0.013 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.035 0.200 0.485 29 S 0.043 0.005 0.016 0.005 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.008 0.403 0.427 30 Y 0.043 0.005 0.005 0.002 0.049 0.044 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.006 0.137 0.571 31 I 0.043 0.017 0.001 0.002 0.015 0.112 0.092 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.316 0.003 0.073 0.297 32 E 0.035 0.037 0.001 0.001 0.012 0.008 0.027 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.566 0.004 0.042 0.229 33 K 0.071 0.057 0.002 0.001 0.004 0.003 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.288 0.011 0.062 0.486 34 W 0.029 0.053 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.002 0.698 0.005 0.013 0.181 35 N 0.040 0.035 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.442 0.010 0.051 0.405 36 L 0.018 0.018 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.006 0.004 0.577 0.004 0.036 0.302 37 R 0.006 0.012 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.570 0.002 0.072 0.318 38 A 0.026 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.273 0.004 0.048 0.626 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.979 40 L 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.002 0.042 0.877 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 T 0.025 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.209 0.726 43 Q 0.045 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.003 0.054 0.765 44 A 0.010 0.123 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.194 0.649 45 E 0.037 0.151 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.546 0.258 46 L 0.012 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.072 47 E 0.003 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.041 48 T 0.003 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.045 49 W 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.027 50 W 0.003 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 51 E 0.005 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.026 52 E 0.012 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.026 53 L 0.053 0.896 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.028 54 Q 0.060 0.864 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.002 0.047 55 K 0.090 0.725 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.003 0.107 56 N 0.314 0.353 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.094 0.010 0.212 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 59 Y 0.140 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.006 0.080 0.709 60 E 0.284 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.006 0.063 0.563 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 63 D 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 0.141 0.802 64 Q 0.261 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.006 0.105 0.517 65 V 0.116 0.400 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.004 0.040 0.396 66 E 0.023 0.572 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 0.044 0.327 67 L 0.013 0.801 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.015 0.158 68 L 0.010 0.903 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.009 0.068 69 A 0.008 0.929 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.050 70 Q 0.012 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.055 71 E 0.042 0.856 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.079 72 L 0.028 0.877 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.077 73 S 0.045 0.762 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.021 0.143 74 Q 0.051 0.617 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.020 0.011 0.287 75 E 0.034 0.521 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.023 0.375 76 K 0.023 0.533 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.066 0.355 77 L 0.009 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.069 78 A 0.008 0.938 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.045 79 R 0.009 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 80 K 0.014 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.053 81 Q 0.028 0.902 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.055 82 L 0.011 0.920 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.060 83 E 0.006 0.883 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.098 84 E 0.011 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.075 85 L 0.016 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.032 86 N 0.010 0.949 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.031 87 K 0.017 0.901 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.064 88 T 0.026 0.887 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 0.064 89 L 0.035 0.859 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.004 0.069 90 G 0.039 0.781 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.009 0.129 91 N 0.045 0.534 0.092 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.021 0.041 0.258 92 E 0.072 0.577 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.022 0.047 0.255 93 L 0.060 0.669 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.010 0.038 0.198 94 S 0.048 0.602 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.012 0.064 0.226 95 D 0.192 0.418 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.032 0.060 0.257 96 I 0.224 0.386 0.039 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.028 0.052 0.229 97 K 0.024 0.339 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.259 0.008 0.085 0.265 98 L 0.016 0.322 0.019 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.275 0.007 0.033 0.312 99 S 0.025 0.223 0.006 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.498 0.008 0.044 0.176 100 L 0.053 0.245 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.004 0.334 0.016 0.021 0.309 101 L 0.038 0.355 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.004 0.003 0.001 0.429 0.010 0.012 0.124 102 S 0.053 0.343 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.003 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.280 0.021 0.028 0.236 103 L 0.070 0.258 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.231 0.027 0.029 0.318 104 K 0.036 0.164 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.197 0.023 0.084 0.464 105 G 0.078 0.064 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.120 0.027 0.080 0.600 106 D 0.090 0.049 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.010 0.203 0.518 107 Y 0.047 0.054 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.008 0.087 0.657 108 A 0.076 0.118 0.007 0.003 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 0.009 0.147 0.500 109 E 0.137 0.178 0.003 0.001 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.009 0.153 0.429 110 L 0.136 0.446 0.006 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.008 0.027 0.292 111 E 0.065 0.456 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.008 0.046 0.304 112 H 0.096 0.391 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.017 0.034 0.358 113 H 0.161 0.375 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.082 0.019 0.035 0.295 114 H 0.135 0.304 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.070 0.022 0.040 0.394 115 H 0.120 0.200 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.020 0.046 0.498 116 H 0.129 0.134 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.072 0.021 0.068 0.532 117 H 0.120 0.096 0.017 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.065 0.019 0.070 0.596