# TARGET T0351 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.395 0.246 0.180 0.111 0.049 0.016 0.002 2 I 0.258 0.159 0.142 0.180 0.161 0.085 0.016 3 L 0.107 0.087 0.086 0.146 0.217 0.270 0.088 4 Y 0.188 0.130 0.142 0.178 0.169 0.146 0.047 5 D 0.164 0.186 0.190 0.187 0.137 0.103 0.034 6 A 0.123 0.064 0.075 0.132 0.220 0.298 0.087 7 I 0.085 0.054 0.071 0.141 0.212 0.325 0.112 8 M 0.092 0.131 0.156 0.213 0.208 0.164 0.035 9 Y 0.085 0.097 0.101 0.155 0.262 0.241 0.058 10 K 0.077 0.125 0.193 0.263 0.203 0.117 0.022 11 Y 0.128 0.132 0.155 0.230 0.218 0.123 0.015 12 P 0.300 0.219 0.149 0.151 0.121 0.053 0.006 13 N 0.410 0.263 0.154 0.103 0.049 0.019 0.002 14 A 0.205 0.168 0.171 0.213 0.155 0.079 0.009 15 V 0.177 0.213 0.189 0.193 0.143 0.072 0.013 16 S 0.189 0.225 0.209 0.200 0.119 0.049 0.009 17 R 0.236 0.289 0.212 0.158 0.076 0.024 0.005 18 K 0.265 0.326 0.210 0.122 0.052 0.020 0.005 19 D 0.101 0.164 0.236 0.257 0.167 0.068 0.008 20 F 0.028 0.039 0.086 0.218 0.331 0.266 0.032 21 E 0.079 0.174 0.236 0.255 0.179 0.068 0.009 22 L 0.046 0.078 0.131 0.204 0.309 0.201 0.031 23 R 0.107 0.206 0.268 0.253 0.125 0.037 0.003 24 N 0.305 0.294 0.200 0.140 0.048 0.013 0.001 25 D 0.433 0.307 0.153 0.064 0.030 0.012 0.001 26 G 0.359 0.209 0.173 0.158 0.081 0.019 0.001 27 N 0.596 0.271 0.091 0.031 0.009 0.002 0.001 28 G 0.550 0.235 0.121 0.071 0.020 0.002 0.001 29 S 0.548 0.361 0.074 0.015 0.002 0.001 0.001 30 Y 0.090 0.245 0.274 0.274 0.102 0.014 0.001 31 I 0.071 0.110 0.190 0.300 0.240 0.084 0.004 32 E 0.184 0.384 0.218 0.141 0.058 0.014 0.001 33 K 0.091 0.275 0.367 0.198 0.054 0.013 0.001 34 W 0.013 0.039 0.090 0.245 0.385 0.208 0.021 35 N 0.046 0.193 0.283 0.253 0.158 0.061 0.006 36 L 0.033 0.061 0.113 0.242 0.315 0.215 0.022 37 R 0.117 0.231 0.261 0.214 0.120 0.050 0.006 38 A 0.074 0.107 0.147 0.235 0.254 0.157 0.025 39 P 0.231 0.256 0.187 0.169 0.105 0.046 0.006 40 L 0.215 0.242 0.215 0.190 0.099 0.035 0.005 41 P 0.259 0.252 0.199 0.162 0.091 0.032 0.005 42 T 0.427 0.286 0.154 0.096 0.031 0.007 0.001 43 Q 0.551 0.269 0.116 0.049 0.012 0.002 0.001 44 A 0.587 0.276 0.096 0.030 0.008 0.002 0.001 45 E 0.195 0.272 0.229 0.189 0.092 0.022 0.002 46 L 0.064 0.099 0.181 0.285 0.266 0.100 0.006 47 E 0.229 0.383 0.250 0.102 0.027 0.007 0.001 48 T 0.276 0.399 0.214 0.082 0.024 0.005 0.001 49 W 0.084 0.109 0.164 0.265 0.274 0.099 0.005 50 W 0.110 0.107 0.162 0.314 0.245 0.061 0.002 51 E 0.359 0.419 0.160 0.049 0.011 0.002 0.001 52 E 0.297 0.352 0.225 0.098 0.025 0.004 0.001 53 L 0.106 0.114 0.168 0.301 0.245 0.063 0.002 54 Q 0.342 0.263 0.199 0.137 0.048 0.010 0.001 55 K 0.726 0.223 0.038 0.010 0.002 0.001 0.001 56 N 0.243 0.335 0.271 0.114 0.030 0.006 0.001 57 P 0.479 0.249 0.140 0.089 0.034 0.009 0.001 58 P 0.282 0.182 0.171 0.183 0.135 0.044 0.003 59 Y 0.306 0.206 0.191 0.176 0.093 0.026 0.002 60 E 0.316 0.268 0.173 0.141 0.076 0.024 0.002 61 P 0.263 0.251 0.188 0.157 0.091 0.041 0.007 62 P 0.346 0.195 0.160 0.157 0.094 0.042 0.007 63 D 0.485 0.256 0.124 0.076 0.039 0.017 0.004 64 Q 0.316 0.223 0.171 0.148 0.095 0.040 0.006 65 V 0.312 0.197 0.169 0.157 0.106 0.051 0.007 66 E 0.500 0.259 0.133 0.069 0.027 0.011 0.002 67 L 0.279 0.202 0.190 0.172 0.107 0.044 0.006 68 L 0.199 0.142 0.159 0.204 0.192 0.094 0.010 69 A 0.346 0.251 0.185 0.128 0.065 0.023 0.003 70 Q 0.459 0.285 0.140 0.075 0.029 0.011 0.001 71 E 0.321 0.243 0.187 0.148 0.073 0.026 0.002 72 L 0.156 0.134 0.199 0.244 0.195 0.066 0.005 73 S 0.532 0.246 0.122 0.067 0.026 0.006 0.001 74 Q 0.540 0.235 0.115 0.070 0.030 0.010 0.001 75 E 0.583 0.232 0.104 0.052 0.021 0.008 0.001 76 K 0.412 0.265 0.161 0.100 0.048 0.014 0.001 77 L 0.195 0.175 0.215 0.220 0.149 0.044 0.003 78 A 0.235 0.229 0.190 0.181 0.119 0.044 0.003 79 R 0.372 0.292 0.169 0.110 0.044 0.012 0.001 80 K 0.421 0.320 0.168 0.067 0.019 0.005 0.001 81 Q 0.441 0.250 0.153 0.107 0.042 0.007 0.001 82 L 0.256 0.211 0.205 0.196 0.106 0.025 0.001 83 E 0.605 0.273 0.089 0.027 0.005 0.001 0.001 84 E 0.581 0.310 0.076 0.024 0.007 0.002 0.001 85 L 0.086 0.107 0.208 0.310 0.223 0.063 0.003 86 N 0.188 0.253 0.245 0.196 0.097 0.021 0.001 87 K 0.438 0.354 0.137 0.053 0.015 0.003 0.001 88 T 0.301 0.345 0.212 0.107 0.029 0.006 0.001 89 L 0.053 0.069 0.122 0.250 0.326 0.168 0.011 90 G 0.118 0.221 0.224 0.229 0.151 0.051 0.006 91 N 0.273 0.319 0.192 0.132 0.061 0.021 0.002 92 E 0.062 0.114 0.199 0.304 0.223 0.090 0.008 93 L 0.024 0.044 0.063 0.144 0.294 0.360 0.070 94 S 0.074 0.164 0.213 0.251 0.199 0.086 0.013 95 D 0.080 0.246 0.323 0.227 0.089 0.031 0.004 96 I 0.007 0.018 0.040 0.152 0.352 0.375 0.055 97 K 0.014 0.072 0.151 0.261 0.291 0.184 0.026 98 L 0.051 0.079 0.105 0.165 0.252 0.285 0.063 99 S 0.031 0.129 0.264 0.331 0.164 0.073 0.008 100 L 0.025 0.032 0.066 0.166 0.335 0.342 0.034 101 L 0.054 0.119 0.158 0.253 0.255 0.145 0.015 102 S 0.125 0.257 0.280 0.217 0.092 0.027 0.002 103 L 0.072 0.079 0.130 0.261 0.306 0.140 0.012 104 K 0.379 0.376 0.159 0.064 0.019 0.004 0.001 105 G 0.496 0.243 0.135 0.086 0.032 0.006 0.001 106 D 0.564 0.267 0.103 0.045 0.016 0.005 0.001 107 Y 0.351 0.231 0.189 0.148 0.066 0.014 0.001 108 A 0.532 0.237 0.128 0.070 0.026 0.006 0.001 109 E 0.604 0.235 0.097 0.045 0.015 0.003 0.001 110 L 0.469 0.203 0.153 0.119 0.047 0.009 0.001 111 E 0.556 0.241 0.116 0.057 0.024 0.006 0.001 112 H 0.530 0.241 0.125 0.071 0.026 0.006 0.001 113 H 0.514 0.241 0.132 0.076 0.028 0.007 0.001 114 H 0.509 0.239 0.129 0.080 0.034 0.009 0.001 115 H 0.547 0.222 0.116 0.077 0.030 0.007 0.001 116 H 0.680 0.184 0.076 0.041 0.015 0.004 0.001 117 H 0.704 0.176 0.067 0.035 0.014 0.004 0.001