# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.087 0.039 0.077 0.040 0.052 0.107 0.014 0.585 2 I 0.082 0.056 0.061 0.054 0.071 0.173 0.012 0.491 3 L 0.070 0.118 0.078 0.061 0.157 0.108 0.008 0.400 4 Y 0.034 0.099 0.036 0.039 0.102 0.145 0.007 0.538 5 D 0.051 0.216 0.019 0.029 0.041 0.183 0.011 0.451 6 A 0.151 0.507 0.018 0.020 0.043 0.067 0.011 0.181 7 I 0.049 0.748 0.014 0.029 0.036 0.024 0.011 0.089 8 M 0.033 0.759 0.026 0.029 0.043 0.012 0.013 0.086 9 Y 0.091 0.597 0.035 0.057 0.060 0.011 0.037 0.112 10 K 0.086 0.439 0.063 0.047 0.063 0.018 0.072 0.212 11 Y 0.091 0.130 0.117 0.093 0.113 0.037 0.025 0.394 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 13 N 0.021 0.013 0.025 0.047 0.083 0.128 0.010 0.672 14 A 0.459 0.020 0.040 0.018 0.026 0.046 0.013 0.378 15 V 0.147 0.039 0.048 0.062 0.064 0.149 0.011 0.481 16 S 0.119 0.027 0.039 0.056 0.080 0.148 0.010 0.521 17 R 0.106 0.041 0.048 0.053 0.116 0.099 0.011 0.526 18 K 0.061 0.025 0.028 0.046 0.067 0.313 0.020 0.439 19 D 0.107 0.035 0.038 0.074 0.092 0.226 0.029 0.399 20 F 0.155 0.044 0.049 0.209 0.261 0.077 0.014 0.191 21 E 0.030 0.012 0.057 0.259 0.387 0.102 0.006 0.147 22 L 0.023 0.007 0.048 0.303 0.367 0.066 0.004 0.182 23 R 0.016 0.010 0.042 0.413 0.372 0.042 0.002 0.103 24 N 0.008 0.007 0.023 0.210 0.337 0.062 0.003 0.350 25 D 0.020 0.007 0.024 0.099 0.246 0.119 0.008 0.477 26 G 0.036 0.004 0.007 0.018 0.027 0.499 0.015 0.395 27 N 0.061 0.004 0.004 0.011 0.011 0.600 0.037 0.271 28 G 0.145 0.080 0.054 0.087 0.035 0.102 0.103 0.393 29 S 0.220 0.002 0.017 0.019 0.068 0.559 0.007 0.109 30 Y 0.007 0.001 0.005 0.047 0.049 0.040 0.001 0.849 31 I 0.019 0.003 0.010 0.160 0.705 0.053 0.001 0.050 32 E 0.014 0.004 0.017 0.281 0.458 0.057 0.002 0.166 33 K 0.014 0.017 0.011 0.206 0.441 0.030 0.002 0.278 34 W 0.030 0.023 0.031 0.265 0.503 0.039 0.004 0.104 35 N 0.052 0.032 0.026 0.330 0.296 0.053 0.011 0.199 36 L 0.044 0.032 0.124 0.207 0.421 0.029 0.012 0.130 37 R 0.053 0.039 0.064 0.102 0.265 0.128 0.019 0.330 38 A 0.179 0.024 0.111 0.144 0.178 0.070 0.021 0.274 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 40 L 0.051 0.005 0.110 0.070 0.078 0.093 0.012 0.580 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 42 T 0.011 0.008 0.015 0.023 0.087 0.192 0.002 0.663 43 Q 0.039 0.010 0.010 0.003 0.017 0.042 0.001 0.879 44 A 0.022 0.030 0.003 0.002 0.004 0.175 0.002 0.763 45 E 0.045 0.079 0.001 0.001 0.002 0.737 0.002 0.133 46 L 0.036 0.932 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 47 E 0.005 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 48 T 0.013 0.934 0.003 0.003 0.002 0.003 0.005 0.036 49 W 0.030 0.929 0.002 0.001 0.003 0.002 0.005 0.026 50 W 0.015 0.926 0.004 0.004 0.010 0.005 0.004 0.031 51 E 0.021 0.860 0.006 0.004 0.006 0.022 0.009 0.072 52 E 0.024 0.901 0.003 0.002 0.002 0.007 0.006 0.056 53 L 0.038 0.865 0.006 0.003 0.004 0.007 0.012 0.067 54 Q 0.049 0.807 0.008 0.007 0.008 0.012 0.018 0.091 55 K 0.082 0.521 0.020 0.009 0.014 0.020 0.067 0.268 56 N 0.217 0.328 0.034 0.024 0.021 0.025 0.059 0.291 57 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.992 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.987 59 Y 0.085 0.009 0.027 0.022 0.034 0.076 0.013 0.735 60 E 0.187 0.017 0.028 0.023 0.034 0.083 0.011 0.618 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 63 D 0.021 0.004 0.006 0.015 0.027 0.188 0.002 0.737 64 Q 0.302 0.021 0.007 0.008 0.014 0.095 0.004 0.549 65 V 0.120 0.271 0.024 0.036 0.063 0.075 0.002 0.408 66 E 0.028 0.539 0.017 0.027 0.035 0.067 0.002 0.285 67 L 0.025 0.778 0.008 0.013 0.023 0.022 0.003 0.129 68 L 0.023 0.885 0.003 0.007 0.019 0.014 0.004 0.044 69 A 0.017 0.935 0.002 0.003 0.007 0.005 0.004 0.027 70 Q 0.025 0.928 0.002 0.002 0.003 0.005 0.009 0.026 71 E 0.087 0.856 0.003 0.002 0.002 0.004 0.018 0.028 72 L 0.084 0.837 0.009 0.003 0.004 0.005 0.014 0.044 73 S 0.058 0.690 0.018 0.006 0.010 0.034 0.020 0.164 74 Q 0.082 0.546 0.022 0.004 0.008 0.027 0.017 0.294 75 E 0.051 0.547 0.015 0.003 0.004 0.119 0.014 0.247 76 K 0.043 0.638 0.009 0.002 0.003 0.096 0.009 0.199 77 L 0.007 0.954 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.026 78 A 0.016 0.888 0.005 0.002 0.005 0.021 0.005 0.057 79 R 0.031 0.899 0.006 0.002 0.004 0.007 0.005 0.046 80 K 0.021 0.921 0.002 0.001 0.002 0.008 0.005 0.040 81 Q 0.043 0.882 0.003 0.001 0.002 0.012 0.011 0.047 82 L 0.033 0.910 0.004 0.002 0.003 0.003 0.006 0.040 83 E 0.013 0.876 0.009 0.002 0.005 0.013 0.006 0.075 84 E 0.036 0.846 0.005 0.002 0.002 0.014 0.010 0.086 85 L 0.056 0.878 0.007 0.001 0.002 0.004 0.010 0.042 86 N 0.040 0.857 0.011 0.003 0.004 0.007 0.015 0.063 87 K 0.097 0.622 0.053 0.007 0.007 0.017 0.037 0.160 88 T 0.168 0.412 0.044 0.007 0.008 0.118 0.045 0.198 89 L 0.172 0.439 0.056 0.010 0.011 0.066 0.041 0.205 90 G 0.083 0.463 0.122 0.017 0.019 0.058 0.023 0.216 91 N 0.065 0.179 0.097 0.017 0.022 0.158 0.022 0.441 92 E 0.132 0.192 0.035 0.016 0.030 0.150 0.018 0.426 93 L 0.170 0.365 0.042 0.022 0.053 0.114 0.013 0.221 94 S 0.073 0.303 0.032 0.042 0.046 0.167 0.026 0.310 95 D 0.092 0.178 0.018 0.016 0.023 0.047 0.019 0.607 96 I 0.167 0.184 0.036 0.044 0.060 0.170 0.022 0.317 97 K 0.081 0.277 0.064 0.094 0.106 0.170 0.025 0.183 98 L 0.039 0.366 0.102 0.090 0.157 0.064 0.013 0.169 99 S 0.025 0.314 0.174 0.187 0.179 0.045 0.009 0.066 100 L 0.043 0.272 0.145 0.134 0.231 0.036 0.011 0.127 101 L 0.051 0.236 0.217 0.163 0.243 0.022 0.015 0.052 102 S 0.061 0.197 0.202 0.213 0.178 0.028 0.026 0.095 103 L 0.110 0.115 0.183 0.135 0.193 0.037 0.045 0.181 104 K 0.094 0.061 0.171 0.065 0.141 0.116 0.033 0.318 105 G 0.078 0.037 0.071 0.051 0.057 0.087 0.047 0.572 106 D 0.137 0.019 0.043 0.020 0.029 0.126 0.023 0.604 107 Y 0.043 0.020 0.055 0.021 0.050 0.089 0.006 0.715 108 A 0.059 0.053 0.044 0.085 0.135 0.251 0.011 0.362 109 E 0.088 0.092 0.033 0.045 0.082 0.147 0.011 0.503 110 L 0.151 0.243 0.050 0.063 0.143 0.070 0.009 0.271 111 E 0.082 0.274 0.039 0.075 0.109 0.123 0.016 0.283 112 H 0.145 0.233 0.029 0.055 0.080 0.053 0.034 0.371 113 H 0.221 0.197 0.046 0.042 0.072 0.056 0.030 0.335 114 H 0.142 0.119 0.042 0.042 0.060 0.083 0.033 0.479 115 H 0.126 0.087 0.053 0.037 0.054 0.098 0.031 0.514 116 H 0.104 0.059 0.047 0.029 0.045 0.101 0.019 0.596 117 H 0.073 0.043 0.041 0.029 0.043 0.097 0.013 0.662